genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   

This is table  50  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13942019--13942108	4	22.8	4	73	8	60	24	7	1	66	1.25
13942044--13942107	27	2.3	26	87	10	92	26	7	0	65	1.19
13942091--13942163	30	2.4	29	80	10	76	19	6	4	69	1.27
13954592--13954646	26	2.1	26	93	0	92	43	27	12	16	1.84
13966991--13967021	15	2.0	16	93	6	55	29	0	6	64	1.18
13971246--13971291	24	1.9	24	86	0	65	45	17	26	10	1.81
13979283--13979909	44	14.5	42	68	19	156	28	20	23	27	1.99
13979372--13979919	44	12.8	44	69	14	274	28	20	23	27	1.99
13979283--13979965	216	3.2	216	90	2	1079	28	20	23	27	1.99
13979711--13979964	44	5.8	43	74	13	189	28	20	24	26	1.99
13981467--13981499	16	2.0	17	94	5	59	27	0	6	66	1.15
13986973--13987116	40	3.6	40	79	8	157	34	27	14	22	1.94
13992360--13992535	40	4.3	39	78	9	158	32	29	15	22	1.95
13992359--13992518	81	2.0	82	83	5	207	31	30	14	23	1.94
13994079--13994119	19	2.0	21	90	9	68	14	34	29	21	1.93
13999211--13999240	14	2.2	14	94	5	53	33	0	13	53	1.40
14005463--14005705	50	4.9	50	83	4	269	28	22	27	21	1.99
14014785--14014844	30	2.0	30	93	0	102	26	3	15	55	1.56
14015898--14015944	24	2.0	24	83	8	60	29	10	0	59	1.31
14022559--14022638	34	2.4	34	89	0	115	33	2	17	46	1.62
14022964--14023002	18	2.2	18	90	0	60	35	15	12	35	1.86
14029199--14029261	21	3.0	21	88	2	90	30	3	33	33	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14035571--14035605	18	1.9	18	100	0	70	11	28	0	60	1.32
14036858--14036885	7	4.0	7	100	0	56	42	14	14	28	1.84
14038553--14038602	22	2.3	21	80	16	57	38	2	2	58	1.21
14038555--14038731	59	3.0	58	73	11	169	43	2	5	49	1.37
14038575--14038768	61	3.2	61	72	11	191	43	1	5	48	1.35
14038533--14038799	120	2.2	120	93	0	444	43	1	4	49	1.33
14038743--14038777	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
14039013--14039064	16	3.2	16	94	0	86	34	36	0	28	1.58
14043445--14043471	14	1.9	14	100	0	54	44	18	7	29	1.77
14056924--14056996	36	2.0	36	100	0	146	32	16	20	30	1.95
14067779--14067803	13	1.9	13	100	0	50	16	16	0	68	1.22
14067844--14067879	6	6.0	6	100	0	72	16	16	0	66	1.25
14071078--14071343	103	2.6	104	91	1	410	29	30	20	19	1.97
14078801--14078835	18	1.9	18	94	0	61	40	8	8	42	1.66
14079105--14079161	30	1.9	30	82	13	73	47	3	0	49	1.18
14079463--14079513	21	2.3	21	81	15	59	62	7	3	25	1.40
14112489--14112549	27	2.3	27	97	2	115	39	9	16	34	1.82
14114013--14114038	12	2.2	12	100	0	52	23	0	15	61	1.33
14114321--14114360	20	1.9	22	90	10	66	40	7	20	32	1.80
14115240--14115289	26	1.9	26	84	8	66	50	22	0	28	1.49
14120141--14120186	23	2.0	23	100	0	92	26	17	8	47	1.76
14125483--14125531	25	1.9	26	83	4	64	69	6	6	18	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14127594--14127636	20	2.2	20	87	4	61	51	13	16	18	1.77
14127669--14127713	20	2.2	20	88	0	63	66	4	11	17	1.38
14127738--14127779	19	2.2	19	83	8	50	35	4	4	54	1.42
14133502--14133634	50	2.6	51	88	3	189	31	27	15	24	1.96
14133502--14133688	51	3.7	49	83	7	189	31	25	16	27	1.96
14138163--14138228	24	2.8	24	95	0	114	42	12	15	30	1.83
14139153--14139235	40	2.1	40	100	0	166	21	19	8	50	1.73
14149989--14150137	7	20.9	7	68	15	65	42	35	0	20	1.57
14150034--14150079	22	2.1	22	83	0	56	47	32	0	19	1.50
14150289--14150328	14	2.8	14	84	3	53	35	45	0	20	1.51
14150296--14150349	21	2.6	21	85	5	56	35	44	0	20	1.52
14150317--14150375	21	2.8	21	86	0	73	45	32	1	20	1.61
14150377--14150518	39	3.8	39	72	14	127	29	23	20	26	1.99
14150572--14150742	40	4.3	40	88	0	243	25	23	21	29	1.99
14151738--14151799	29	2.1	29	87	0	88	27	14	8	50	1.71
14152018--14152222	35	5.7	35	79	4	212	26	21	13	38	1.91
14152014--14152227	73	3.0	71	83	4	268	26	21	14	38	1.91
14152030--14152256	108	2.1	109	78	5	237	25	21	14	37	1.92
14155827--14156485	208	3.2	207	91	0	1003	28	17	23	29	1.97
14156904--14156935	14	2.3	14	94	0	55	21	0	28	50	1.49
14159992--14160032	18	2.3	18	91	4	66	41	14	2	41	1.59
14159997--14160061	9	7.0	9	71	13	51	44	15	1	38	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14160128--14160666	9	62.9	9	71	17	294	48	18	1	31	1.55
14160261--14160657	12	32.1	12	63	23	105	48	18	1	32	1.56
14160301--14160361	25	2.3	26	78	13	63	55	16	1	26	1.50
14160128--14160381	43	5.7	43	69	15	133	51	17	1	29	1.52
14160362--14160657	16	18.0	16	77	13	121	46	19	1	33	1.57
14160195--14160395	96	2.1	96	90	5	327	53	16	1	27	1.52
14160349--14160666	50	6.4	49	85	5	360	46	19	0	33	1.57
14160353--14160666	25	12.6	25	85	5	164	46	19	0	33	1.57
14160451--14160666	75	2.9	75	93	0	351	46	18	0	33	1.56
14162935--14162985	21	2.4	21	83	6	59	35	13	45	5	1.68
14162895--14163057	87	1.9	87	90	0	263	39	17	29	13	1.87
14163426--14163772	43	8.1	43	81	6	339	26	19	26	26	1.99
14163866--14163909	22	2.0	22	86	0	61	43	27	18	11	1.84
14165376--14165460	42	2.0	41	84	2	107	27	21	20	31	1.97
14165376--14165443	21	3.3	21	87	2	93	27	20	19	32	1.97
14165407--14165460	21	2.6	21	84	0	72	29	24	18	27	1.98
14165965--14166003	20	2.0	20	95	5	71	51	2	5	41	1.38
14166073--14166187	52	2.2	52	93	1	196	61	5	26	6	1.41
14167069--14167208	40	3.5	40	71	6	124	28	17	22	31	1.97
14170375--14170451	27	2.9	25	79	12	82	58	2	3	35	1.30
14170368--14170461	18	5.3	18	73	7	66	60	2	3	34	1.24
14176241--14176292	24	2.2	24	89	0	77	53	7	3	34	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14176568--14176605	19	2.1	19	85	14	53	44	0	0	55	0.99
14176568--14176605	18	2.1	18	85	14	51	44	0	0	55	0.99
14180081--14180108	14	2.0	14	100	0	56	35	21	7	35	1.81
14181303--14181470	62	2.7	62	93	0	291	48	8	7	35	1.61
14199482--14199512	16	1.9	16	93	0	53	51	0	0	48	1.00
14201159--14201203	24	1.9	23	90	4	72	20	2	22	55	1.54
14201669--14201903	129	1.8	129	95	0	425	37	15	15	30	1.89
14208787--14210061	487	2.6	486	87	2	1871	33	14	20	30	1.93
14217373--14217411	18	2.2	18	85	0	51	56	0	2	41	1.13
14218133--14218193	25	2.4	25	97	0	113	37	3	0	59	1.14
14230185--14230389	31	6.6	31	85	1	250	31	8	16	43	1.78
14230185--14230389	93	2.2	93	86	0	286	31	8	16	43	1.78
14230185--14230421	62	3.9	61	80	2	251	30	8	17	43	1.78
14230539--14230749	43	4.9	43	92	1	343	24	14	26	34	1.94
14234017--14234045	12	2.3	13	94	5	51	27	6	0	65	1.18
14241898--14241958	31	2.0	31	93	0	104	36	9	31	22	1.87
14259309--14259349	15	2.5	17	80	15	50	65	0	4	29	1.13
14259460--14259508	22	2.3	21	86	6	71	67	6	0	26	1.14
14259474--14259531	26	2.3	25	85	11	82	67	5	1	25	1.21
14261479--14261516	16	2.3	17	90	4	60	36	21	10	31	1.87
14262763--14262794	16	2.0	16	100	0	64	31	25	6	37	1.81
14262443--14277640	613	24.0	613	72	12	9487	32	19	11	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14264290--14264370	29	2.8	29	78	12	87	16	40	1	41	1.56
14263668--14264981	671	2.0	671	83	3	1662	31	20	10	37	1.87
14265553--14265622	29	2.4	29	74	9	70	15	38	2	42	1.62
14266224--14267536	670	2.0	670	84	3	1712	31	20	11	37	1.88
14268105--14268175	29	2.4	29	81	9	90	14	40	2	42	1.60
14270612--14270682	29	2.4	29	81	9	90	14	40	2	42	1.60
14274414--14274483	29	2.4	29	85	0	86	12	44	1	41	1.52
14273821--14275104	671	1.9	671	84	3	1715	31	19	11	37	1.88
14275233--14277020	671	2.7	668	85	3	2269	33	18	11	37	1.86
14277876--14278037	81	2.0	81	91	0	261	15	17	18	48	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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