genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   

This is table  47  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12936310--12936427	22	5.4	22	71	8	71	28	16	24	30	1.96
12936783--12936881	48	2.1	48	94	0	171	29	17	22	31	1.96
12941316--12941383	35	2.0	36	82	8	88	25	10	13	51	1.72
12941381--12941514	50	2.7	50	77	10	130	35	12	11	40	1.80
12947906--12947969	33	2.0	30	82	14	76	65	1	20	12	1.33
12947906--12947978	31	2.4	29	73	18	69	65	1	21	10	1.31
12948020--12948063	21	2.0	21	86	4	61	68	0	25	6	1.14
12956632--12956805	88	2.0	88	100	0	348	41	17	5	35	1.73
12969714--12969775	29	2.1	31	87	6	92	17	46	1	33	1.58
12971550--12971603	24	2.2	26	83	12	69	66	11	9	12	1.44
12975973--12976027	27	2.0	27	86	6	76	9	16	14	60	1.59
13002689--13002736	5	9.6	5	86	8	71	18	0	2	79	0.84
13010913--13010954	20	2.1	20	91	8	68	38	9	0	52	1.34
13019360--13019526	11	15.2	11	66	24	52	37	2	0	59	1.13
13019440--13019498	28	2.1	28	87	6	84	38	1	0	59	1.08
13019382--13019531	9	15.1	9	73	17	61	38	2	0	59	1.09
13019360--13019532	41	4.2	40	77	16	185	38	2	0	58	1.13
13020668--13020802	58	2.3	57	84	2	171	42	0	3	52	1.24
13023458--13023499	19	2.2	19	83	8	50	50	2	4	42	1.36
13024748--13024808	22	2.8	23	80	9	74	54	1	1	42	1.20
13031255--13031373	40	2.9	41	81	2	132	33	21	15	29	1.94
13031314--13031401	41	2.1	41	82	0	104	38	21	15	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13032673--13032705	17	1.9	17	93	0	57	84	0	15	0	0.61
13035778--13035877	49	2.0	49	100	0	200	44	0	6	50	1.26
13037133--13037169	19	2.0	19	89	5	58	43	5	21	29	1.75
13038018--13038170	37	4.1	37	95	0	279	30	11	22	35	1.90
13042467--13042511	20	2.4	19	82	13	58	66	6	8	17	1.40
13045633--13045874	50	4.7	50	81	4	236	28	20	26	23	1.99
13047797--13047829	17	1.9	17	88	11	50	69	12	18	0	1.18
13053173--13053409	75	3.2	75	74	7	252	32	22	21	22	1.98
13063842--13064105	97	2.7	97	95	1	483	42	15	10	31	1.82
13064567--13064670	41	2.5	41	92	0	172	32	24	20	23	1.98
13067502--13067565	22	2.6	22	72	23	65	54	9	3	32	1.48
13067512--13067582	28	2.6	28	82	14	94	53	8	4	33	1.51
13086180--13086313	54	2.5	54	88	2	198	16	23	31	28	1.96
13086895--13086988	48	2.0	48	91	0	152	31	24	8	35	1.86
13088987--13089033	15	3.1	15	100	0	94	59	0	0	40	0.97
13091258--13091397	42	3.3	42	80	7	131	25	17	27	30	1.97
13091258--13091415	43	3.7	42	76	10	151	24	17	27	31	1.97
13094337--13094373	9	4.1	9	89	0	56	48	13	8	29	1.71
13094872--13094916	17	2.7	16	78	21	56	35	2	6	55	1.38
13095261--13095291	5	6.2	5	92	0	53	22	19	16	41	1.89
13106541--13106573	14	2.4	14	94	0	57	15	3	57	24	1.52
13108434--13108459	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13113273--13113321	24	2.0	24	100	0	98	26	32	8	32	1.86
13132621--13132684	19	3.3	19	87	8	92	37	9	15	37	1.80
13132622--13132697	21	3.7	21	89	3	111	39	10	13	36	1.79
13132689--13132733	21	2.0	23	83	8	58	37	4	13	44	1.64
13142497--13142567	21	3.5	21	75	16	87	50	18	9	21	1.75
13142497--13142577	38	2.1	38	95	0	144	50	16	11	22	1.76
13153531--13153628	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
13160091--13160137	18	2.6	18	96	0	85	38	0	4	57	1.18
13163108--13163142	18	1.9	18	94	0	61	37	28	8	25	1.85
13166116--13166732	317	1.9	317	97	0	1171	39	7	17	36	1.77
13167465--13167555	45	2.0	45	91	0	146	31	19	23	25	1.98
13167615--13167721	25	4.3	25	84	2	108	23	21	19	35	1.96
13167652--13167738	25	3.5	25	84	3	104	21	17	24	36	1.94
13195415--13195457	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
13197944--13197970	3	9.0	3	100	0	54	33	0	33	33	1.58
13201447--13201770	162	2.0	160	83	4	411	33	11	16	37	1.85
13206365--13206494	27	4.8	27	84	7	138	30	10	29	30	1.90
13209966--13210006	20	2.0	20	100	0	82	39	4	24	31	1.76
13210391--13210482	44	2.1	44	97	0	175	54	10	5	29	1.57
13222952--13223016	26	2.5	26	87	2	87	36	20	20	23	1.95
13239309--13239364	13	4.4	12	82	10	58	16	19	0	64	1.29
13240569--13240608	20	2.0	21	85	5	55	27	2	2	67	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13243665--13243765	48	2.1	48	90	0	157	20	19	16	42	1.89
13250358--13250430	23	3.0	23	79	18	85	52	2	2	42	1.30
13250362--13250439	27	3.0	27	71	14	67	47	2	2	47	1.29
13251931--13251963	15	2.3	15	94	5	59	36	0	0	63	0.95
13252057--13252144	38	2.4	37	83	14	103	29	5	4	60	1.40
13252059--13252139	18	4.4	18	71	17	60	29	4	3	61	1.34
13255952--13256017	34	1.9	34	87	6	98	45	15	7	31	1.74
13258568--13258757	92	2.1	92	85	2	256	38	14	15	31	1.87
13258699--13258759	31	2.0	31	81	6	72	39	13	11	36	1.80
13260631--13260660	13	2.3	13	94	0	51	30	10	6	53	1.60
13263067--13263134	30	2.3	30	89	0	100	17	25	14	42	1.87
13264457--13264629	51	3.4	51	86	4	224	25	26	13	35	1.93
13264439--13264629	102	1.9	102	85	2	267	26	25	13	35	1.93
13273829--13273897	19	3.8	19	83	7	83	40	8	14	36	1.77
13273871--13274325	229	2.0	229	99	0	901	27	14	17	40	1.88
13274576--13274614	3	12.7	3	89	5	60	30	0	0	69	0.89
13274577--13274614	16	2.4	16	95	4	69	28	0	0	71	0.87
13274644--13274703	23	2.6	22	79	7	66	33	5	6	55	1.48
13276121--13276150	15	2.0	15	100	0	60	20	6	6	66	1.38
13277802--13277841	19	2.1	19	100	0	80	32	5	0	62	1.17
13277807--13277842	11	3.5	11	78	21	51	36	5	0	58	1.22
13278284--13278314	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13278368--13278404	9	4.1	9	89	0	56	48	13	8	29	1.71
13278616--13278675	30	2.0	31	86	3	86	20	36	0	43	1.52
13279320--13279350	5	6.2	5	100	0	62	22	19	19	38	1.93
13279440--13279465	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
13280175--13280210	5	7.2	5	87	0	54	2	22	0	75	0.94
13280175--13280215	20	2.0	20	90	0	64	7	19	0	73	1.07
13282179--13282227	26	1.9	26	83	4	64	59	6	12	22	1.55
13283013--13283524	284	1.8	282	80	7	617	49	8	11	30	1.69
13284154--13284184	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
13285369--13285493	62	2.0	62	90	0	196	46	13	6	33	1.69
13285981--13286039	29	2.2	26	75	18	66	38	5	13	42	1.66
13289760--13289794	15	2.3	15	95	0	61	62	14	0	22	1.31
13290172--13290238	29	2.3	29	82	12	84	65	2	2	28	1.22
13291879--13292421	267	2.0	267	88	0	816	25	25	21	27	2.00
13307990--13308134	58	2.5	58	93	0	236	37	11	28	22	1.88
13311850--13312317	229	2.0	229	97	0	891	36	12	27	23	1.91
13331043--13331090	23	2.1	22	85	11	62	33	0	6	60	1.22
13335723--13335778	29	1.9	29	85	0	76	76	8	8	5	1.14
13336675--13336705	13	2.4	13	88	0	53	77	0	9	12	0.99
13337963--13338581	128	4.8	128	92	1	945	32	18	23	25	1.97
13338824--13338937	44	2.6	44	73	5	115	27	22	25	24	2.00
13338567--13339023	217	2.1	216	85	3	607	27	19	24	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13340070--13340101	17	1.9	16	93	6	55	18	0	0	81	0.70
13340533--13340571	14	2.8	14	92	0	60	33	2	0	64	1.08
13340550--13341402	277	3.1	280	95	3	1560	34	7	5	52	1.53
13340561--13341397	275	3.0	277	96	3	1540	34	8	5	52	1.54
13346710--13346738	14	2.1	14	93	6	51	17	13	0	68	1.20
13353675--13353887	106	2.0	106	100	0	426	36	10	15	37	1.82
13355966--13356194	50	4.7	49	79	5	216	27	21	29	20	1.98
13355971--13356152	97	1.8	99	85	3	260	28	20	31	19	1.97
13357528--13357783	141	1.8	141	97	0	485	30	14	21	32	1.93
13361914--13362242	50	6.7	50	78	9	329	28	19	31	20	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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