genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   

This is table  80  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23083419--23083575	27	5.8	27	82	5	165	26	17	15	40	1.89
23083419--23083575	81	1.9	81	83	2	199	26	17	15	40	1.89
23083405--23083584	27	6.7	27	74	15	99	26	16	16	40	1.89
23087062--23087096	18	1.9	18	88	0	52	77	2	5	14	1.07
23093492--23095758	736	3.1	734	88	1	3286	28	19	16	35	1.93
23108419--23110613	889	2.5	889	88	2	3234	35	10	16	37	1.83
23110681--23110711	15	2.1	15	93	0	53	58	16	6	19	1.59
23111911--23111943	11	3.0	11	91	8	50	18	0	0	81	0.68
23114033--23114079	19	2.5	19	86	6	60	27	19	8	44	1.79
23120107--23120147	20	2.0	20	100	0	82	19	19	31	29	1.96
23121219--23121322	45	2.3	44	75	8	102	29	22	18	29	1.97
23121505--23121681	44	4.0	44	79	2	185	28	20	20	29	1.98
23121188--23121585	143	2.8	142	86	2	548	31	18	22	28	1.97
23121185--23121639	143	3.2	140	80	6	492	31	18	21	28	1.97
23121555--23121748	88	2.2	89	82	2	230	30	20	18	30	1.96
23121910--23121949	12	3.3	12	83	13	55	77	10	0	12	0.99
23126374--23126406	12	3.0	11	87	12	50	78	0	0	21	0.75
23132813--23132849	17	2.2	17	86	13	51	72	0	24	2	0.97
23134558--23134589	14	2.3	14	100	0	64	46	9	0	43	1.35
23134795--23134930	47	2.9	48	85	4	170	32	13	14	38	1.86
23142906--23142958	22	2.4	22	81	9	63	35	3	18	41	1.69
23153688--23153824	43	3.2	42	65	20	102	24	21	25	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23153494--23154598	87	12.5	87	75	10	758	25	23	21	29	1.99
23154402--23154539	43	3.2	43	66	24	126	27	18	22	31	1.97
23153273--23154525	627	2.0	627	95	0	2236	26	22	21	29	1.99
23155831--23155864	7	4.9	7	86	13	52	14	14	0	70	1.17
23156731--23156764	14	2.4	14	90	0	50	17	2	5	73	1.16
23175404--23175468	27	2.4	27	89	5	96	30	7	0	61	1.24
23175411--23175468	26	2.2	26	90	3	89	31	6	0	62	1.22
23175411--23175478	26	2.6	26	86	4	75	33	5	0	60	1.21
23176304--23176380	30	2.5	31	75	12	88	27	19	15	37	1.92
23177328--23177372	18	2.7	16	83	16	56	55	35	2	6	1.38
23178499--23178555	9	6.3	9	78	8	53	31	8	1	57	1.39
23178899--23178977	29	2.8	28	80	3	77	31	6	2	59	1.36
23183127--23183171	15	3.1	14	82	14	56	80	6	2	11	0.99
23183130--23183158	8	3.8	8	90	9	51	79	10	0	10	0.94
23183177--23183217	6	7.2	6	83	10	59	80	0	17	2	0.82
23183178--23183217	17	2.4	17	87	8	55	82	0	15	2	0.77
23185553--23185688	44	3.1	43	67	10	121	31	15	23	29	1.95
23185462--23186432	89	10.9	89	85	1	1072	28	18	25	27	1.98
23185621--23185847	44	5.1	44	62	12	113	31	18	25	25	1.97
23185462--23186443	177	5.5	177	88	1	1225	28	19	25	27	1.98
23186204--23186425	45	5.0	45	66	6	146	26	22	24	26	2.00
23186190--23186540	89	3.9	88	84	3	432	26	23	24	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23186204--23186540	179	1.9	178	88	1	514	26	23	23	26	2.00
23188235--23188291	9	6.3	9	78	8	53	29	8	3	57	1.45
23188643--23188709	29	2.4	28	85	5	89	34	4	1	59	1.26
23195048--23195094	15	3.1	16	82	17	64	17	46	0	36	1.48
23195059--23195100	19	2.2	19	86	0	57	14	47	0	38	1.44
23204096--23204293	50	3.8	50	80	4	207	26	21	28	23	1.99
23208694--23208828	49	2.7	50	84	5	168	22	24	21	31	1.98
23208681--23208828	25	6.0	25	70	14	101	22	23	21	32	1.98
23211355--23211393	20	2.0	20	94	0	69	33	15	25	25	1.95
23211398--23211436	19	2.0	20	95	5	71	41	15	30	12	1.85
23213526--23213565	21	2.0	21	90	5	64	20	12	2	65	1.38
23215030--23215133	50	2.0	52	85	3	140	18	19	36	25	1.94
23218049--23218106	23	2.5	23	82	0	80	41	25	13	18	1.88
23224957--23225478	85	6.1	85	77	2	447	19	32	30	17	1.95
23225165--23225275	42	2.6	43	75	9	102	20	30	30	18	1.96
23224969--23225453	255	1.9	256	82	3	602	20	31	30	17	1.96
23225188--23225776	298	2.0	298	81	5	699	19	31	30	18	1.96
23225448--23226251	85	9.5	85	77	5	700	18	31	30	19	1.96
23225502--23225647	42	3.5	42	75	7	143	17	32	30	18	1.94
23225075--23225883	383	2.1	383	78	5	846	18	31	30	18	1.96
23224835--23226251	43	33.5	43	67	9	551	19	31	30	18	1.96
23225075--23226107	128	8.2	128	68	12	441	18	31	30	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23225732--23226191	162	2.8	162	77	5	397	17	30	31	19	1.95
23225587--23226191	332	1.8	332	83	2	813	17	30	31	20	1.95
23225491--23226251	417	1.8	416	83	2	999	18	31	30	19	1.96
23226518--23226812	43	6.9	42	86	4	360	21	32	27	18	1.96
23226518--23226812	85	3.5	84	85	4	378	21	32	27	18	1.96
23227638--23228927	85	15.2	83	72	8	428	18	32	30	18	1.95
23227760--23229059	213	6.1	211	76	5	829	18	32	29	19	1.96
23227929--23229114	128	9.3	128	73	7	481	18	32	29	19	1.96
23228142--23229114	297	3.3	298	84	2	1202	18	32	30	19	1.95
23228905--23229114	85	2.5	85	84	1	287	20	32	27	19	1.96
23229127--23229173	24	2.0	24	86	0	67	19	27	36	17	1.93
23234548--23234875	43	7.7	42	77	6	239	22	32	26	17	1.96
23234547--23234874	128	2.6	128	80	3	338	22	32	26	17	1.96
23244332--23246975	85	31.1	85	76	6	1562	18	32	29	19	1.96
23244350--23247272	213	13.7	212	72	10	1425	18	31	30	19	1.96
23244485--23247272	128	21.9	127	70	11	1049	18	31	30	19	1.96
23244343--23247292	298	9.9	292	73	10	1368	18	31	30	19	1.96
23246954--23247272	85	3.8	83	81	6	322	17	31	31	19	1.95
23245038--23247287	170	13.2	169	74	9	997	18	32	30	19	1.95
23247961--23248083	43	2.9	42	84	2	147	26	28	25	20	1.99
23248046--23248151	43	2.5	43	79	1	133	20	32	25	21	1.98
23248617--23248749	43	3.1	43	87	2	178	20	36	27	15	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23263707--23264316	85	7.2	85	77	3	455	19	31	30	19	1.96
23263938--23264052	42	2.7	43	76	8	126	17	30	31	20	1.96
23264298--23264957	85	7.8	85	82	0	719	18	32	30	18	1.95
23264001--23264591	297	2.0	298	79	3	652	18	32	29	18	1.96
23263591--23265127	43	36.1	42	68	9	540	18	32	30	19	1.96
23264298--23264957	255	2.6	254	82	2	822	18	32	30	18	1.95
23264180--23265085	128	7.1	128	71	9	376	18	32	30	19	1.95
23264934--23265138	85	2.4	85	82	3	261	18	31	31	18	1.95
23266693--23266979	43	6.7	43	77	6	158	22	31	27	18	1.97
23266684--23266964	128	2.2	127	79	6	307	21	30	28	19	1.97
23266691--23266979	85	3.4	84	73	7	235	22	31	28	18	1.97
23274191--23274303	43	2.6	42	80	5	127	22	34	27	15	1.95
23274269--23274363	43	2.2	43	83	7	122	16	38	29	14	1.89
23274214--23274674	85	5.4	85	75	4	372	18	32	29	19	1.95
23274331--23274653	170	1.9	171	83	0	414	18	32	30	18	1.96
23274340--23274667	43	7.7	42	68	9	180	18	32	29	19	1.95
23279897--23280916	43	23.9	43	72	10	510	18	31	30	19	1.96
23279883--23280856	85	11.4	85	76	8	322	18	31	30	19	1.96
23280294--23280916	85	7.3	85	81	5	609	17	31	31	19	1.95
23280921--23280987	24	2.8	24	86	2	89	14	32	41	10	1.80
23289017--23289354	43	7.9	42	78	6	324	22	31	26	19	1.98
23289020--23289356	128	2.6	127	82	6	378	22	31	26	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23289171--23289330	85	1.9	85	81	2	196	20	31	28	20	1.97
23289789--23289916	43	3.0	43	88	2	168	20	35	28	15	1.93
23291747--23291814	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
23291636--23292136	173	2.9	173	96	0	903	31	24	13	29	1.94
23291920--23291987	29	2.3	29	82	5	84	27	32	13	26	1.93
23292089--23292167	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
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23298558--23302717	85	48.9	85	74	7	2022	19	31	29	19	1.97
23298558--23302771	128	33.0	128	72	7	2119	19	31	29	19	1.97
23298565--23302588	213	18.9	213	74	6	1987	19	31	29	19	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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