genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   

This is table  85  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24406369--24406394	9	2.9	9	100	0	52	69	11	0	19	1.18
24406344--24406385	21	1.9	23	85	9	61	64	16	0	19	1.30
24413764--24413800	19	1.9	19	89	10	58	32	0	21	45	1.52
24416252--24416310	3	20.0	3	89	3	93	35	30	0	33	1.58
24427717--24427804	43	2.0	43	97	0	167	31	17	14	36	1.90
24431109--24431149	19	2.2	19	86	0	55	75	4	7	12	1.16
24431623--24431663	11	4.1	11	76	23	54	24	9	0	65	1.22
24431621--24431669	9	5.2	9	80	9	62	28	10	0	61	1.29
24447023--24447210	50	3.6	50	81	7	189	25	28	19	27	1.99
24446971--24447218	50	4.9	50	77	7	171	25	26	19	28	1.99
24448788--24448842	19	3.1	17	82	10	65	41	9	14	34	1.77
24450731--24450774	18	2.4	18	84	0	52	11	25	2	61	1.41
24453038--24453171	64	2.1	64	81	10	152	47	13	10	28	1.75
24453232--24453286	19	3.1	17	82	10	65	41	9	14	34	1.77
24475344--24475496	76	2.0	76	98	0	297	49	15	9	26	1.74
24493712--24493774	25	2.5	25	81	0	81	26	20	15	36	1.93
24498980--24499035	21	2.7	21	85	0	85	25	8	35	30	1.86
24504599--24504634	18	2.1	16	90	10	54	61	0	5	33	1.19
24506409--24506539	43	3.0	44	68	8	115	25	22	19	31	1.98
24506397--24506555	87	1.8	87	89	2	248	23	23	20	32	1.98
24506577--24507009	44	9.8	44	91	1	688	22	28	21	27	1.99
24506577--24507005	133	3.2	132	91	1	682	23	28	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24506535--24507005	89	5.3	88	87	4	646	23	28	21	27	1.99
24509260--24509312	12	4.4	12	92	0	79	15	0	9	75	1.04
24509260--24509311	18	2.9	18	91	0	86	15	0	9	75	1.05
24509235--24509312	6	13.0	6	87	5	68	12	3	6	76	1.11
24514728--24514763	18	2.1	16	90	10	54	61	0	5	33	1.19
24521974--24522022	24	2.0	25	88	4	73	40	4	4	51	1.40
24524121--24524162	19	2.2	19	83	8	50	28	21	9	40	1.84
24528127--24529224	45	24.5	44	75	6	740	30	15	23	30	1.95
24528155--24529241	89	12.1	89	80	4	790	30	15	23	30	1.95
24528127--24529224	134	8.2	134	81	6	1055	30	15	23	30	1.95
24528648--24528683	14	2.6	14	95	0	63	47	11	16	25	1.79
24528741--24529227	133	3.7	133	77	6	391	30	13	23	32	1.93
24530427--24530475	24	2.0	25	88	4	73	40	4	4	51	1.40
24530558--24530640	34	2.5	33	80	2	103	36	6	3	54	1.43
24541701--24541789	44	2.0	45	91	2	144	34	15	12	37	1.85
24542609--24542685	34	2.2	34	81	6	84	33	5	14	46	1.66
24543974--24544378	202	2.0	202	100	0	810	29	18	16	35	1.93
24545613--24545651	18	2.2	18	90	0	60	48	2	25	23	1.63
24546365--24546585	109	2.0	109	100	0	442	38	8	20	32	1.82
24547542--24547647	43	2.5	43	77	0	131	32	14	22	31	1.93
24552384--24552419	15	2.4	15	85	0	54	33	16	13	36	1.89
24555304--24555331	6	4.7	6	100	0	56	71	0	14	14	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24557005--24557029	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
24558866--24559058	98	2.0	98	93	0	332	36	24	10	27	1.88
24560052--24560081	11	2.7	11	89	0	51	13	36	33	16	1.88
24560952--24561062	45	2.5	46	81	11	124	24	25	22	27	2.00
24561026--24561139	59	1.9	59	87	3	167	23	25	21	28	1.99
24561129--24561249	44	2.8	43	78	6	120	27	19	20	32	1.97
24561176--24561339	45	3.7	45	74	11	140	24	23	21	29	1.99
24561902--24561959	29	2.0	29	100	0	116	31	20	10	37	1.86
24572844--24573036	98	2.0	98	95	0	350	36	24	10	28	1.89
24580955--24581000	23	2.0	23	87	8	67	21	2	4	71	1.14
24584674--24584708	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
24584662--24584978	157	2.0	157	97	0	598	47	5	3	44	1.41
24584831--24584865	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
24585011--24585120	45	2.6	44	81	8	131	31	28	5	34	1.80
24585099--24585136	16	2.4	16	90	0	58	34	34	0	31	1.58
24588420--24588486	29	2.3	29	97	0	125	14	28	0	56	1.39
24590308--24590369	4	15.5	4	96	0	115	48	25	1	24	1.60
24602743--24602768	11	2.4	11	100	0	52	7	7	0	84	0.77
24607351--24607596	84	2.9	85	88	1	352	19	21	21	36	1.95
24607351--24607596	43	5.8	42	88	3	334	19	21	21	36	1.95
24607919--24607972	21	2.6	21	87	0	72	3	46	20	29	1.68
24612218--24612680	36	13.2	34	78	10	126	34	1	17	46	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24612292--24612890	9	67.2	9	80	7	605	34	1	15	48	1.52
24617060--24617297	115	2.1	114	90	2	370	32	20	18	28	1.96
24616687--24617222	261	2.1	261	92	1	887	34	20	17	26	1.95
24617772--24617832	21	2.9	21	73	9	61	45	32	3	18	1.65
24617802--24617834	14	2.4	14	95	5	59	45	33	6	15	1.70
24617964--24618013	20	2.5	21	83	6	68	48	38	0	14	1.44
24618046--24618119	35	2.1	35	82	5	87	45	21	4	28	1.70
24618590--24618732	74	1.9	76	81	5	175	30	24	25	20	1.99
24620754--24620861	37	3.0	33	74	16	90	50	3	2	42	1.34
24620760--24620814	25	2.2	25	81	12	60	49	5	1	43	1.36
24628043--24628238	27	7.4	27	79	9	165	35	17	20	26	1.95
24628043--24628217	77	2.2	77	82	7	201	36	17	20	26	1.94
24628252--24628312	27	2.3	27	83	11	72	19	22	22	34	1.97
24628361--24628443	32	2.6	31	76	17	80	19	16	27	36	1.93
24628419--24628564	32	4.6	31	74	9	123	18	21	22	36	1.95
24628424--24628570	64	2.3	64	85	2	188	19	21	22	36	1.96
24628388--24628564	96	1.8	96	79	4	205	19	20	23	36	1.95
24628581--24628646	22	3.0	21	75	4	60	16	24	18	40	1.90
24628640--24628692	26	2.0	26	88	0	79	22	28	16	32	1.96
24636903--24636962	17	3.6	17	70	2	59	73	3	1	21	1.07
24639354--24639548	98	2.0	98	92	2	329	36	24	10	28	1.88
24641476--24642149	45	15.5	44	70	12	306	27	22	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24641471--24642152	218	3.1	217	92	1	1087	26	22	21	29	1.99
24653543--24653737	98	2.0	98	93	0	336	36	24	10	28	1.89
24654143--24654167	10	2.5	10	100	0	50	88	0	0	12	0.53
24657615--24657644	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
24660130--24660170	21	2.0	21	85	0	55	26	26	14	31	1.95
24662948--24662980	16	2.1	16	94	0	57	39	6	33	21	1.78
24662962--24663054	44	2.1	46	91	4	154	29	4	30	36	1.77
24663227--24663348	41	3.0	41	73	20	112	55	3	1	39	1.26
24663251--24663435	59	3.0	62	70	17	170	52	4	2	40	1.33
24672667--24672708	20	2.1	20	100	0	84	33	28	16	21	1.95
24672864--24672906	18	2.3	19	84	15	54	30	6	2	60	1.35
24675804--24676031	91	2.4	94	83	8	259	46	11	6	34	1.66
24677202--24677288	44	2.0	44	95	0	156	49	20	11	18	1.78
24688071--24688146	34	2.2	34	92	0	125	35	7	11	44	1.70
24698265--24698452	105	1.8	105	85	2	254	49	5	4	40	1.47
24713357--24713519	25	6.6	25	70	12	93	36	20	23	19	1.95
24713351--24713519	74	2.3	75	82	11	188	36	20	24	19	1.95
24715641--24715690	26	1.9	26	91	0	82	28	34	20	18	1.95
24715664--24715773	41	2.7	41	88	0	175	22	23	20	33	1.97
24715820--24715865	19	2.3	20	75	17	51	32	17	0	50	1.47
24721441--24721486	20	2.3	20	82	10	51	60	4	4	30	1.35
24723158--24723632	50	9.5	50	69	2	290	21	23	23	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24723138--24723692	100	5.6	100	89	0	815	22	24	23	30	1.99
24723300--24723682	50	7.7	50	70	0	282	21	25	23	29	1.99
24725128--24725185	15	3.9	16	80	13	63	13	10	1	74	1.15
24725138--24725184	15	3.4	14	91	5	69	12	10	2	74	1.16
24725146--24725184	13	2.8	13	92	7	60	12	12	2	71	1.24
24725138--24725184	7	6.7	7	88	9	69	12	10	2	74	1.16
24725684--24725731	16	3.0	17	79	14	57	2	6	8	83	0.88
24725687--24725728	22	1.9	21	90	9	66	2	4	7	85	0.80
24725704--24725757	16	3.5	15	80	14	56	0	14	3	81	0.82
24729901--24729946	20	2.3	20	82	10	51	60	4	4	30	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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