genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

This is table  66  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21184247--21184286	21	2.0	20	85	14	55	22	0	2	75	0.93
21188764--21189088	41	8.0	41	86	1	395	31	23	28	16	1.96
21191184--21191213	12	2.5	12	94	0	51	60	0	36	3	1.14
21196148--21196405	43	6.3	42	79	12	241	25	15	27	31	1.95
21196220--21196287	32	2.1	32	94	0	118	25	8	30	35	1.86
21196177--21196329	75	2.1	74	93	1	261	24	13	30	32	1.93
21196148--21196371	117	1.9	118	88	0	342	25	14	29	31	1.95
21197948--21197998	22	2.3	23	80	10	61	29	0	1	68	1.00
21198059--21198094	18	2.0	18	88	0	54	41	0	5	52	1.24
21198003--21198232	102	2.2	103	90	5	367	31	7	9	51	1.63
21198161--21198196	18	2.0	18	88	0	54	41	0	5	52	1.24
21203416--21203440	11	2.3	11	100	0	50	56	0	0	44	0.99
21203880--21203905	13	2.0	13	100	0	52	0	38	0	61	0.96
21222064--21222113	26	1.9	26	84	8	66	34	26	20	20	1.96
21222117--21222232	52	2.3	50	84	3	142	31	23	20	25	1.98
21222117--21222234	25	4.6	25	84	4	130	32	22	20	24	1.98
21228866--21228900	17	2.1	17	89	10	54	28	0	5	65	1.15
21230603--21230646	9	4.7	9	78	10	52	63	0	4	31	1.14
21230699--21230737	20	2.0	20	94	0	69	23	28	17	30	1.97
21234060--21234153	45	2.1	46	84	6	120	31	19	20	28	1.97
21234810--21234873	26	2.5	26	70	10	67	42	3	14	40	1.61
21235073--21235122	24	2.1	23	81	3	55	48	2	0	50	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21235222--21235274	14	4.1	14	69	18	51	37	0	1	60	1.08
21238169--21238280	55	2.1	54	81	5	127	17	25	31	25	1.97
21240559--21240620	31	2.0	31	100	0	124	25	16	16	41	1.88
21243425--21243463	8	4.6	8	93	6	60	69	10	0	20	1.17
21243477--21243590	17	6.5	17	83	13	99	16	4	3	75	1.11
21243477--21243590	6	19.3	6	91	3	133	16	4	3	75	1.11
21247795--21247862	22	3.0	22	69	21	59	30	4	2	61	1.30
21251076--21251115	13	3.2	13	82	7	55	20	15	42	22	1.88
21253155--21253185	7	4.6	7	92	8	55	58	0	0	41	0.98
21254253--21254318	30	2.3	27	87	10	96	36	10	12	40	1.77
21254507--21254565	29	2.0	30	86	3	84	49	10	6	33	1.63
21267160--21267204	20	2.4	18	92	7	72	37	2	0	60	1.09
21268915--21269109	58	3.4	57	71	17	161	38	4	27	29	1.75
21269087--21269377	30	9.7	29	81	7	289	36	4	21	37	1.73
21269079--21269377	90	3.3	90	83	2	352	36	4	22	37	1.73
21269470--21269782	165	1.9	164	86	3	450	44	13	16	25	1.84
21270274--21270315	18	2.3	18	87	0	57	7	16	2	73	1.15
21271416--21271511	49	2.0	48	89	2	147	27	15	26	31	1.96
21271539--21271594	17	3.3	16	72	18	51	48	5	1	44	1.36
21272782--21272883	29	3.4	29	79	12	109	38	22	1	37	1.66
21272749--21272887	59	2.3	59	81	6	147	35	24	2	36	1.71
21272841--21272954	59	1.9	59	87	1	167	27	25	10	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21272870--21273121	59	4.3	58	78	6	226	29	21	8	40	1.82
21272848--21273121	117	2.4	114	76	6	282	28	22	8	40	1.83
21274034--21274088	18	2.9	18	84	10	74	47	14	0	38	1.45
21278321--21278374	27	2.0	27	88	0	81	20	33	27	18	1.96
21278392--21278446	15	3.6	15	72	2	56	69	9	1	20	1.25
21278532--21278576	21	2.2	20	84	11	56	66	0	0	33	0.92
21282495--21282535	6	6.8	6	83	10	57	65	14	2	17	1.37
21285763--21285796	17	2.0	17	94	0	59	52	2	0	44	1.16
21288058--21288084	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
21288293--21288422	30	4.4	29	80	8	145	38	6	23	30	1.81
21288190--21288422	29	8.0	29	75	10	156	38	6	22	32	1.80
21288275--21288422	60	2.5	58	82	5	188	39	6	22	31	1.79
21294578--21294662	22	3.9	22	78	6	100	37	17	28	16	1.92
21294579--21294672	44	2.1	44	88	3	136	39	17	29	13	1.88
21302502--21302548	22	2.1	23	85	14	64	57	2	2	38	1.23
21303153--21303222	23	3.0	23	80	2	86	42	15	11	30	1.82
21303591--21303635	23	2.0	23	86	0	63	31	13	20	35	1.91
21303680--21303717	18	2.1	18	90	9	60	50	15	10	23	1.75
21305557--21305618	23	2.7	23	80	7	72	67	6	8	17	1.37
21305661--21305694	2	16.5	2	93	6	59	50	2	0	47	1.16
21305665--21305707	16	2.6	17	85	7	54	51	6	0	41	1.29
21305722--21305784	18	3.4	18	75	10	65	58	0	4	36	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21306970--21306994	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
21307029--21307053	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
21307808--21307836	10	3.0	10	95	5	51	0	17	0	82	0.66
21308866--21308920	28	2.0	28	85	0	74	30	14	9	45	1.76
21310283--21310316	13	2.6	13	100	0	68	20	0	61	17	1.34
21313116--21313196	23	3.6	23	76	3	74	30	8	19	40	1.82
21313043--21313235	45	4.3	44	71	10	131	33	11	20	34	1.89
21313069--21313265	90	2.2	91	81	0	225	34	11	19	35	1.88
21314688--21314780	46	2.0	46	93	0	159	18	9	21	50	1.75
21317905--21317957	22	2.4	23	81	15	67	64	5	3	26	1.33
21318109--21318145	15	2.5	15	91	4	58	75	0	2	21	0.92
21318113--21318159	11	4.3	11	81	13	53	72	2	2	23	1.06
21319503--21319755	43	5.9	43	80	5	255	26	15	24	33	1.95
21319503--21319797	86	3.5	86	83	5	309	25	15	25	34	1.94
21319673--21319791	40	3.0	40	78	10	134	22	17	26	33	1.96
21319806--21320033	99	2.3	99	78	13	252	25	22	17	33	1.96
21321051--21321092	14	3.1	14	82	3	59	0	23	0	76	0.79
21321045--21321102	25	2.4	23	82	5	62	0	18	1	79	0.82
21328659--21328718	22	2.9	21	85	5	77	60	6	6	26	1.47
21348059--21348092	17	2.0	17	94	0	59	67	0	32	0	0.91
21353190--21353254	31	2.1	31	88	8	96	36	13	4	44	1.65
21353818--21353868	26	2.0	26	100	0	102	41	19	7	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21354268--21354609	105	3.3	105	83	4	429	31	16	15	36	1.90
21355838--21355867	7	4.3	7	95	0	51	63	13	23	0	1.29
21364239--21364270	9	3.4	10	87	12	50	18	9	0	71	1.12
21368221--21368566	23	14.8	23	75	12	296	44	16	4	34	1.68
21368221--21368566	46	7.4	46	87	5	471	44	16	4	34	1.68
21368954--21369112	36	4.4	36	88	0	219	33	25	11	28	1.91
21371164--21371220	30	1.9	29	85	3	78	57	3	12	26	1.50
21374246--21374278	11	3.0	11	83	16	50	12	0	6	81	0.85
21375728--21375761	15	2.3	15	94	0	59	20	0	14	64	1.28
21383047--21383105	24	2.5	24	81	10	59	37	5	0	57	1.21
21383117--21383160	15	2.9	15	79	0	52	43	0	0	56	0.99
21383079--21383224	58	2.5	58	82	8	172	45	2	1	51	1.21
21383394--21383465	16	4.5	16	84	3	92	26	27	5	40	1.78
21383962--21384020	20	3.0	20	85	5	66	38	22	3	35	1.71
21383962--21384020	5	12.0	5	78	3	57	38	22	3	35	1.71
21383984--21384026	15	2.9	15	82	0	50	37	18	6	37	1.78
21383985--21384026	10	4.2	10	87	0	57	35	19	7	38	1.79
21391701--21391808	37	2.9	37	81	0	117	31	30	24	13	1.94
21398002--21398127	37	3.4	36	81	4	144	32	30	21	15	1.95
21399322--21399470	75	2.0	75	86	0	208	27	29	0	42	1.56
21401022--21401049	6	4.7	6	100	0	56	17	14	50	17	1.79
21403904--21403945	14	3.1	14	77	16	52	50	2	0	47	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21405015--21405047	14	2.3	15	89	5	50	33	0	18	48	1.48
21406113--21406430	53	6.0	53	91	1	467	25	17	20	36	1.94
21409655--21409756	52	2.0	52	98	0	195	25	10	24	39	1.88
21409716--21409795	39	2.1	39	92	0	133	28	12	23	35	1.91
21409664--21409847	91	2.0	91	90	0	287	27	11	23	36	1.90
21409755--21409925	52	3.3	52	85	0	236	26	13	22	36	1.92
21414001--21414033	16	2.1	16	94	0	57	54	3	18	24	1.57
21415021--21415258	52	4.6	52	91	1	363	25	15	23	35	1.94
21417531--21417722	72	2.7	71	91	3	314	54	16	4	23	1.61
21418144--21418192	18	2.7	18	75	12	55	40	10	12	36	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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