genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

This is table  57  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18733856--18734344	156	3.2	153	83	4	533	25	31	18	24	1.97
18736398--18736898	30	16.9	29	75	14	262	36	24	3	35	1.73
18736418--18736684	59	4.5	58	77	9	236	37	25	1	35	1.64
18736398--18736714	89	3.6	89	79	6	311	36	25	2	35	1.69
18736391--18736707	119	2.7	120	82	5	340	36	25	1	35	1.67
18736688--18736770	29	2.8	28	81	15	80	32	21	8	37	1.84
18736384--18736760	119	3.2	117	80	7	323	36	24	2	36	1.71
18736747--18736846	29	3.5	29	84	1	112	37	26	5	32	1.78
18753350--18753415	29	2.2	30	81	5	80	31	4	25	37	1.76
18753366--18753588	29	7.7	29	73	13	156	37	4	23	34	1.75
18753378--18753588	59	3.6	57	76	8	176	36	4	23	35	1.76
18753283--18753564	88	3.2	86	78	13	219	37	5	23	33	1.78
18753366--18753660	29	10.1	29	72	15	132	36	4	24	33	1.77
18755456--18755496	10	3.8	10	82	17	55	56	2	0	41	1.13
18755456--18755502	23	2.1	22	92	4	76	55	6	0	38	1.26
18755470--18755516	17	2.8	17	80	0	58	53	6	0	40	1.27
18755946--18756289	158	2.2	160	88	1	503	23	22	19	35	1.96
18768384--18768420	18	2.1	19	85	10	51	67	2	10	18	1.32
18768558--18768817	29	8.9	30	80	7	204	35	2	24	37	1.68
18768558--18768811	116	2.2	116	81	8	304	35	2	24	37	1.69
18768589--18768842	88	2.9	88	78	11	256	35	3	23	37	1.71
18770657--18770714	10	5.8	10	74	22	59	55	3	0	41	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18770671--18770734	17	3.8	16	80	10	74	53	6	0	40	1.26
18770657--18770734	6	13.8	6	70	22	53	53	5	0	41	1.23
18773340--18773365	3	8.7	3	100	0	52	0	0	69	30	0.89
18776552--18776581	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
18776770--18776815	23	2.0	23	86	0	65	54	17	6	21	1.65
18777617--18777691	17	4.7	16	85	11	100	42	1	0	56	1.08
18777605--18777658	28	1.9	28	88	0	81	38	1	1	57	1.20
18777605--18777691	6	15.0	6	72	20	69	42	1	1	55	1.15
18777638--18777689	10	5.1	10	76	21	54	42	1	0	55	1.10
18777632--18777689	20	2.7	22	82	12	77	43	1	0	55	1.10
18777629--18777702	37	2.0	37	82	10	89	44	1	0	54	1.08
18779228--18779539	162	1.9	161	93	1	536	26	17	12	42	1.85
18779667--18779973	117	2.6	116	88	5	440	33	28	3	34	1.74
18779667--18779973	59	5.2	58	86	5	406	33	28	3	34	1.74
18779783--18779935	28	5.3	29	67	10	89	35	29	3	32	1.74
18792019--18792872	69	11.9	69	88	7	1135	34	15	19	30	1.93
18792432--18792872	75	5.9	76	93	1	728	34	15	18	31	1.92
18793138--18793207	6	12.0	6	72	17	58	42	0	1	55	1.08
18793144--18793205	10	6.0	10	77	19	56	41	0	0	58	0.98
18793156--18793205	20	2.4	21	80	12	68	42	0	0	58	0.98
18793151--18793231	30	2.8	30	76	10	78	49	0	0	50	1.00
18794250--18794306	27	2.1	27	83	6	71	71	5	19	3	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18794740--18795079	163	2.1	162	89	1	520	27	17	11	42	1.85
18795181--18795497	30	10.8	29	68	15	161	31	29	4	34	1.76
18795181--18795553	59	6.4	58	89	1	514	31	30	4	34	1.77
18795181--18795553	117	3.2	115	88	3	530	31	30	4	34	1.77
18798976--18799031	23	2.4	24	79	8	71	62	14	1	21	1.40
18803672--18803787	17	6.4	17	75	13	90	43	3	1	51	1.28
18803660--18803747	41	2.1	41	82	0	104	42	4	1	52	1.29
18803672--18803757	41	2.1	41	86	0	118	40	4	0	54	1.21
18805036--18805079	18	2.6	16	80	13	52	59	0	40	0	0.98
18805321--18805650	163	2.0	161	91	1	534	25	17	12	43	1.84
18805727--18805950	29	7.7	29	67	21	107	33	29	3	33	1.75
18805726--18806022	58	5.0	59	84	8	370	31	30	4	33	1.76
18805724--18806026	116	2.6	116	87	5	412	32	30	3	32	1.76
18805990--18806064	38	2.0	38	89	0	114	33	26	4	36	1.75
18818229--18818460	51	4.7	50	76	19	256	37	18	16	28	1.92
18818434--18818954	76	7.0	76	90	4	801	34	13	18	33	1.90
18818443--18818954	219	2.3	222	89	5	818	35	13	18	33	1.89
18819245--18819360	17	6.4	17	75	13	90	43	3	1	51	1.28
18819233--18819320	41	2.1	41	82	0	104	42	4	1	52	1.29
18819245--18819330	41	2.1	41	86	0	118	40	4	0	54	1.21
18820877--18821216	162	2.1	162	93	1	583	26	16	12	44	1.83
18821276--18821367	30	3.1	29	76	13	89	36	28	1	33	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18821288--18821425	29	4.8	28	72	18	95	34	29	2	33	1.70
18821288--18821470	58	3.1	59	85	7	226	33	30	2	33	1.72
18821428--18821508	38	2.1	38	88	0	117	32	28	6	33	1.82
18823687--18823752	29	2.3	30	82	12	77	27	1	13	57	1.45
18824895--18824930	18	2.0	18	94	0	63	30	27	30	11	1.91
18824934--18825002	28	2.5	28	90	0	111	34	15	30	18	1.93
18827671--18827782	22	5.4	22	79	14	114	7	6	20	66	1.39
18827727--18827782	17	3.1	17	87	7	76	8	7	17	66	1.42
18829237--18829311	28	2.7	28	87	0	105	33	14	29	22	1.94
18829259--18829333	28	2.7	28	85	0	96	32	16	29	22	1.95
18829607--18829651	17	2.6	17	80	13	56	40	2	4	53	1.33
18830463--18830501	15	2.5	15	87	8	51	51	0	0	48	1.00
18831651--18832079	117	3.7	118	89	4	604	31	30	3	34	1.75
18831653--18832079	175	2.4	174	87	4	610	31	29	3	34	1.75
18831653--18832082	29	14.7	29	68	24	205	31	30	3	34	1.75
18831651--18832079	58	7.3	59	88	3	584	31	30	3	34	1.75
18833172--18833198	10	2.7	10	100	0	54	7	22	0	70	1.12
18844278--18844894	76	8.0	76	92	1	1000	34	15	16	32	1.91
18844278--18844897	231	2.7	228	94	1	1051	34	15	16	32	1.91
18845172--18845260	17	5.2	17	84	8	110	35	2	4	57	1.32
18845173--18845220	23	2.1	23	84	7	62	37	2	2	58	1.22
18845190--18845256	6	11.7	6	70	20	54	40	1	4	53	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18846048--18846086	15	2.5	15	87	8	51	51	0	0	48	1.00
18846810--18847111	162	1.9	161	83	2	390	21	15	13	49	1.79
18847187--18847523	29	11.5	30	67	23	175	31	27	3	37	1.75
18847184--18847523	58	5.8	59	89	2	465	31	26	3	38	1.74
18847184--18847564	116	3.3	114	83	3	465	29	27	5	37	1.79
18848659--18848685	10	2.7	10	100	0	54	7	22	0	70	1.12
18851712--18851840	57	2.2	58	82	11	151	51	5	15	27	1.65
18852575--18852603	11	2.5	12	94	5	51	17	3	0	79	0.87
18856194--18856223	14	2.1	14	93	0	51	26	0	0	73	0.84
18856406--18856453	25	1.9	25	86	0	69	56	0	4	39	1.19
18857435--18857500	24	2.6	25	83	4	71	59	0	0	40	0.98
18864431--18864476	15	2.8	16	83	12	58	52	0	4	43	1.21
18864445--18864475	15	2.1	15	100	0	62	58	0	0	41	0.98
18870901--18870950	24	2.1	24	100	0	100	30	16	12	42	1.84
18870991--18871050	29	2.0	31	80	6	70	38	10	15	36	1.80
18874866--18874957	31	2.8	32	85	4	123	25	17	20	36	1.94
18893080--18893115	19	1.9	18	94	5	63	19	16	5	58	1.58
18897421--18897449	3	10.0	3	92	7	51	68	0	0	31	0.89
18904141--18904187	2	23.5	2	95	0	85	51	2	0	46	1.13
18905346--18905786	195	2.3	195	78	4	444	28	18	26	26	1.98
18906541--18906587	21	2.2	21	84	0	58	31	12	19	36	1.89
18909702--18909924	120	1.9	120	83	1	295	32	17	22	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18912872--18912912	19	2.2	19	100	0	82	19	17	7	56	1.64
18915214--18915261	24	2.0	24	84	8	62	45	0	0	54	0.99
18919754--18919791	15	2.4	17	82	13	53	34	0	0	65	0.93
18935683--18935717	18	1.9	18	94	0	61	8	11	0	80	0.92
18936046--18936071	12	2.2	12	100	0	52	15	7	0	76	0.99
18951096--18951139	21	2.3	19	81	14	54	40	0	0	59	0.98
18954361--18954397	12	3.1	12	88	0	56	18	10	40	29	1.85
18954361--18954409	24	2.0	24	88	0	71	18	12	38	30	1.87
18954361--18954409	12	4.1	12	83	0	53	18	12	38	30	1.87
18962925--18962954	15	2.1	14	93	6	51	43	6	20	30	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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