genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  59  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19177565--19177758	97	2.0	97	85	2	264	28	17	15	38	1.91
19186061--19186124	29	2.2	29	83	5	76	31	1	6	60	1.30
19188566--19188604	18	2.2	18	86	9	53	20	23	0	56	1.42
19189646--19189696	18	2.9	17	82	8	66	45	0	0	54	0.99
19189654--19189696	21	2.0	21	86	0	59	39	0	0	60	0.97
19198308--19198392	30	2.7	30	80	12	100	5	7	20	67	1.36
19198380--19198421	18	2.2	20	83	8	52	9	4	14	71	1.28
19205407--19205444	9	4.2	9	83	12	51	50	10	10	28	1.70
19205407--19205444	18	2.1	18	90	0	58	50	10	10	28	1.70
19207250--19207359	11	9.6	11	72	14	80	67	7	0	25	1.16
19207252--19207347	36	2.8	33	78	10	111	66	7	0	26	1.17
19207296--19207353	19	3.0	20	82	10	75	68	8	0	22	1.16
19209506--19209588	33	2.5	34	82	7	107	59	1	1	38	1.13
19213513--19213561	25	2.0	25	91	0	80	61	4	18	16	1.50
19223802--19223998	96	2.1	96	91	0	313	52	14	9	23	1.70
19224019--19224062	9	4.8	9	83	11	54	2	25	0	72	0.96
19224019--19224064	17	2.5	20	86	13	71	2	26	0	71	0.97
19225104--19225147	22	2.0	22	82	8	54	29	9	2	59	1.41
19225478--19225524	17	2.7	17	77	9	51	21	0	6	72	1.07
19225483--19225537	28	2.0	27	82	10	67	25	0	5	69	1.10
19227124--19227185	18	3.2	18	77	20	63	58	1	3	37	1.24
19234057--19235034	252	3.9	252	93	1	1554	38	14	28	19	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19239553--19240531	252	3.9	252	93	0	1554	19	28	14	37	1.91
19249955--19250002	18	2.6	19	76	6	53	41	4	16	37	1.68
19252482--19252511	15	2.0	15	100	0	60	53	6	13	26	1.64
19252242--19252755	259	2.0	254	85	5	694	42	11	12	32	1.80
19256712--19256747	18	2.0	18	88	0	54	47	8	0	44	1.33
19258886--19258928	21	2.0	22	81	4	52	30	20	20	27	1.98
19276870--19276895	4	6.5	4	100	0	52	0	0	23	76	0.78
19277850--19277951	9	10.2	9	71	18	53	36	0	1	60	1.14
19277847--19277931	44	1.9	45	83	7	111	37	0	2	60	1.10
19277900--19277963	20	3.2	20	84	8	78	39	1	3	56	1.25
19277907--19277963	19	3.0	18	84	7	62	40	1	1	56	1.20
19284186--19284234	21	2.3	20	86	10	71	30	4	12	53	1.57
19292557--19292586	14	2.1	14	93	0	51	73	3	6	16	1.18
19295398--19295439	21	2.0	21	90	9	68	28	11	11	47	1.76
19303381--19303418	18	2.1	19	85	5	51	26	13	21	39	1.89
19304010--19304040	15	2.1	15	100	0	62	38	22	6	32	1.80
19305925--19306146	58	3.8	59	78	7	202	37	6	23	32	1.80
19306099--19306229	29	4.5	29	82	9	160	36	1	25	36	1.65
19306099--19306229	59	2.2	59	85	9	171	36	1	25	36	1.65
19306203--19306269	30	2.2	30	81	0	71	37	2	23	35	1.71
19306136--19306270	59	2.3	59	79	7	139	36	2	22	37	1.70
19308001--19309060	201	5.2	201	84	3	1253	22	22	19	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19309138--19309281	78	1.8	78	83	2	191	29	17	25	27	1.97
19309138--19309304	78	2.1	78	80	4	176	29	18	25	25	1.98
19309662--19310157	150	3.3	150	86	2	703	14	24	20	40	1.89
19309663--19310174	50	10.3	51	72	10	337	13	24	20	40	1.89
19311285--19311413	5	25.0	5	77	16	97	0	21	0	78	0.75
19311291--19311413	27	4.3	27	78	17	117	0	20	0	79	0.73
19311286--19311413	39	3.2	38	81	12	150	0	21	0	78	0.74
19311326--19311411	3	30.7	3	76	15	69	0	22	0	77	0.76
19316845--19316965	59	2.1	58	83	13	151	38	5	22	33	1.78
19316923--19317031	29	3.8	28	78	13	96	35	3	25	34	1.74
19316981--19317054	29	2.5	28	82	10	85	41	1	18	37	1.59
19316981--19317127	60	2.5	60	81	7	174	38	2	25	34	1.68
19316951--19317083	30	4.4	29	75	16	94	37	2	24	35	1.68
19316976--19317123	30	4.9	30	75	14	108	37	2	25	35	1.68
19319249--19319576	158	2.1	158	81	2	381	30	21	24	24	1.99
19321963--19322096	41	3.3	41	74	0	133	23	17	28	29	1.97
19329935--19329996	27	2.3	27	83	5	81	22	29	30	17	1.97
19337766--19337823	20	2.9	20	76	19	66	51	0	1	46	1.11
19339641--19339709	36	1.9	36	90	0	111	39	15	24	20	1.92
19339641--19339729	36	2.5	36	83	3	108	42	13	23	20	1.87
19340301--19340355	21	2.5	21	80	14	58	23	12	23	40	1.89
19352721--19352768	22	2.2	22	85	7	62	68	0	31	0	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19353795--19353824	16	1.9	15	93	6	51	46	6	6	40	1.56
19360428--19360563	36	3.8	36	89	1	193	39	17	23	19	1.92
19361247--19361304	21	2.8	21	81	0	71	27	17	20	34	1.95
19361776--19361876	32	3.1	32	90	5	141	41	0	35	22	1.54
19361916--19361971	28	2.0	28	89	0	85	51	1	0	46	1.11
19361941--19361985	16	2.8	16	82	3	63	55	2	0	42	1.12
19362829--19362903	36	2.0	38	85	10	102	37	4	33	25	1.75
19363630--19363687	26	2.2	26	96	0	107	25	20	24	29	1.99
19370207--19370353	41	3.6	41	75	3	127	34	11	28	25	1.91
19370247--19370371	42	3.0	41	77	3	117	34	11	28	25	1.90
19371722--19371777	25	2.2	25	84	6	69	17	1	8	71	1.21
19371823--19371862	5	7.8	5	85	2	53	25	0	0	75	0.81
19371823--19371861	10	3.8	10	93	3	60	25	0	0	74	0.82
19371853--19371896	21	2.1	21	100	0	88	29	0	13	56	1.38
19371860--19371906	21	2.2	21	88	0	67	31	0	14	53	1.42
19377659--19377706	24	2.0	24	87	0	69	45	2	33	18	1.61
19379318--19379505	51	3.6	51	83	3	198	29	22	14	32	1.94
19382060--19382527	147	3.3	136	83	9	472	33	1	13	51	1.51
19382259--19382527	149	1.8	145	88	4	405	33	1	15	49	1.55
19382779--19382824	21	2.2	21	92	0	74	50	21	6	21	1.71
19390626--19390907	146	1.9	144	85	7	383	50	15	1	32	1.53
19393184--19393278	43	2.2	44	83	9	124	31	13	10	44	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19395995--19396087	47	2.0	47	82	4	116	52	10	4	32	1.55
19396035--19396091	30	2.0	29	83	10	73	50	10	8	29	1.67
19396601--19396652	4	13.5	4	92	8	90	0	25	0	75	0.81
19397073--19397110	18	2.1	19	85	9	53	42	2	2	52	1.29
19397846--19397870	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
19398089--19398253	89	1.9	88	85	10	236	30	0	18	50	1.51
19399594--19399640	22	2.0	24	84	8	62	31	12	10	44	1.77
19399613--19399702	43	2.1	43	91	0	144	33	12	10	44	1.75
19401705--19401736	16	2.0	16	93	0	55	25	21	0	53	1.46
19404227--19404256	14	2.1	15	93	6	53	30	6	0	63	1.20
19409636--19409779	71	2.0	72	94	1	254	39	19	2	38	1.63
19412481--19412598	58	2.0	58	88	6	177	34	0	16	48	1.47
19420194--19420224	8	3.9	8	91	0	53	51	9	3	35	1.51
19420391--19420427	17	2.2	17	90	0	56	62	2	10	24	1.41
19420448--19420511	32	2.0	31	85	8	85	59	1	6	32	1.32
19420623--19420667	17	2.6	17	78	0	54	60	2	6	31	1.35
19420630--19420664	11	3.2	11	87	0	52	60	2	8	28	1.41
19420687--19420749	24	2.6	24	79	0	81	22	26	36	14	1.92
19427615--19427644	2	15.5	2	93	6	53	46	0	0	53	1.00
19427692--19427735	19	2.3	19	80	7	54	36	9	0	54	1.32
19437823--19437848	11	2.4	11	100	0	52	50	0	15	34	1.45
19438992--19439049	24	2.4	24	85	0	80	17	37	27	17	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19439296--19439338	22	2.0	22	90	9	70	25	11	2	60	1.43
19439295--19439331	17	2.2	17	90	0	56	24	10	2	62	1.41
19439497--19439527	8	3.9	8	91	0	53	35	3	9	51	1.51
19443731--19443772	22	2.0	22	85	4	59	0	7	30	61	1.22
19447294--19447370	34	2.3	34	100	0	154	7	22	3	66	1.34
19447317--19447370	16	3.1	19	69	20	62	7	22	3	66	1.33
19456515--19456634	58	2.1	58	88	3	179	31	0	20	48	1.50
19456856--19456901	23	2.0	23	86	0	65	34	19	13	32	1.90
19457413--19457584	88	2.0	88	90	2	274	34	18	20	26	1.95
19459332--19459381	23	2.2	22	82	3	55	50	0	4	46	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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