genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   

This is table  63  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17969628--17969674	24	2.0	24	91	0	76	31	8	4	55	1.49
17978693--17978731	20	2.0	20	85	10	53	33	5	0	61	1.18
17989266--17989531	142	1.9	143	87	3	392	28	22	21	27	1.99
17994292--17994580	141	2.0	141	82	5	352	29	21	20	29	1.98
18001333--18001364	14	2.1	16	88	11	50	68	6	0	25	1.12
18001888--18001931	22	2.0	22	100	0	88	50	18	13	18	1.79
18007347--18007439	46	2.0	46	100	0	186	30	12	17	39	1.87
18017676--18017702	13	2.1	13	100	0	54	22	37	33	7	1.82
18026359--18026388	14	2.1	15	93	6	53	26	3	0	70	1.03
18026304--18026438	9	14.9	9	67	14	55	28	3	3	63	1.28
18026388--18026424	19	1.9	19	94	0	65	21	5	5	67	1.31
18030842--18031088	101	2.5	100	82	5	293	26	16	25	31	1.96
18030846--18031080	51	4.7	50	79	8	219	25	15	25	32	1.96
18030842--18031117	101	2.7	101	79	7	283	27	14	25	32	1.95
18039654--18039695	13	3.2	13	78	15	50	42	21	2	33	1.66
18049398--18049460	31	2.0	31	90	6	101	39	15	25	19	1.91
18052127--18052159	17	1.9	17	93	0	57	21	12	9	57	1.62
18054919--18055033	61	1.9	61	85	0	158	48	6	4	40	1.48
18054978--18055071	37	2.5	37	80	10	102	51	3	5	40	1.41
18074074--18074134	30	2.0	30	96	0	113	49	16	11	22	1.78
18081931--18082012	40	2.0	40	100	0	164	31	2	19	46	1.63
18085158--18085251	45	2.1	45	91	0	152	31	24	18	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18085257--18085443	51	3.7	50	79	5	207	31	27	16	25	1.96
18085255--18085439	101	1.8	101	88	3	282	31	27	16	24	1.96
18101766--18101969	27	7.6	27	86	3	277	33	17	13	35	1.89
18103370--18103400	13	2.4	13	100	0	62	64	16	12	6	1.47
18105291--18105331	21	2.0	21	85	0	55	68	2	9	19	1.29
18106895--18107028	61	2.2	62	86	6	186	37	4	15	42	1.67
18113007--18113112	27	3.9	27	93	0	167	43	21	16	18	1.88
18121803--18121866	26	2.5	26	84	0	83	32	14	12	40	1.83
18122012--18122041	12	2.5	12	94	0	51	16	26	0	56	1.40
18124094--18124146	26	2.2	25	90	10	83	33	7	5	52	1.53
18124101--18124150	26	2.0	25	96	4	91	40	8	6	46	1.58
18124103--18124156	26	2.2	26	86	6	76	44	9	5	40	1.60
18135993--18136184	25	7.9	25	71	10	114	33	21	26	18	1.96
18138524--18138612	43	2.1	43	87	4	126	25	12	22	39	1.89
18138908--18139035	66	1.9	66	87	3	186	12	25	17	43	1.85
18159924--18159998	30	2.5	30	88	0	114	21	34	22	21	1.97
18161110--18161213	25	4.2	25	77	9	95	30	24	22	23	1.99
18161110--18161217	50	2.2	50	87	0	153	31	24	21	23	1.98
18161361--18161473	25	4.5	25	73	12	106	31	22	22	23	1.98
18161373--18161470	50	2.0	50	89	0	151	30	22	23	23	1.99
18161116--18161599	248	2.0	248	90	2	767	31	22	19	26	1.98
18174828--18175069	50	4.7	50	81	4	245	23	28	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18177526--18177573	10	4.6	10	82	10	51	37	0	4	58	1.18
18191388--18191475	36	2.6	34	87	7	124	36	38	11	13	1.81
18193604--18193644	22	1.9	21	85	5	55	53	2	14	29	1.54
18194470--18194953	41	11.9	41	80	3	458	21	18	23	37	1.94
18194474--18194944	203	2.3	203	82	5	504	21	18	22	37	1.94
18199191--18199279	41	2.2	41	95	2	162	50	6	22	20	1.71
18207317--18207372	16	3.5	15	77	15	58	64	1	1	32	1.14
18210478--18210521	17	2.5	17	82	10	54	50	2	15	31	1.57
18215943--18215998	26	2.4	22	76	23	69	66	8	3	21	1.35
18215953--18216016	26	2.5	26	92	5	103	67	7	3	21	1.31
18216085--18216114	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
18218716--18218777	29	2.1	29	100	0	124	19	3	20	56	1.56
18221814--18221871	23	2.5	23	94	0	98	27	10	25	36	1.89
18230723--18231023	23	12.9	23	73	9	162	42	18	12	25	1.86
18230689--18231023	93	3.6	93	92	0	562	41	18	13	26	1.87
18230689--18231025	187	1.8	186	93	0	584	41	18	13	26	1.87
18231762--18231888	28	4.5	28	85	0	164	30	27	12	29	1.93
18238089--18238615	23	22.7	23	70	15	243	42	18	13	25	1.87
18238081--18238646	46	12.2	46	75	10	467	41	18	13	26	1.87
18238081--18238646	93	6.1	93	93	1	938	41	18	13	26	1.87
18239385--18239511	28	4.5	28	88	0	173	30	25	11	31	1.92
18239385--18239511	56	2.3	56	90	0	191	30	25	11	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18256988--18257033	16	2.9	16	93	0	74	28	28	2	41	1.68
18257366--18257408	22	2.0	21	86	4	59	60	9	4	25	1.47
18260501--18260616	44	2.6	44	74	12	103	28	25	17	29	1.97
18261207--18261449	44	5.5	44	88	0	315	30	21	18	30	1.97
18261464--18261678	88	2.4	88	83	3	263	20	23	27	27	1.99
18267416--18267446	11	2.9	11	95	4	55	74	0	0	25	0.82
18267843--18267936	49	1.9	51	87	8	142	60	1	7	30	1.31
18267897--18267947	25	2.0	25	84	0	66	62	3	3	29	1.31
18273218--18273329	25	4.5	25	77	0	107	35	18	23	22	1.96
18273218--18273329	50	2.2	50	82	0	125	35	18	23	22	1.96
18276545--18276580	7	5.1	7	96	0	54	0	50	0	50	1.00
18277329--18277485	27	5.8	27	86	4	183	42	21	17	17	1.89
18277328--18277499	81	2.1	81	87	0	245	42	22	16	18	1.89
18277663--18277714	26	2.0	26	85	7	70	19	26	19	34	1.95
18278718--18278753	18	2.1	18	89	5	56	44	11	27	16	1.82
18284939--18285244	27	11.3	27	83	2	328	44	20	17	17	1.87
18285419--18285486	26	2.6	26	95	0	118	17	23	22	36	1.94
18288340--18288387	25	1.9	25	91	8	80	29	20	20	29	1.98
18288344--18288404	25	2.4	25	78	10	70	29	21	24	24	1.99
18306237--18306301	27	2.4	27	92	0	103	41	9	12	36	1.75
18310304--18310362	27	2.2	27	93	0	100	30	18	20	30	1.96
18310315--18310392	27	2.9	27	86	3	95	32	14	24	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18314760--18314823	13	4.9	13	84	0	74	31	7	25	35	1.84
18315048--18315108	19	3.1	19	81	9	70	50	0	1	47	1.10
18316874--18317048	72	2.4	73	79	10	198	54	12	8	25	1.64
18317456--18317503	18	2.7	18	96	0	87	39	12	12	35	1.81
18318387--18318778	117	3.3	117	78	14	474	36	8	6	48	1.59
18318514--18318550	15	2.5	15	100	0	74	43	0	5	51	1.24
18318397--18318801	132	3.2	126	83	14	552	37	8	6	48	1.59
18318629--18318662	15	2.4	14	90	9	59	44	0	5	50	1.26
18318757--18318793	15	2.5	15	100	0	74	43	0	5	51	1.24
18320752--18320807	19	2.9	19	83	0	76	50	21	26	1	1.59
18320761--18320845	44	1.9	44	88	4	127	48	20	27	4	1.69
18320765--18320848	19	4.1	19	70	16	60	48	19	27	4	1.68
18322144--18322299	54	2.9	55	81	9	160	35	10	25	27	1.89
18322146--18322299	27	5.7	27	75	5	125	35	11	25	27	1.90
18325158--18325182	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
18326918--18326972	15	3.5	15	75	7	56	20	1	1	76	0.97
18326896--18326972	32	2.4	31	82	8	84	18	2	3	75	1.07
18327029--18327075	18	2.6	17	83	12	58	29	0	4	65	1.11
18327028--18327075	19	2.6	18	81	15	53	29	0	4	66	1.10
18327029--18327070	18	2.3	19	88	8	61	26	0	4	69	1.08
18327464--18327494	4	7.5	4	92	7	53	25	0	0	74	0.82
18327435--18327494	9	6.8	9	77	7	52	26	3	3	66	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18331557--18331663	51	2.1	53	84	7	139	28	25	0	46	1.53
18331563--18331670	54	2.1	51	82	8	128	28	25	0	45	1.60
18334597--18334699	50	2.0	52	88	7	158	42	1	6	48	1.40
18336312--18336670	63	5.7	63	87	1	389	34	30	6	28	1.82
18336278--18336670	189	2.1	188	80	8	431	34	31	5	28	1.81
18337914--18337966	24	2.2	24	82	0	61	22	11	13	52	1.71
18339478--18339518	14	2.7	15	88	11	57	51	4	2	41	1.36
18339573--18339626	20	2.9	19	75	20	60	55	1	1	40	1.21
18339573--18339674	37	2.7	38	77	16	108	52	2	2	41	1.31
18341257--18341287	16	1.9	16	93	0	53	70	6	12	9	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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