genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

This is table  79  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24865491--24865528	13	2.9	13	85	11	51	0	21	0	78	0.74
24865491--24865529	21	1.9	20	94	5	69	0	20	0	79	0.73
24868480--24868509	15	2.0	15	93	0	51	63	6	16	13	1.50
24879292--24879331	16	2.5	17	84	12	57	22	7	0	70	1.12
24890410--24890447	18	2.1	18	90	0	58	15	10	10	63	1.52
24893504--24893537	7	4.9	7	100	0	68	58	0	29	11	1.33
24895582--24895613	14	2.4	14	94	5	57	25	6	34	34	1.81
24909278--24909324	20	2.2	21	85	7	60	14	19	14	51	1.77
24909295--24909340	20	2.3	20	88	0	65	15	19	15	50	1.79
24909942--24910783	99	8.4	99	71	12	517	36	17	19	26	1.94
24909886--24910783	198	4.5	198	79	6	769	36	17	19	26	1.94
24910779--24911013	46	5.0	46	84	4	283	35	27	15	21	1.93
24924259--24924298	16	2.5	17	84	12	57	22	7	0	70	1.12
24929639--24929679	18	2.3	18	86	0	55	48	2	41	7	1.44
24949659--24949727	37	1.9	35	82	11	86	23	21	4	50	1.66
24952153--24952188	16	2.2	17	90	5	56	41	8	0	50	1.33
24954581--24954693	34	3.3	34	87	0	163	18	13	30	38	1.89
24955666--24955710	21	2.1	21	87	0	63	26	22	35	15	1.94
24960990--24961035	21	2.2	22	85	14	62	19	13	15	52	1.75
24969342--24969387	24	1.9	24	95	0	83	13	2	13	71	1.23
24969398--24969467	33	2.1	33	81	5	79	14	7	20	58	1.59
24969424--24969485	11	5.5	11	76	3	52	16	4	22	56	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24970162--24970211	21	2.4	21	83	6	66	36	26	24	14	1.93
24971479--24971519	13	3.1	13	89	3	64	2	29	0	68	1.03
24977845--24977870	12	2.2	12	100	0	52	53	15	0	30	1.42
24978087--24978142	27	2.0	28	82	3	69	48	17	14	19	1.81
24979724--24979819	46	2.1	46	96	0	174	38	6	37	17	1.75
24987228--24987269	21	2.0	21	100	0	84	38	9	4	47	1.57
24991887--24991917	14	2.1	15	94	5	55	12	6	3	77	1.08
25012724--25012795	28	2.5	28	95	2	126	33	5	19	41	1.75
25012775--25013090	59	5.3	58	80	9	343	33	2	30	33	1.72
25012878--25013028	29	5.1	28	70	22	105	34	2	27	35	1.71
25012878--25013029	30	5.1	30	69	24	108	34	2	27	35	1.71
25012717--25013093	118	3.2	116	78	6	384	32	3	29	34	1.74
25013057--25013118	30	2.1	30	81	6	72	29	1	27	41	1.65
25015065--25015115	16	3.1	17	85	2	68	52	0	1	45	1.12
25015076--25015120	6	8.0	6	78	14	51	57	0	0	42	0.98
25015050--25015122	27	2.7	27	82	0	83	47	1	2	47	1.24
25015076--25015120	16	2.7	17	89	6	74	57	0	0	42	0.98
25015174--25015203	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
25017463--25017491	12	2.3	13	94	5	51	17	0	82	0	0.66
25020453--25020493	2	20.5	2	100	0	82	0	0	48	51	1.00
25024467--25024523	30	2.0	29	83	13	73	31	7	5	56	1.49
25039362--25039566	105	2.0	104	92	0	338	33	12	24	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25039559--25039587	15	1.9	15	100	0	58	86	0	13	0	0.58
25044740--25044791	17	3.1	17	70	10	52	73	1	3	21	1.10
25044736--25044849	34	3.2	34	80	14	131	63	4	6	26	1.37
25044843--25044870	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
25048670--25048863	97	2.0	97	85	2	264	38	13	17	29	1.89
25049089--25049580	59	8.4	59	79	7	350	39	4	24	31	1.75
25049161--25049580	29	14.3	29	73	8	244	40	3	24	31	1.73
25049161--25049576	88	4.7	89	76	10	331	39	3	24	31	1.73
25049563--25049622	29	2.1	29	93	6	104	31	3	23	41	1.71
25049092--25049609	88	5.9	87	74	12	321	39	4	24	32	1.75
25051375--25051423	17	2.9	17	84	0	62	57	4	2	36	1.30
25051727--25051765	21	1.9	21	94	5	71	41	20	20	17	1.91
25057778--25057815	18	2.1	18	90	0	58	13	10	13	63	1.53
25058239--25058468	115	2.0	115	100	0	460	24	23	20	31	1.98
25058777--25058822	21	2.2	21	84	7	58	19	13	15	52	1.75
25069957--25070004	21	2.3	21	89	7	71	64	0	33	2	1.05
25072426--25072465	21	1.9	21	90	10	64	17	7	20	55	1.66
25074907--25074986	29	2.8	27	73	16	72	48	25	13	12	1.77
25075423--25075471	25	2.0	25	91	0	80	44	14	18	22	1.85
25081719--25081764	21	2.2	22	85	14	62	21	10	15	52	1.73
25097191--25097504	21	16.6	20	61	26	73	11	20	33	34	1.89
25097172--25097260	37	2.4	37	90	0	142	11	23	31	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25097191--25097309	58	2.1	58	91	0	193	13	21	32	32	1.92
25097175--25097349	95	1.8	95	88	2	271	12	20	32	34	1.90
25097191--25097422	58	4.1	57	70	14	192	12	20	32	34	1.90
25097248--25097705	37	12.4	37	83	0	529	13	20	31	34	1.91
25100728--25100817	39	2.3	39	98	0	171	47	17	32	2	1.60
25100885--25100926	18	2.3	18	88	8	59	14	14	11	59	1.61
25110134--25110168	17	2.0	18	88	5	54	25	5	2	65	1.28
25111845--25112021	61	2.9	60	88	2	228	23	12	15	48	1.80
25121675--25121715	18	2.2	19	91	4	66	31	39	19	9	1.84
25125669--25125773	27	3.8	27	81	5	95	29	15	22	32	1.95
25125802--25125855	27	2.0	27	85	0	72	33	18	20	27	1.96
25125818--25125887	27	2.6	27	86	2	86	30	15	21	32	1.94
25131765--25131913	27	5.4	27	72	12	106	28	16	22	32	1.95
25131765--25131923	54	2.9	55	80	5	180	28	15	22	32	1.95
25131895--25131971	27	2.9	27	83	11	79	28	16	22	32	1.96
25131929--25132005	27	2.8	27	82	9	84	32	16	16	33	1.92
25134438--25134475	20	1.9	20	88	0	58	65	18	5	10	1.41
25135094--25135131	20	1.9	20	88	0	58	26	2	2	68	1.16
25135303--25135364	22	2.9	22	81	9	65	17	6	3	72	1.19
25135308--25135394	26	3.2	26	70	15	70	19	10	2	67	1.30
25139427--25139486	31	1.9	31	83	6	77	66	6	1	25	1.25
25139635--25139706	24	2.9	24	70	22	60	70	5	2	20	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25139751--25139831	25	3.2	25	79	13	76	64	1	8	25	1.30
25141462--25141756	101	3.0	101	79	8	286	26	18	19	35	1.95
25142158--25142222	29	2.3	29	97	2	123	33	15	26	24	1.95
25143169--25143298	68	1.9	68	98	0	251	21	10	20	48	1.78
25151197--25151224	5	5.6	5	100	0	56	78	0	21	0	0.75
25154421--25154492	37	2.0	36	94	2	126	55	11	8	25	1.62
25164802--25164866	18	3.6	18	91	0	103	35	27	21	15	1.94
25173623--25173710	38	2.3	38	79	9	99	28	12	23	35	1.91
25174630--25174696	29	2.3	29	97	0	125	37	23	2	35	1.71
25174943--25174998	17	3.3	17	82	0	67	51	12	17	17	1.75
25174969--25175008	17	2.4	17	91	0	62	55	10	17	17	1.69
25181671--25181704	10	3.5	10	88	8	52	0	20	0	79	0.73
25199449--25199523	15	5.3	15	71	20	54	73	5	2	18	1.15
25199488--25199548	20	3.2	20	73	11	56	72	6	1	19	1.16
25200421--25201067	49	13.2	49	74	5	376	19	22	17	40	1.91
25203682--25204468	391	2.0	391	99	0	1556	28	23	14	34	1.94
25208330--25208355	13	2.0	13	100	0	52	69	7	7	15	1.35
25210637--25210779	49	2.9	49	79	4	137	20	24	16	38	1.93
25210702--25210971	98	2.8	97	78	7	253	21	22	15	40	1.90
25210751--25211258	49	10.4	49	73	5	303	19	24	16	39	1.91
25210750--25211025	146	1.9	146	85	1	383	20	22	17	39	1.92
25210848--25211215	98	3.8	97	78	4	339	20	24	14	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25210751--25211226	244	1.9	245	84	2	634	19	23	16	39	1.91
25217726--25217801	40	1.9	40	88	0	116	21	26	10	42	1.85
25240329--25240359	15	2.1	15	100	0	62	58	12	16	12	1.64
25253643--25253705	21	3.0	21	69	4	56	41	33	11	14	1.81
25278712--25278757	24	2.0	23	87	8	67	60	4	26	8	1.44
25284054--25284090	12	3.1	12	88	0	56	75	0	8	16	1.02
25284054--25284094	17	2.4	17	88	8	57	75	0	7	17	1.02
25290025--25290061	17	2.2	17	95	0	65	35	0	37	27	1.57
25291700--25291851	71	2.1	71	96	0	277	27	8	33	30	1.87
25294359--25294438	38	2.1	38	86	2	108	33	21	11	33	1.89

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