genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

This is table  71  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22624586--22624624	10	3.9	10	83	9	53	46	7	0	46	1.31
22625539--22625838	155	1.9	154	97	0	564	31	13	16	38	1.87
22625839--22625970	60	2.2	62	83	6	164	33	15	8	42	1.77
22626312--22626377	25	2.5	27	88	9	93	42	1	3	53	1.25
22626480--22626584	41	2.5	41	87	3	147	59	7	8	24	1.53
22628973--22629070	49	2.0	49	87	0	142	15	31	9	43	1.78
22632611--22632661	25	2.0	25	96	0	93	45	7	17	29	1.77
22632878--22633110	43	5.5	42	88	1	281	34	11	26	27	1.91
22632878--22633124	41	5.9	40	86	5	246	35	11	25	27	1.90
22632878--22633124	82	2.9	82	83	7	291	35	11	25	27	1.90
22639119--22639204	44	1.9	45	88	2	129	52	3	4	39	1.39
22639172--22639205	18	1.9	18	88	5	52	55	5	2	35	1.39
22640489--22640523	14	2.6	13	82	8	52	62	5	0	31	1.18
22640755--22640794	19	2.1	19	85	0	53	40	5	0	55	1.22
22640755--22640791	17	2.1	19	85	10	51	37	5	0	56	1.22
22640760--22640808	26	1.9	26	91	4	82	34	4	0	61	1.15
22643866--22644319	201	2.3	192	82	8	486	27	21	25	24	1.99
22644535--22644623	6	15.0	6	68	22	55	41	2	3	52	1.30
22644597--22644639	16	2.6	16	85	3	50	53	2	0	44	1.13
22645397--22645436	3	13.0	3	84	5	53	62	0	0	37	0.95
22645389--22645453	12	5.4	12	77	18	64	56	0	0	43	0.99
22645398--22645439	10	4.4	10	85	8	52	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22646378--22647048	117	5.7	118	89	2	963	33	28	3	35	1.73
22646378--22647048	59	11.4	59	89	3	947	33	28	3	35	1.73
22647027--22647090	28	2.3	29	91	8	114	31	35	9	23	1.87
22647027--22647098	27	2.6	28	86	8	103	29	34	8	27	1.86
22659315--22659459	40	3.3	40	66	23	112	37	20	17	24	1.93
22659199--22659644	92	4.9	92	91	2	677	36	19	16	28	1.93
22659355--22659511	52	3.3	51	66	23	149	38	19	15	26	1.91
22659572--22659951	76	5.0	76	90	2	581	34	15	16	33	1.90
22659572--22659905	38	8.8	38	71	14	251	35	15	14	34	1.89
22660215--22660298	6	14.0	6	68	21	52	41	2	2	53	1.27
22660215--22660271	23	2.4	23	75	13	62	42	1	1	54	1.21
22660222--22660296	11	6.9	11	73	14	57	40	2	1	56	1.22
22661058--22661110	9	6.0	9	80	12	56	60	0	0	39	0.97
22661060--22661102	3	13.7	3	85	9	59	65	0	0	34	0.93
22661060--22661102	10	4.6	9	94	2	59	65	0	0	34	0.93
22661061--22661116	13	4.6	13	78	14	57	60	0	0	39	0.97
22662071--22662564	59	8.4	59	91	1	774	33	28	3	34	1.73
22662546--22662633	28	3.1	28	86	3	115	28	32	10	28	1.90
22668436--22668889	201	2.3	193	83	6	484	26	20	26	25	1.99
22669639--22669690	21	2.5	21	81	6	61	28	13	25	32	1.93
22670737--22670784	24	2.0	24	100	0	96	33	25	16	25	1.96
22676595--22676628	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22678900--22678954	26	2.2	26	90	3	85	67	7	0	25	1.16
22678988--22679435	135	3.2	136	87	5	591	51	14	1	33	1.50
22679444--22679482	20	2.0	20	94	0	69	76	5	0	17	0.96
22679500--22679525	6	4.3	6	100	0	52	0	50	0	50	1.00
22680867--22680901	16	2.2	16	89	0	52	51	5	8	34	1.56
22702490--22702540	18	2.6	21	75	18	63	17	11	11	58	1.62
22703122--22703166	8	5.4	8	79	10	54	80	0	17	2	0.82
22705723--22705754	15	2.1	15	100	0	64	12	25	21	40	1.88
22707661--22707734	37	2.0	37	100	0	148	21	29	16	32	1.95
22709063--22709140	36	2.1	38	85	7	106	38	2	34	24	1.69
22717223--22717292	11	6.0	11	76	15	52	38	2	0	58	1.13
22717224--22717299	6	12.8	6	74	13	68	39	2	1	56	1.21
22717224--22717298	17	4.6	17	85	9	102	38	2	1	57	1.21
22717257--22717284	14	2.0	14	100	0	56	35	7	0	57	1.26
22717240--22717298	31	1.9	31	92	0	100	38	3	1	55	1.26
22719261--22719537	30	9.5	30	80	10	245	40	20	2	36	1.65
22719262--22719495	90	2.6	90	87	4	337	40	21	1	36	1.63
22719473--22719517	22	2.0	22	86	0	63	48	17	2	31	1.59
22725470--22725523	28	1.9	28	92	0	90	29	16	31	22	1.96
22728033--22728290	29	9.3	29	78	13	267	38	4	8	48	1.56
22728033--22728290	51	4.6	56	80	11	266	38	4	8	48	1.56
22728142--22728235	22	4.0	22	72	17	89	37	6	10	45	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22728215--22728290	30	2.5	30	87	10	111	43	3	6	46	1.48
22729394--22729501	42	2.5	43	84	1	128	29	21	16	32	1.95
22729829--22729966	66	2.1	66	83	2	170	15	26	18	39	1.91
22735693--22735730	6	6.3	6	100	0	76	31	0	15	52	1.43
22735953--22736020	34	2.0	33	86	8	93	41	0	7	51	1.30
22739722--22739757	18	2.0	18	88	0	54	30	36	0	33	1.58
22739944--22739985	12	3.5	12	93	0	57	19	11	7	61	1.52
22740226--22740318	40	2.3	41	86	3	125	19	21	11	47	1.81
22740827--22740872	20	2.2	21	77	11	51	63	17	19	0	1.32
22742288--22742316	13	2.1	14	93	6	51	48	10	6	34	1.64
22742399--22742548	79	1.9	79	100	0	300	25	10	8	56	1.59
22742111--22742751	352	1.8	352	99	0	1273	28	12	10	48	1.73
22742640--22742668	13	2.1	14	93	6	51	48	10	6	34	1.64
22743522--22743915	40	9.7	40	71	11	237	15	23	17	42	1.88
22743436--22743827	122	3.2	122	77	6	398	17	23	17	41	1.89
22743422--22743955	82	6.5	83	74	9	377	17	22	18	42	1.89
22743420--22743955	245	2.2	244	78	6	566	17	22	18	41	1.90
22743489--22743991	40	12.4	39	70	7	196	17	22	18	42	1.89
22743419--22743955	163	3.3	163	73	8	523	17	22	18	41	1.90
22747052--22747100	19	2.4	22	86	10	68	59	10	0	30	1.31
22747487--22747520	16	2.1	17	88	5	52	38	0	5	55	1.24
22749094--22749286	59	3.3	58	80	8	196	27	14	11	45	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22749151--22749254	31	3.5	30	73	17	99	27	15	12	44	1.82
22749487--22749565	32	2.5	31	89	4	115	48	12	13	25	1.78
22752193--22752646	165	2.7	166	85	5	616	33	14	11	40	1.83
22753528--22753579	19	2.6	19	77	17	52	65	3	0	30	1.10
22753528--22753579	20	2.7	20	76	11	54	65	3	0	30	1.10
22761301--22761336	2	19.0	2	88	11	58	50	0	0	50	1.00
22761326--22761358	15	2.3	15	89	5	50	42	3	0	54	1.15
22762079--22762157	27	2.9	27	83	3	97	22	25	12	39	1.89
22762210--22762336	28	4.4	29	78	6	127	29	22	13	34	1.92
22762318--22762449	54	2.4	54	73	3	122	30	22	15	31	1.95
22763049--22763089	21	2.0	21	85	9	57	36	39	4	19	1.73
22765725--22765759	6	5.8	6	96	0	52	68	5	0	25	1.11
22765724--22765762	12	3.2	12	88	0	60	66	10	0	23	1.22
22765724--22765762	6	6.5	6	93	0	51	66	10	0	23	1.22
22766385--22766418	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
22768323--22768356	10	3.6	9	88	11	50	55	8	2	32	1.45
22770996--22771087	19	4.5	20	80	15	109	6	7	19	66	1.39
22770996--22771095	21	4.9	21	81	15	102	7	8	19	66	1.41
22771112--22771160	12	3.9	13	79	12	50	8	4	14	73	1.21
22772034--22772063	5	5.8	5	92	7	51	16	0	0	83	0.65
22772034--22772063	11	2.8	11	95	5	53	16	0	0	83	0.65
22772447--22772755	109	2.8	109	90	0	474	33	11	14	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22779960--22780250	49	5.9	49	88	0	411	35	18	28	17	1.94
22782774--22783093	110	2.9	107	85	6	410	33	10	15	40	1.82
22783715--22783749	13	2.6	13	90	4	52	68	0	25	5	1.11
22786719--22786782	7	9.0	7	78	1	56	48	31	0	20	1.50
22786729--22786781	14	3.8	14	78	9	63	52	30	0	16	1.44
22786720--22786782	28	2.2	29	97	2	119	49	31	0	19	1.48
22786719--22786782	21	3.0	21	81	6	67	48	31	0	20	1.50
22796496--22796522	14	1.9	14	100	0	54	55	0	0	44	0.99
22798778--22798845	27	2.5	27	78	0	73	22	20	14	42	1.88
22799768--22799847	40	2.0	40	92	0	133	42	13	5	38	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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