genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   

This is table  90  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28877690--28877754	10	6.7	10	78	5	71	69	6	0	24	1.11
28877855--28877916	19	3.2	19	77	6	63	61	3	3	32	1.28
28877841--28877906	9	7.1	9	72	13	53	56	1	3	39	1.24
28878370--28878447	28	2.7	29	75	15	72	32	2	5	60	1.32
28878480--28878560	29	2.8	29	81	9	76	28	1	4	65	1.21
28879627--28879776	79	1.9	79	94	0	264	34	20	14	30	1.92
28884339--28884429	47	1.9	47	86	4	130	34	21	16	27	1.95
28890437--28890469	16	2.1	16	88	5	50	3	6	39	51	1.42
28890953--28891417	94	4.8	95	75	10	408	27	20	18	33	1.95
28890942--28891295	97	3.6	97	78	7	263	27	21	17	33	1.96
28890942--28891325	50	7.8	50	68	16	173	27	21	18	33	1.96
28890942--28891468	292	1.8	292	84	1	725	27	20	17	34	1.95
28892001--28892048	25	1.9	25	87	8	71	58	12	10	18	1.62
28892383--28892447	17	3.8	17	78	8	69	36	4	7	50	1.52
28893665--28893839	29	6.0	28	77	9	154	31	25	2	40	1.70
28893700--28893902	29	6.9	29	70	14	132	30	24	4	40	1.75
28893675--28893928	59	4.3	58	85	8	309	31	24	4	39	1.75
28893767--28893987	59	3.7	59	80	11	170	31	25	5	38	1.78
28893675--28893962	118	2.4	117	81	10	284	31	24	4	39	1.75
28898287--28898342	24	2.3	24	78	0	58	78	3	17	0	0.89
28905013--28905062	26	1.9	26	92	8	84	62	2	12	24	1.40
28905214--28905247	12	2.8	12	83	16	52	76	0	0	23	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28908320--28908357	18	2.2	17	90	4	58	39	0	0	60	0.97
28908332--28908364	9	3.8	9	88	8	50	30	0	3	66	1.06
28908285--28908365	17	4.5	17	73	14	72	33	2	4	59	1.32
28910677--28910717	21	2.0	21	86	9	59	70	4	0	24	1.06
28910689--28910733	20	2.2	20	84	0	54	71	2	0	26	0.98
28910809--28910911	9	11.1	9	74	10	64	58	2	2	35	1.28
28910823--28910921	19	5.2	18	73	13	83	61	4	3	31	1.29
28910823--28910914	38	2.4	38	80	3	114	60	3	3	32	1.29
28911320--28911569	10	25.8	9	65	21	71	32	2	3	61	1.26
28911319--28911369	18	2.8	17	77	11	57	31	1	1	64	1.15
28911379--28911442	28	2.3	28	81	10	78	31	1	6	60	1.30
28911378--28911442	27	2.3	30	80	17	77	30	1	6	61	1.29
28911488--28911568	29	2.8	29	83	9	85	30	1	3	64	1.19
28917759--28917797	17	2.3	17	90	0	60	46	25	12	15	1.81
28921723--28921856	51	2.6	51	83	10	157	31	14	23	30	1.94
28928905--28929188	51	5.6	51	86	3	355	32	14	22	30	1.94
28939275--28939321	24	2.0	24	91	0	76	29	17	6	46	1.72
28952481--28952518	20	1.9	20	84	10	51	36	10	0	52	1.36
28958127--28958468	29	11.6	30	76	6	263	36	3	23	37	1.71
28960728--28961068	39	8.8	39	71	10	160	26	19	31	22	1.98
28960707--28960875	77	2.2	76	80	3	203	26	20	32	20	1.97
28960728--28960993	116	2.3	117	83	1	320	26	20	31	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28960844--28961045	78	2.6	78	80	3	228	28	20	28	22	1.99
28990107--28990176	21	3.3	20	82	4	86	34	30	22	12	1.92
28990118--28990183	21	3.1	21	82	0	96	37	30	21	10	1.87
28991329--28991362	13	2.6	13	90	0	50	2	23	0	73	0.97
28992527--28992599	26	2.9	26	80	13	66	39	6	5	47	1.53
28997003--28997029	6	4.5	6	100	0	54	66	0	0	33	0.92
28998879--28998936	21	2.8	21	81	0	71	34	22	15	27	1.94
28999656--28999895	52	4.6	52	82	2	266	34	22	15	27	1.94
29004824--29005050	52	4.4	52	84	2	260	36	22	12	28	1.91
29012961--29013002	19	2.2	19	83	8	50	21	7	2	69	1.25
29018872--29018923	15	3.6	14	78	12	52	57	9	13	19	1.63
29027516--29027546	15	2.1	15	94	5	55	45	12	29	12	1.80
29034707--29034742	18	2.1	17	89	5	54	50	13	13	22	1.77
29038174--29038204	11	2.8	11	95	0	53	19	25	12	41	1.87
29038339--29038437	39	2.5	39	93	0	171	25	5	16	53	1.63
29042666--29042707	20	2.1	20	95	0	75	28	23	16	30	1.96
29043665--29043706	20	2.1	20	95	0	75	30	16	23	28	1.96
29047787--29047832	18	2.5	18	85	3	65	65	10	10	13	1.48
29071242--29071421	52	3.5	52	83	0	236	24	14	24	36	1.93
29072330--29072356	14	1.9	14	100	0	54	51	0	18	29	1.46
29079954--29080125	52	3.3	52	85	3	220	23	13	25	37	1.92
29086530--29086617	11	8.6	11	77	16	84	51	0	2	46	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29087213--29087263	23	2.2	24	85	3	68	54	25	0	19	1.44
29087221--29087269	23	2.1	23	92	3	80	55	22	0	22	1.44
29092907--29092998	45	2.0	45	95	0	166	50	16	5	28	1.67
29092951--29092975	12	2.1	12	100	0	50	40	16	8	36	1.77
29106998--29107039	18	2.5	17	82	14	52	69	0	30	0	0.89
29107000--29107041	21	2.0	20	90	4	66	69	0	30	0	0.89
29122269--29122652	197	1.9	198	88	3	578	33	15	11	39	1.83
29132979--29133007	7	4.1	7	100	0	58	72	0	27	0	0.85
29133431--29133496	17	3.9	17	77	0	60	18	19	12	50	1.78
29134043--29134085	16	2.6	16	82	13	52	79	0	18	2	0.85
29134043--29134085	11	3.9	11	76	11	52	79	0	18	2	0.85
29136070--29136213	52	2.8	51	84	4	164	33	15	21	29	1.94
29143318--29143504	51	3.6	51	86	2	250	32	13	23	31	1.93
29147454--29148017	198	2.8	198	89	1	846	33	16	9	41	1.80
29160409--29160449	21	2.0	21	85	9	57	34	17	17	31	1.93
29162884--29162939	26	2.2	26	90	0	85	30	32	17	19	1.95
29162890--29162953	26	2.5	26	89	2	103	32	29	17	20	1.95
29162937--29162993	25	2.3	25	81	6	71	38	24	10	26	1.88
29163012--29163060	25	2.0	25	100	0	98	24	28	22	24	1.99
29162896--29163044	53	2.9	50	73	11	131	34	26	14	24	1.94
29169406--29169500	43	2.2	42	85	7	120	31	1	30	36	1.65
29169582--29169606	1	25.0	1	100	0	50	0	0	100	0	0.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29177057--29177537	40	12.1	40	81	8	500	24	17	25	32	1.96
29177012--29177537	79	6.6	79	80	6	498	24	17	25	31	1.97
29177517--29177557	20	2.0	20	90	9	66	36	12	21	29	1.90
29177537--29177664	40	3.2	40	77	10	129	30	13	21	35	1.91
29177614--29177823	78	2.7	78	85	0	276	26	15	26	31	1.96
29177240--29177928	296	2.3	296	90	0	1092	26	15	24	33	1.95
29177537--29177833	39	7.5	39	75	9	239	26	15	24	33	1.95
29177813--29177853	20	2.0	20	90	9	66	36	12	21	29	1.90
29177833--29177921	40	2.2	39	90	4	133	30	15	20	33	1.94
29178242--29178424	98	1.9	98	83	2	242	18	28	19	33	1.95
29178222--29178428	49	4.2	49	76	0	180	18	28	17	35	1.94
29179311--29179356	6	7.2	6	83	11	56	0	21	2	76	0.90
29179310--29179364	20	2.7	20	80	11	67	0	23	1	74	0.91
29179314--29179364	26	1.9	27	84	11	70	0	21	1	76	0.88
29180270--29180299	15	1.9	16	93	6	53	0	13	0	86	0.57
29188873--29188994	27	4.5	27	84	3	138	27	15	22	33	1.95
29188868--29188995	54	2.4	54	85	1	157	28	15	22	33	1.95
29193513--29193639	54	2.4	54	91	0	200	25	15	24	34	1.95
29193513--29193639	27	4.7	27	87	1	166	25	15	24	34	1.95
29196524--29196556	16	2.1	16	100	0	66	18	12	6	63	1.48
29205280--29205406	45	2.8	45	92	0	209	29	22	25	22	1.99
29207511--29207544	16	2.1	16	89	10	52	47	5	17	29	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29208998--29209036	21	2.0	20	85	10	53	17	2	35	43	1.63
29213572--29213612	2	20.5	2	89	0	64	43	0	2	53	1.13
29215910--29215959	21	2.3	22	86	3	66	36	16	14	34	1.88
29217867--29217900	15	2.3	15	94	0	59	20	55	14	8	1.65
29217873--29217906	15	2.3	15	89	0	50	26	55	11	5	1.58
29225102--29225156	26	2.1	26	82	0	65	38	10	1	49	1.49
29225669--29225790	46	2.7	46	86	6	151	21	17	17	44	1.87
29227830--29227877	22	2.2	21	77	3	51	20	29	16	33	1.95
29229250--29229288	21	1.9	19	85	10	51	20	12	0	66	1.24
29229759--29229788	9	3.3	9	90	0	51	40	0	6	53	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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