genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   

This is table  53  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14856310--14856360	14	3.6	14	83	2	57	50	9	0	39	1.35
14868864--14868896	16	2.1	16	88	11	50	45	9	9	36	1.68
14873659--14873701	18	2.3	19	88	4	61	53	16	11	18	1.72
14873997--14874054	29	2.0	29	80	12	66	24	6	24	44	1.77
14874967--14875023	11	5.3	11	78	14	57	63	0	1	35	1.05
14876156--14876235	16	5.1	16	70	13	58	47	2	0	50	1.14
14876182--14876225	12	3.5	13	80	20	58	47	0	0	52	1.00
14876179--14876225	25	2.0	23	91	8	76	48	0	0	51	1.00
14877228--14877252	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
14878634--14878669	18	1.9	19	94	5	65	2	16	5	75	1.12
14878859--14878929	34	2.1	34	86	5	99	19	4	25	50	1.65
14879988--14880017	15	2.0	15	93	0	51	36	0	20	43	1.52
14888057--14888325	40	6.7	40	82	2	299	20	31	15	32	1.94
14890003--14890041	9	4.3	9	93	0	69	35	10	12	41	1.77
14898353--14898398	20	2.3	20	84	0	65	26	4	21	47	1.69
14898353--14898431	25	3.2	25	80	3	79	29	7	20	43	1.79
14898390--14898444	25	2.2	25	77	6	58	34	7	20	38	1.80
14907024--14907048	12	2.1	12	100	0	50	0	48	0	52	1.00
14907226--14907761	266	2.0	265	93	1	905	27	18	15	38	1.91
14914658--14914702	23	1.9	23	86	4	63	46	6	31	15	1.72
14916254--14916365	54	2.1	54	82	0	134	28	27	26	16	1.97
14921113--14921173	23	2.7	23	74	5	61	45	3	0	50	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14921182--14921237	25	2.3	25	90	6	89	53	7	0	39	1.28
14921246--14921280	18	2.0	18	88	5	54	48	5	0	45	1.26
14921439--14921476	19	2.0	20	89	5	60	34	7	0	57	1.28
14924024--14924056	17	1.9	17	88	11	50	45	9	0	45	1.35
14928671--14928725	27	2.0	27	86	6	76	63	0	7	29	1.21
14928964--14929057	29	3.3	27	71	14	73	32	5	2	59	1.32
14928980--14929062	19	4.4	19	70	11	53	33	3	2	60	1.27
14929074--14929182	25	4.0	27	71	15	98	32	1	3	62	1.23
14929190--14929363	88	2.0	90	87	4	255	36	9	20	33	1.86
14930855--14930891	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
14931608--14931676	36	1.9	36	85	5	95	60	4	24	10	1.47
14931773--14931814	21	1.9	21	85	9	57	19	14	2	64	1.39
14939550--14939680	27	4.9	27	79	3	140	25	22	10	41	1.86
14939557--14939672	52	2.2	52	79	3	124	26	24	12	37	1.90
14941818--14941866	25	1.9	26	87	4	73	24	20	14	40	1.89
14946446--14946491	13	3.8	13	78	18	55	19	0	4	76	0.96
14954053--14954106	20	2.7	20	88	0	72	22	31	0	46	1.52
14957165--14957210	19	2.4	19	92	0	74	56	10	0	32	1.34
14957280--14957312	16	2.1	16	94	0	57	54	3	6	36	1.41
14957821--14957899	27	2.9	27	78	0	86	24	22	17	35	1.95
14959605--14959683	26	2.9	27	78	17	92	31	27	10	30	1.90
14959605--14959732	53	2.4	52	80	6	123	27	27	11	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14959587--14959732	27	5.4	27	77	4	127	26	27	12	33	1.92
14961064--14961211	57	2.6	58	80	4	160	35	19	15	29	1.93
14961063--14961271	84	2.5	85	80	7	239	35	19	15	29	1.93
14961063--14961271	28	7.4	29	74	8	173	35	19	15	29	1.93
14961175--14961284	56	2.0	56	83	3	141	34	20	14	30	1.92
14969943--14970142	51	3.9	51	76	7	210	26	17	27	29	1.97
14969948--14970143	101	1.9	101	87	5	288	25	17	27	29	1.97
14970338--14970410	37	1.9	38	86	2	103	42	2	23	31	1.68
14975414--14975534	50	2.4	50	80	1	134	23	19	26	30	1.98
14975414--14975606	101	1.9	101	84	5	255	25	18	27	29	1.98
14975800--14975872	37	1.9	38	86	8	105	41	4	23	31	1.73
14981485--14981542	26	2.2	26	96	0	107	32	5	12	50	1.62
14982490--14982524	10	3.6	10	92	3	54	31	0	5	62	1.18
14982643--14982687	22	2.0	22	83	8	56	42	6	0	51	1.28
14988823--14989276	228	2.0	229	93	0	775	31	22	12	33	1.91
14995672--14995703	15	2.3	15	89	10	50	18	28	28	25	1.98
14998948--14999003	25	2.2	25	87	0	76	42	16	21	19	1.89
14998960--14999007	25	1.9	25	100	0	96	37	18	22	20	1.94
14999913--15000245	50	6.6	50	79	5	269	24	27	19	28	1.98
15000173--15000310	42	3.0	49	75	16	139	28	26	18	27	1.98
15006038--15006075	13	2.8	14	84	4	51	21	2	26	50	1.62
15006251--15006318	28	2.4	28	87	0	100	19	0	30	50	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15006447--15006476	15	2.0	15	93	0	51	63	0	3	33	1.11
15006683--15006720	20	1.9	20	94	0	67	34	0	7	57	1.28
15007236--15007279	19	2.2	20	88	4	63	27	43	2	27	1.67
15007635--15007751	6	19.5	6	100	0	234	33	0	16	50	1.45
15009611--15009674	27	2.4	27	97	0	119	40	10	0	48	1.38
15010001--15010030	15	2.0	15	100	0	60	46	13	0	40	1.43
15010038--15010109	23	3.2	23	65	31	64	43	0	15	41	1.46
15010036--15010124	45	2.0	45	97	0	169	43	0	14	41	1.45
15010762--15010801	19	2.2	18	86	4	53	7	0	12	80	0.91
15010795--15010859	29	2.4	28	87	7	98	49	0	9	41	1.35
15010795--15010857	26	2.3	26	89	8	90	50	0	7	41	1.31
15011200--15011328	20	6.8	20	72	16	121	50	6	3	38	1.48
15011200--15011328	57	2.3	57	97	0	240	50	6	3	38	1.48
15011268--15011379	37	3.0	37	90	0	170	45	9	3	41	1.54
15011329--15011608	30	9.1	30	70	16	162	43	11	2	42	1.55
15011211--15011631	94	4.4	94	87	6	509	45	10	3	41	1.55
15011493--15011649	30	4.7	33	73	21	116	47	10	2	39	1.51
15011624--15012071	9	53.3	9	64	23	158	46	18	3	32	1.65
15011624--15011695	37	1.9	37	94	0	126	50	16	0	33	1.46
15011661--15011708	25	1.9	25	91	0	78	45	18	0	35	1.50
15011673--15011720	25	1.9	25	86	0	69	41	20	0	37	1.53
15011743--15011767	13	1.9	13	100	0	50	48	16	0	36	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15011762--15012066	25	11.6	25	71	14	143	47	18	3	30	1.67
15011739--15012079	16	21.3	16	66	20	110	46	18	3	31	1.66
15011756--15011949	34	5.9	33	68	20	113	47	19	3	30	1.64
15011790--15012031	83	3.0	82	86	4	312	49	17	3	28	1.64
15011968--15012079	25	4.5	24	71	16	77	46	17	2	33	1.63
15015698--15015901	86	2.4	86	81	6	234	27	20	29	22	1.98
15015698--15015903	43	4.8	43	79	5	211	27	20	29	22	1.98
15017844--15018077	32	7.3	32	75	1	175	36	20	20	22	1.95
15017863--15018080	64	3.4	64	77	3	233	36	21	21	21	1.96
15017863--15018077	96	2.2	96	80	1	243	36	20	20	21	1.95
15018352--15018874	27	19.5	27	79	3	339	24	21	17	36	1.94
15018371--15018819	54	8.3	54	80	5	392	24	20	17	36	1.94
15018378--15018683	163	1.9	163	86	2	445	27	21	15	35	1.94
15018641--15018819	53	3.4	53	77	6	130	22	18	18	40	1.92
15027702--15027747	19	2.6	17	78	15	58	47	0	0	52	1.00
15029140--15029169	7	4.4	7	95	4	53	76	0	0	23	0.78
15047959--15047992	14	2.4	14	100	0	68	29	0	5	64	1.17
15056770--15056809	20	2.0	20	100	0	80	20	20	10	50	1.76
15070636--15070750	43	2.7	43	76	16	130	26	19	25	29	1.98
15077844--15077918	18	3.9	20	75	17	79	78	0	20	1	0.82
15077845--15077918	28	2.6	29	79	12	98	78	0	20	1	0.83
15082162--15082203	22	1.9	22	90	0	66	9	19	28	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15082302--15082632	43	7.8	43	86	4	456	25	31	18	24	1.98
15082825--15082862	19	2.0	19	94	0	67	63	2	10	23	1.39
15088589--15088710	34	3.6	34	80	6	140	29	3	22	45	1.68
15088556--15088728	68	2.5	68	77	10	199	31	2	19	46	1.64
15088695--15089046	34	10.3	35	70	18	163	32	1	19	46	1.61
15088802--15088889	41	2.1	41	81	4	97	28	2	23	45	1.65
15088695--15088958	25	10.6	25	70	13	111	31	1	21	45	1.62
15088933--15089061	12	12.1	12	69	24	60	34	1	14	49	1.53
15088975--15089020	7	6.6	7	78	16	51	28	0	10	60	1.30
15088975--15089020	15	3.3	15	79	17	62	28	0	10	60	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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