genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

This is table  72  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22809706--22809778	29	2.5	28	84	8	85	27	0	5	67	1.13
22809742--22809814	19	3.8	19	75	10	76	31	1	2	64	1.16
22809747--22809810	17	3.5	17	71	19	56	31	1	3	64	1.19
22809736--22809814	39	2.0	39	85	4	106	31	1	2	64	1.15
22820436--22820496	20	3.0	20	68	15	54	26	0	6	67	1.15
22827336--22827367	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
22842816--22842864	18	2.8	16	77	17	53	53	14	20	12	1.73
22845177--22845215	21	1.9	21	89	5	62	69	7	10	12	1.37
22861031--22861077	17	2.8	17	80	0	58	51	14	17	17	1.77
22861595--22861669	6	13.0	6	76	18	70	46	0	4	49	1.20
22861594--22861669	17	4.4	17	80	11	84	46	0	3	50	1.20
22862294--22862342	2	26.0	2	80	12	59	44	0	2	53	1.12
22862299--22862355	14	4.2	13	84	11	62	40	0	1	57	1.09
22863411--22863679	29	9.2	29	77	9	181	34	24	3	37	1.72
22863421--22863637	59	3.7	59	80	7	187	34	23	3	38	1.73
22863510--22863902	29	13.5	29	77	6	260	34	26	3	36	1.73
22863624--22863813	61	3.2	58	82	5	206	35	25	2	35	1.70
22863510--22863813	90	3.5	87	79	4	299	34	25	2	36	1.70
22863736--22863833	28	3.5	28	80	4	92	35	28	2	33	1.69
22870766--22870888	59	2.1	59	81	4	149	38	5	13	42	1.69
22871945--22871979	17	1.9	17	88	11	52	42	2	0	54	1.15
22871890--22872002	9	12.3	9	70	13	70	34	2	1	61	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22881623--22881662	21	2.0	21	90	5	64	50	15	10	25	1.74
22883082--22883127	24	1.9	23	86	8	65	56	6	4	32	1.45
22885441--22885523	24	3.5	24	85	6	114	30	25	18	26	1.98
22888489--22888700	106	2.0	106	98	0	406	33	11	29	25	1.91
22891344--22891402	24	2.4	24	82	2	64	55	33	0	10	1.33
22892998--22893109	41	2.7	41	85	0	134	34	22	19	23	1.96
22897315--22897584	23	11.8	23	75	7	190	40	21	5	32	1.77
22897315--22897584	69	3.9	69	80	4	287	40	21	5	32	1.77
22897462--22897584	45	2.7	46	79	5	142	39	21	6	31	1.79
22908662--22908808	61	2.4	61	94	0	249	47	15	12	24	1.80
22909267--22909301	3	11.7	3	93	0	61	68	0	31	0	0.90
22912273--22912307	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
22914067--22914130	30	2.1	30	94	0	110	57	10	7	23	1.58
22914446--22914479	17	2.0	17	88	0	50	76	2	0	20	0.92
22915297--22915326	6	5.0	6	91	0	51	36	0	46	16	1.47
22917153--22917193	15	2.5	17	80	11	59	63	0	2	34	1.08
22928527--22928585	24	2.8	21	78	17	61	42	0	3	54	1.17
22929464--22929732	135	2.0	134	85	8	359	39	8	18	33	1.81
22934790--22934835	16	2.8	16	81	12	58	52	0	26	21	1.47
22937273--22937556	59	4.8	57	78	10	195	33	2	28	35	1.72
22937312--22937558	30	8.4	29	78	8	225	32	2	28	36	1.71
22938012--22938062	26	2.0	25	84	7	66	41	21	0	37	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22938652--22938695	7	5.7	7	80	19	52	68	2	2	27	1.14
22939779--22940271	39	12.7	39	75	8	403	23	20	32	23	1.98
22939770--22940194	117	3.6	117	86	2	568	23	19	32	24	1.97
22952603--22952663	29	2.1	29	81	6	70	36	6	26	31	1.82
22952616--22952847	29	7.9	29	72	9	145	36	3	25	34	1.73
22952653--22952721	30	2.3	30	80	9	79	34	2	24	37	1.71
22952616--22952866	87	2.8	87	82	6	265	36	3	25	35	1.73
22952705--22952842	59	2.4	59	79	9	158	39	2	23	34	1.70
22955854--22955916	20	3.0	21	82	13	69	53	1	4	39	1.31
22959367--22959581	43	5.0	43	84	3	220	27	26	18	26	1.98
22959506--22959595	43	2.1	43	81	4	101	28	24	13	33	1.93
22961394--22961542	30	5.0	28	79	11	147	30	5	21	42	1.75
22961524--22961587	29	2.2	29	86	5	85	37	1	21	39	1.63
22963166--22963420	40	6.4	40	75	6	166	23	18	26	30	1.98
22963142--22963428	79	3.6	79	78	8	296	24	18	27	30	1.98
22963472--22963618	50	2.9	50	87	2	179	19	25	20	34	1.96
22963485--22963636	50	3.0	50	86	1	162	18	23	22	35	1.96
22974683--22974738	15	3.4	17	75	20	57	64	12	0	23	1.27
22974776--22974928	30	5.2	29	75	12	109	34	5	21	38	1.76
22974778--22974928	60	2.6	58	80	11	171	35	5	21	38	1.76
22974819--22974927	29	3.7	29	79	9	105	34	3	22	38	1.72
22974789--22974940	29	5.1	29	74	11	87	38	4	19	38	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22975917--22975955	19	2.0	20	85	5	53	79	0	2	17	0.84
22983911--22983936	9	2.9	9	100	0	52	65	11	11	11	1.48
22984403--22984729	110	2.9	109	87	7	428	40	1	6	51	1.38
22984340--22984729	121	3.4	116	83	8	501	41	1	7	49	1.41
22984512--22984729	117	1.8	120	88	7	329	41	1	5	50	1.37
22989798--22989883	41	2.1	41	82	8	104	30	25	10	33	1.89
22993867--22993965	40	2.4	41	84	1	119	25	21	15	38	1.92
22993868--22993974	41	2.7	40	85	1	124	23	20	16	39	1.92
23003439--23003483	23	2.0	23	95	0	81	37	0	0	62	0.96
23007830--23007880	25	2.0	26	85	11	70	45	1	0	52	1.12
23009119--23009159	20	2.0	20	100	0	82	29	14	9	46	1.77
23010767--23010809	23	2.0	22	86	9	61	46	34	4	13	1.65
23011327--23011410	19	4.4	19	69	19	66	50	2	7	40	1.43
23011300--23011412	58	1.9	58	98	0	217	48	2	7	41	1.44
23012267--23012292	12	2.2	12	100	0	52	34	7	15	42	1.75
23012981--23013015	17	2.1	17	89	5	54	34	5	5	54	1.48
23016103--23016147	14	3.1	14	80	3	54	44	22	8	24	1.81
23018686--23018873	52	3.6	52	83	2	216	34	24	14	26	1.94
23020581--23020626	6	7.7	6	95	0	56	45	0	0	54	0.99
23020581--23020626	8	5.8	8	84	0	56	45	0	0	54	0.99
23020587--23020628	6	7.0	6	97	0	57	40	0	0	59	0.97
23020972--23021031	18	3.3	18	76	2	57	48	0	1	50	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23020968--23021033	19	3.7	17	72	20	55	50	0	1	48	1.10
23021148--23021184	13	2.5	15	87	12	51	51	5	0	43	1.24
23027137--23027285	76	2.0	76	90	0	235	44	5	6	43	1.51
23028399--23028890	30	16.6	30	81	7	470	33	1	28	36	1.67
23028399--23028870	59	8.0	61	82	5	411	34	1	27	36	1.66
23028396--23028891	89	5.6	89	81	5	497	33	1	28	36	1.67
23030726--23030781	26	2.2	26	83	0	67	33	0	8	57	1.30
23032996--23033329	35	9.1	38	74	11	107	43	14	15	26	1.86
23033022--23033271	73	3.4	72	80	10	262	43	14	16	26	1.86
23033062--23033384	108	3.0	109	78	7	284	44	14	15	25	1.84
23033078--23033385	73	4.2	73	81	5	279	45	13	15	25	1.83
23033177--23033414	73	3.3	71	78	6	246	44	13	15	26	1.83
23037133--23037471	36	9.3	36	86	6	450	34	14	24	26	1.94
23037133--23037471	74	4.7	72	86	5	450	34	14	24	26	1.94
23037151--23037466	110	2.9	108	88	4	447	34	14	24	26	1.94
23037480--23037885	141	2.9	142	86	3	529	31	22	19	25	1.98
23037457--23037885	140	3.1	140	84	5	528	31	21	20	26	1.98
23055488--23055550	27	2.3	27	88	0	90	25	17	6	50	1.69
23059511--23059553	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
23060599--23060653	13	4.2	13	90	4	92	38	21	23	16	1.93
23060602--23060654	27	2.0	27	100	0	106	33	22	24	18	1.97
23060604--23060667	27	2.4	27	89	0	92	35	26	21	15	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23060602--23060653	7	7.7	7	78	8	63	34	23	25	17	1.96
23060642--23060712	21	3.4	21	78	3	81	28	26	23	21	1.99
23060734--23060768	15	2.4	15	90	4	54	8	5	31	54	1.54
23060757--23060825	21	3.2	21	91	2	111	21	1	31	44	1.61
23061195--23061269	11	6.5	11	73	14	62	69	0	25	5	1.09
23061195--23061267	23	3.1	23	75	11	67	69	0	24	5	1.09
23066543--23066570	6	4.7	6	100	0	56	0	32	0	67	0.91
23103992--23104041	21	2.4	21	79	0	55	14	14	28	44	1.83
23109951--23110017	6	11.2	6	78	12	75	44	0	2	52	1.16
23109927--23109976	27	1.9	25	84	15	66	32	2	6	60	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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