genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   

This is table  49  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13695718--13695766	25	2.0	25	95	0	89	46	8	18	26	1.76
13696229--13696315	43	2.0	43	93	0	147	27	21	16	34	1.95
13708084--13708247	40	4.1	40	90	4	267	33	3	0	63	1.10
13708116--13708151	18	2.0	18	88	0	54	33	0	0	66	0.92
13708083--13708265	81	2.3	79	90	3	276	36	3	0	60	1.13
13708166--13708228	29	2.2	28	85	5	81	34	1	0	63	1.04
13708182--13708264	30	2.8	30	85	8	100	38	3	0	57	1.16
13717971--13718104	27	5.0	26	77	9	117	33	23	14	27	1.94
13717944--13718103	54	2.9	52	74	13	128	33	23	14	28	1.94
13719390--13719420	16	1.9	16	93	0	53	25	0	9	64	1.24
13720033--13720061	12	2.4	12	100	0	58	17	20	24	37	1.93
13720029--13720141	55	2.0	56	91	3	183	32	11	20	35	1.88
13722977--13723047	36	2.0	36	91	0	115	49	2	15	32	1.59
13732276--13732401	61	2.0	62	90	1	200	61	6	1	30	1.31
13743252--13743582	165	2.0	165	98	0	635	39	8	20	30	1.83
13743838--13743910	25	2.9	25	85	0	92	19	31	15	34	1.92
13743871--13743968	25	3.9	25	78	5	90	19	28	15	36	1.92
13749748--13749790	17	2.5	17	81	7	52	58	2	0	39	1.11
13749938--13750010	37	2.0	36	94	2	128	39	4	2	53	1.34
13750657--13750704	15	3.1	15	84	3	60	31	12	2	54	1.49
13753811--13753863	20	2.6	19	77	11	52	45	5	1	47	1.37
13753808--13753856	20	2.4	20	82	3	53	44	6	2	46	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13754439--13754463	10	2.5	10	100	0	50	40	0	16	44	1.47
13756668--13756717	25	2.0	25	96	0	91	42	16	18	24	1.89
13762096--13762313	46	4.6	46	77	8	206	30	14	22	31	1.94
13762084--13762269	98	1.9	98	86	0	264	30	15	23	31	1.95
13766218--13766277	25	2.2	28	74	20	72	41	10	20	28	1.84
13766226--13766277	25	2.1	25	92	0	86	40	11	19	28	1.86
13766919--13766985	20	3.3	20	78	2	80	35	22	31	10	1.88
13770649--13770705	30	1.9	30	96	0	105	40	29	0	29	1.57
13775350--13775403	12	4.3	13	75	15	60	64	1	0	33	1.04
13779446--13779520	34	2.2	34	83	9	91	46	16	9	28	1.77
13784991--13785042	25	2.1	25	96	0	95	46	9	3	40	1.55
13786450--13786486	14	2.6	14	95	0	65	16	8	59	16	1.59
13794419--13794476	25	2.4	25	79	2	73	13	24	20	41	1.89
13794419--13794571	24	6.3	24	69	13	91	18	23	19	37	1.94
13797474--13797590	40	2.9	40	94	0	198	33	16	29	20	1.94
13797538--13798128	111	5.3	111	92	2	941	25	18	29	26	1.98
13797538--13798128	224	2.6	224	93	1	988	25	18	29	26	1.98
13798741--13798766	12	2.2	12	100	0	52	38	7	34	19	1.80
13799162--13799362	84	2.4	83	90	4	321	33	19	17	29	1.95
13800346--13800385	11	3.7	11	90	3	64	35	10	27	27	1.89
13804640--13804710	21	3.4	21	80	0	79	33	18	45	2	1.64
13805035--13805448	42	9.9	41	86	4	420	26	21	20	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13805035--13805448	126	3.3	122	84	5	477	26	21	20	31	1.98
13805122--13805449	42	7.8	42	89	3	464	23	22	20	33	1.97
13807432--13807480	16	3.1	16	84	0	71	40	4	32	22	1.73
13807457--13807554	44	2.2	44	85	5	135	34	5	27	32	1.79
13807789--13807840	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
13807668--13808204	120	4.5	121	96	1	931	49	5	2	42	1.40
13808050--13808083	17	2.0	17	88	11	52	55	0	0	44	0.99
13807668--13808204	239	2.2	240	94	2	936	49	5	2	42	1.40
13808220--13808358	75	1.9	73	89	3	215	48	2	2	46	1.29
13808220--13808335	37	3.1	37	69	11	101	46	2	3	47	1.33
13808247--13808411	91	1.8	90	90	3	269	48	3	3	44	1.35
13811481--13811506	13	2.0	13	100	0	52	53	7	0	38	1.30
13816569--13816630	32	1.9	32	86	3	88	51	1	6	40	1.37
13816606--13816659	24	2.2	26	83	12	69	64	7	3	24	1.35
13816653--13816696	22	2.1	23	84	16	60	59	9	0	31	1.29
13817178--13817238	31	2.0	31	83	0	77	49	4	3	42	1.40
13826266--13826463	9	20.9	9	65	23	52	56	5	2	36	1.33
13826383--13826449	31	2.2	31	81	10	84	55	4	0	40	1.20
13826382--13826449	30	2.3	31	84	5	86	54	4	0	41	1.20
13826934--13826978	10	4.9	10	78	15	53	31	0	2	66	1.04
13827082--13827194	19	6.1	19	67	18	53	38	1	2	56	1.24
13827137--13827199	19	3.2	19	80	19	76	38	0	4	57	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13826934--13827283	9	36.9	9	65	23	66	33	2	5	59	1.31
13827207--13827276	29	2.4	31	76	9	74	37	0	4	58	1.18
13832588--13832651	32	2.1	32	91	5	105	43	1	18	35	1.60
13837542--13837585	22	2.0	22	90	0	70	34	20	9	36	1.84
13849364--13849410	17	2.8	17	90	0	67	31	25	19	23	1.98
13859600--13859657	9	6.4	9	89	0	80	37	20	10	31	1.86
13859600--13859657	27	2.1	27	90	0	89	37	20	10	31	1.86
13859680--13859735	26	2.1	26	87	9	78	23	3	5	67	1.27
13861451--13861510	31	1.9	31	83	6	77	38	0	3	58	1.15
13861903--13861951	23	2.1	23	96	0	89	36	10	2	51	1.48
13862914--13862962	23	2.1	23	81	7	55	65	0	16	18	1.28
13863867--13864040	73	2.4	73	87	3	237	27	25	24	23	2.00
13863937--13864376	113	3.9	113	83	5	505	25	22	24	26	2.00
13863937--13864365	227	1.9	227	80	5	510	25	22	24	27	2.00
13864806--13864962	81	1.9	81	84	5	210	27	0	27	44	1.59
13864947--13864980	14	2.4	14	90	0	50	14	0	47	38	1.45
13864941--13864994	28	1.9	28	81	7	65	20	0	40	38	1.53
13866345--13866392	21	2.3	21	88	0	69	37	16	41	4	1.68
13866775--13867063	42	6.8	42	79	5	251	24	19	21	34	1.96
13866775--13867063	85	3.4	82	81	6	292	24	19	21	34	1.96
13870682--13870712	16	1.9	16	93	0	53	48	16	6	29	1.70
13870875--13870929	19	2.9	19	84	10	60	36	0	9	54	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13870915--13870940	11	2.4	11	100	0	52	30	0	7	61	1.24
13878711--13878748	13	2.9	13	85	14	60	86	0	13	0	0.56
13878711--13878751	7	6.1	7	83	11	59	85	0	14	0	0.60
13878708--13878749	20	2.2	19	91	8	68	88	0	11	0	0.53
13880062--13880182	44	2.7	44	80	1	143	25	22	25	26	2.00
13880248--13880786	241	2.3	240	83	4	641	29	20	22	27	1.98
13879632--13880526	143	6.3	143	86	3	1169	29	20	22	26	1.99
13879647--13880565	428	2.1	428	84	3	1161	29	20	22	26	1.99
13880391--13880668	98	2.8	98	89	3	384	30	21	21	26	1.99
13879647--13880697	428	2.4	420	81	6	1003	29	20	22	26	1.99
13880587--13880775	89	2.1	88	88	1	272	27	20	23	28	1.99
13880589--13880757	44	3.9	43	79	3	178	27	20	24	27	1.99
13882361--13882479	45	2.7	44	77	2	139	27	25	21	25	1.99
13882342--13882672	44	7.4	44	73	6	173	30	20	21	27	1.98
13882438--13882703	88	3.0	86	76	11	275	30	21	19	28	1.97
13882545--13882670	45	2.8	44	85	3	162	31	19	19	29	1.96
13884165--13884223	25	2.3	26	85	2	84	25	3	6	64	1.34
13884256--13884291	19	1.9	18	88	5	54	41	2	0	55	1.14
13884259--13884307	19	2.6	17	79	17	53	36	4	2	57	1.30
13884415--13884448	17	2.0	17	94	0	59	35	5	2	55	1.39
13889493--13889536	22	2.0	22	95	0	79	40	9	20	29	1.83
13897908--13897943	19	1.9	19	88	5	56	63	2	11	22	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13908477--13908515	18	2.0	20	85	9	55	48	10	12	28	1.74
13912771--13913245	233	2.0	233	95	0	853	22	26	20	30	1.98
13924975--13925114	63	2.2	63	96	0	253	50	12	19	17	1.77
13932498--13932676	90	2.0	91	84	2	234	32	20	15	31	1.94
13931672--13933259	670	2.4	660	81	6	1813	38	13	12	35	1.83
13937969--13938007	17	2.3	17	82	8	53	5	0	10	84	0.76
13939810--13939839	15	2.0	15	93	0	51	6	10	13	70	1.34
13941304--13941419	61	1.9	58	88	8	171	43	3	3	50	1.36
13941306--13941439	58	2.2	60	83	11	161	43	2	5	48	1.40
13941881--13941924	12	3.4	12	79	14	52	50	36	4	9	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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