genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

This is table  77  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24329085--24329145	26	2.3	26	91	0	95	37	24	18	19	1.94
24329134--24329219	24	3.6	24	96	0	145	27	23	23	25	2.00
24329100--24329212	48	2.3	48	84	3	136	29	24	21	24	1.99
24329215--24329280	27	2.4	27	92	0	105	37	18	18	25	1.93
24337555--24337587	14	2.4	14	100	0	66	39	12	30	18	1.87
24337555--24337594	14	2.9	14	92	0	53	40	12	30	17	1.86
24359292--24359338	6	7.5	6	83	9	58	0	17	2	80	0.80
24359292--24359338	13	3.8	12	81	10	58	0	17	2	80	0.80
24359292--24359338	19	2.5	19	86	6	60	0	17	2	80	0.80
24360358--24360390	12	2.8	12	90	4	50	0	27	0	72	0.85
24369410--24369487	38	2.1	38	92	0	129	23	20	19	37	1.95
24390014--24390057	18	2.4	18	80	0	52	38	22	15	22	1.92
24396200--24396250	18	2.8	18	82	5	59	64	0	35	0	0.94
24396632--24396665	17	2.1	16	88	5	50	11	14	11	61	1.56
24396659--24396701	11	3.6	11	77	17	50	18	11	20	48	1.79
24402495--24402552	30	2.0	30	89	3	91	39	8	22	29	1.84
24402584--24402819	30	8.1	29	72	13	148	31	3	29	34	1.76
24402614--24402837	88	2.6	86	78	12	251	31	3	29	35	1.75
24402636--24402789	58	2.6	60	79	8	174	30	3	28	37	1.75
24404608--24404693	36	2.5	33	85	9	109	56	4	1	37	1.27
24404639--24404693	17	3.3	16	85	7	74	56	1	1	40	1.21
24405219--24405429	85	2.5	85	85	3	273	23	26	13	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24405179--24405429	86	2.9	86	83	2	283	24	24	14	36	1.93
24405360--24405792	172	2.5	171	89	1	670	22	23	17	37	1.94
24406634--24406784	39	3.7	40	79	8	144	15	25	16	42	1.88
24406634--24406784	79	1.9	82	87	5	227	15	25	16	42	1.88
24412408--24414263	309	6.0	309	99	0	3649	23	22	17	37	1.94
24418539--24418604	29	2.2	30	86	5	89	39	6	21	33	1.78
24418561--24418861	29	10.3	30	70	12	110	33	5	26	34	1.79
24418621--24418807	59	3.2	57	77	9	182	32	3	28	35	1.75
24420585--24420692	6	18.3	6	70	8	53	56	4	0	37	1.26
24420593--24420698	17	6.1	17	80	8	115	58	4	0	35	1.25
24422576--24422627	21	2.6	19	83	16	70	5	30	3	59	1.39
24432006--24432139	71	1.9	70	87	1	196	26	17	22	34	1.96
24433005--24433043	21	1.9	20	89	5	60	20	17	23	38	1.93
24434810--24434841	16	1.9	17	93	6	57	0	21	3	75	0.95
24435429--24435471	17	2.5	17	88	0	59	55	16	11	16	1.68
24435870--24435914	18	2.8	16	86	10	56	0	31	6	62	1.21
24441811--24441846	18	2.0	18	88	0	54	13	13	27	44	1.82
24447927--24447959	13	2.5	13	100	0	66	57	21	0	21	1.41
24453527--24453561	18	1.9	18	88	11	54	17	11	8	62	1.52
24467427--24469180	559	3.1	557	85	3	2227	31	17	16	34	1.92
24475154--24475254	36	2.8	36	82	5	123	39	13	23	22	1.90
24486000--24486100	36	2.8	36	83	3	123	36	13	25	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24496896--24496920	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
24499118--24499157	17	2.3	17	91	4	62	22	5	0	72	1.04
24508409--24508625	51	4.3	51	90	2	330	28	23	15	33	1.95
24508409--24508625	100	2.1	101	89	2	328	28	23	15	33	1.95
24512126--24512157	9	3.4	10	87	12	50	62	0	0	37	0.95
24519265--24519360	34	2.9	34	81	3	115	35	25	5	34	1.78
24519309--24519431	34	3.6	34	73	14	94	33	21	7	37	1.82
24526181--24526205	12	2.1	12	100	0	50	16	28	16	40	1.89
24530496--24530551	17	3.2	17	85	14	87	23	14	28	33	1.94
24538803--24538837	18	1.9	18	88	0	52	14	17	40	28	1.88
24543700--24543741	17	2.4	17	80	15	50	52	0	23	23	1.47
24543824--24543959	58	2.3	58	100	0	272	27	25	24	22	2.00
24548424--24548458	18	1.9	18	88	0	52	28	40	17	14	1.88
24568656--24568698	16	2.7	15	86	13	59	32	0	4	62	1.15
24570012--24570047	18	1.9	19	88	5	56	38	13	0	47	1.44
24573107--24573151	23	2.0	23	82	8	56	53	6	8	31	1.58
24575174--24575198	12	2.1	12	100	0	50	36	8	16	40	1.77
24577661--24577754	47	2.0	47	95	4	172	37	21	13	27	1.91
24579528--24579577	12	3.8	13	73	17	50	2	38	0	60	1.09
24582486--24582608	64	1.9	64	98	0	237	27	14	21	36	1.92
24584114--24584166	26	2.0	26	88	0	79	28	22	20	28	1.99
24584156--24584243	38	2.3	38	84	5	117	29	17	25	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24589788--24589812	13	1.9	13	100	0	50	48	12	16	24	1.79
24591868--24591903	16	2.2	16	95	0	63	58	13	5	22	1.56
24596649--24596705	30	1.9	30	85	7	80	5	29	1	63	1.27
24601505--24601877	30	12.6	30	79	9	320	36	24	1	38	1.64
24601505--24601901	59	6.7	60	78	10	345	36	23	1	39	1.63
24602178--24602798	325	1.9	324	87	1	920	33	17	15	33	1.91
24604619--24604661	21	2.1	20	82	4	50	25	11	2	60	1.43
24629379--24629515	41	3.3	41	83	4	132	30	18	29	20	1.97
24629410--24629650	41	5.7	41	72	12	173	29	20	28	21	1.98
24629427--24629601	91	1.9	91	85	2	244	29	20	29	20	1.97
24629576--24629668	40	2.3	41	81	1	107	30	25	22	21	1.99
24630677--24630720	19	2.4	18	81	11	54	45	6	2	45	1.42
24632155--24632479	41	7.9	41	89	1	436	34	20	27	18	1.95
24632567--24632651	27	3.1	28	71	5	93	56	5	0	37	1.24
24632590--24632629	19	2.2	19	86	8	57	60	2	0	37	1.11
24634251--24634295	22	2.0	22	86	4	63	13	13	11	62	1.55
24636510--24636798	43	6.7	43	89	2	409	24	20	29	25	1.99
24636510--24636798	87	3.3	86	85	3	386	24	20	29	25	1.99
24636510--24636798	130	2.2	128	87	3	409	24	20	29	25	1.99
24638205--24638402	99	2.0	99	97	0	378	37	10	6	45	1.64
24641302--24641368	31	2.1	33	86	5	93	31	0	1	67	1.00
24641693--24641720	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24642548--24642587	19	2.0	21	85	9	57	40	20	0	40	1.52
24646535--24646728	105	1.8	105	85	2	273	31	26	12	29	1.92
24650330--24650377	24	2.0	24	88	8	71	29	12	8	50	1.69
24654746--24654899	76	2.0	76	97	0	290	30	12	21	35	1.91
24658519--24658576	31	1.9	30	85	3	80	55	3	3	37	1.34
24660573--24660773	30	6.8	29	80	10	219	36	26	3	33	1.73
24660573--24660832	59	4.4	59	82	4	274	36	26	4	33	1.76
24660573--24660832	30	8.8	29	76	7	218	36	26	4	33	1.76
24660814--24660892	29	2.7	28	77	11	79	32	12	5	49	1.63
24660934--24661009	28	2.7	28	88	8	127	30	26	10	32	1.90
24662206--24662250	14	3.3	13	78	9	54	17	20	4	57	1.56
24662193--24662255	27	2.3	27	79	17	69	23	17	3	55	1.56
24662206--24662263	27	2.1	28	90	3	91	22	20	3	53	1.60
24664606--24665040	217	2.0	217	99	0	861	24	17	20	37	1.93
24666856--24666906	12	4.5	11	79	16	50	52	0	0	47	1.00
24670462--24670492	15	2.1	15	93	0	53	32	6	6	54	1.51
24678732--24678791	29	2.1	29	96	0	111	28	10	21	40	1.85
24684907--24684964	24	2.4	24	80	5	64	34	1	0	63	1.04
24686142--24686173	13	2.5	13	94	0	55	37	3	0	59	1.13
24689024--24689056	16	2.1	16	88	5	50	48	0	6	45	1.27
24691255--24691548	80	3.8	79	80	8	318	22	18	26	32	1.97
24691325--24691547	71	3.0	71	82	7	250	23	17	26	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24691255--24691547	151	1.9	151	83	2	374	22	18	26	32	1.97
24693879--24694039	30	5.4	30	82	6	166	40	5	17	36	1.73
24693959--24694068	29	3.7	29	80	12	116	39	10	18	32	1.84
24694375--24694436	32	1.9	32	83	6	81	30	20	0	48	1.50
24694713--24694769	22	2.6	23	78	10	66	8	8	7	75	1.19
24696377--24696411	14	2.5	14	90	9	54	31	14	2	51	1.57
24698041--24698189	42	3.5	42	72	8	120	27	14	29	28	1.95
24698018--24698330	46	6.9	46	73	11	263	25	18	25	30	1.98
24698023--24698330	88	3.4	88	81	8	325	25	18	26	29	1.98
24698100--24698337	49	5.1	49	76	11	246	26	17	24	31	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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