genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   

This is table  48  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13361913--13362231	97	3.3	94	83	7	338	28	19	31	20	1.97
13361909--13362242	147	2.3	147	89	2	510	27	20	31	20	1.97
13364792--13364845	25	2.2	25	86	6	74	12	11	9	66	1.44
13368135--13368182	20	2.3	21	80	16	55	52	6	0	41	1.27
13371298--13371368	29	2.4	29	86	11	83	50	1	30	16	1.54
13371306--13371381	29	2.6	29	82	15	95	55	1	28	14	1.48
13375609--13375634	12	2.2	12	100	0	52	46	0	7	46	1.31
13375703--13375757	22	2.3	25	84	12	71	41	7	0	50	1.30
13390053--13390299	50	4.8	50	82	4	246	27	21	27	22	1.99
13394785--13394822	20	2.0	20	89	5	60	44	7	15	31	1.75
13394785--13394830	18	2.5	19	83	13	60	45	6	17	30	1.73
13398649--13398785	65	2.1	65	100	0	274	27	26	8	37	1.86
13405049--13405085	15	2.3	17	86	9	51	37	0	10	51	1.37
13409492--13409529	16	2.4	16	83	12	51	28	13	7	50	1.69
13409495--13409532	17	2.3	17	90	4	60	28	15	5	50	1.66
13410988--13411035	20	2.5	20	83	6	64	54	2	0	43	1.12
13415018--13415130	43	2.6	43	92	1	190	24	15	25	34	1.94
13420446--13420543	48	2.0	48	94	0	169	33	13	30	22	1.92
13431973--13432075	27	3.8	27	87	2	127	20	19	34	25	1.96
13432137--13432183	18	2.5	20	79	10	62	63	2	34	0	1.06
13432134--13432186	22	2.3	23	84	12	74	66	1	32	0	1.03
13435504--13435553	6	8.3	6	84	0	64	0	32	38	30	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13437302--13437550	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
13437301--13437550	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
13437645--13437676	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
13437888--13437945	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
13439481--13439562	38	2.2	38	95	0	146	40	2	3	53	1.32
13439757--13440231	19	25.2	19	66	24	167	53	13	0	32	1.44
13439757--13440096	27	14.1	26	73	22	282	53	13	0	32	1.46
13439705--13439882	95	1.9	95	85	5	252	52	14	0	32	1.46
13439705--13440105	49	8.5	48	76	17	204	53	13	0	31	1.46
13439852--13440092	97	2.5	97	95	1	430	54	12	0	31	1.44
13440150--13440236	41	2.0	47	76	14	80	51	13	0	34	1.42
13440601--13440626	13	2.0	13	100	0	52	15	23	15	46	1.83
13448220--13448261	21	2.0	21	90	0	66	19	4	23	52	1.65
13448091--13448367	138	2.0	138	94	0	482	21	12	22	43	1.86
13448722--13448765	22	2.0	22	95	0	79	36	11	18	34	1.86
13454898--13454995	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
13454926--13455008	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
13454898--13455009	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
13462918--13463014	27	3.5	28	90	2	133	26	13	27	31	1.94
13462946--13463028	27	3.0	27	87	5	96	31	12	24	32	1.91
13462918--13463029	28	4.0	27	83	6	98	29	12	25	33	1.92
13470022--13470165	40	3.6	40	88	0	198	13	13	27	44	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13470024--13470184	80	2.0	80	84	4	209	14	14	26	44	1.84
13470024--13470184	40	4.0	40	86	3	189	14	14	26	44	1.84
13470091--13470198	40	2.7	39	81	7	128	12	12	26	47	1.78
13480335--13480386	27	1.9	27	88	7	79	34	23	25	17	1.96
13480335--13480394	27	2.2	27	85	5	77	38	20	23	18	1.93
13480554--13480696	27	5.3	27	88	3	207	25	15	17	41	1.89
13485645--13485691	20	2.3	21	85	7	62	70	4	10	14	1.31
13489138--13489268	24	5.4	24	76	8	122	16	25	9	48	1.77
13489136--13489268	48	2.8	48	90	3	196	17	24	9	48	1.77
13497859--13497896	19	2.0	20	85	15	53	47	15	0	36	1.46
13498988--13499041	16	3.4	16	86	0	81	38	1	31	27	1.67
13499275--13499327	18	3.0	17	91	5	79	56	1	1	39	1.21
13503802--13503834	7	4.9	7	96	3	59	45	27	0	27	1.54
13507704--13507731	7	4.0	7	100	0	56	42	28	0	28	1.56
13514299--13514526	126	1.8	126	95	0	411	28	17	22	31	1.97
13517540--13517581	18	2.4	17	84	7	57	45	2	7	45	1.44
13517557--13517797	116	2.1	116	95	2	439	43	9	8	38	1.67
13517801--13518322	23	21.5	23	69	21	193	28	0	27	44	1.58
13517822--13517879	22	2.7	23	86	10	86	25	0	32	41	1.56
13517822--13517883	21	3.0	21	90	4	90	27	0	30	41	1.56
13517864--13518302	29	15.4	29	72	16	296	27	0	27	44	1.58
13517994--13518049	21	2.6	22	94	5	105	25	0	26	48	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13517814--13518315	170	3.0	169	84	10	625	28	0	27	43	1.58
13517854--13518302	199	2.2	199	91	1	727	28	0	27	44	1.58
13518183--13518248	21	3.2	21	81	14	75	30	0	22	46	1.52
13518193--13518248	21	2.6	22	86	11	80	28	0	23	48	1.51
13518328--13518414	44	2.0	45	88	6	133	49	13	0	36	1.43
13518811--13518845	18	1.9	18	94	0	61	34	8	31	25	1.86
13519692--13519729	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
13520623--13520667	12	3.8	12	79	2	56	57	0	0	42	0.98
13520672--13520713	11	3.8	11	87	0	66	54	7	19	19	1.66
13526496--13526543	17	2.8	17	74	3	51	14	54	0	31	1.41
13526758--13526832	39	1.9	39	83	5	98	34	4	50	10	1.56
13527929--13527976	12	3.8	12	81	10	60	10	6	22	60	1.52
13527929--13527978	25	2.0	26	92	4	84	12	6	22	60	1.53
13543236--13543450	54	3.9	54	66	12	143	29	20	21	27	1.98
13543316--13543645	143	2.3	141	85	2	437	32	22	20	25	1.98
13543543--13543649	45	2.4	45	78	6	119	33	24	17	24	1.96
13545580--13545616	9	4.1	9	92	0	65	48	10	8	32	1.67
13548026--13548076	24	2.1	24	100	0	102	7	29	7	54	1.57
13566537--13566562	9	2.9	9	100	0	52	46	0	0	53	1.00
13568635--13568659	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
13570132--13570166	16	2.1	17	89	5	54	42	11	0	45	1.40
13574005--13574147	49	2.9	49	90	2	205	24	13	29	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13577478--13577605	57	2.2	57	83	11	159	32	19	25	22	1.97
13586994--13587178	51	3.7	50	81	6	221	29	26	17	25	1.98
13586992--13587176	101	1.8	101	90	3	300	30	25	17	25	1.98
13587345--13587401	30	1.9	30	96	0	105	33	24	5	36	1.78
13590938--13590989	19	2.5	20	75	15	52	42	5	3	48	1.45
13591477--13591514	18	2.1	18	85	9	51	47	10	2	39	1.52
13592725--13592775	23	2.3	22	83	10	59	56	0	0	43	0.99
13598395--13598448	27	2.0	27	100	0	108	18	37	11	33	1.86
13599516--13599630	57	2.0	56	89	1	176	40	8	11	39	1.72
13607918--13608073	57	2.7	57	86	2	206	40	11	11	36	1.78
13614075--13614132	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
13614344--13614375	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
13614470--13614655	50	3.7	50	87	2	266	26	24	30	18	1.98
13621130--13621187	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
13621398--13621429	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
13621524--13621765	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
13621524--13621773	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
13629433--13629523	33	2.8	32	78	11	94	27	23	15	34	1.94
13637620--13637648	9	3.2	9	100	0	58	31	10	0	58	1.31
13647956--13648143	94	2.0	94	98	0	367	29	10	27	32	1.90
13652481--13652557	26	3.0	26	84	5	104	33	15	9	41	1.79
13660802--13660887	43	2.0	43	100	0	172	46	4	25	23	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13661384--13661569	88	2.1	87	94	2	327	42	10	9	38	1.71
13665948--13666001	25	2.2	25	86	0	72	20	16	18	44	1.87
13666184--13666208	13	1.9	13	100	0	50	24	0	0	76	0.80
13676900--13677005	52	2.0	52	96	0	194	21	17	19	40	1.91
13676911--13676997	29	3.2	29	64	18	78	19	19	20	40	1.92
13685891--13685943	27	2.0	27	81	7	63	22	22	32	22	1.98
13689195--13689298	20	5.1	20	64	13	59	35	17	29	17	1.93
13689161--13689482	41	7.9	41	84	2	380	33	17	30	18	1.94
13689218--13689323	21	5.1	21	67	13	67	33	16	31	19	1.94
13689192--13689482	122	2.4	122	86	2	413	33	16	30	19	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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