genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58873029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   

This is table  60  of  196  ( 23409 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16927570--16927800	86	2.7	86	80	3	270	22	13	20	42	1.88
16929705--16929797	27	3.4	27	75	1	78	41	15	21	21	1.89
16929748--16929825	27	2.9	27	84	5	104	39	15	25	19	1.91
16937014--16937105	43	2.1	43	95	0	166	31	21	23	22	1.98
16937014--16937120	43	2.5	42	86	8	144	34	21	23	20	1.97
16937168--16937249	42	2.0	42	82	4	103	40	19	13	26	1.89
16948969--16949109	40	3.5	40	80	0	140	34	16	19	29	1.94
16948846--16949383	195	2.8	193	79	5	525	32	17	21	28	1.95
16949565--16949624	14	4.3	14	75	14	52	20	1	31	46	1.60
16949570--16949624	21	2.6	21	85	0	74	18	1	32	47	1.59
16949697--16949913	7	31.0	7	64	7	55	23	2	31	42	1.67
16949672--16949785	14	8.3	14	73	7	72	23	1	30	43	1.64
16950734--16950960	125	1.8	125	84	2	314	31	13	19	35	1.91
16952810--16952951	65	2.2	66	89	3	216	35	2	13	47	1.57
16952895--16952989	38	2.6	38	89	3	149	32	0	16	50	1.46
16952966--16953024	28	2.1	28	90	3	91	33	3	10	52	1.52
16953381--16953561	9	20.9	9	71	10	85	47	17	0	34	1.48
16953398--16953561	52	3.4	51	82	9	202	47	17	0	34	1.48
16953407--16953561	43	3.4	43	81	8	168	47	17	0	34	1.48
16953552--16953676	60	2.1	61	96	1	234	37	14	8	39	1.77
16959412--16959503	43	2.1	43	85	0	121	28	16	23	31	1.96
16966833--16966858	13	2.0	13	100	0	52	61	0	15	23	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16970213--16970256	18	2.5	17	85	10	61	45	15	0	38	1.47
16974179--16974235	20	2.8	20	86	0	78	8	26	22	42	1.83
16981768--16981810	22	2.0	22	85	0	59	27	18	23	30	1.98
17000198--17000237	20	2.0	20	90	9	64	40	10	5	45	1.60
17000553--17000577	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
17003593--17003642	26	1.9	26	88	8	75	36	2	0	62	1.07
17003600--17003643	13	3.3	13	78	15	54	34	0	0	65	0.93
17008863--17008887	6	4.2	6	100	0	50	80	0	0	20	0.72
17009822--17009887	13	5.6	12	76	20	68	50	15	0	34	1.44
17009820--17009889	23	3.0	23	93	0	122	48	15	0	35	1.46
17010803--17010836	8	4.0	8	85	14	50	14	0	2	82	0.79
17011060--17011085	4	6.5	4	100	0	52	26	0	0	73	0.84
17014074--17014126	23	2.3	23	93	0	97	20	20	26	32	1.98
17017992--17018057	13	5.5	13	67	20	54	45	16	1	36	1.57
17017992--17018066	23	3.3	23	84	3	98	46	16	1	36	1.55
17020010--17020042	16	2.1	16	88	5	50	33	0	0	66	0.92
17020073--17020116	23	1.9	23	81	9	54	43	2	6	47	1.42
17020135--17020161	14	1.9	14	100	0	54	37	0	7	55	1.28
17022637--17022680	20	2.2	20	83	0	52	20	13	6	59	1.57
17024585--17024631	19	2.5	19	86	6	60	25	21	10	42	1.85
17027131--17027178	8	5.9	8	79	20	55	83	0	16	0	0.65
17027133--17027176	20	2.2	20	92	8	72	84	0	15	0	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17027141--17027176	12	2.9	12	95	4	63	83	0	16	0	0.65
17027500--17027810	108	2.9	106	80	3	372	25	16	10	47	1.78
17028690--17029860	46	25.4	46	90	0	1714	25	15	26	32	1.96
17029982--17030090	44	2.5	44	78	1	121	26	20	20	33	1.97
17032424--17032467	20	2.2	20	83	0	52	20	13	6	59	1.57
17035254--17035300	22	2.1	23	84	11	62	42	0	0	57	0.98
17035896--17035963	35	1.9	35	88	5	102	36	20	19	23	1.95
17045118--17045170	20	2.5	22	82	14	58	67	7	9	15	1.39
17045695--17045764	23	3.1	23	76	11	65	50	1	0	48	1.09
17047071--17047129	29	2.0	30	83	3	75	49	15	5	30	1.66
17057172--17057276	45	2.3	45	86	0	138	20	20	25	34	1.96
17062921--17063411	109	4.5	109	87	1	651	30	26	19	23	1.98
17066368--17066443	20	3.7	20	75	6	71	38	23	26	11	1.89
17069778--17069816	11	3.3	12	89	10	55	82	0	0	17	0.68
17069778--17069815	18	2.1	18	95	5	67	84	0	0	15	0.63
17073988--17074038	26	2.0	26	84	0	66	1	9	13	74	1.15
17083600--17083654	23	2.4	22	75	6	56	47	25	10	16	1.79
17085537--17085569	15	2.2	15	89	10	50	33	0	6	60	1.21
17085644--17085788	45	3.2	45	84	2	184	36	19	20	23	1.95
17085642--17085853	45	4.7	45	78	3	149	39	18	21	20	1.92
17091095--17091792	348	2.0	348	99	0	1387	33	11	17	36	1.87
17094516--17094569	20	2.7	20	88	0	72	50	12	5	31	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17100630--17100831	45	4.5	45	86	2	262	39	18	19	22	1.93
17107140--17107281	74	1.9	75	89	1	223	42	14	14	28	1.85
17107517--17107547	16	1.9	16	93	0	53	64	0	0	35	0.94
17108943--17108984	14	3.2	14	77	16	54	47	2	0	50	1.14
17114043--17114073	6	5.2	6	100	0	62	67	0	32	0	0.91
17119636--17119682	23	2.0	23	100	0	94	48	25	0	25	1.51
17121794--17121926	50	2.7	49	90	3	205	30	26	15	27	1.96
17121794--17122129	51	6.7	49	73	9	188	30	26	15	27	1.96
17121893--17122129	102	2.3	101	86	2	323	29	27	16	27	1.97
17129390--17129730	51	6.8	50	74	8	275	29	27	15	27	1.96
17129389--17129730	102	3.4	100	82	7	401	29	27	15	27	1.96
17130776--17130808	13	2.8	12	90	9	50	39	9	15	36	1.79
17140407--17140454	25	1.9	25	91	8	80	29	20	20	29	1.98
17146042--17146115	36	2.1	36	89	0	112	36	13	8	41	1.74
17153080--17153137	24	2.4	24	82	5	73	17	18	3	60	1.50
17155174--17155354	96	1.9	96	88	0	272	27	15	14	42	1.86
17163115--17163265	33	4.5	33	80	3	160	16	9	33	40	1.80
17169616--17169664	23	2.1	22	82	14	55	26	4	16	53	1.61
17169746--17169777	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
17169924--17169950	13	2.1	13	100	0	54	29	0	0	70	0.88
17170077--17170111	16	2.2	16	94	0	61	28	5	0	65	1.15
17175082--17175139	12	4.6	13	70	12	50	74	8	6	10	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17175069--17175129	31	2.0	31	90	6	97	75	9	4	9	1.18
17175068--17175139	25	2.9	24	81	6	81	73	9	5	11	1.24
17176020--17176068	7	7.3	7	80	15	59	67	2	16	14	1.33
17176021--17176068	20	2.4	19	89	6	69	68	2	16	12	1.29
17176023--17176059	13	2.8	13	91	0	65	72	2	13	10	1.21
17177431--17177543	44	2.6	44	87	2	156	34	19	16	29	1.94
17177431--17177578	44	3.4	44	83	3	138	34	18	18	29	1.94
17177680--17178245	50	11.3	50	71	7	403	33	24	19	22	1.97
17177651--17178245	100	5.9	100	86	1	755	32	24	20	22	1.98
17177651--17178245	200	3.0	199	88	2	843	32	24	20	22	1.98
17178796--17178850	8	7.3	7	78	15	56	78	1	20	0	0.85
17178796--17178856	16	3.8	16	80	18	65	77	3	19	0	0.91
17178788--17178847	9	7.4	8	76	12	52	78	3	18	0	0.89
17178788--17178850	32	2.0	32	84	9	85	77	3	19	0	0.90
17178796--17178859	23	2.7	24	83	13	80	76	3	20	0	0.92
17179593--17179641	23	2.1	22	82	14	55	26	4	16	53	1.61
17179723--17179751	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
17180038--17180072	16	2.2	16	94	0	61	28	5	0	65	1.15
17182354--17182444	10	9.3	10	82	10	84	58	2	1	38	1.18
17184793--17184964	48	3.6	48	87	0	218	23	30	20	25	1.99
17205789--17205824	17	2.1	17	100	0	72	36	25	16	22	1.94
17205465--17206118	330	2.0	330	99	0	1290	26	21	16	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17212530--17212688	87	1.8	86	87	4	239	38	23	13	24	1.91
17215746--17215785	21	1.9	21	85	10	55	42	40	0	17	1.49
17225819--17225860	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
17225810--17225851	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
17226002--17226096	45	2.1	45	90	1	147	31	27	6	34	1.82
17226081--17226128	16	3.0	16	93	0	78	33	37	0	29	1.58
17227057--17227111	17	3.5	17	69	19	55	20	30	27	21	1.98
17227045--17227105	30	2.0	30	100	0	122	19	34	26	19	1.96
17228755--17228805	19	2.9	17	80	13	59	25	1	3	68	1.17
17228755--17228793	17	2.3	16	86	8	51	23	2	5	69	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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