genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   

This is table  92  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26610149--26610202	28	1.9	28	100	0	108	31	11	7	50	1.66
26609921--26611429	754	2.0	757	89	2	2345	41	18	7	33	1.79
26614392--26614444	15	3.7	15	76	16	58	47	1	0	50	1.12
26614488--26614512	11	2.3	11	100	0	50	56	0	0	44	0.99
26617090--26617119	16	1.9	15	93	6	51	26	0	6	66	1.16
26621402--26621440	7	5.6	7	87	0	51	30	0	48	20	1.50
26632990--26633065	33	2.3	33	95	0	134	14	9	32	43	1.77
26633004--26633098	33	2.8	33	83	1	109	16	10	33	38	1.83
26635498--26635958	230	2.0	230	94	0	807	29	22	15	33	1.94
26641622--26641661	21	1.9	21	94	0	71	37	15	10	37	1.80
26641699--26642200	250	2.0	250	94	0	869	39	18	12	29	1.88
26643816--26643878	27	2.3	27	80	0	72	19	26	15	38	1.92
26647545--26647769	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
26647545--26647802	119	2.2	119	81	6	283	25	21	27	24	1.99
26651251--26651328	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
26651281--26651607	173	1.9	174	93	0	566	29	14	24	31	1.94
26671275--26671316	19	2.3	19	80	8	52	28	16	0	54	1.42
26673020--26673074	23	2.4	23	96	0	101	47	12	7	32	1.69
26675013--26675041	15	2.0	15	93	6	51	86	0	13	0	0.58
26677434--26677505	20	3.7	20	85	7	85	61	6	0	31	1.23
26677484--26677534	26	2.0	26	92	0	84	56	1	0	41	1.10
26688573--26688605	5	6.6	5	92	0	57	63	33	3	0	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26691012--26691088	39	2.0	39	92	0	127	32	20	32	14	1.93
26691022--26691083	19	3.2	19	67	13	54	33	19	32	14	1.92
26695440--26695601	81	2.0	81	100	0	324	28	7	27	37	1.84
26696050--26696113	31	2.1	31	100	0	128	34	25	6	34	1.81
26706575--26706778	103	2.0	102	87	2	293	22	20	25	31	1.98
26715104--26715630	48	11.1	49	93	4	870	31	8	30	29	1.87
26715104--26715630	95	5.5	97	93	4	857	31	8	30	29	1.87
26715104--26715628	141	3.7	141	95	3	887	31	8	30	29	1.87
26719212--26719264	19	2.8	19	85	5	63	56	1	13	28	1.47
26719298--26719327	11	2.9	10	90	9	51	86	0	13	0	0.57
26719892--26719953	21	3.0	21	82	0	61	24	38	19	17	1.93
26722484--26722537	26	2.1	26	82	6	65	35	18	5	40	1.74
26722695--26722773	25	3.2	25	87	0	113	36	25	18	18	1.94
26722735--26722792	25	2.3	25	84	0	71	39	25	20	13	1.90
26735084--26735120	16	2.4	16	90	4	58	56	2	0	40	1.13
26736465--26736526	29	2.1	29	82	11	74	56	14	6	22	1.61
26736754--26736793	19	2.0	20	90	4	64	42	12	10	35	1.76
26741076--26741148	35	2.1	35	97	0	137	41	19	12	27	1.87
26763780--26763865	34	2.5	34	78	0	100	30	16	25	27	1.97
26763799--26763863	17	3.8	17	81	0	76	29	15	26	29	1.96
26767762--26767830	21	3.2	21	72	11	77	21	24	21	31	1.98
26767745--26767830	43	2.0	43	100	0	172	20	23	23	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26767745--26767810	22	3.0	22	70	12	73	19	24	24	31	1.98
26770891--26770925	16	2.2	16	89	0	52	22	8	0	68	1.16
26776559--26776596	20	2.1	18	85	14	51	34	0	13	52	1.40
26777208--26777319	40	2.8	39	82	4	143	17	29	16	35	1.93
26777208--26777337	40	3.2	40	78	10	122	16	30	18	34	1.93
26777268--26777376	20	5.4	20	68	20	84	13	31	21	33	1.92
26780140--26780164	11	2.3	11	100	0	50	48	0	8	44	1.32
26780480--26780659	40	4.5	40	81	3	193	35	21	20	23	1.96
26780486--26780628	20	7.2	20	65	0	79	34	20	20	25	1.96
26780580--26780645	20	3.3	20	78	0	78	31	24	22	21	1.98
26780597--26780657	20	3.0	20	68	17	54	31	24	24	19	1.98
26780487--26780685	40	5.0	40	81	2	130	35	20	20	23	1.96
26787546--26787622	38	2.0	38	100	0	154	28	5	25	40	1.77
26787938--26788021	34	2.5	35	86	5	118	25	5	7	61	1.44
26789362--26789451	44	2.0	46	86	4	130	18	5	12	63	1.47
26797761--26797867	24	4.4	24	69	13	58	18	28	19	33	1.96
26799327--26799504	27	6.6	27	79	3	160	29	26	15	28	1.96
26807258--26807435	27	6.6	27	80	3	169	29	26	15	28	1.96
26809087--26809294	25	8.3	25	69	10	88	22	25	19	32	1.97
26811737--26811872	41	3.4	41	76	10	149	32	24	18	25	1.97
26812030--26812076	24	2.0	24	84	16	62	51	17	0	31	1.46
26812849--26812887	5	7.8	5	100	0	78	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26819581--26819624	19	2.2	20	88	11	65	31	2	4	61	1.28
26819682--26819774	43	2.3	40	80	14	102	35	11	4	48	1.60
26824885--26825005	45	2.7	44	78	5	134	32	19	23	23	1.98
26825072--26825186	44	2.6	44	81	2	115	31	20	19	29	1.97
26825305--26825429	44	2.8	44	88	0	187	26	20	27	26	1.99
26825428--26825490	33	1.9	33	100	0	126	22	11	9	57	1.62
26840409--26840448	19	2.1	19	95	0	71	60	5	2	32	1.32
26842431--26842501	20	3.5	20	73	9	63	12	33	19	33	1.90
26845438--26845485	18	2.8	17	76	17	53	18	8	10	62	1.52
26846396--26846480	32	2.6	33	81	7	102	41	9	10	38	1.72
26849464--26849513	13	3.2	16	70	18	52	54	0	4	42	1.19
26850348--26850385	20	1.9	20	94	0	67	18	26	0	55	1.43
26853295--26853327	14	2.3	15	94	5	59	66	0	33	0	0.92
26858075--26858216	75	1.9	76	88	4	216	46	14	11	28	1.78
26858704--26858773	25	2.8	25	82	0	86	12	21	21	44	1.85
26865445--26865569	65	1.9	64	85	1	169	36	11	25	27	1.90
26870660--26870730	16	4.7	15	76	15	67	26	39	16	16	1.91
26870660--26870713	15	3.8	13	79	16	54	25	40	16	16	1.89
26870659--26870731	30	2.4	31	84	13	98	26	38	17	17	1.92
26870676--26870732	15	3.8	15	78	21	66	28	36	17	17	1.93
26870927--26870976	24	2.1	24	82	14	59	30	14	22	34	1.93
26872916--26873050	57	2.4	57	81	3	164	30	17	20	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26872909--26873058	27	5.3	27	73	12	104	33	16	22	28	1.95
26873786--26874100	162	1.9	162	87	3	465	32	11	23	33	1.90
26876377--26876424	17	2.8	17	93	0	78	27	39	20	12	1.89
26878238--26878312	8	8.4	8	74	18	60	36	1	2	60	1.20
26878226--26878283	27	2.1	28	87	3	82	27	1	6	63	1.29
26878238--26878326	27	3.3	26	80	13	83	37	2	2	58	1.23
26878292--26878347	19	2.8	20	78	5	69	37	5	0	57	1.22
26878264--26878322	29	2.1	29	87	9	88	38	3	0	57	1.15
26878400--26878432	18	1.9	17	88	11	50	57	3	3	36	1.29
26880069--26880124	27	2.1	27	86	0	76	19	16	37	26	1.92
26880761--26880792	12	2.6	12	95	5	55	25	0	15	59	1.36
26884093--26884139	19	2.5	19	100	0	94	38	6	12	42	1.69
26888672--26888717	19	2.5	19	96	3	85	34	4	17	43	1.69
26889325--26889399	37	2.0	37	89	0	114	46	8	21	24	1.77
26896811--26896852	18	2.3	18	87	0	57	33	30	9	26	1.88
26911496--26911543	18	2.7	17	81	9	60	29	35	12	22	1.91
26915722--26915755	17	2.0	17	94	0	59	58	8	11	20	1.59
26927113--26927178	33	2.0	33	96	0	123	36	12	19	31	1.89
26929259--26929455	84	2.4	85	88	4	285	33	25	17	22	1.96
26929297--26929455	42	3.8	42	76	12	164	33	25	18	22	1.97
26935066--26935265	75	2.6	75	84	6	253	35	26	15	22	1.94
26935217--26935362	33	4.3	33	67	23	97	34	28	17	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26935166--26935395	102	2.3	102	91	1	372	33	27	17	21	1.96
26938714--26938747	12	2.8	12	87	12	52	32	17	44	5	1.73
26950519--26950965	47	9.5	47	94	0	732	29	29	8	32	1.86
26953694--26953898	41	5.0	41	81	1	239	34	15	31	19	1.93
26953694--26953900	83	2.5	82	85	4	274	34	15	30	19	1.93
26955341--26956583	506	2.4	507	92	1	2037	31	19	10	38	1.86
26958807--26958844	14	2.6	15	84	16	53	2	39	0	57	1.12
26962355--26962461	25	4.3	25	80	0	106	24	21	18	35	1.96
26962392--26962474	25	3.3	25	84	0	112	24	20	22	32	1.98
26971141--26971178	14	2.6	15	84	16	53	0	39	2	57	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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