genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  51  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17366489--17366528	19	2.1	19	90	0	62	42	7	0	50	1.30
17366629--17366662	17	2.1	16	88	5	50	32	8	0	58	1.29
17366714--17366767	12	4.7	12	77	13	51	31	14	0	53	1.41
17369391--17369455	33	2.0	33	96	0	121	32	18	18	30	1.95
17369884--17370021	56	2.4	57	83	7	154	36	15	25	23	1.93
17370430--17370480	21	2.4	21	86	0	84	33	29	13	23	1.93
17371586--17371752	60	2.8	60	84	8	209	30	16	21	31	1.96
17377172--17377212	22	1.9	21	85	5	55	21	2	12	63	1.40
17379129--17379238	58	1.9	58	80	0	130	22	15	12	49	1.78
17388799--17388859	29	2.1	29	87	6	88	59	0	1	39	1.08
17394211--17394265	21	2.7	20	70	13	58	52	7	10	29	1.63
17398143--17398439	53	5.6	53	90	0	461	35	22	14	27	1.93
17402074--17402137	24	2.7	23	75	15	58	57	1	1	39	1.17
17402367--17402423	24	2.3	24	80	14	64	40	1	7	50	1.40
17405065--17405134	31	2.3	31	85	5	88	44	7	1	47	1.39
17405086--17405150	31	2.1	31	85	2	87	33	7	1	56	1.37
17410687--17410745	11	4.9	12	76	13	50	52	1	0	45	1.10
17416810--17416868	11	4.9	12	76	13	50	52	1	0	45	1.10
17417536--17417616	27	3.0	26	81	13	92	22	29	14	33	1.94
17418273--17418577	167	1.8	167	97	0	583	27	14	25	32	1.95
17421515--17421565	26	2.0	26	96	0	93	54	9	13	21	1.67
17421855--17421887	17	1.9	17	88	11	50	45	6	9	39	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17422570--17422615	22	2.0	23	84	12	60	65	2	6	26	1.28
17424497--17424535	21	1.9	21	89	5	62	46	10	10	33	1.72
17424987--17425056	16	4.4	16	83	7	79	44	4	24	27	1.72
17424986--17425056	32	2.2	32	87	0	97	43	5	23	26	1.76
17425226--17425371	58	2.5	56	82	11	179	50	1	2	46	1.21
17434098--17434147	25	2.0	25	92	0	82	38	6	10	46	1.62
17443084--17443133	24	2.0	25	88	3	75	62	8	6	24	1.46
17443087--17443141	23	2.4	24	75	6	60	67	5	7	20	1.35
17452301--17452346	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
17454434--17454464	16	1.9	16	93	0	53	54	16	0	29	1.42
17454432--17454549	57	2.1	58	87	4	168	50	15	0	33	1.44
17455298--17455355	29	2.0	29	83	6	73	53	5	1	39	1.33
17464233--17464317	37	2.3	38	83	6	111	38	21	10	29	1.87
17464336--17464374	16	2.6	15	88	8	53	66	7	2	23	1.30
17467434--17467486	20	2.7	20	75	13	56	28	1	0	69	0.99
17468556--17468619	19	3.1	20	78	17	69	42	0	4	53	1.22
17469968--17469994	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
17470008--17470041	18	1.9	18	88	5	52	20	17	2	58	1.51
17471982--17472020	12	3.2	12	85	7	60	51	0	33	15	1.44
17481632--17481690	30	2.0	30	84	15	79	42	16	5	35	1.71
17481634--17481701	30	2.3	29	80	14	70	44	17	4	33	1.69
17495548--17495577	2	15.0	2	92	0	51	0	46	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17497441--17497489	19	2.5	19	86	3	62	55	8	0	36	1.30
17497923--17497959	13	2.9	13	81	18	51	48	0	0	51	1.00
17498049--17498089	17	2.3	18	80	12	50	53	2	0	43	1.13
17512286--17512316	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
17513332--17513395	30	2.1	30	85	0	83	42	20	0	37	1.52
17513343--17513499	61	2.6	60	82	7	183	38	21	0	38	1.58
17513343--17513489	30	4.9	30	84	3	161	38	22	0	38	1.59
17515031--17515615	49	11.8	50	73	11	454	37	17	26	19	1.93
17515031--17515611	99	5.9	99	86	1	781	37	17	26	19	1.93
17516201--17516232	16	2.0	16	93	0	55	43	40	6	9	1.62
17516281--17516336	11	4.7	11	82	6	58	25	41	17	16	1.89
17516369--17516434	18	3.7	18	78	8	71	7	48	21	22	1.75
17532099--17532431	158	2.1	158	85	1	443	28	22	25	23	2.00
17536424--17536457	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
17537506--17537532	7	3.9	7	100	0	54	44	0	44	11	1.39
17544405--17544439	17	2.0	18	88	5	54	42	0	2	54	1.15
17546343--17546414	30	2.4	31	86	4	94	37	19	1	41	1.60
17546380--17546531	58	2.6	57	83	2	205	37	22	2	37	1.68
17546366--17546532	29	5.8	28	69	10	88	37	21	2	38	1.67
17546343--17546532	58	3.3	57	80	5	202	36	22	2	38	1.68
17546502--17546650	59	2.5	59	77	10	146	31	25	8	34	1.85
17546691--17546752	29	2.1	29	85	5	81	33	25	8	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17552364--17552398	18	1.9	18	88	0	52	74	11	14	0	1.08
17553955--17555011	201	5.2	201	86	3	1350	34	19	22	23	1.96
17553997--17554998	406	2.5	406	89	1	1488	34	19	22	23	1.96
17555365--17555432	6	11.5	6	72	9	59	41	4	0	54	1.20
17555365--17555409	17	2.6	18	85	3	65	42	4	0	53	1.21
17555400--17555445	19	2.5	19	89	3	67	36	2	2	58	1.22
17555510--17555554	18	2.6	18	80	16	51	55	13	4	26	1.57
17556172--17556224	3	17.7	3	100	0	106	66	0	0	33	0.92
17557384--17557484	30	3.5	29	81	11	102	40	17	3	37	1.69
17557371--17557548	30	6.1	29	71	11	89	37	21	3	37	1.72
17558024--17558196	95	1.8	96	86	3	251	27	19	13	38	1.90
17558684--17558726	20	2.1	21	87	8	63	34	0	2	62	1.08
17558831--17558872	19	2.3	19	83	4	59	26	0	2	71	0.98
17559193--17559253	23	2.7	24	73	19	58	34	3	4	57	1.36
17567912--17568369	49	9.3	48	76	5	251	39	20	22	17	1.93
17567917--17568369	99	4.6	98	78	4	376	39	20	22	16	1.92
17567833--17568260	97	4.4	97	76	3	360	38	20	23	17	1.93
17567833--17568374	148	3.7	147	76	5	474	39	20	22	17	1.92
17571067--17571277	40	5.3	40	84	3	246	24	18	29	27	1.98
17572280--17572370	43	2.1	43	87	4	130	21	23	28	26	1.99
17572280--17572395	43	2.7	43	83	2	126	21	24	25	28	1.99
17585071--17585307	124	1.9	124	86	3	343	36	10	16	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17586315--17586400	2	43.0	2	100	0	172	50	0	0	50	1.00
17588771--17588798	13	2.2	13	100	0	56	60	0	25	14	1.34
17590176--17590214	6	6.5	6	87	0	51	46	0	30	23	1.53
17591370--17591430	32	1.9	32	89	0	95	29	26	18	26	1.98
17591713--17591745	15	2.1	16	88	5	50	45	27	9	18	1.79
17593291--17593334	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
17593515--17593553	19	2.1	19	85	9	53	46	0	0	53	1.00
17594254--17594280	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
17595689--17595735	3	15.7	3	95	0	85	31	0	2	65	1.04
17597981--17598032	3	15.7	3	79	15	50	1	28	5	63	1.28
17597989--17598029	20	1.9	23	85	14	61	2	29	7	60	1.36
17603867--17603892	5	5.2	5	100	0	52	0	19	0	80	0.71
17604504--17604539	14	2.4	16	86	13	58	27	0	13	58	1.36
17614366--17614392	11	2.5	11	100	0	54	81	0	0	18	0.69
17622602--17622674	29	2.5	30	84	8	89	35	6	15	42	1.73
17622896--17622966	29	2.4	30	85	4	99	47	15	4	32	1.65
17627055--17627100	24	1.9	23	86	8	65	56	4	4	34	1.39
17644039--17644079	18	2.3	18	87	8	57	56	2	9	31	1.45
17647887--17648006	58	2.1	58	90	3	188	34	0	18	47	1.49
17648214--17648258	23	2.0	23	86	0	63	35	20	13	31	1.91
17649134--17649167	17	2.1	16	88	5	50	82	2	11	2	0.89
17655001--17655050	13	3.7	13	76	10	55	58	2	0	40	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17655222--17655286	2	32.5	2	100	0	130	49	0	0	50	1.00
17659952--17660011	29	2.1	28	87	3	84	45	5	13	36	1.65
17659960--17660050	30	3.1	28	82	7	92	45	12	12	30	1.78
17667980--17668222	51	4.8	51	88	4	348	33	16	23	27	1.95
17669842--17669867	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
17673445--17673475	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
17673481--17673535	26	2.1	26	86	0	74	47	3	3	45	1.38
17679067--17679374	59	5.2	59	84	3	345	36	3	27	31	1.75
17679097--17679374	119	2.4	117	87	1	385	37	3	27	31	1.74
17679067--17679345	29	9.5	29	66	21	118	36	4	27	31	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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