genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   

This is table  94  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27234213--27234351	44	3.1	44	82	3	163	37	22	16	23	1.94
27234281--27234367	44	2.0	44	84	4	113	39	21	16	22	1.92
27234509--27234629	43	2.8	44	80	7	140	29	21	23	24	1.99
27234509--27234668	44	3.7	44	79	5	137	30	19	22	27	1.98
27236461--27236502	4	10.5	4	94	0	75	50	26	0	23	1.50
27248505--27248707	72	2.7	73	87	4	291	31	20	15	32	1.94
27248466--27248684	111	2.0	112	93	0	377	32	20	16	31	1.94
27248467--27248700	39	6.1	39	85	6	318	32	20	15	32	1.94
27252306--27252353	24	2.0	24	88	4	71	29	22	18	29	1.98
27257803--27257885	42	2.0	42	100	0	166	32	19	9	38	1.84
27265777--27265844	34	2.0	34	97	0	127	33	5	25	35	1.80
27266501--27266546	18	2.8	18	81	15	55	0	28	41	30	1.56
27278932--27279342	124	3.3	124	93	0	696	31	18	20	29	1.96
27282540--27282807	49	5.5	49	97	0	473	45	8	2	43	1.49
27282932--27282986	21	2.6	22	86	11	71	9	14	43	32	1.77
27288762--27288815	25	2.2	25	83	3	65	33	3	9	53	1.50
27311786--27311829	21	2.1	21	86	0	61	34	36	9	20	1.84
27332576--27332614	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
27332955--27333012	30	1.9	30	82	6	73	29	24	10	36	1.88
27336116--27336156	18	2.3	18	95	0	73	60	17	9	12	1.57
27336268--27336300	8	4.1	8	92	0	57	48	0	3	48	1.17
27336336--27336392	30	1.9	30	82	13	73	47	3	1	47	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27344227--27344265	5	7.8	5	97	0	69	35	0	2	61	1.10
27344555--27344597	16	2.6	17	85	7	54	34	0	2	62	1.08
27345777--27345845	23	3.0	23	91	0	102	18	20	23	37	1.94
27345790--27345927	21	6.5	21	80	7	109	18	25	23	32	1.97
27345815--27345927	41	2.7	42	79	9	124	17	27	23	30	1.97
27346284--27346309	12	2.2	12	100	0	52	42	0	26	30	1.56
27349564--27349636	29	2.5	29	79	0	83	26	13	17	42	1.87
27360097--27360176	41	2.0	41	100	0	160	31	10	20	38	1.85
27360991--27361017	7	3.9	7	100	0	54	74	0	11	14	1.08
27368997--27369079	42	2.0	42	92	0	139	19	24	33	22	1.97
27372450--27372680	116	2.0	117	89	4	358	27	11	30	30	1.92
27380997--27381063	29	2.2	30	89	5	100	26	7	14	50	1.70
27395174--27395213	17	2.2	19	83	16	50	40	25	5	30	1.77
27403515--27403573	12	4.9	12	76	0	64	16	30	13	38	1.88
27403514--27403573	24	2.5	24	97	0	111	16	30	15	38	1.89
27410712--27410788	40	1.9	40	84	10	104	27	28	19	24	1.99
27412508--27412646	42	3.3	42	71	11	106	18	23	14	43	1.86
27418780--27418842	29	2.2	29	97	2	119	42	22	12	22	1.87
27423124--27423195	17	4.4	17	67	22	55	40	2	2	54	1.29
27423568--27423685	45	2.6	46	94	2	213	35	4	16	44	1.67
27428222--27428416	48	4.1	48	81	0	210	23	28	20	27	1.99
27428224--27428397	96	1.8	96	84	0	240	21	29	20	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27430364--27430393	14	2.1	14	100	0	60	30	6	20	43	1.77
27432323--27432462	25	5.7	25	72	9	94	34	16	27	22	1.95
27433405--27433439	17	2.0	18	88	5	54	65	11	2	20	1.37
27451030--27451069	20	2.0	21	90	5	64	42	0	2	55	1.13
27452017--27452080	28	2.3	28	97	0	119	35	0	7	56	1.28
27455041--27455093	21	2.6	20	80	11	54	1	28	3	66	1.20
27455165--27455260	27	3.5	27	81	4	113	32	30	16	20	1.95
27458287--27458335	2	24.5	2	100	0	98	51	0	48	0	1.00
27458696--27458744	24	2.0	25	84	4	64	51	10	0	38	1.36
27462436--27462474	14	2.8	14	92	0	69	35	7	0	56	1.28
27466132--27466440	43	7.2	43	87	1	388	28	32	17	21	1.96
27466126--27466438	171	1.8	171	85	2	441	28	32	17	21	1.96
27466136--27466453	128	2.5	126	81	5	368	29	32	16	22	1.96
27466364--27466590	115	2.0	116	89	2	350	37	24	10	27	1.87
27471666--27471728	10	6.1	10	75	12	56	44	4	0	50	1.23
27471667--27471724	29	1.9	30	89	10	91	48	5	0	46	1.24
27471660--27471731	30	2.4	29	80	11	83	48	4	1	45	1.30
27471660--27471733	29	2.5	28	77	16	78	47	5	1	45	1.34
27473240--27473423	41	4.5	41	87	3	264	29	27	22	20	1.98
27473591--27473616	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
27474129--27474181	19	2.8	19	80	5	63	33	11	1	52	1.48
27492117--27492156	21	1.9	21	85	10	55	30	7	10	52	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27499303--27499540	71	3.4	71	93	0	413	31	21	12	33	1.91
27500682--27500716	16	2.1	17	89	5	54	42	8	0	48	1.33
27511285--27511344	18	3.3	18	72	6	59	31	3	21	43	1.69
27530378--27530412	7	5.0	7	100	0	70	42	42	0	14	1.45
27532665--27532796	50	2.6	50	83	4	167	28	22	28	20	1.99
27533203--27533240	16	2.6	14	84	15	58	5	21	0	73	1.02
27533207--27533244	16	2.4	16	100	0	76	7	15	0	76	1.01
27540407--27540512	50	2.1	50	82	0	131	23	24	33	17	1.96
27540803--27540851	20	2.5	20	78	15	57	55	6	26	12	1.60
27545979--27546086	43	2.5	43	76	10	112	37	17	20	25	1.94
27549046--27549425	44	8.6	43	87	4	465	28	23	18	29	1.98
27549075--27549420	177	2.0	176	89	4	527	28	23	17	30	1.97
27550449--27550521	22	3.2	22	64	17	58	34	6	28	30	1.83
27550433--27550525	47	2.0	47	97	0	177	34	7	29	29	1.85
27562086--27562163	39	2.0	38	85	2	102	48	21	3	25	1.67
27568302--27568426	23	5.3	23	67	17	76	40	16	16	26	1.90
27568297--27568426	48	2.7	48	86	0	197	42	16	16	25	1.88
27570266--27570378	56	2.0	56	100	0	226	23	23	15	37	1.93
27573870--27573908	20	2.0	20	100	0	78	20	30	17	30	1.96
27576160--27576265	23	4.5	23	75	13	99	38	18	15	27	1.91
27576841--27576919	42	1.9	41	86	2	113	32	25	16	25	1.96
27578395--27578425	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27578393--27578435	18	2.3	18	92	4	68	32	13	18	34	1.90
27578476--27578512	9	4.1	9	89	0	56	48	13	8	29	1.71
27579426--27579451	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
27584430--27584607	89	2.0	89	95	0	320	32	15	19	32	1.93
27592941--27592981	20	2.0	20	86	9	57	36	0	2	60	1.10
27599050--27599094	20	2.1	22	84	8	58	73	0	6	20	1.05
27611754--27611830	18	4.3	18	72	9	59	18	35	3	42	1.68
27611754--27611830	36	2.1	36	83	4	93	18	35	3	42	1.68
27618189--27618229	20	2.0	20	100	0	82	41	24	14	19	1.89
27625520--27625581	32	1.9	32	96	0	115	17	17	25	38	1.92
27631740--27631776	17	2.2	17	95	0	65	81	0	10	8	0.89
27638351--27639071	359	2.0	359	97	0	1361	25	24	16	33	1.95
27640878--27640938	24	2.6	24	74	5	63	73	4	11	9	1.23
27643470--27643549	25	3.2	25	75	7	72	32	20	23	23	1.98
27647608--27647700	31	3.0	31	90	0	150	22	16	15	46	1.84
27654696--27654764	31	2.2	31	94	0	120	36	15	10	37	1.82
27656687--27656717	11	2.8	11	95	0	53	22	0	6	70	1.09
27659922--27659969	16	2.8	17	84	9	62	25	2	2	70	1.09
27664459--27664507	25	2.0	25	95	0	89	26	38	10	24	1.87
27670206--27670293	37	2.4	37	88	1	133	44	34	7	13	1.73
27679235--27679263	12	2.3	13	94	5	51	34	24	0	41	1.55
27681380--27681566	64	2.9	64	82	3	232	40	20	18	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27681381--27681566	32	5.8	32	82	5	205	39	20	18	20	1.92
27681687--27681772	24	3.6	24	79	0	82	43	19	10	26	1.84
27681819--27681992	27	6.5	26	75	11	129	22	18	17	41	1.90
27681834--27681988	81	1.9	81	81	7	190	22	17	18	41	1.90
27681927--27682254	27	12.1	27	77	5	279	25	17	17	39	1.91
27683340--27683378	20	2.0	20	100	0	78	20	25	10	43	1.83
27683284--27683453	91	1.9	91	98	0	331	20	33	4	41	1.73
27685245--27685304	26	2.3	26	82	2	66	21	13	26	38	1.90
27685256--27685340	27	3.2	26	83	5	107	15	15	25	43	1.86
27704963--27705023	3	20.3	3	89	0	59	0	11	32	55	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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