genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

This is table  80  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25294371--25294465	38	2.5	38	83	5	113	31	20	14	33	1.93
25294449--25294501	26	2.0	26	92	0	88	30	20	20	28	1.98
25295445--25295523	40	2.0	40	100	0	158	30	15	22	31	1.95
25296642--25296696	26	2.2	26	81	12	62	1	18	5	74	1.10
25298310--25298352	16	2.6	17	77	3	52	0	30	4	65	1.13
25299515--25299552	14	2.7	15	84	15	55	68	0	13	18	1.21
25299516--25299559	20	2.2	20	88	8	63	70	0	13	15	1.17
25307796--25307829	15	2.3	15	94	0	59	47	8	0	44	1.34
25310623--25310653	10	3.1	10	95	0	53	38	0	9	51	1.35
25315249--25315279	16	1.9	16	93	0	53	61	0	16	22	1.34
25317948--25318009	21	3.0	21	90	0	97	30	29	11	29	1.91
25325264--25325528	49	5.4	49	80	1	208	44	17	17	21	1.87
25325258--25325527	98	2.8	98	76	0	279	44	17	17	21	1.87
25326892--25327237	49	7.0	49	78	3	311	45	18	16	19	1.86
25328619--25328951	49	6.8	49	78	5	289	45	16	15	22	1.85
25330328--25330670	49	7.0	49	77	2	258	43	15	18	22	1.87
25330387--25330670	147	1.9	147	81	1	345	44	16	17	21	1.87
25330328--25330671	98	3.5	98	77	2	314	43	15	18	22	1.87
25332044--25332311	49	5.4	49	79	4	254	45	15	18	20	1.86
25332035--25332339	147	2.1	148	83	4	375	43	16	18	21	1.87
25333758--25334173	49	8.5	49	79	3	345	44	16	18	20	1.86
25333797--25334173	147	2.6	146	82	2	407	44	16	17	20	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25334278--25334615	45	7.4	45	76	3	311	31	23	17	27	1.96
25334278--25334615	92	3.7	90	75	7	306	31	23	17	27	1.96
25334279--25334614	137	2.5	137	83	3	410	32	22	17	27	1.96
25335486--25335528	16	2.8	16	82	3	52	13	4	6	74	1.19
25335347--25335535	98	1.9	99	82	11	235	21	7	6	64	1.44
25335684--25335731	16	2.9	16	81	6	51	27	6	4	62	1.38
25335836--25335861	4	6.5	4	100	0	52	50	0	0	50	1.00
25335928--25335979	18	2.8	18	88	2	68	26	1	3	67	1.18
25351204--25351262	30	2.0	30	83	6	75	57	11	0	30	1.35
25351220--25351277	30	1.9	30	85	3	80	56	12	0	31	1.35
25355193--25355226	15	2.3	15	89	0	50	76	11	5	5	1.14
25373556--25373605	23	2.1	23	92	3	82	26	2	18	54	1.54
25374371--25374432	30	2.0	31	90	3	99	29	12	17	40	1.87
25378536--25378827	52	5.6	52	86	1	397	38	22	13	25	1.90
25380119--25380159	16	2.6	16	100	0	82	65	0	29	4	1.13
25387380--25387477	28	3.5	28	73	8	74	35	18	22	23	1.95
25389672--25389704	15	2.2	15	89	10	50	39	0	0	60	0.97
25412833--25412883	17	3.1	16	86	13	68	0	19	0	80	0.71
25412845--25412897	23	2.2	25	87	12	76	1	20	1	75	0.99
25412836--25412883	10	4.7	10	83	16	55	0	20	0	79	0.74
25415013--25415046	13	2.7	12	86	13	50	64	2	23	8	1.36
25420901--25420939	13	2.9	15	78	21	50	0	30	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25420901--25420954	27	2.0	26	82	10	65	1	29	1	66	1.12
25433936--25434019	37	2.3	37	95	0	150	33	30	11	23	1.91
25434159--25434213	26	2.1	26	89	0	83	25	16	25	32	1.96
25437148--25437288	23	6.4	23	72	15	118	43	20	23	12	1.85
25443114--25443206	26	3.7	26	85	5	113	45	22	21	10	1.83
25443141--25443306	23	7.3	23	76	15	150	43	22	22	11	1.85
25443171--25443245	39	1.9	39	88	0	114	44	20	22	13	1.86
25448167--25448296	29	4.4	30	75	14	101	38	3	23	35	1.70
25448245--25448349	29	3.6	28	87	3	129	36	5	24	33	1.79
25448215--25448349	58	2.3	58	81	5	148	37	4	24	33	1.76
25449525--25449566	21	2.0	21	86	4	59	57	2	2	38	1.25
25450157--25450233	6	13.7	6	75	13	65	55	1	0	42	1.07
25450145--25450233	17	5.4	16	81	6	88	52	1	2	43	1.20
25450155--25450233	17	4.7	17	87	1	106	56	1	0	41	1.07
25450706--25451581	39	22.5	39	68	10	261	26	20	29	23	1.99
25450787--25451859	78	13.8	78	78	5	794	26	20	29	24	1.99
25450667--25451160	272	1.8	271	80	5	602	26	19	30	23	1.98
25450948--25451856	234	3.9	234	81	3	904	25	20	29	24	1.99
25451555--25451854	39	7.7	38	69	8	176	25	21	27	25	1.99
25463394--25463587	97	2.0	97	87	4	284	35	15	19	29	1.93
25463700--25463747	15	3.3	15	78	21	57	66	4	8	20	1.35
25463842--25464070	30	7.9	28	76	11	153	35	1	24	37	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25463908--25464079	89	2.0	87	82	4	211	36	1	26	36	1.67
25463874--25464108	29	8.1	28	76	8	148	37	2	23	36	1.69
25477127--25477163	19	2.0	20	89	10	60	27	0	16	56	1.40
25477363--25477398	18	2.0	18	100	0	72	27	5	22	44	1.75
25484050--25484095	23	2.0	23	91	0	74	30	6	15	47	1.70
25484169--25484549	23	16.7	23	87	1	561	32	5	14	46	1.68
25486662--25486951	52	5.6	50	81	7	251	36	23	13	26	1.92
25486662--25486946	104	2.7	104	84	3	288	36	23	13	26	1.92
25486710--25486952	52	4.7	52	86	1	335	34	24	13	27	1.93
25492635--25492667	9	3.8	9	84	8	50	18	0	3	78	0.87
25492896--25492921	6	4.3	6	100	0	52	15	15	0	69	1.20
25496470--25496513	23	2.0	22	86	4	61	47	13	0	38	1.43
25496987--25497031	23	2.0	23	90	0	72	31	8	15	44	1.77
25508767--25508815	22	2.2	22	85	10	64	6	18	0	75	1.00
25509405--25509441	18	2.1	18	89	0	56	62	13	8	16	1.54
25509554--25509594	21	2.0	21	90	0	64	2	26	7	63	1.33
25527384--25527545	75	2.1	75	88	1	243	20	12	29	36	1.91
25527384--25527545	25	6.4	25	86	0	207	20	12	29	36	1.91
25528689--25529028	52	6.6	52	91	2	542	36	23	14	25	1.93
25528770--25528851	26	3.2	26	61	19	62	36	23	13	26	1.92
25528689--25529028	154	2.2	154	90	3	520	36	23	14	25	1.93
25530019--25530051	16	2.1	16	94	0	57	24	18	3	54	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25532800--25532824	8	3.1	8	100	0	50	52	0	24	24	1.48
25541531--25541563	15	2.1	17	88	11	52	48	3	0	48	1.17
25541524--25541676	56	2.7	57	85	4	202	43	2	1	51	1.26
25545124--25545197	30	2.9	23	72	24	67	31	28	21	18	1.97
25545130--25545186	30	1.9	30	96	0	105	33	28	21	17	1.96
25549665--25549709	18	2.5	17	79	10	54	80	0	20	0	0.72
25556483--25556556	37	2.0	37	97	0	139	35	20	20	24	1.96
25562450--25562603	76	2.0	76	96	0	281	31	12	15	40	1.84
25569028--25569052	11	2.3	11	100	0	50	24	0	8	68	1.16
25569057--25569106	9	5.8	9	81	9	50	64	0	2	34	1.05
25569057--25569108	17	3.1	17	75	10	52	63	0	1	34	1.06
25569635--25569667	15	2.2	15	94	0	57	78	3	0	18	0.87
25570272--25570481	40	5.3	39	69	13	106	27	18	24	29	1.98
25570263--25570482	79	2.8	79	79	3	246	27	19	24	29	1.98
25570531--25570648	50	2.3	50	84	4	139	18	24	19	37	1.94
25583194--25583263	13	4.9	14	70	16	54	61	1	5	31	1.28
25583196--25583251	8	7.1	8	78	15	55	60	0	5	33	1.19
25583196--25583251	15	3.6	15	74	13	51	60	0	5	33	1.19
25587043--25587119	37	2.1	37	95	0	136	25	14	23	36	1.93
25587080--25587300	52	4.3	52	89	1	320	24	14	25	35	1.94
25589232--25589265	16	2.1	16	88	0	50	2	20	35	41	1.68
25589492--25589548	9	6.6	9	84	8	82	35	3	0	61	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25589492--25589548	26	2.2	27	84	9	82	35	3	0	61	1.13
25589492--25589548	17	3.3	17	95	2	96	35	3	0	61	1.13
25591098--25591355	41	6.3	41	86	1	331	30	20	31	18	1.96
25591625--25591723	40	2.5	40	85	5	137	40	16	22	21	1.91
25591727--25592226	41	12.2	41	82	2	529	30	19	30	19	1.96
25594106--25594136	15	2.1	15	100	0	62	19	41	12	25	1.87
25596937--25597072	34	4.0	33	85	2	191	49	8	0	41	1.39
25597064--25597127	18	3.2	20	86	13	96	42	1	0	56	1.09
25597078--25597113	8	4.2	8	86	13	54	38	0	0	61	0.96
25603121--25603434	43	7.3	43	88	2	398	22	16	29	31	1.96

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