genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   

This is table  91  of  196  ( 23409 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26298594--26298749	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
26298590--26298770	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
26302234--26302380	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
26302280--26302460	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
26302277--26302460	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
26304951--26305128	27	6.6	27	82	3	196	26	15	28	29	1.96
26304952--26305107	82	1.9	81	86	3	224	26	15	28	28	1.96
26304948--26305128	82	2.2	81	82	2	220	27	15	28	29	1.96
26310104--26310193	27	3.3	26	77	9	83	27	8	23	40	1.84
26310116--26310203	27	3.3	27	81	0	104	28	7	20	43	1.80
26312254--26312287	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
26316089--26316149	20	3.2	19	76	17	56	45	0	31	22	1.53
26316100--26316157	17	3.2	16	79	16	53	50	0	25	24	1.50
26318508--26318532	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
26334372--26334549	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
26334393--26334548	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
26342357--26342529	25	6.5	26	73	18	108	30	28	15	25	1.95
26346134--26346251	39	3.1	39	76	16	122	22	18	28	30	1.97
26346138--26346252	38	3.0	38	77	15	103	21	19	30	28	1.97
26353911--26353995	40	2.1	41	86	6	120	21	18	27	32	1.97
26363430--26363607	27	6.6	27	83	3	196	29	28	15	26	1.96
26366092--26366274	40	4.6	40	82	7	196	24	20	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26366092--26366271	80	2.3	80	83	8	217	23	21	27	27	1.99
26366173--26366321	39	3.8	38	80	12	131	25	22	28	24	1.99
26366213--26366334	39	3.1	39	80	8	97	26	22	28	22	1.99
26373846--26374029	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
26373846--26374026	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
26373927--26374076	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
26382262--26382439	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
26382283--26382438	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
26386554--26386744	27	7.1	28	78	7	114	38	19	19	21	1.93
26386575--26386834	27	9.7	27	81	2	227	37	18	20	23	1.94
26386575--26386835	81	3.2	81	81	2	256	37	18	20	22	1.94
26386874--26386950	24	3.3	23	72	5	66	25	5	19	49	1.69
26387129--26387345	32	6.7	31	71	13	120	22	19	20	38	1.94
26387357--26387421	22	3.0	21	75	4	58	16	21	16	44	1.86
26391032--26391097	5	13.0	5	93	3	114	39	0	21	39	1.53
26391247--26391287	20	2.0	20	90	0	64	9	24	24	41	1.85
26392525--26392552	14	2.0	14	100	0	56	35	7	21	35	1.81
26401831--26401884	26	2.1	26	100	0	108	50	14	0	35	1.44
26412150--26412375	51	4.5	50	75	6	159	27	25	17	29	1.98
26419758--26419800	14	3.1	14	74	12	52	37	27	11	23	1.89
26419769--26419905	51	2.7	51	79	4	152	32	25	17	24	1.97
26423328--26423398	36	2.0	36	85	0	97	43	18	18	19	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26433638--26433691	26	2.1	26	96	0	99	18	20	11	50	1.77
26433830--26433968	40	3.5	40	87	2	172	37	16	29	16	1.91
26433866--26433967	20	5.1	20	68	9	73	37	16	29	16	1.91
26437204--26437284	40	2.0	40	82	2	99	30	24	20	23	1.99
26444055--26444110	27	2.1	27	89	0	85	33	23	23	19	1.97
26444600--26444760	27	6.0	27	79	8	157	29	5	21	42	1.76
26444595--26444755	54	3.0	54	85	0	214	29	6	21	42	1.78
26444574--26444745	81	2.1	81	79	6	188	29	8	20	41	1.81
26446811--26446849	18	2.1	18	85	4	51	48	12	7	30	1.69
26447399--26447454	27	2.1	27	89	0	85	33	23	23	19	1.97
26447945--26448098	27	5.7	26	82	3	103	29	9	20	40	1.83
26448010--26448113	54	1.9	53	82	1	127	35	8	15	40	1.78
26448029--26448113	27	3.2	26	91	5	134	36	8	12	42	1.73
26454552--26454589	18	2.1	18	90	5	58	73	0	0	26	0.83
26454560--26454585	12	2.2	12	100	0	52	76	0	0	23	0.78
26457464--26457578	36	3.2	36	96	2	214	12	26	3	57	1.51
26460128--26460171	20	2.2	20	87	0	61	34	9	22	34	1.86
26461513--26461551	16	2.4	17	86	4	53	74	2	0	23	0.94
26467301--26467537	40	5.9	40	80	2	134	21	26	16	35	1.94
26467329--26467544	80	2.7	80	83	0	288	22	24	17	36	1.95
26467307--26467546	120	2.0	120	83	0	300	21	25	16	37	1.94
26487918--26488094	27	6.6	26	80	5	115	28	28	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26487938--26488093	27	5.7	27	80	4	161	28	28	16	26	1.97
26487918--26488094	55	3.3	55	79	9	202	28	28	16	26	1.97
26487938--26488093	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
26499560--26499725	78	2.1	78	90	0	260	36	17	5	40	1.73
26500037--26500066	14	2.1	14	93	0	51	0	20	3	76	0.92
26501816--26501848	17	1.9	17	93	0	57	15	12	15	57	1.65
26502810--26502843	16	2.1	16	88	5	50	38	11	8	41	1.73
26503352--26503406	20	2.8	20	88	0	83	25	21	5	47	1.72
26503733--26503784	16	3.4	16	71	17	56	42	17	0	40	1.49
26507108--26507177	25	2.8	25	82	0	77	31	24	20	24	1.98
26513480--26513527	25	1.9	25	87	8	71	20	20	22	35	1.96
26514651--26514687	15	2.5	15	95	0	65	8	21	35	35	1.83
26526400--26526588	45	4.2	44	81	5	195	19	17	28	35	1.94
26529120--26529317	76	2.6	76	78	7	208	36	4	16	41	1.69
26529710--26529903	41	4.7	41	90	1	316	27	19	28	24	1.99
26529710--26529899	83	2.3	82	92	0	317	28	19	28	23	1.98
26530072--26530145	34	2.1	34	83	14	89	31	10	20	37	1.87
26532972--26533029	29	2.0	29	93	0	98	34	22	12	31	1.91
26535673--26535766	40	2.3	40	83	3	118	36	22	22	19	1.95
26535847--26536179	41	8.1	41	75	4	285	21	20	26	31	1.98
26535847--26536061	83	2.6	82	83	5	238	20	20	28	31	1.97
26535847--26536169	124	2.6	123	77	4	310	21	21	26	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26541507--26541812	43	7.1	44	83	5	353	24	16	26	33	1.96
26541507--26541821	129	2.5	128	86	3	411	23	16	26	33	1.95
26545005--26545084	25	3.2	25	70	19	76	22	22	18	36	1.95
26545004--26545102	50	2.0	50	81	0	117	25	24	18	32	1.97
26549098--26549157	25	2.4	25	80	0	66	23	28	26	21	1.99
26551067--26551244	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
26551068--26551223	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
26551064--26551244	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
26555570--26555637	26	2.6	26	97	0	127	23	30	23	22	1.99
26556829--26556866	17	2.2	17	100	0	76	21	26	36	15	1.93
26557574--26557634	19	3.1	19	73	4	59	55	1	3	39	1.26
26564228--26564278	25	2.0	25	96	0	93	25	25	15	33	1.95
26569951--26569978	13	2.2	13	100	0	56	25	21	14	39	1.91
26579375--26579424	21	2.3	21	83	10	57	26	0	6	68	1.13
26579763--26579810	17	2.8	17	81	9	53	54	4	0	41	1.20
26580197--26580235	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
26583992--26584113	23	5.3	23	89	6	185	29	26	21	22	1.99
26583992--26584113	46	2.7	46	94	0	208	29	26	21	22	1.99
26584339--26584377	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
26589169--26589225	30	1.9	30	88	0	87	40	3	19	36	1.69
26589458--26589799	51	6.7	51	77	4	309	29	14	26	29	1.95
26589457--26589805	102	3.4	102	89	4	501	29	14	26	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26590704--26590756	5	10.6	5	83	0	70	41	0	33	24	1.55
26592349--26592384	18	1.9	19	88	5	56	44	0	22	33	1.53
26593274--26593384	55	2.0	55	100	0	222	41	10	16	31	1.82
26594473--26594504	16	2.0	16	93	0	55	40	6	9	43	1.62
26594726--26595207	51	9.5	51	75	7	374	31	13	24	30	1.94
26594725--26595111	102	3.8	102	91	2	575	30	14	25	30	1.94
26596069--26596125	15	3.8	15	88	0	78	42	0	31	26	1.56
26596073--26596125	5	10.6	5	79	0	52	41	0	32	26	1.56
26599640--26599711	25	2.9	25	76	0	81	25	20	27	26	1.99
26605526--26605592	34	2.0	34	82	5	82	29	22	26	20	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196