genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   

This is table  65  of  196  ( 23409 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18630693--18630731	21	1.9	20	89	5	60	48	5	2	43	1.38
18644461--18644498	20	2.0	20	84	5	51	47	7	2	42	1.46
18657881--18657914	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
18662131--18662221	30	2.7	36	70	19	95	27	13	29	29	1.94
18662115--18662239	36	3.6	36	72	12	109	26	13	28	31	1.94
18662075--18662250	66	2.7	65	80	5	201	27	14	27	30	1.95
18664049--18664117	31	2.2	31	82	5	86	40	13	13	33	1.82
18670230--18670267	5	7.4	5	96	3	67	78	0	0	21	0.74
18680041--18680199	53	3.0	52	80	9	144	39	1	30	27	1.67
18680175--18680219	20	2.3	20	84	3	56	48	0	24	26	1.51
18680116--18680329	73	3.0	72	82	7	247	42	0	28	28	1.62
18682991--18683079	26	3.3	26	65	9	70	49	2	7	40	1.44
18689490--18689632	50	2.8	51	84	6	191	26	16	28	28	1.97
18689837--18689909	37	1.9	37	86	8	103	45	1	21	31	1.61
18707473--18707534	20	3.0	20	79	15	63	24	6	0	69	1.12
18712302--18712528	43	5.4	42	79	8	239	35	25	15	22	1.94
18712294--18712528	85	2.8	85	90	1	357	34	25	17	22	1.95
18712302--18712528	42	5.4	42	80	9	248	35	25	15	22	1.94
18716701--18716737	7	5.3	7	93	0	65	45	16	0	37	1.47
18726070--18726188	27	4.4	27	67	9	64	35	21	24	19	1.96
18726140--18726209	27	2.6	27	86	0	95	31	20	30	18	1.96
18726140--18726221	27	3.0	27	83	0	83	31	18	31	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18727457--18727552	45	2.1	45	83	7	115	41	18	18	20	1.90
18728926--18729005	35	2.3	35	83	8	94	50	3	0	46	1.19
18730175--18730229	22	2.5	22	84	0	74	47	18	21	12	1.82
18732139--18732181	22	2.0	22	81	9	52	39	2	4	53	1.34
18732217--18732250	6	5.7	6	100	0	68	52	0	0	47	1.00
18732344--18732400	29	2.0	28	96	3	105	45	7	14	33	1.71
18733310--18733341	16	2.1	16	94	5	57	53	0	6	40	1.26
18733438--18733553	60	1.9	60	96	0	214	32	8	21	37	1.84
18733912--18733936	7	3.6	7	100	0	50	24	0	28	48	1.52
18733993--18734207	90	2.4	90	90	2	342	26	6	15	51	1.68
18736088--18736154	34	1.9	35	93	3	118	8	50	28	11	1.69
18742992--18743041	19	2.5	20	75	21	50	58	0	4	38	1.17
18745460--18745509	5	9.6	5	82	4	55	14	26	0	60	1.34
18745459--18745509	22	2.4	21	81	9	59	13	25	0	60	1.33
18745496--18745536	16	2.6	16	84	0	55	29	7	0	63	1.21
18745497--18745559	21	3.1	20	80	13	67	22	9	0	68	1.18
18745497--18745543	22	2.2	21	88	3	67	23	8	0	68	1.17
18745613--18745721	17	6.8	17	68	27	62	30	15	0	54	1.42
18745648--18745777	5	23.4	5	73	18	80	32	16	0	50	1.51
18745637--18745777	28	4.8	29	75	16	148	32	17	0	49	1.51
18745648--18745759	33	3.5	32	77	15	124	33	16	0	49	1.53
18745653--18745776	23	5.5	21	71	18	65	33	16	0	49	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18745648--18745777	12	11.7	10	71	19	80	32	16	0	50	1.51
18745637--18745777	57	2.4	59	87	9	191	32	17	0	49	1.51
18745849--18745907	20	3.0	20	76	11	59	22	13	0	64	1.28
18745933--18745972	21	1.9	21	94	0	71	27	7	0	65	1.20
18746227--18746276	23	2.2	23	81	0	55	26	20	0	54	1.45
18746384--18746461	11	7.8	11	67	25	57	26	14	1	57	1.45
18746416--18746454	18	2.2	18	85	0	51	28	12	0	58	1.34
18746359--18746461	29	3.6	29	88	3	147	27	13	0	58	1.42
18749419--18749455	18	2.1	18	90	10	58	32	10	16	40	1.83
18749512--18749747	17	13.0	19	65	19	94	41	10	14	32	1.80
18749499--18749788	36	7.8	37	77	14	255	42	11	15	30	1.83
18749513--18749734	72	3.1	73	92	3	353	41	10	15	32	1.81
18749512--18749714	38	5.6	36	81	13	240	41	10	15	32	1.81
18749619--18749735	18	6.5	18	66	12	62	41	8	14	35	1.76
18749699--18749799	44	2.3	44	82	3	114	47	12	12	26	1.78
18749712--18749951	105	2.3	105	89	4	353	44	12	13	29	1.81
18749922--18749980	30	2.0	30	90	3	93	38	11	13	35	1.82
18749913--18750025	17	6.8	18	72	18	93	36	12	15	36	1.85
18750085--18750133	17	2.8	17	85	11	64	46	8	14	30	1.73
18750844--18750923	11	6.9	11	76	16	81	2	18	0	78	0.86
18750844--18750931	6	14.8	6	77	11	83	2	18	0	79	0.83
18750850--18750939	37	2.5	37	84	12	107	2	20	0	77	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18750837--18750924	40	2.1	40	85	10	115	3	17	1	78	0.95
18750850--18750940	25	3.8	24	71	18	73	2	19	0	78	0.86
18750844--18750940	42	2.3	42	81	13	119	2	19	0	78	0.85
18750850--18750934	7	11.9	7	72	18	68	2	18	0	78	0.85
18750847--18750943	13	7.4	14	73	22	70	2	20	0	77	0.87
18751900--18752871	76	12.3	76	79	11	679	36	18	16	28	1.93
18752325--18752871	154	3.5	151	90	5	772	37	18	16	27	1.93
18753727--18753772	20	2.3	20	85	10	60	0	4	10	84	0.75
18753740--18753785	20	2.3	20	84	0	56	2	4	10	82	0.89
18757780--18757823	16	2.5	17	85	14	63	4	18	9	68	1.34
18757792--18757824	16	2.1	16	100	0	66	6	12	15	66	1.42
18764854--18764890	18	2.1	18	90	10	58	32	10	16	40	1.83
18764935--18765039	17	5.7	19	67	17	51	42	11	14	31	1.81
18764934--18765181	36	6.9	35	80	9	259	42	10	15	31	1.82
18764934--18765177	72	3.4	73	85	4	325	41	11	15	31	1.83
18765116--18765168	19	2.8	18	77	5	52	45	9	11	33	1.72
18764934--18765178	18	13.5	19	66	17	87	41	11	15	31	1.82
18765133--18765233	44	2.3	44	84	3	123	48	12	12	25	1.77
18765283--18765327	17	2.6	18	85	7	74	51	15	11	22	1.75
18765146--18765384	105	2.3	106	90	3	371	44	13	12	28	1.81
18765346--18765449	18	6.2	18	71	17	82	37	13	15	33	1.86
18765384--18765456	17	4.2	17	75	3	56	38	12	13	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18765355--18765413	30	2.0	30	90	3	93	38	11	13	35	1.82
18765480--18765532	28	1.9	27	92	3	88	35	7	13	43	1.72
18765511--18765559	17	2.8	17	85	11	64	46	8	14	30	1.73
18766077--18766125	21	2.3	21	83	16	66	0	34	38	26	1.57
18766332--18766417	11	7.6	11	76	17	79	1	19	0	79	0.80
18766331--18766420	6	15.3	6	76	13	89	1	20	0	78	0.81
18766324--18766419	19	5.3	19	75	17	80	2	18	1	78	0.92
18766337--18766406	8	9.6	7	74	20	63	1	18	0	80	0.80
18766337--18766420	23	3.5	25	81	13	90	1	20	0	78	0.82
18766331--18766420	36	2.5	35	84	7	119	1	20	0	78	0.81
18766363--18766421	29	2.0	30	93	3	102	0	23	0	76	0.79
18768131--18768170	6	6.7	6	100	0	80	85	0	15	0	0.61
18768357--18768401	20	2.3	20	96	3	83	37	8	0	53	1.32
18768474--18768538	27	2.4	27	89	5	96	29	27	27	15	1.96
18768675--18768713	19	2.0	21	85	10	55	23	0	10	66	1.22
18768780--18768827	3	15.7	3	95	4	87	0	0	31	68	0.90
18768983--18769067	36	2.4	36	92	3	138	32	0	12	54	1.39
18769049--18769079	12	2.6	12	94	0	53	19	0	19	61	1.35
18774410--18774456	23	2.0	23	95	0	85	53	0	10	36	1.36
18774441--18774581	74	1.9	77	83	7	191	37	4	7	49	1.53
18775203--18775377	5	33.8	5	68	18	56	0	30	0	69	0.89
18775238--18775382	40	3.7	39	83	10	172	0	31	0	68	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18775233--18775377	39	3.4	44	79	16	164	0	30	0	69	0.89
18775205--18775390	79	2.4	78	85	10	238	0	32	0	67	0.91
18775304--18775400	45	2.3	45	80	8	114	0	35	0	64	0.93
18775453--18775519	27	2.5	27	92	0	107	14	25	29	29	1.95
18775453--18775527	27	2.8	27	85	0	69	14	26	29	29	1.95
18775579--18775642	22	2.7	22	90	9	92	50	0	10	39	1.38
18775744--18775790	24	2.0	24	91	0	76	40	0	27	31	1.57
18783197--18783224	11	2.5	11	100	0	56	64	0	0	35	0.94
18783655--18783717	32	2.0	32	100	0	126	39	12	15	31	1.85
18789742--18789840	15	6.1	16	76	17	59	60	3	3	33	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196