genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

This is table  81  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25605631--25605668	12	3.2	12	92	0	67	34	5	15	44	1.69
25606348--25606405	28	2.1	28	87	9	84	36	3	12	48	1.57
25606356--25606406	13	3.9	13	76	16	52	37	3	11	47	1.59
25607263--25607307	18	2.5	18	85	0	54	35	31	13	20	1.91
25612234--25612284	23	2.2	24	86	6	70	47	17	13	21	1.82
25613406--25613431	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
25616571--25616628	28	2.0	30	83	6	75	22	12	3	62	1.45
25618257--25618303	21	2.2	21	79	17	53	31	19	0	48	1.49
25626648--25626687	20	2.0	20	85	0	53	32	7	30	30	1.85
25626416--25626948	239	2.2	241	97	2	1018	29	14	25	30	1.95
25629722--25629821	52	1.9	52	95	0	182	30	19	21	30	1.97
25630061--25630114	20	2.7	20	82	5	65	27	9	29	33	1.88
25633473--25633670	29	6.8	29	70	6	114	32	7	26	33	1.83
25633522--25633689	88	1.9	88	84	7	225	36	5	23	33	1.79
25633676--25633775	30	3.4	30	68	16	73	40	2	23	35	1.66
25633663--25633774	59	1.9	59	81	7	138	41	2	23	33	1.68
25633566--25633741	89	2.0	88	82	5	212	36	4	23	35	1.76
25633738--25633833	28	3.3	29	70	21	83	39	4	21	34	1.73
25633587--25633893	29	10.4	28	66	19	101	38	4	23	33	1.74
25633676--25633893	59	3.7	58	77	8	226	38	3	23	33	1.71
25633676--25633968	117	2.5	116	78	9	274	37	4	23	33	1.76
25633803--25633968	29	5.7	29	73	13	90	36	5	25	32	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25633816--25633986	30	5.8	30	73	13	97	36	5	23	34	1.78
25635995--25636068	6	12.7	6	77	16	75	52	1	2	43	1.23
25635987--25636043	17	3.3	17	80	11	71	47	0	7	45	1.30
25635995--25636068	23	3.5	22	84	12	84	52	1	2	43	1.23
25636036--25636092	17	3.3	17	80	4	69	57	7	1	33	1.36
25635994--25636076	18	4.4	18	76	16	78	54	2	2	40	1.27
25636037--25636085	18	2.8	18	84	3	64	59	8	0	32	1.27
25636388--25637059	209	3.2	208	88	2	954	23	22	18	35	1.95
25649187--25649356	58	2.9	58	83	3	191	35	2	25	36	1.71
25649189--25649377	87	2.2	85	81	9	211	34	2	24	38	1.70
25649184--25649390	29	7.1	30	76	12	155	33	2	28	36	1.70
25652865--25652899	15	2.3	15	85	0	52	45	37	2	14	1.59
25660127--25660243	62	1.9	61	86	5	166	52	3	1	41	1.28
25664875--25664909	13	2.7	13	90	0	52	17	28	14	40	1.88
25668367--25668427	21	2.9	21	77	2	59	55	1	6	36	1.36
25669470--25669536	9	7.3	9	72	8	55	34	0	1	64	1.03
25669470--25669522	19	2.8	18	78	10	52	32	0	1	66	1.03
25669992--25670056	20	3.2	20	79	12	71	41	3	1	53	1.25
25670023--25670155	62	2.2	58	83	10	162	40	3	3	51	1.38
25670167--25670197	11	2.8	11	90	0	53	35	9	12	41	1.76
25671275--25671368	29	3.1	30	78	4	100	40	2	24	32	1.67
25671275--25671392	30	3.9	30	73	5	96	39	3	25	31	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25672726--25672784	23	2.6	23	94	0	100	11	13	52	22	1.72
25675885--25675954	30	2.4	28	81	9	86	45	7	2	44	1.46
25677154--25677206	28	1.9	27	88	0	70	52	7	7	32	1.58
25680998--25681055	22	2.5	22	76	15	55	60	1	1	36	1.17
25688603--25688649	20	2.3	20	92	0	76	31	2	17	48	1.58
25692146--25692246	28	3.5	30	81	9	111	26	6	10	55	1.60
25692201--25692315	61	1.9	61	90	0	185	26	13	10	48	1.75
25692651--25692687	19	1.9	19	100	0	74	56	5	10	27	1.55
25697572--25697712	49	2.9	48	81	3	140	55	7	5	31	1.50
25699159--25699194	13	2.8	13	82	0	54	69	8	2	19	1.27
25700151--25700312	80	2.0	80	98	0	315	14	35	6	43	1.71
25700284--25700330	24	2.0	25	91	8	80	10	40	0	48	1.38
25700478--25700538	28	2.1	28	85	11	79	6	19	1	72	1.16
25702024--25702468	82	5.5	82	83	3	467	47	11	11	30	1.74
25705236--25705280	23	2.1	23	88	12	69	26	6	11	55	1.59
25710345--25710443	26	3.8	26	87	0	144	22	18	26	33	1.96
25712932--25712988	26	2.1	28	87	6	82	35	5	10	49	1.60
25712951--25712989	13	2.8	13	88	7	51	38	2	10	48	1.51
25719645--25719705	23	2.5	24	84	12	81	3	24	0	72	1.00
25719647--25719691	12	4.1	11	86	11	65	0	22	0	77	0.76
25719658--25719691	16	2.0	18	88	11	54	0	20	0	79	0.73
25719647--25719703	30	1.9	29	83	16	73	1	22	0	75	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25728284--25728324	16	2.5	17	84	15	59	26	2	0	70	0.99
25732609--25732651	21	2.0	23	86	9	63	25	32	2	39	1.69
25737406--25737456	21	2.4	21	83	9	68	80	7	11	0	0.90
25737861--25738124	42	6.5	42	84	6	353	21	16	24	38	1.93
25737861--25738124	78	3.2	81	86	5	372	21	16	24	38	1.93
25737881--25738122	120	2.0	119	90	0	376	21	14	24	38	1.91
25738646--25738695	25	1.9	27	84	8	68	50	0	12	38	1.40
25738778--25738815	19	2.0	19	94	0	67	36	0	13	50	1.42
25738498--25738957	149	3.0	152	86	4	644	43	3	10	42	1.54
25742582--25743013	82	5.4	82	83	6	483	44	11	13	30	1.79
25742647--25743013	82	4.5	81	85	2	486	44	10	14	29	1.79
25742593--25743013	163	2.6	163	84	3	514	44	10	14	30	1.79
25743463--25743605	50	2.9	50	82	2	164	56	9	4	29	1.50
25744549--25744646	12	8.2	12	70	7	65	68	18	4	9	1.33
25744533--25744661	44	2.9	43	73	12	107	68	17	3	10	1.34
25744620--25744686	19	3.4	20	78	8	66	68	22	2	5	1.25
25744805--25744836	16	2.0	16	100	0	64	18	12	18	50	1.78
25763896--25764374	69	7.0	68	82	6	536	39	24	4	31	1.75
25764274--25764312	20	2.0	20	89	0	60	43	25	5	25	1.75
25763892--25764370	23	20.9	23	73	4	351	38	24	4	32	1.75
25771120--25771152	11	3.3	10	88	12	50	9	9	12	69	1.36
25782118--25782259	15	9.5	15	84	1	151	26	11	22	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25782118--25782257	30	4.7	30	84	1	183	27	12	22	37	1.90
25782122--25782257	59	2.3	60	88	1	193	26	11	22	38	1.89
25783938--25783980	22	1.9	23	85	4	61	23	23	0	53	1.46
25788870--25788902	12	2.6	13	95	4	59	72	12	0	15	1.12
25798767--25798823	21	2.8	21	81	7	73	28	7	26	38	1.82
25807219--25807657	191	2.3	191	97	0	815	28	20	25	26	1.99
25811064--25811232	85	2.0	85	90	0	266	33	14	11	41	1.81
25811534--25811618	30	2.8	30	75	12	68	57	3	7	31	1.42
25818203--25818259	20	3.0	20	74	23	59	50	0	3	45	1.18
25818213--25818284	29	2.4	29	88	4	99	52	1	2	43	1.24
25818213--25818291	31	2.6	30	79	13	83	50	1	2	45	1.23
25818422--25818462	21	2.0	21	90	0	64	26	21	14	36	1.93
25824887--25824920	15	2.2	16	89	5	52	67	0	0	32	0.91
25824940--25825216	137	2.0	137	98	0	536	38	11	14	34	1.83
25825773--25825810	18	2.1	18	100	0	76	42	13	10	34	1.78
25830179--25830213	18	1.9	18	100	0	70	57	2	5	34	1.37
25833577--25833865	150	1.9	150	83	2	375	23	21	22	33	1.97
25834044--25834105	17	3.6	17	80	8	81	38	0	4	56	1.21
25834069--25834133	6	11.2	6	73	6	62	43	3	1	52	1.26
25834044--25834115	34	2.1	35	89	2	110	41	0	4	54	1.20
25834044--25834133	35	2.6	34	85	1	108	42	2	3	52	1.30
25834134--25834179	14	3.4	13	85	8	65	58	15	8	17	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25834878--25834930	3	17.3	3	81	11	63	62	1	0	35	1.06
25836017--25836297	30	9.6	29	75	18	194	37	25	2	35	1.68
25836017--25836414	29	13.7	30	76	13	311	36	27	2	33	1.72
25836017--25836436	59	7.2	59	80	8	407	36	27	3	32	1.73
25838982--25839084	53	1.9	52	88	7	145	42	0	0	56	1.06
25838982--25839098	58	2.1	57	90	7	186	41	0	0	57	1.05
25839058--25839100	22	2.0	22	86	9	61	32	0	0	67	0.91
25839297--25839339	17	2.5	17	76	3	50	37	4	0	58	1.19
25846367--25846405	19	2.1	19	85	9	53	33	17	15	33	1.92
25847496--25847537	18	2.2	20	79	12	52	76	2	16	4	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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