genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15992045--15992096	21	2.5	21	90	0	77	23	17	25	34	1.96
15996833--15996887	26	2.1	26	83	6	67	69	1	3	25	1.15
16005707--16005802	41	2.3	41	90	0	147	36	25	6	32	1.81
16005792--16005830	17	2.3	17	86	8	53	46	23	12	17	1.83
16009893--16009942	19	2.5	20	80	12	57	66	6	6	22	1.36
16009975--16010010	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
16010120--16010162	22	1.9	23	90	4	70	53	11	0	34	1.37
16010153--16010237	17	4.8	17	70	8	62	65	1	1	31	1.07
16010190--16010238	18	2.7	17	84	9	62	73	2	0	24	0.94
16010190--16010239	19	2.7	18	78	12	57	74	2	0	24	0.93
16012340--16012393	4	12.5	4	86	13	72	77	0	22	0	0.76
16012339--16012416	9	8.6	9	83	12	88	71	0	28	0	0.86
16012340--16012416	13	5.7	13	80	18	77	71	0	28	0	0.86
16012389--16012418	16	1.9	15	93	6	51	60	0	40	0	0.97
16012730--16012770	21	2.0	21	95	0	73	31	0	12	56	1.36
16013229--16013323	30	3.2	30	69	8	95	35	6	13	44	1.70
16014511--16014595	43	2.0	43	83	4	109	31	10	9	48	1.70
16016284--16016322	20	2.0	20	94	0	69	0	41	0	58	0.98
16016289--16016344	24	2.3	24	81	0	67	0	30	0	69	0.89
16023383--16023438	26	2.2	26	80	6	60	53	3	3	39	1.36
16037588--16037619	3	11.3	3	87	12	50	68	0	0	31	0.90
16042412--16042442	12	2.6	12	89	0	53	29	0	0	70	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16046858--16046887	15	2.0	15	93	0	51	23	13	30	33	1.93
16050058--16050091	8	4.2	8	89	10	52	29	11	8	50	1.69
16050899--16050935	17	2.3	17	86	9	51	43	27	10	18	1.83
16051107--16051492	189	2.0	189	93	0	664	42	22	10	24	1.85
16057104--16057157	28	1.9	28	92	0	90	53	5	5	35	1.48
16060545--16060581	10	3.9	10	79	13	51	56	2	0	40	1.13
16061537--16061573	18	2.1	18	89	0	56	43	24	18	13	1.86
16061595--16061640	18	2.6	17	78	18	58	71	4	6	17	1.24
16062716--16062747	14	2.3	14	94	0	55	78	0	3	18	0.89
16062776--16062815	20	2.0	20	90	0	62	17	27	0	55	1.43
16062789--16062819	11	2.8	11	95	0	53	16	29	0	54	1.42
16062938--16063022	21	3.9	21	71	13	64	30	1	0	68	0.97
16062938--16062993	17	3.6	16	78	19	57	28	1	0	69	0.98
16062935--16063039	46	2.2	49	86	6	153	31	1	0	66	1.02
16064769--16064810	18	2.3	19	84	12	61	30	42	4	21	1.73
16064801--16064832	15	2.1	15	100	0	64	25	50	0	25	1.50
16065638--16065696	23	2.7	22	82	15	70	61	1	1	35	1.16
16065688--16065987	143	2.1	141	92	1	503	53	6	5	35	1.48
16065870--16066233	122	2.8	122	84	8	404	56	5	4	33	1.41
16065638--16066233	264	2.3	264	88	3	853	54	5	4	35	1.45
16065985--16066316	142	2.3	145	92	2	553	52	6	4	37	1.47
16066173--16066225	21	2.8	18	79	17	63	62	3	1	32	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16066305--16066377	21	3.5	20	73	15	67	46	21	0	31	1.52
16070866--16070905	17	2.2	19	86	8	57	65	2	0	32	1.06
16070919--16070984	12	5.7	12	76	18	59	57	1	3	37	1.23
16070946--16070991	16	3.1	15	84	9	58	56	0	4	39	1.19
16070946--16070985	16	2.5	16	87	0	62	55	0	5	40	1.22
16070986--16071044	26	2.3	26	77	19	61	50	8	3	37	1.49
16074425--16074455	15	2.1	15	100	0	62	48	19	19	12	1.81
16075330--16075360	16	1.9	16	93	0	53	51	3	3	41	1.34
16075553--16075589	17	2.3	17	86	9	51	45	2	5	45	1.40
16079429--16079463	18	1.9	18	94	0	61	0	60	0	40	0.97
16079429--16079466	17	2.2	18	90	4	60	0	63	0	36	0.95
16079437--16079472	18	2.0	18	88	0	54	0	66	0	33	0.92
16079481--16079523	18	2.4	18	88	0	59	9	13	6	69	1.35
16080161--16080192	17	2.0	17	88	11	50	59	3	6	31	1.38
16082918--16082994	32	2.4	33	77	4	84	62	6	5	25	1.41
16083759--16083797	21	2.0	20	90	10	62	33	15	0	51	1.44
16093193--16093225	17	1.9	17	100	0	66	39	18	24	18	1.92
16093635--16093674	21	2.0	21	85	5	55	40	17	7	35	1.78
16093735--16093811	32	2.4	33	77	4	84	62	6	5	25	1.41
16095786--16095820	16	2.2	16	90	5	54	57	5	2	34	1.37
16096495--16096542	22	2.2	22	88	0	69	37	2	2	58	1.22
16096993--16097091	31	3.1	31	77	8	101	37	22	8	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16097003--16097072	33	2.1	33	86	0	95	44	21	7	27	1.78
16097548--16097611	26	2.5	26	80	7	69	56	7	3	32	1.44
16097777--16097817	21	2.0	21	90	9	66	31	9	4	53	1.55
16098591--16098684	29	3.2	29	76	5	84	41	15	19	23	1.90
16101879--16101973	29	3.3	29	82	5	120	41	14	17	26	1.89
16102701--16102783	31	2.7	31	80	0	94	50	6	2	40	1.40
16103205--16103232	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
16104253--16104299	24	1.9	25	82	4	60	55	4	10	29	1.53
16104758--16104790	17	1.9	17	100	0	66	51	36	0	12	1.39
16105069--16108565	596	6.0	595	80	7	3528	34	14	15	35	1.88
16106971--16106997	14	1.9	14	100	0	54	51	22	7	18	1.70
16109031--16109079	20	2.4	20	82	3	62	30	18	14	36	1.90
16109330--16109355	5	5.2	5	100	0	52	80	0	19	0	0.71
16116780--16117061	141	2.0	141	100	0	564	34	24	14	26	1.94
16117494--16117520	14	1.9	14	100	0	54	51	18	14	14	1.76
16117494--16118567	378	2.8	378	84	3	1281	39	13	16	30	1.87
16120448--16120490	21	2.0	21	86	4	59	13	6	9	69	1.35
16122287--16123357	378	2.8	373	83	6	1270	38	12	18	30	1.88
16124290--16125406	377	3.0	375	83	4	1322	38	13	17	29	1.88
16128259--16128527	58	4.6	58	78	9	242	33	1	28	36	1.68
16128335--16128527	29	6.4	29	83	4	206	34	0	28	36	1.62
16129521--16129549	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16130945--16131970	78	13.2	78	81	2	1096	26	18	29	25	1.98
16130984--16131986	39	25.8	39	67	2	420	26	18	29	25	1.98
16139555--16139583	12	2.3	13	94	5	51	6	27	17	48	1.72
16139749--16139782	17	2.0	17	88	0	50	44	17	11	26	1.83
16143325--16143592	30	9.1	28	74	13	143	33	2	27	36	1.71
16143401--16143592	30	6.5	30	82	6	187	33	2	27	36	1.69
16144397--16144428	13	2.4	14	94	5	57	6	6	9	78	1.10
16144565--16144617	3	17.7	3	92	0	88	28	0	3	67	1.07
16145428--16146128	378	1.9	379	80	3	831	39	13	17	28	1.88
16146503--16147306	378	2.1	377	84	5	1041	39	14	16	29	1.88
16149311--16150030	379	1.9	374	79	5	803	38	14	17	29	1.89
16149311--16150042	370	2.0	374	79	5	800	38	14	17	29	1.89
16152342--16153038	375	1.8	379	81	4	863	38	12	19	29	1.88
16154797--16154982	59	3.2	59	82	6	234	36	4	27	32	1.76
16154847--16154951	29	3.6	29	65	25	69	37	4	25	32	1.77
16154946--16155040	28	3.2	29	81	14	97	30	4	25	40	1.75
16154974--16155050	28	2.7	28	76	11	84	25	6	25	41	1.79
16156160--16156239	13	6.1	13	73	1	61	35	5	3	56	1.39
16156167--16156240	26	2.9	25	75	13	78	35	5	5	54	1.47
16156538--16156662	27	4.6	27	96	0	214	30	10	27	32	1.90
16157047--16157102	15	4.0	13	72	22	51	41	1	0	57	1.09
16157475--16157923	200	2.2	200	93	0	756	18	24	21	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16158238--16158826	76	7.8	76	91	1	855	33	17	15	32	1.92
16158371--16158805	38	11.5	37	67	16	221	32	18	14	33	1.92
16170968--16171221	58	4.3	57	83	5	301	34	3	28	33	1.74
16170973--16171193	29	7.5	28	69	16	112	35	3	27	33	1.74
16171004--16171250	29	8.4	29	71	17	136	35	2	27	35	1.70
16171179--16171283	29	3.6	30	73	19	87	34	2	24	38	1.71
16170968--16171224	59	4.4	59	85	3	331	34	3	28	33	1.74
16170973--16171224	117	2.1	117	86	5	348	34	3	27	34	1.73
16170973--16171282	117	2.6	118	82	7	332	34	3	26	35	1.74
16172141--16172223	38	2.2	39	97	2	159	45	16	0	37	1.48

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