genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

This is table  20  of  182  ( 21729 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8277674--8277760	36	2.4	34	80	16	95	49	5	1	43	1.34
8282062--8282103	23	1.9	21	85	9	57	52	0	4	42	1.22
8282799--8283080	117	2.5	108	88	8	381	44	13	20	21	1.85
8283072--8283242	6	28.5	6	94	0	216	41	0	33	25	1.56
8297751--8297777	11	2.5	11	100	0	54	48	0	0	51	1.00
8299515--8299566	24	2.2	24	96	0	95	36	7	9	46	1.66
8301102--8301143	22	2.1	19	86	13	57	54	0	4	40	1.21
8301306--8301347	14	3.1	14	77	16	52	50	0	0	50	1.00
8301303--8301347	21	2.1	21	87	0	63	48	0	0	51	1.00
8308423--8308525	30	3.5	31	74	23	121	35	4	27	32	1.78
8308418--8308564	59	2.5	59	96	1	269	32	5	31	29	1.80
8308423--8308566	29	4.9	30	72	24	119	33	4	31	30	1.79
8309477--8309520	16	2.9	14	81	18	52	34	0	2	63	1.07
8310286--8310327	11	3.7	11	87	6	57	54	2	2	40	1.26
8310302--8310346	17	2.6	18	85	3	65	53	0	4	42	1.21
8310260--8310346	6	15.0	6	71	15	58	48	2	2	47	1.27
8310281--8310332	23	2.2	23	89	3	77	48	3	1	46	1.31
8310281--8310340	23	2.6	23	84	7	59	51	3	3	41	1.35
8320995--8321030	17	2.1	17	89	0	54	52	2	13	30	1.55
8329358--8329429	29	2.6	29	85	12	91	51	2	1	44	1.24
8329368--8329426	26	2.1	28	84	9	77	57	1	1	38	1.19
8339450--8339474	11	2.3	11	100	0	50	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8343121--8343173	23	2.4	21	84	9	61	62	1	30	5	1.29
8350420--8350450	16	1.9	16	93	0	53	35	0	9	54	1.33
8351303--8351349	21	2.2	21	92	0	76	53	8	6	31	1.57
8364808--8364852	14	2.9	16	80	16	58	46	0	0	53	1.00
8365200--8365232	7	4.7	7	100	0	66	57	0	42	0	0.98
8366487--8366517	16	1.9	16	100	0	62	38	22	12	25	1.90
8379432--8379564	65	2.0	66	89	1	205	45	3	18	33	1.65
8379794--8379993	102	2.0	102	85	6	271	25	12	11	51	1.72
8386487--8386516	6	5.0	6	100	0	60	16	16	50	16	1.79
8386487--8386525	18	2.2	18	90	0	60	17	12	53	15	1.72
8389996--8390027	10	3.2	10	95	0	55	53	9	25	12	1.68
8392338--8392403	29	2.2	30	81	2	80	37	12	1	48	1.50
8396786--8396815	6	5.0	6	91	0	51	46	20	33	0	1.51
8398727--8398773	6	7.8	6	92	0	67	36	14	46	2	1.57
8421412--8421455	18	2.3	20	84	7	56	61	0	0	38	0.96
8421623--8421662	18	2.2	18	90	0	62	57	0	2	40	1.12
8421850--8422019	94	1.9	89	81	8	207	51	7	9	31	1.62
8426529--8426582	7	7.7	7	100	0	108	27	12	44	14	1.82
8429629--8429759	65	2.0	66	85	4	176	46	11	20	21	1.82
8459114--8459453	166	2.0	166	99	0	671	37	16	17	28	1.92
8465001--8465025	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
8466831--8466864	17	1.9	18	88	5	52	70	2	0	26	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8467290--8467343	28	1.9	28	84	0	72	50	5	7	37	1.54
8473393--8473437	24	1.9	23	86	4	63	44	22	26	6	1.77
8478295--8478339	6	7.5	6	92	0	63	15	11	48	24	1.77
8478620--8478648	5	5.8	5	100	0	58	0	0	58	41	0.98
8480022--8480056	17	2.1	17	100	0	70	0	20	0	80	0.72
8480558--8480614	21	2.7	21	97	0	105	49	33	0	17	1.47
8480524--8480596	36	2.0	37	84	7	96	46	32	0	20	1.51
8480553--8480583	16	2.0	15	93	6	53	48	32	0	19	1.49
8481777--8481821	3	15.3	3	95	4	83	31	0	0	68	0.89
8487255--8487289	17	2.1	17	94	0	61	0	17	0	82	0.66
8487792--8487859	21	3.3	21	91	2	111	50	33	1	14	1.53
8487757--8487826	36	1.9	37	82	8	90	42	34	1	21	1.62
8487834--8487868	14	2.4	15	90	4	54	48	31	5	14	1.67
8489011--8489055	3	15.3	3	95	4	83	31	0	0	68	0.89
8491318--8491368	18	2.8	18	74	14	50	72	3	1	21	1.11
8491700--8491802	19	5.4	18	70	19	68	38	0	1	58	1.16
8491700--8491801	20	5.4	19	72	16	61	39	0	1	57	1.16
8491695--8491801	36	2.9	37	74	19	105	38	0	1	58	1.15
8503083--8503107	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8505030--8505138	36	2.9	38	71	16	102	44	2	8	44	1.48
8505862--8505966	52	2.0	51	82	10	124	55	3	1	39	1.29
8505929--8505976	24	2.0	24	91	0	78	58	4	4	33	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8507428--8507500	35	2.1	35	80	14	82	49	2	8	39	1.47
8507625--8507679	16	3.5	15	78	7	56	52	7	1	38	1.40
8517111--8517189	28	2.6	28	82	9	86	59	3	2	34	1.29
8517111--8517192	31	2.8	27	77	20	76	58	3	2	35	1.29
8518974--8519036	15	4.1	15	73	15	65	52	3	0	44	1.17
8519051--8519097	10	4.6	10	87	12	69	46	0	4	48	1.21
8519237--8519330	46	2.1	46	84	7	122	40	19	2	38	1.63
8534666--8534717	19	2.8	19	85	8	63	50	19	0	30	1.48
8534883--8534943	19	3.2	19	85	2	77	34	1	4	59	1.29
8534886--8534946	20	3.1	20	83	2	79	32	1	4	60	1.28
8536881--8536944	28	2.3	27	81	10	74	60	0	1	37	1.06
8536883--8536923	19	2.2	19	87	12	59	58	0	2	39	1.11
8536888--8536947	28	2.1	28	87	6	84	58	0	1	40	1.08
8537274--8537365	10	9.2	10	72	12	55	27	3	2	67	1.18
8537265--8537379	19	5.8	20	72	10	69	33	2	1	61	1.20
8537283--8537366	19	4.3	20	80	10	79	28	3	2	65	1.22
8537265--8537375	39	2.8	39	79	1	114	32	2	1	63	1.19
8537994--8538041	18	2.7	17	81	9	51	37	4	4	54	1.39
8538837--8538883	12	3.8	12	78	18	51	57	0	2	40	1.11
8539991--8540263	29	9.5	30	68	19	170	31	26	4	36	1.76
8540001--8540235	57	4.1	57	84	3	285	31	27	3	37	1.73
8540219--8540281	28	2.2	28	91	0	99	31	30	9	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8540103--8540291	86	2.2	86	80	10	201	31	29	4	33	1.78
8540219--8540291	28	2.6	28	86	4	85	30	28	8	32	1.86
8542096--8542152	23	2.5	23	85	0	78	31	12	12	43	1.79
8560941--8560979	18	2.1	18	85	4	51	56	2	0	41	1.13
8562941--8562978	18	2.1	18	85	9	51	52	13	7	26	1.67
8563118--8563190	34	2.1	34	92	0	119	28	19	0	52	1.46
8573742--8573767	3	8.7	3	100	0	52	30	34	0	34	1.58
8579075--8579147	38	1.9	38	97	0	137	19	21	21	36	1.95
8579916--8579941	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
8586740--8586784	17	2.9	15	81	12	63	66	0	0	33	0.92
8587506--8587576	29	2.4	29	80	4	79	46	11	9	32	1.72
8590239--8590316	39	2.0	39	100	0	156	41	15	15	28	1.87
8596638--8596692	24	2.3	24	90	3	85	40	3	14	41	1.63
8599705--8599767	24	2.6	24	87	0	90	49	11	14	25	1.76
8602202--8602288	24	3.6	24	84	0	102	55	9	9	26	1.61
8604213--8604278	24	2.8	24	84	4	82	53	10	12	24	1.69
8608335--8608376	21	2.0	21	81	9	50	54	0	0	45	0.99
8620471--8621479	505	2.0	503	98	0	1964	28	15	12	43	1.84
8621629--8621694	34	2.0	33	81	3	78	30	6	7	56	1.52
8621998--8622055	24	2.4	24	85	0	71	5	3	18	72	1.18
8621998--8622055	12	4.8	12	79	8	55	5	3	18	72	1.18
8622301--8622456	49	3.2	45	75	16	122	34	7	1	57	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8628250--8628275	13	2.0	13	100	0	52	84	0	0	15	0.62
8630636--8630674	19	2.0	20	85	14	55	48	0	2	48	1.15
8633379--8633449	30	2.4	30	90	9	110	16	16	56	9	1.66
8633379--8633429	18	3.2	18	69	30	60	17	19	54	7	1.67
8633502--8633548	24	2.0	24	91	0	76	6	27	48	17	1.71
8633690--8633754	13	4.9	13	80	1	67	40	6	16	36	1.74
8633690--8633755	26	2.5	26	80	9	80	39	6	16	37	1.74
8640864--8640935	29	2.4	29	86	4	90	34	6	16	41	1.75
8640885--8640943	29	2.0	30	93	3	102	30	5	16	47	1.69
8651714--8651768	27	2.1	27	89	3	85	40	9	5	45	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182