genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

This is table  18  of  182  ( 21729 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7369437--7369504	19	3.5	20	74	15	70	50	2	2	44	1.32
7371227--7371267	21	1.9	22	90	5	66	53	0	2	43	1.13
7376559--7377279	362	2.0	362	97	0	1370	34	23	16	25	1.95
7380385--7380453	10	6.6	10	76	17	52	60	0	2	36	1.11
7380393--7380453	30	2.0	32	81	12	74	60	0	3	36	1.13
7391465--7391500	3	12.0	3	100	0	72	33	0	66	0	0.92
7392500--7392550	25	2.0	26	88	3	77	49	11	5	33	1.64
7392622--7392669	23	2.2	21	82	14	53	50	4	0	45	1.21
7409486--7409612	23	5.4	23	76	5	85	12	22	19	44	1.84
7409487--7409609	25	5.2	25	66	25	61	13	23	18	44	1.85
7410476--7410641	23	7.4	23	74	14	150	42	22	24	11	1.86
7410482--7410556	39	1.9	39	91	0	123	44	21	22	12	1.85
7410521--7410641	48	2.6	46	87	7	172	39	23	25	11	1.88
7416169--7416219	24	2.3	22	83	16	61	33	3	0	62	1.13
7416172--7416219	25	1.9	26	87	8	73	33	4	0	62	1.14
7416288--7416345	21	2.7	21	84	7	73	50	0	1	48	1.11
7418064--7418115	18	2.9	18	77	5	52	30	3	1	63	1.23
7420595--7420737	23	6.4	23	73	15	122	42	21	24	11	1.85
7420601--7420675	39	1.9	39	91	0	123	44	21	22	12	1.85
7420640--7420737	48	2.1	46	84	7	126	39	22	26	11	1.87
7423865--7423907	17	2.5	17	78	10	52	25	2	2	69	1.12
7429319--7429361	15	2.8	16	85	3	52	65	4	0	30	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7432212--7432380	23	7.4	22	80	9	135	11	23	21	43	1.85
7432213--7432334	46	2.7	46	85	2	165	11	22	21	44	1.84
7432236--7432380	69	2.1	66	85	10	184	12	22	20	44	1.85
7433081--7433128	16	2.8	17	87	6	62	37	2	2	58	1.22
7433120--7433147	13	2.2	13	100	0	56	50	0	0	50	1.00
7433890--7434033	58	2.5	60	73	15	140	34	2	4	58	1.31
7434181--7434243	27	2.3	27	94	0	108	19	33	31	15	1.93
7436438--7436465	6	4.7	6	100	0	56	17	17	28	35	1.93
7436438--7436480	18	2.4	18	84	3	52	23	18	30	27	1.98
7439510--7439700	96	2.0	95	90	1	301	39	13	16	30	1.87
7443055--7443081	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
7461267--7461306	19	2.1	19	90	0	62	47	22	10	20	1.79
7462640--7462679	21	2.0	20	85	5	53	42	5	25	27	1.75
7467115--7467178	24	2.7	23	71	7	65	48	20	23	7	1.75
7467643--7467681	19	2.0	20	90	10	62	46	7	0	46	1.31
7471463--7471487	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
7473473--7473535	29	2.3	26	81	10	63	44	17	9	28	1.80
7478287--7478341	28	2.0	28	86	13	78	61	1	1	34	1.17
7481421--7481455	14	2.4	14	85	4	52	14	5	0	80	0.89
7481759--7481823	30	2.1	31	85	2	87	36	10	12	40	1.78
7507619--7507684	31	2.1	31	91	0	105	50	4	12	33	1.60
7510866--7510921	29	1.9	29	88	0	85	60	25	0	14	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7512863--7512907	19	2.4	19	81	7	56	37	0	4	57	1.19
7519725--7519759	6	5.8	6	96	0	61	0	0	45	54	0.99
7523244--7523324	30	2.7	31	77	7	87	23	7	19	49	1.73
7525821--7525900	24	3.4	24	82	3	117	30	12	15	42	1.83
7525813--7525948	47	2.9	47	88	5	179	29	11	16	42	1.83
7532036--7532060	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
7532640--7532690	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
7537085--7537112	14	2.0	14	100	0	56	28	0	0	71	0.86
7539630--7539688	31	2.0	29	84	15	77	54	10	0	35	1.34
7539722--7539798	39	1.9	39	82	12	95	61	3	2	32	1.28
7541939--7542098	56	2.8	57	79	6	180	51	2	1	44	1.22
7548840--7548948	54	2.0	54	100	0	218	18	19	12	49	1.79
7549334--7549389	28	2.0	28	100	0	112	25	10	28	35	1.89
7563669--7563789	23	5.2	23	82	11	156	11	25	23	39	1.88
7563669--7563789	48	2.6	46	87	7	172	11	25	23	39	1.88
7563754--7563828	39	1.9	39	91	0	123	12	22	21	44	1.85
7563788--7563881	23	4.0	23	75	16	86	11	25	19	43	1.84
7564789--7564836	24	1.9	25	87	8	71	25	20	6	47	1.73
7567095--7567134	20	2.0	21	90	5	64	35	0	0	65	0.93
7567071--7567129	26	2.4	25	72	16	61	40	0	1	57	1.09
7571981--7572035	20	2.7	20	86	8	67	40	0	0	60	0.97
7582285--7582522	123	1.9	126	84	4	322	39	9	7	43	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7585130--7585399	133	2.0	133	92	0	450	32	25	11	30	1.91
7586290--7586319	6	5.0	6	91	0	51	46	0	3	50	1.18
7592521--7592547	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
7603964--7603994	14	2.2	14	94	0	53	48	0	0	51	1.00
7611692--7611744	26	2.0	26	96	0	97	50	3	5	39	1.44
7627448--7627497	21	2.4	21	86	3	75	56	10	4	30	1.51
7655836--7655871	17	2.2	17	90	5	56	69	0	5	25	1.10
7656085--7656155	30	2.4	29	75	15	72	54	2	0	42	1.14
7658415--7658463	18	2.7	18	80	0	53	24	20	14	40	1.89
7659457--7659516	9	6.7	9	76	14	61	45	0	0	55	0.99
7659693--7659718	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
7660806--7660852	20	2.3	20	78	7	51	44	2	6	46	1.40
7661360--7661398	19	2.1	19	90	0	60	51	2	7	38	1.44
7661694--7661759	23	2.9	23	81	4	80	31	12	16	39	1.85
7663913--7663937	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
7663631--7664151	261	2.0	257	98	1	1006	34	15	14	34	1.88
7669777--7670010	56	4.2	54	78	13	219	28	14	10	47	1.77
7669781--7670002	112	2.0	111	88	8	335	27	13	10	47	1.76
7670020--7670077	14	4.5	13	70	21	50	67	1	1	29	1.11
7670212--7670267	29	1.9	29	82	7	69	33	7	10	48	1.65
7676022--7676176	21	7.3	20	71	15	89	68	17	5	8	1.35
7676052--7676107	12	4.7	12	79	0	67	66	21	7	5	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7676101--7676136	18	2.0	18	94	0	63	75	11	2	11	1.16
7676092--7676193	40	2.6	39	81	6	116	67	18	5	7	1.36
7676574--7676644	30	2.3	30	83	9	81	40	2	5	50	1.40
7679648--7679758	31	3.6	30	83	7	123	30	5	9	54	1.54
7679981--7680081	31	3.4	30	68	22	86	47	8	17	25	1.77
7679953--7680081	59	2.2	59	87	2	179	48	9	16	26	1.76
7695697--7695742	22	2.1	22	84	8	58	56	2	4	36	1.31
7696231--7696273	9	4.7	9	80	13	52	32	0	2	65	1.06
7696232--7696281	18	2.7	19	84	12	68	32	0	2	66	1.03
7696707--7696747	8	4.7	9	82	11	50	36	0	0	63	0.95
7696703--7696743	18	2.3	19	79	8	50	41	0	0	58	0.98
7696719--7696751	16	2.1	16	88	11	50	42	0	0	57	0.98
7698343--7698378	14	2.6	14	90	0	54	80	0	19	0	0.71
7704011--7704054	22	2.2	19	84	12	52	43	0	2	54	1.12
7704159--7704209	23	2.2	23	82	6	59	50	5	9	33	1.59
7704361--7704411	27	1.9	26	84	4	66	21	1	11	64	1.36
7725045--7725084	13	3.1	12	86	13	53	45	0	7	47	1.31
7736894--7736927	8	4.2	8	88	11	52	2	11	0	85	0.71
7739807--7739919	59	1.9	60	83	5	149	29	13	6	51	1.65
7740201--7740287	30	2.8	30	81	6	95	45	8	18	27	1.77
7740221--7740323	30	3.6	29	73	25	94	44	6	20	28	1.77
7740598--7740629	15	2.3	15	89	10	50	28	0	9	62	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7744664--7744869	102	2.0	103	93	2	353	19	18	22	38	1.93
7762246--7762294	23	2.1	23	88	0	71	44	8	0	46	1.33
7763074--7763272	54	3.7	54	78	1	184	23	18	18	39	1.92
7763074--7763272	108	1.8	108	83	2	265	23	18	18	39	1.92
7762518--7764459	618	3.1	614	82	4	2095	31	16	17	34	1.92
7763692--7763888	54	3.6	54	78	4	191	28	21	13	36	1.91
7764307--7764460	54	2.8	55	81	3	197	27	23	12	37	1.90
7766389--7766439	19	2.7	20	73	11	54	29	1	0	68	1.00
7780456--7780784	162	2.0	162	92	0	541	35	19	20	23	1.96
7785679--7785703	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182