genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   

This is table  93  of  196  ( 23409 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26976237--26976379	30	4.7	30	85	1	169	40	14	8	36	1.77
26978419--26978516	28	3.5	28	76	9	92	39	24	20	15	1.91
26978598--26978772	29	6.1	29	80	7	169	42	24	12	21	1.86
26978611--26978766	57	2.7	57	85	1	231	42	24	12	19	1.86
26978599--26978772	86	2.0	85	87	3	251	43	24	12	20	1.86
26980880--26981035	85	1.8	85	92	0	267	35	18	17	28	1.94
26981512--26981553	15	2.9	14	86	10	57	28	0	11	59	1.33
26984445--26984696	43	5.9	43	89	0	326	26	25	19	28	1.98
26984445--26984729	85	3.4	85	83	3	357	26	25	19	28	1.99
26984702--26984754	25	2.1	25	96	0	97	28	22	24	24	2.00
26988558--26988642	7	12.3	7	75	12	59	35	38	2	23	1.68
26988558--26988635	14	5.6	14	76	14	72	35	39	2	21	1.67
26988556--26988618	21	3.0	21	79	9	74	36	39	1	22	1.64
26988640--26988695	7	7.9	7	78	4	58	50	26	1	21	1.59
26988654--26988695	22	2.0	21	86	13	59	50	28	0	21	1.49
26988640--26988693	14	3.8	14	87	2	72	51	24	1	22	1.57
26988869--26988897	8	3.8	8	90	9	51	37	41	0	20	1.53
26988869--26988897	15	1.9	15	100	0	58	37	41	0	20	1.53
26988895--26988948	21	2.5	21	88	8	74	31	35	1	31	1.69
26988877--26988951	7	10.6	7	79	13	64	30	40	1	28	1.65
26990292--26990378	20	4.3	20	88	0	129	26	16	33	24	1.95
26990311--26990378	10	6.8	10	77	12	68	27	16	32	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26990282--26990378	40	2.5	40	87	1	133	27	16	31	23	1.96
26990913--26991223	41	7.6	41	77	11	234	30	27	20	21	1.98
26990919--26991223	122	2.5	123	80	8	354	30	27	20	21	1.98
26990913--26991217	163	1.9	163	86	2	434	30	27	20	21	1.98
26991289--26991404	40	2.9	40	74	6	128	24	22	18	34	1.96
26992570--26992628	32	1.9	31	83	10	77	54	1	10	33	1.44
26992692--26992738	21	2.3	21	79	20	55	48	2	6	42	1.40
26994621--26994730	23	5.1	21	71	16	91	54	0	1	42	1.17
26995054--26995215	77	2.1	77	96	0	297	41	10	7	40	1.67
26998330--26998379	19	2.5	20	87	9	68	34	0	10	56	1.33
27004197--27004233	19	1.9	19	100	0	74	32	27	8	32	1.86
27004473--27004743	29	9.3	29	79	5	287	20	26	14	38	1.91
27004487--27004699	117	1.8	117	83	4	286	20	28	12	38	1.89
27004473--27004758	87	3.3	87	84	3	360	21	26	13	38	1.91
27004474--27004757	146	2.0	146	83	6	344	21	26	13	38	1.91
27007799--27007924	53	2.3	54	82	5	139	28	34	0	37	1.58
27011243--27011309	34	2.0	34	84	0	89	25	20	25	28	1.99
27011584--27011704	27	4.5	27	82	2	145	36	14	15	33	1.88
27015155--27015275	60	2.0	60	100	0	242	33	24	21	19	1.97
27022267--27022321	23	2.4	23	90	0	83	27	18	16	38	1.92
27022580--27022632	15	3.5	15	75	10	54	32	20	32	15	1.93
27054248--27054321	27	2.7	27	87	0	112	18	33	20	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27061705--27061773	30	2.3	30	92	0	111	33	24	1	40	1.64
27063148--27063207	18	3.3	18	90	0	93	23	30	6	40	1.80
27063582--27063696	58	2.0	59	82	5	144	39	2	8	49	1.48
27066862--27067134	126	2.2	126	90	2	422	30	18	16	34	1.93
27067189--27067315	34	3.8	33	78	5	139	44	14	0	40	1.46
27068992--27069055	29	2.2	30	86	8	87	46	25	4	23	1.71
27075402--27075677	9	30.6	9	67	26	74	56	17	2	24	1.52
27075401--27075631	92	2.5	92	79	14	239	57	17	1	23	1.49
27075415--27075585	65	2.6	64	80	8	177	57	16	1	23	1.48
27075485--27075636	65	2.4	60	74	18	139	57	16	1	23	1.49
27075632--27075678	23	2.0	25	87	8	71	51	14	6	27	1.67
27076297--27076349	21	2.4	22	81	6	63	45	1	5	47	1.37
27076325--27076381	29	1.9	30	83	16	75	49	0	8	42	1.34
27076627--27076698	36	2.0	36	94	0	126	19	5	22	52	1.66
27078389--27078429	21	2.0	21	85	4	57	26	0	24	48	1.51
27079040--27079195	83	1.9	83	91	0	258	28	10	26	35	1.89
27081013--27081184	28	6.1	28	87	5	258	28	22	25	23	1.99
27081011--27081184	56	3.1	56	90	1	287	28	22	25	23	1.99
27081601--27081791	27	7.1	27	88	3	260	17	17	21	42	1.89
27083250--27083319	21	3.4	21	69	20	58	35	10	7	47	1.65
27085182--27085330	6	24.8	6	100	0	298	33	0	16	49	1.46
27087953--27088003	20	2.5	20	83	3	57	31	11	15	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27090921--27091012	17	5.4	18	70	23	58	52	3	3	41	1.34
27102366--27102416	20	2.5	20	87	6	66	49	0	9	41	1.36
27102366--27102425	21	2.8	21	85	7	68	48	1	8	41	1.43
27103541--27103647	49	2.2	49	89	3	162	34	16	23	25	1.95
27125216--27125287	23	3.2	23	82	4	92	13	9	25	51	1.72
27125242--27125280	11	3.5	11	82	0	51	7	7	30	53	1.57
27125216--27125287	22	3.2	22	82	5	90	13	9	25	51	1.72
27127747--27127857	19	5.8	19	89	0	177	39	9	13	37	1.76
27127754--27127857	38	2.7	38	98	0	199	40	8	12	38	1.74
27127737--27127864	57	2.3	55	85	5	175	39	9	14	36	1.79
27127747--27127883	19	6.9	21	85	4	114	38	8	14	38	1.76
27133488--27135454	132	15.0	132	92	0	3106	28	18	23	29	1.98
27135694--27135805	44	2.5	44	84	2	136	28	22	21	27	1.99
27136248--27136358	19	5.8	19	86	0	168	39	9	14	36	1.78
27136255--27136358	38	2.7	38	95	0	190	40	8	13	37	1.75
27136238--27136365	57	2.3	55	84	5	166	39	9	15	35	1.80
27136248--27136384	19	6.9	21	82	7	114	38	8	15	37	1.77
27138105--27138342	119	2.0	117	90	1	368	41	6	9	42	1.63
27140305--27140345	18	2.3	19	79	12	50	46	12	31	9	1.74
27141618--27141858	50	4.8	50	91	0	365	26	21	30	20	1.98
27143400--27143709	160	1.9	159	99	0	611	32	13	19	34	1.90
27147733--27148291	138	4.1	138	90	1	854	43	6	9	40	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27148267--27148490	74	3.0	75	85	6	294	30	14	7	47	1.71
27151745--27151787	13	3.2	13	74	6	50	27	9	30	32	1.88
27156442--27156775	49	7.0	49	91	4	531	29	31	8	30	1.88
27156440--27156775	96	3.5	96	93	2	559	29	31	8	30	1.88
27160614--27160647	6	5.7	6	85	0	50	44	14	23	17	1.86
27160627--27160731	45	2.3	45	86	0	147	40	16	20	22	1.90
27161749--27161783	17	2.1	17	94	0	61	2	14	5	77	1.07
27161806--27161853	22	2.2	21	82	13	62	56	0	0	43	0.99
27168062--27168155	46	2.0	46	89	0	143	38	22	17	22	1.93
27168775--27168824	23	2.3	23	86	6	68	54	14	4	28	1.58
27180362--27180497	40	3.4	39	80	7	123	32	22	18	27	1.97
27180320--27180470	80	1.9	81	82	5	191	30	23	19	26	1.98
27180743--27180902	52	3.1	52	83	0	194	40	23	9	26	1.85
27182574--27182797	40	5.7	40	82	7	242	25	27	21	25	1.99
27182574--27182797	79	2.8	77	81	6	252	25	27	21	25	1.99
27182729--27182806	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
27190106--27190328	39	5.7	40	83	6	249	25	27	21	25	1.99
27190106--27190328	79	2.8	77	82	5	259	25	27	21	25	1.99
27190073--27190328	118	2.2	119	80	5	270	24	27	21	26	1.99
27190260--27190337	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
27200421--27201387	324	3.0	323	94	1	1663	30	14	17	37	1.90
27217116--27217152	19	2.0	19	89	5	58	32	0	10	56	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27217142--27217189	20	2.5	20	89	3	71	33	2	10	54	1.46
27222038--27222062	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
27223646--27223747	41	2.5	41	90	3	152	27	19	25	27	1.99
27227414--27227439	4	6.5	4	100	0	52	50	23	0	26	1.50
27233039--27233591	50	11.2	50	71	6	390	32	21	19	26	1.97
27233017--27233591	100	5.8	100	84	3	689	31	21	20	26	1.98
27233019--27233589	195	2.9	194	83	3	719	31	21	19	26	1.98
27233601--27233738	44	3.1	44	81	1	141	30	18	22	28	1.97
27233678--27233987	96	3.4	94	68	17	247	30	17	20	31	1.96
27233648--27234043	181	2.2	181	88	2	582	30	17	21	31	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196