genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

This is table  87  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27494590--27494776	100	1.9	100	88	2	286	37	13	11	37	1.81
27498643--27499030	49	7.9	49	76	1	251	19	20	18	40	1.91
27498623--27499044	147	2.9	146	75	2	382	20	21	17	40	1.91
27498526--27499043	98	5.3	98	76	6	388	19	20	17	41	1.90
27503745--27503847	50	2.1	50	96	0	188	17	16	16	49	1.80
27510659--27510687	3	10.0	3	92	7	51	0	0	31	68	0.89
27513890--27513940	24	2.1	25	85	3	68	21	11	11	54	1.68
27519225--27519279	22	2.7	21	73	18	53	49	7	18	25	1.73
27520780--27520809	6	5.0	6	91	0	51	30	33	3	33	1.74
27521442--27521498	21	2.7	21	83	0	69	38	28	19	14	1.90
27521444--27521498	14	3.9	14	73	0	56	38	29	18	14	1.90
27521581--27521616	18	2.0	18	89	10	56	2	0	47	50	1.15
27522635--27522666	15	2.1	15	94	0	55	40	15	0	43	1.47
27527050--27527082	16	2.1	16	94	0	57	27	33	21	18	1.96
27550661--27550736	20	3.8	20	80	1	73	32	6	13	47	1.68
27551196--27551267	36	2.2	33	85	12	94	52	13	8	25	1.68
27557036--27557086	16	3.3	15	75	22	52	45	1	1	50	1.24
27557124--27557165	14	3.1	14	77	16	52	50	2	0	47	1.14
27559042--27559073	16	2.0	16	93	0	55	53	3	18	25	1.59
27562414--27562581	72	2.4	72	92	5	276	58	14	4	22	1.55
27563957--27564197	40	6.1	40	82	2	218	26	17	25	29	1.98
27563961--27564197	79	3.0	79	86	1	314	27	18	24	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27565116--27565167	18	2.9	18	86	11	79	40	11	7	40	1.70
27581257--27581401	26	5.6	26	77	8	127	23	16	30	29	1.96
27596213--27596307	26	3.7	25	83	9	113	20	20	33	26	1.96
27596213--27596319	51	2.1	52	86	8	148	22	18	31	27	1.97
27597105--27597199	49	1.9	49	89	0	145	23	17	27	31	1.97
27597110--27597214	49	2.1	49	84	3	131	24	19	27	28	1.98
27611893--27611957	26	2.5	26	77	2	78	33	23	15	27	1.95
27617307--27617674	62	6.1	61	80	9	314	29	18	14	37	1.91
27617307--27617674	121	3.1	115	79	10	355	29	18	14	37	1.91
27617307--27617672	60	6.1	59	78	11	223	29	18	14	37	1.90
27627659--27627716	21	2.8	21	81	0	71	32	22	13	31	1.93
27629155--27629179	13	1.9	13	100	0	50	32	20	8	40	1.81
27629972--27630314	52	6.6	52	89	0	472	36	23	13	26	1.92
27648798--27648844	20	2.4	21	82	13	64	46	4	0	48	1.21
27649860--27649935	31	2.5	31	82	2	100	27	18	10	43	1.83
27650134--27650298	29	5.6	29	70	14	115	46	10	16	26	1.80
27650154--27650326	58	2.9	58	83	5	213	49	10	15	24	1.76
27669924--27670549	191	3.3	184	80	6	637	33	17	23	25	1.96
27670079--27670539	191	2.4	192	86	1	665	32	18	23	25	1.97
27669924--27670665	93	7.7	99	77	8	531	34	18	22	25	1.96
27670878--27670914	15	2.5	15	90	0	56	81	5	0	13	0.86
27672536--27672560	11	2.3	11	100	0	50	0	0	8	92	0.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27679726--27679762	17	2.2	17	90	0	56	59	8	10	21	1.56
27680228--27680259	15	2.1	15	94	0	55	6	46	6	40	1.54
27697507--27697532	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
27740599--27740646	20	2.5	19	83	6	53	16	6	6	70	1.28
27742769--27742809	17	2.5	17	88	4	57	14	14	9	60	1.57
27752007--27752060	24	2.2	25	93	3	92	44	1	20	33	1.62
27752385--27752419	16	2.2	16	94	0	61	54	11	2	31	1.51
27752750--27752969	109	2.0	109	91	1	361	26	20	14	38	1.91
27761194--27761225	13	2.4	14	94	5	57	15	21	25	37	1.93
27767546--27767587	21	2.0	22	85	4	59	11	19	4	64	1.44
27778288--27778322	15	2.3	15	100	0	70	48	14	5	31	1.67
27817575--27817646	30	2.4	30	80	2	72	38	8	18	34	1.80
27817597--27817678	30	2.7	29	83	3	83	34	6	23	36	1.79
27821607--27821712	21	5.2	20	74	8	72	50	11	5	33	1.62
27826434--27826537	56	1.9	57	83	11	139	57	1	3	36	1.28
27826970--27827034	33	1.9	34	90	3	105	46	1	0	52	1.10
27834945--27834995	24	2.1	24	85	0	66	23	19	25	31	1.98
27835723--27835762	21	1.9	21	84	0	53	12	17	27	42	1.85
27839670--27839720	24	2.1	24	85	0	66	27	21	23	27	1.99
27840316--27840370	24	2.4	23	82	8	60	32	5	27	34	1.80
27840450--27840503	21	2.6	21	93	0	90	9	16	24	50	1.74
27841405--27841458	20	2.7	20	88	0	72	33	9	25	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27843166--27843192	14	1.9	14	100	0	54	59	0	0	40	0.98
27845013--27845057	22	2.0	22	100	0	90	26	42	4	26	1.74
27853856--27853891	7	5.0	7	89	3	54	47	0	0	52	1.00
27855453--27855508	17	3.2	17	78	12	60	42	30	12	14	1.82
27862759--27862799	21	2.0	21	95	0	73	60	9	21	7	1.52
27862944--27862985	17	2.5	16	82	17	50	16	14	16	52	1.75
27869680--27869736	30	1.9	30	92	0	96	64	0	33	1	1.04
27870269--27870320	18	2.9	17	76	18	52	61	0	34	3	1.14
27876029--27876086	22	2.9	20	80	12	66	34	0	6	58	1.25
27876034--27876084	18	2.6	18	81	12	57	29	0	7	62	1.23
27877208--27877274	31	2.2	31	82	10	77	26	0	8	64	1.23
27883410--27883620	75	2.8	75	91	0	332	9	45	9	35	1.70
27883651--27883740	2	47.0	2	73	8	62	3	44	1	51	1.25
27884583--27884617	18	2.0	17	88	5	52	42	0	2	54	1.15
27889486--27889524	17	2.3	17	86	8	53	15	12	23	48	1.79
27891094--27891168	29	2.5	29	82	6	87	40	6	5	48	1.52
27891090--27891168	31	2.6	30	82	6	97	40	7	5	46	1.54
27891554--27891594	21	2.0	21	85	9	57	34	12	7	46	1.69
27896419--27896463	20	2.3	20	84	3	56	8	28	24	37	1.86
27896434--27896625	20	9.6	20	76	10	133	13	34	20	31	1.92
27896434--27896623	60	3.2	58	84	3	173	13	34	21	31	1.92
27896489--27896625	60	2.3	60	90	0	211	16	35	18	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27898106--27898151	23	2.0	23	82	0	56	36	13	4	45	1.63
27900490--27900543	21	2.6	21	82	5	65	31	29	7	31	1.85
27904481--27904804	158	2.1	158	86	0	459	22	21	23	32	1.98
27908800--27908854	18	3.1	17	89	5	74	49	0	1	49	1.11
27909576--27909614	21	1.9	19	85	10	51	23	35	17	23	1.95
27910397--27910669	28	9.8	28	82	1	316	34	21	18	24	1.96
27913522--27913593	21	3.5	20	81	7	81	34	27	12	25	1.92
27913522--27913603	42	2.0	42	82	4	103	36	28	10	24	1.89
27919271--27919400	51	2.5	51	92	0	215	33	26	12	27	1.92
27923993--27924052	27	2.4	25	78	15	61	66	1	30	1	1.11
27926718--27926764	22	2.2	22	92	3	78	74	4	6	14	1.17
27931650--27931797	30	5.0	30	78	9	135	31	5	26	37	1.79
27931647--27931800	58	2.6	59	82	9	174	29	5	27	37	1.78
27933944--27934084	48	2.9	48	88	0	156	22	23	15	38	1.92
27933803--27934294	257	1.9	256	88	1	743	24	21	16	37	1.94
27934220--27934377	85	1.9	85	82	0	199	23	23	16	36	1.94
27934011--27934398	209	1.9	209	89	1	607	22	21	17	38	1.93
27934572--27934988	39	10.7	39	69	8	213	25	18	31	24	1.98
27934508--27934988	78	6.2	78	79	2	473	25	18	31	24	1.97
27934508--27934954	156	2.9	156	82	3	531	25	17	31	25	1.97
27935229--27935323	49	1.9	50	84	2	129	22	30	12	34	1.91
27935229--27935363	50	2.7	50	82	3	139	20	30	14	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27946898--27946928	16	1.9	16	93	0	53	54	6	12	25	1.62
27947074--27947134	29	2.1	29	81	3	70	32	8	24	34	1.85
27947093--27947234	30	4.8	29	81	5	142	31	9	23	35	1.87
27947093--27947234	59	2.4	59	82	6	164	31	9	23	35	1.87
27947259--27947552	161	1.8	162	80	5	362	47	11	18	22	1.80
27948243--27948274	15	2.1	15	94	0	55	28	0	0	71	0.86
27955339--27955455	25	4.6	25	87	4	146	20	15	29	35	1.93
27956677--27956737	22	2.8	22	85	7	72	72	3	11	13	1.24
27956703--27956732	15	1.9	16	93	6	53	70	3	13	13	1.30
27957537--27957579	19	2.3	19	84	8	52	58	4	0	37	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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