genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   

This is table  6  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2123574--2123629	15	3.7	15	82	0	58	23	62	1	12	1.39
2123576--2123749	18	9.2	18	70	11	80	22	57	3	16	1.54
2123651--2123677	6	4.5	6	100	0	54	18	51	0	29	1.46
2123693--2123734	9	4.7	9	77	11	50	23	64	2	9	1.35
2123537--2123813	114	2.4	112	84	9	341	19	55	5	19	1.62
2123702--2124039	129	2.7	123	78	10	333	18	54	7	19	1.68
2123822--2124114	129	2.3	128	89	2	426	19	53	7	20	1.68
2124022--2124056	18	1.9	18	88	0	52	20	51	5	22	1.68
2138155--2138179	12	2.1	12	100	0	50	16	28	16	40	1.89
2138225--2138421	23	8.5	23	80	9	177	42	22	23	11	1.86
2138225--2138421	69	2.8	69	82	11	206	42	22	23	11	1.86
2141404--2141663	129	2.0	129	99	0	511	30	24	11	33	1.90
2145786--2145889	23	4.4	23	85	7	138	44	23	23	9	1.82
2145739--2145889	71	2.2	69	83	7	180	43	21	23	11	1.84
2145786--2145889	48	2.2	46	84	6	138	44	23	23	9	1.82
2151008--2151042	12	3.0	11	88	12	52	77	0	2	20	0.90
2157553--2157606	22	2.3	24	78	15	60	29	0	7	62	1.22
2171675--2171735	30	2.0	30	90	0	95	50	4	0	44	1.23
2184424--2184455	3	10.7	3	93	0	55	3	31	31	34	1.73
2186059--2186099	21	2.0	21	85	9	57	63	4	4	26	1.35
2186063--2186106	21	2.0	22	82	4	54	65	4	2	27	1.23
2186590--2186662	31	2.4	31	85	0	101	54	12	2	30	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2187996--2188050	29	1.9	28	82	10	67	34	12	1	50	1.51
2193967--2194003	17	2.1	18	85	14	51	56	0	2	40	1.13
2200909--2200952	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2204597--2204630	15	2.4	14	90	5	50	2	8	47	41	1.50
2210989--2211013	6	4.2	6	100	0	50	32	16	36	16	1.90
2225514--2225585	31	2.4	30	81	4	90	37	12	9	40	1.76
2231709--2231735	8	3.4	8	100	0	54	33	0	0	66	0.92
2232618--2232666	15	3.1	15	77	11	53	46	2	0	51	1.12
2234321--2234348	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2234863--2234913	18	2.8	18	96	0	93	29	0	5	64	1.17
2249950--2249976	5	5.4	5	100	0	54	22	0	59	18	1.38
2250666--2250725	31	1.9	31	86	6	86	50	1	11	36	1.49
2251516--2251607	45	2.0	46	91	2	150	31	7	14	46	1.72
2251834--2251869	18	2.0	18	94	0	63	55	13	5	25	1.60
2260827--2260858	16	1.9	17	93	6	57	65	0	0	34	0.93
2268147--2268173	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2271183--2271238	29	2.0	28	92	3	94	30	1	5	62	1.28
2273982--2274025	3	14.7	3	80	0	52	31	6	2	59	1.36
2283637--2283663	4	6.8	4	100	0	54	74	0	25	0	0.83
2294481--2294522	20	2.1	20	86	8	59	30	0	0	69	0.89
2296931--2297006	30	2.6	31	81	10	88	38	1	21	39	1.62
2297023--2297252	28	8.1	28	72	14	115	32	4	29	33	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2297003--2297167	57	2.9	56	76	16	160	30	4	30	33	1.79
2297098--2297494	29	13.7	30	74	12	262	37	2	26	34	1.68
2297098--2297499	87	4.6	86	80	9	356	37	2	26	33	1.69
2298575--2298634	6	10.3	6	80	8	54	41	0	5	53	1.23
2298575--2298627	11	4.7	11	77	11	54	41	0	3	54	1.18
2298577--2298626	16	3.1	16	83	13	66	38	0	4	58	1.17
2305104--2305131	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2306458--2306517	20	3.2	19	68	9	52	58	0	0	41	0.98
2306484--2306508	7	3.6	7	100	0	50	72	0	0	28	0.86
2306793--2306869	30	2.6	29	78	12	75	41	12	1	44	1.51
2307504--2307541	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2308292--2308340	5	9.8	5	97	0	89	0	57	20	22	1.41
2309323--2309383	19	3.3	19	81	2	70	55	1	0	42	1.09
2315777--2316004	118	1.9	118	84	0	303	32	10	19	37	1.85
2324369--2324537	23	7.3	23	82	7	166	42	21	24	11	1.86
2324415--2324537	46	2.7	46	88	2	185	43	21	23	11	1.85
2324369--2324513	69	2.1	66	86	10	193	43	20	23	12	1.86
2327669--2327702	17	1.9	18	94	5	61	73	5	5	14	1.21
2327667--2327714	24	2.0	25	83	4	62	75	4	6	14	1.16
2328079--2328108	12	2.5	12	100	0	60	76	10	0	13	1.01
2328708--2328891	92	2.0	91	88	3	271	43	12	4	39	1.62
2329306--2329363	26	2.2	26	81	6	73	62	1	1	34	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2329308--2329366	27	2.2	26	84	3	73	62	1	1	33	1.15
2329394--2329435	22	1.9	23	85	9	61	61	11	2	23	1.42
2331147--2331190	20	2.1	20	83	8	52	47	0	2	50	1.13
2331932--2331974	22	2.0	21	83	16	54	37	2	0	60	1.10
2334859--2334903	6	7.5	6	92	0	63	15	42	0	42	1.47
2334859--2334903	12	3.8	12	90	0	72	15	42	0	42	1.47
2337024--2337074	24	2.1	24	88	0	75	15	21	17	45	1.86
2342237--2342467	94	2.5	92	80	9	247	49	14	6	29	1.69
2343402--2343448	15	2.9	16	73	20	53	57	4	0	38	1.18
2347220--2347777	45	12.9	45	78	9	427	43	14	26	15	1.85
2347390--2347663	87	3.1	87	81	7	372	42	16	26	15	1.87
2347440--2347684	132	1.8	135	83	7	331	42	15	27	14	1.85
2347351--2347777	177	2.4	176	85	5	553	43	15	26	15	1.86
2348821--2348874	26	2.1	26	100	0	108	22	12	14	50	1.77
2358825--2358856	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2362702--2362836	66	2.0	66	100	0	270	30	7	25	37	1.83
2371616--2371654	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2371654--2371693	2	20.0	2	100	0	80	50	0	50	0	1.00
2376182--2376227	23	2.0	23	83	8	58	47	13	0	39	1.42
2379138--2379178	21	2.0	21	95	0	73	41	14	7	36	1.74
2384559--2384589	8	3.9	8	100	0	62	0	22	12	64	1.27
2385673--2385713	20	2.0	20	90	9	66	51	4	9	34	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2386623--2386672	24	2.1	24	85	7	66	74	4	0	22	0.99
2386623--2386671	18	2.7	18	81	12	55	73	4	0	22	1.00
2389006--2389093	31	2.8	29	76	19	79	45	3	11	39	1.57
2390105--2390882	389	2.0	389	99	0	1549	35	18	13	32	1.89
2404351--2404379	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2407860--2407922	16	3.9	16	72	17	58	76	1	12	9	1.09
2408293--2408328	9	3.9	9	88	3	54	52	2	0	44	1.15
2418423--2418547	23	5.5	22	82	4	115	40	24	22	12	1.88
2422799--2422862	22	3.0	22	69	13	62	37	1	1	59	1.16
2430752--2430785	15	2.3	15	89	0	50	11	32	5	50	1.63
2436686--2436731	18	2.6	18	83	16	60	52	0	2	45	1.13
2437221--2437256	18	2.1	18	94	5	65	75	5	0	19	1.00
2442468--2442504	19	2.0	18	89	5	56	16	0	5	78	0.93
2442800--2442858	19	3.2	18	75	13	57	64	0	3	32	1.10
2443056--2443120	19	3.4	19	74	19	64	27	7	3	61	1.38
2448458--2448496	13	2.9	13	84	3	51	51	2	0	46	1.14
2450984--2451031	25	2.0	24	84	12	62	41	16	8	33	1.78
2453907--2453944	16	2.5	15	87	8	58	68	0	0	31	0.90
2453997--2454041	14	3.2	13	77	17	54	62	2	6	28	1.33
2457376--2457457	43	1.9	43	85	5	112	42	17	13	26	1.86
2461532--2461557	1	26.0	1	100	0	52	0	100	0	0	0.00
2462276--2462304	4	7.2	4	100	0	58	24	0	0	75	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2466275--2466302	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
2466749--2466794	6	7.7	6	97	0	65	43	34	15	6	1.72
2466969--2466997	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2468667--2468966	63	4.9	63	77	5	256	18	16	34	31	1.93
2474234--2474270	16	2.2	17	90	9	58	43	0	0	56	0.99
2478035--2478261	63	3.7	60	78	9	233	22	18	32	27	1.97
2481798--2481831	16	2.1	16	88	0	50	47	2	11	38	1.55
2485409--2485469	20	3.0	21	77	18	67	34	0	3	62	1.12
2486471--2486507	19	2.0	19	89	5	58	67	5	5	21	1.31
2492194--2492264	30	2.4	30	90	4	117	19	39	11	29	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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