genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

This is table  1  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--192	7	27.6	7	93	3	280	41	47	10	0	1.42
191--237	12	3.9	12	100	0	94	34	48	0	17	1.47
191--237	18	2.6	18	100	0	94	34	48	0	17	1.47
239--334	7	13.4	7	89	7	104	21	51	26	1	1.55
330--517	7	27.1	7	84	10	74	35	54	4	5	1.44
2--333	21	16.2	21	85	5	121	34	48	13	3	1.58
342--706	21	17.2	21	75	8	186	38	49	4	8	1.52
496--706	7	29.7	7	80	11	112	41	44	2	11	1.56
530--586	29	1.9	30	89	3	89	42	43	1	12	1.52
1--714	14	51.4	14	80	6	319	36	49	8	5	1.58
1537--1561	10	2.5	10	100	0	50	56	0	0	44	0.99
2977--3023	17	2.5	19	80	16	62	19	14	19	46	1.84
2985--3021	17	2.2	17	95	0	65	21	13	21	43	1.87
3866--3931	21	3.3	21	66	20	59	6	18	10	65	1.44
3866--3960	39	2.4	39	96	0	172	6	17	12	63	1.49
3888--3952	21	3.2	21	65	20	57	7	15	15	61	1.55
4787--5043	140	1.9	135	85	5	354	23	10	20	44	1.83
5867--6124	129	2.0	128	88	3	385	24	28	12	35	1.91
12142--12233	28	3.3	27	82	8	103	52	10	13	23	1.71
14783--14922	23	6.1	23	80	8	142	13	20	20	45	1.85
14783--14922	69	2.0	69	85	8	187	13	20	20	45	1.85
15659--15952	149	2.0	149	94	0	516	42	20	7	29	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16027--16085	30	2.0	30	89	0	91	35	22	13	28	1.92
16262--16312	24	2.1	24	96	0	93	49	17	1	31	1.58
18243--18283	15	2.9	14	82	7	55	34	0	2	63	1.08
18338--18444	53	2.0	52	80	5	117	47	7	14	29	1.72
25287--25320	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
36162--36215	23	2.4	22	81	12	65	48	5	0	46	1.25
36671--36695	12	2.1	12	100	0	50	0	40	0	60	0.97
41037--41233	96	2.1	96	100	0	394	27	18	25	27	1.98
45762--45800	17	2.3	17	90	0	60	15	12	25	46	1.81
59160--59197	20	1.9	20	89	10	60	34	2	5	57	1.35
59669--59699	6	5.2	6	92	0	53	35	3	48	12	1.58
86669--86694	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
90754--90779	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
94231--94294	26	2.5	26	92	0	101	31	28	31	9	1.88
98176--98201	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
124162--124250	44	2.0	44	100	0	178	33	33	6	25	1.82
125624--125675	21	2.4	22	81	12	63	38	1	1	57	1.21
128316--128354	7	5.6	7	100	0	78	12	28	43	15	1.83
137618--137820	88	2.3	88	80	7	209	38	18	9	33	1.83
138026--138089	19	3.3	19	71	18	60	28	3	4	64	1.29
138066--138158	30	3.2	28	78	11	89	33	2	4	60	1.28
139555--139660	37	3.1	37	60	29	90	46	9	23	20	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139555--139682	64	2.0	64	100	0	256	45	9	23	21	1.81
140453--140483	2	15.5	2	100	0	62	0	51	0	48	1.00
147103--147135	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
153005--153029	6	4.2	6	100	0	50	16	48	0	36	1.46
161042--161168	23	5.4	23	82	8	116	41	22	23	11	1.87
163228--163278	25	2.1	23	85	7	66	74	0	19	5	1.02
176103--176134	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
207344--207395	25	2.1	25	88	0	77	57	3	0	38	1.17
209506--209671	23	7.4	23	74	14	150	42	22	24	11	1.86
209512--209586	39	1.9	39	91	0	123	44	21	22	12	1.85
209551--209671	48	2.6	46	87	7	172	39	23	25	11	1.88
222226--222294	29	2.3	29	82	2	93	36	14	11	37	1.83
232993--233020	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
234439--234605	52	2.9	57	74	19	152	34	23	13	27	1.93
234494--234633	52	2.7	52	93	0	235	34	27	14	24	1.94
236158--236185	14	2.0	14	100	0	56	42	14	0	42	1.45
237150--237192	17	2.6	16	85	7	50	46	0	4	48	1.22
237184--237217	6	5.7	6	85	0	50	29	0	2	67	1.05
237688--237816	64	2.0	64	100	0	258	33	7	9	49	1.63
241970--242013	14	3.1	14	80	3	52	40	4	0	54	1.21
249301--249331	15	2.0	16	93	6	55	70	0	0	29	0.87
262555--262590	7	5.1	7	100	0	72	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
265092--265388	144	2.1	144	94	0	522	22	16	14	46	1.83
267948--268333	200	1.9	198	95	1	700	28	21	15	34	1.94
289690--289715	5	5.2	5	100	0	52	38	0	23	38	1.55
293761--293798	17	2.2	18	85	4	51	63	0	0	36	0.95
306129--306283	78	2.0	78	96	0	283	57	15	5	21	1.58
307036--307105	17	4.1	17	75	5	70	35	1	8	54	1.40
307011--307099	34	2.6	34	80	0	106	33	3	6	56	1.42
307073--307114	17	2.4	17	88	4	57	47	0	2	50	1.14
308002--308160	78	2.0	78	90	0	246	56	14	6	22	1.60
310035--313413	973	3.5	971	93	2	5794	31	18	17	32	1.94
318299--318341	18	2.4	18	88	7	61	53	0	0	46	1.00
325879--325903	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
328733--328793	30	2.0	30	100	0	122	40	16	16	26	1.89
330188--330217	12	2.5	12	88	0	51	20	0	0	80	0.72
330188--330301	24	4.5	23	66	21	59	21	4	3	71	1.19
330188--330287	17	5.8	17	69	16	55	21	4	4	71	1.20
330397--330480	20	4.6	18	76	16	75	22	3	3	70	1.19
330453--330495	15	3.1	14	86	6	52	20	2	2	74	1.04
330444--330489	23	2.0	24	82	4	58	21	2	2	73	1.04
330402--330509	12	7.9	14	70	23	54	23	4	4	67	1.28
333216--333285	27	2.6	27	93	2	122	21	20	24	34	1.97
334059--334097	3	13.3	3	94	5	71	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
335131--335223	7	13.7	7	83	6	93	35	21	24	18	1.95
335138--335216	20	4.0	20	89	0	113	36	20	24	18	1.95
335130--335223	27	3.5	26	81	8	82	36	21	24	18	1.95
335248--335289	21	2.0	21	85	0	57	21	28	30	19	1.97
335315--335349	15	2.4	15	90	4	54	14	5	31	48	1.67
335324--335393	20	3.4	20	88	4	95	15	1	37	45	1.55
340621--340875	30	8.5	30	84	8	117	38	2	24	34	1.68
340652--340940	30	9.7	29	84	7	332	37	1	23	37	1.65
341681--341863	78	2.4	78	82	0	197	27	19	27	24	1.99
342136--342390	52	5.4	51	67	24	198	31	18	17	32	1.94
342040--342405	92	4.0	92	95	0	651	31	18	16	32	1.94
342188--342337	40	3.5	39	68	23	111	34	19	15	31	1.93
342493--342598	49	2.2	49	77	0	113	16	31	19	33	1.94
342525--342822	50	6.0	49	81	2	328	11	25	24	38	1.89
342525--342822	98	3.0	98	87	3	411	11	25	24	38	1.89
343181--343517	30	11.2	30	83	8	348	38	2	24	35	1.68
343189--343516	60	5.5	61	86	6	415	38	2	23	35	1.67
343164--343520	90	4.0	89	83	8	413	38	2	24	34	1.68
345023--345117	17	5.5	17	76	1	91	54	7	3	34	1.44
345848--346002	78	2.0	78	96	0	283	21	5	15	57	1.58
352869--352937	33	2.1	33	97	0	129	40	24	4	30	1.74
353113--354779	2	852.0	2	95	4	3057	50	0	49	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
361746--361808	24	2.6	24	87	0	90	50	9	14	25	1.72
363742--363806	24	2.7	24	85	0	94	50	9	13	26	1.71
368051--368095	20	2.3	20	96	3	83	48	8	15	26	1.74
374095--374125	16	1.9	16	93	0	53	83	6	0	9	0.79
377077--377101	7	3.6	7	100	0	50	72	0	0	28	0.86
379932--379980	25	1.9	26	84	12	66	42	10	0	46	1.37
387013--387074	29	2.1	28	82	11	72	40	3	1	54	1.26
391786--392026	120	2.0	120	100	0	482	30	19	14	36	1.91
399601--399662	32	1.9	32	93	0	106	25	32	8	33	1.85
409691--409729	17	2.3	17	86	8	53	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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