genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   

This is table  59  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16618289--16618890	100	6.0	100	87	2	751	23	20	23	32	1.98
16618876--16618904	14	2.1	14	100	0	58	13	13	20	51	1.75
16619096--16619207	44	2.5	44	84	2	118	28	18	21	31	1.97
16620581--16620619	7	5.6	7	90	9	62	15	12	0	71	1.14
16620581--16620610	13	2.3	13	100	0	60	13	13	0	73	1.10
16625578--16626498	410	2.2	410	99	0	1797	36	14	14	35	1.86
16626404--16626586	88	2.1	88	98	0	357	35	15	14	34	1.87
16625994--16627397	498	2.8	498	99	0	2781	36	14	14	34	1.87
16626902--16627084	88	2.1	88	98	0	357	35	15	14	34	1.87
16629222--16629272	26	2.0	26	100	0	102	35	19	9	35	1.85
16630660--16630694	18	2.0	17	88	5	52	37	20	0	42	1.52
16636150--16636203	21	2.6	21	96	0	99	27	29	20	22	1.98
16638430--16638477	18	2.7	18	81	15	55	41	14	0	43	1.45
16646683--16646726	17	2.6	17	81	0	52	34	29	9	27	1.87
16646733--16646797	17	3.8	17	74	8	51	29	16	20	33	1.95
16651750--16651806	27	2.1	27	96	0	105	42	10	5	42	1.62
16652162--16652192	13	2.5	13	94	5	55	64	0	0	35	0.94
16652362--16652398	13	2.5	15	87	12	51	62	2	16	18	1.45
16653654--16653713	29	2.1	29	84	6	77	36	0	10	53	1.35
16662585--16662658	37	2.0	37	97	0	139	28	18	10	41	1.84
16675595--16675624	16	1.9	15	93	6	51	20	16	0	63	1.31
16675848--16676041	51	3.8	51	79	9	236	31	27	16	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16675850--16676033	102	1.8	102	89	4	293	32	26	17	23	1.97
16682868--16682917	25	2.0	25	84	0	64	4	36	2	58	1.29
16685544--16685574	14	2.2	14	100	0	62	41	19	6	32	1.77
16685652--16685786	45	3.0	45	82	1	135	43	17	18	20	1.88
16691413--16691515	54	1.9	54	95	0	188	42	13	20	23	1.87
16693406--16693439	14	2.6	13	86	13	52	55	0	0	44	0.99
16693476--16693520	23	2.0	23	100	0	90	48	6	13	31	1.68
16696979--16697019	21	2.0	21	85	0	55	65	2	24	7	1.30
16697053--16697119	33	1.9	33	82	8	80	47	8	31	11	1.71
16704347--16704390	22	2.0	22	81	0	52	59	0	9	31	1.29
16710075--16710373	138	2.2	138	81	4	334	28	18	23	28	1.98
16710131--16710532	207	1.9	207	81	3	486	27	17	25	29	1.97
16710054--16710532	69	6.9	69	72	9	253	27	17	25	29	1.97
16710253--16710532	69	4.1	69	77	8	264	26	17	27	29	1.97
16710300--16710706	138	2.9	137	77	6	394	26	17	27	28	1.98
16710174--16710625	207	2.2	207	78	4	457	26	17	25	29	1.98
16713011--16713046	10	3.6	10	84	0	54	33	16	25	25	1.96
16713003--16713048	20	2.3	20	96	0	83	36	15	23	23	1.93
16715178--16715212	18	1.9	18	88	11	54	25	17	0	57	1.40
16715242--16715285	18	2.4	18	84	0	61	9	20	4	65	1.38
16717634--16717697	20	3.2	20	82	4	58	34	17	26	21	1.95
16719636--16719669	8	4.2	8	96	0	59	52	0	38	8	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16734123--16734272	43	3.6	41	79	10	160	24	16	26	33	1.95
16734123--16734282	42	3.8	42	77	10	157	24	16	25	33	1.96
16741513--16741560	24	2.0	24	84	8	62	31	16	12	39	1.86
16742903--16742936	17	1.9	18	94	5	61	11	35	26	26	1.91
16744109--16744291	51	3.6	49	81	3	206	22	18	27	31	1.97
16744109--16744293	101	1.8	102	89	3	293	22	18	28	31	1.97
16744215--16744295	26	3.2	26	64	22	71	22	16	28	33	1.95
16750540--16750647	35	3.1	35	73	7	110	25	19	24	30	1.98
16750539--16750732	71	2.7	71	80	3	194	27	22	22	27	1.99
16755293--16755322	16	1.9	16	93	6	53	53	0	13	33	1.40
16760159--16760491	164	2.0	164	94	0	585	47	13	12	27	1.78
16760696--16760725	14	2.1	14	100	0	60	46	13	13	26	1.80
16777255--16777339	42	2.0	42	81	4	100	32	7	20	40	1.79
16779597--16779625	13	2.2	13	100	0	58	62	13	0	24	1.32
16789351--16789385	18	2.1	17	89	10	54	34	31	0	34	1.58
16802096--16802163	27	2.5	27	85	4	84	30	16	23	29	1.96
16802123--16802175	27	2.0	27	88	0	79	37	13	22	26	1.91
16802126--16802187	27	2.3	27	82	0	70	33	11	25	29	1.91
16803051--16803124	34	2.1	35	85	9	98	37	20	9	32	1.85
16803296--16803418	41	3.0	41	86	3	149	26	27	17	28	1.98
16803785--16803972	78	2.4	76	77	11	186	40	17	4	38	1.69
16803855--16804040	76	2.4	77	78	7	182	41	16	4	37	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16803785--16804020	76	3.1	76	74	11	203	40	16	4	38	1.70
16804148--16804425	78	3.6	78	93	2	470	43	14	4	38	1.65
16809743--16809908	76	2.2	77	80	4	183	40	15	5	38	1.70
16810036--16810313	78	3.6	78	94	0	477	43	13	3	39	1.60
16812630--16812654	7	3.6	7	100	0	50	28	12	0	60	1.32
16819413--16819451	20	2.0	19	85	5	51	46	0	7	46	1.31
16824616--16824640	13	1.9	13	100	0	50	64	4	24	8	1.38
16824874--16824944	2	35.5	2	82	0	70	42	0	7	50	1.29
16824875--16824941	22	3.0	22	93	4	107	40	0	7	52	1.30
16824874--16824943	12	5.8	12	81	0	86	41	0	7	51	1.29
16824928--16825017	37	2.4	36	81	9	92	53	2	8	35	1.45
16824992--16825058	21	3.2	21	75	12	75	50	0	10	38	1.37
16824992--16825047	10	5.6	10	76	16	62	53	0	8	37	1.32
16830051--16830101	24	2.2	24	85	3	68	54	5	13	25	1.61
16830543--16830572	14	2.1	14	93	0	51	56	13	0	30	1.37
16831382--16831445	30	2.1	31	82	5	76	15	28	31	25	1.96
16834367--16834410	21	2.1	21	82	0	52	29	27	0	43	1.55
16834370--16834435	14	4.6	14	75	9	53	31	19	0	48	1.49
16836650--16836702	21	2.5	21	81	9	63	16	24	20	37	1.93
16839516--16839582	34	1.9	35	87	3	100	31	8	14	44	1.76
16841032--16841061	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
16844796--16844833	17	2.2	17	86	9	51	44	5	0	50	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16856626--16856694	36	1.9	36	87	0	102	27	31	7	33	1.84
16859256--16859331	11	6.8	11	68	24	52	55	1	1	42	1.16
16859224--16859317	17	5.5	17	68	22	63	52	4	2	41	1.33
16864277--16864365	41	2.2	40	80	7	101	61	0	3	34	1.12
16864310--16864339	10	3.0	10	90	0	51	66	0	0	33	0.92
16869623--16869916	124	2.4	124	88	0	435	28	21	17	33	1.95
16870018--16870043	6	4.3	6	100	0	52	38	0	0	61	0.96
16870852--16870915	28	2.3	28	84	10	87	48	26	3	21	1.65
16870963--16871029	7	9.6	7	78	12	50	47	32	0	19	1.50
16870957--16871002	21	2.2	21	84	0	56	47	30	0	21	1.51
16870965--16871029	28	2.3	28	82	10	71	49	32	0	18	1.48
16871207--16871305	40	2.5	40	83	3	119	31	24	21	23	1.98
16871562--16871686	40	3.1	40	78	0	133	27	20	21	30	1.98
16871342--16871709	195	1.9	194	83	4	472	25	20	21	32	1.97
16882821--16882852	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
16882947--16883188	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
16882947--16883196	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
16886601--16886639	19	2.1	18	85	4	51	69	0	5	25	1.09
16886856--16886892	18	2.0	19	85	15	51	64	5	2	27	1.28
16893298--16893772	235	2.0	235	93	0	806	32	24	15	28	1.95
16895378--16895416	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
16895619--16895813	50	3.9	50	78	2	151	21	26	23	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16901080--16901121	21	2.0	21	81	9	50	40	7	7	45	1.59
16905489--16905548	25	2.6	22	76	16	59	20	6	6	66	1.38
16905619--16905781	51	3.3	51	74	5	118	36	11	4	47	1.59
16905786--16905842	30	1.9	30	82	7	71	22	7	0	70	1.11
16910123--16910162	17	2.3	18	76	23	50	40	5	0	55	1.22
16914733--16914859	54	2.4	54	79	0	137	25	21	26	26	1.99
16919251--16919284	17	1.9	18	88	5	52	38	8	5	47	1.59
16923651--16923681	13	2.3	14	94	5	55	54	0	0	45	0.99
16925797--16925895	42	2.4	42	87	1	146	21	27	13	38	1.90
16927571--16927800	43	5.4	43	78	4	216	23	13	20	42	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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