genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

This is table  83  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26082535--26082594	25	2.4	25	82	0	75	25	41	10	23	1.85
26083866--26084011	59	2.5	58	78	9	170	34	21	4	39	1.73
26083876--26084019	29	4.9	30	80	8	152	33	22	4	40	1.73
26083866--26084095	30	7.8	29	72	14	139	33	24	4	36	1.77
26083866--26084127	29	8.9	30	72	18	151	33	24	5	36	1.78
26083935--26084271	59	5.7	57	80	9	218	33	24	5	35	1.80
26083993--26084271	117	2.4	116	82	6	348	32	25	7	34	1.83
26083964--26084272	29	10.5	28	69	23	122	33	25	6	35	1.82
26084195--26084318	29	4.2	30	76	12	105	30	27	7	34	1.84
26083993--26084276	59	4.8	59	81	8	285	32	25	7	34	1.83
26085987--26086350	123	3.0	122	89	5	535	43	7	9	39	1.67
26091081--26091568	123	4.0	123	92	1	775	42	8	10	38	1.70
26094879--26094982	36	2.9	35	86	2	136	20	25	19	34	1.96
26095109--26095293	92	2.0	92	94	0	325	32	23	14	30	1.94
26102156--26102253	36	2.7	36	84	10	128	20	26	18	34	1.95
26103316--26103361	20	2.2	21	84	3	58	32	17	0	50	1.47
26112708--26112746	12	3.2	12	81	0	51	43	0	28	28	1.55
26115207--26115290	9	9.4	9	74	15	68	63	1	1	34	1.10
26115555--26115654	19	5.3	19	72	10	71	32	2	5	61	1.29
26118727--26118783	27	2.1	27	83	6	71	28	14	14	43	1.83
26120391--26120459	26	2.7	26	88	0	93	60	4	14	20	1.50
26121807--26121831	12	2.1	12	100	0	50	48	16	16	20	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26124113--26124169	26	2.2	26	77	0	60	28	21	21	29	1.98
26135163--26135261	24	4.1	24	90	0	153	26	23	23	27	2.00
26137167--26137195	13	2.2	13	100	0	58	13	6	34	44	1.71
26139889--26139940	22	2.3	24	83	9	74	1	15	1	80	0.88
26139893--26139942	10	4.9	10	81	11	57	2	14	2	82	0.86
26144463--26144557	49	1.9	49	97	0	181	44	17	16	21	1.87
26148944--26148973	13	2.3	13	94	0	51	50	10	10	30	1.69
26150632--26150662	16	1.9	16	93	0	53	61	0	16	22	1.34
26155242--26155410	30	5.6	30	70	9	110	33	7	19	39	1.79
26157116--26157328	39	5.4	39	73	12	166	25	16	25	31	1.97
26157116--26157336	79	2.8	78	85	2	282	24	17	25	32	1.97
26157358--26157484	50	2.5	50	84	2	166	22	25	18	33	1.97
26157358--26157504	50	2.9	50	82	2	143	22	26	17	33	1.96
26169215--26169379	30	5.6	29	75	12	86	37	6	18	36	1.77
26169261--26169317	28	2.0	28	83	6	71	31	8	21	38	1.84
26169294--26169365	30	2.4	30	90	0	108	34	2	20	41	1.67
26170371--26170418	13	3.4	14	82	8	53	22	0	2	75	0.91
26170426--26170450	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
26176089--26176144	19	3.0	19	84	2	69	30	26	16	26	1.96
26176089--26176188	37	2.7	38	78	6	98	32	26	18	24	1.97
26176096--26176188	18	5.1	18	84	2	96	31	25	19	23	1.98
26183110--26183198	18	4.8	18	90	2	115	31	26	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26183110--26183198	37	2.4	36	88	3	124	31	26	20	21	1.98
26184595--26184789	33	5.7	34	76	7	155	30	20	17	31	1.96
26184788--26184839	16	3.2	17	79	15	56	36	15	11	36	1.84
26184884--26184930	25	1.9	24	82	4	58	44	23	10	21	1.83
26187888--26187930	22	1.9	23	85	4	61	37	4	6	51	1.50
26217175--26217227	25	2.1	26	89	3	81	58	11	0	30	1.33
26224813--26225240	41	10.4	41	83	1	520	26	24	10	38	1.88
26224842--26225240	82	4.9	82	93	0	663	26	24	11	37	1.90
26231823--26231875	21	2.5	21	96	0	97	39	24	18	16	1.91
26232354--26232408	21	2.6	21	97	0	101	38	18	23	20	1.93
26234289--26234328	21	1.9	21	89	0	62	22	5	45	27	1.73
26241327--26241356	15	2.0	15	93	0	51	43	0	23	33	1.54
26243437--26243495	29	2.0	29	83	3	73	27	30	28	13	1.94
26244534--26244598	27	2.3	29	77	12	73	18	6	4	70	1.26
26244556--26244610	20	2.8	20	74	15	53	18	3	3	74	1.11
26248207--26248332	4	30.8	4	70	20	57	25	3	3	68	1.19
26248204--26248272	18	3.9	18	78	14	63	26	2	1	69	1.11
26248220--26248302	14	5.9	14	75	12	64	27	2	2	67	1.16
26248252--26248299	25	1.9	25	95	0	87	31	2	4	62	1.26
26248294--26248350	25	2.3	26	79	14	66	19	7	3	70	1.26
26248279--26248338	33	1.9	30	86	10	84	18	5	5	71	1.23
26248356--26248545	6	31.3	6	96	1	263	22	0	10	66	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26252403--26252458	22	2.5	22	77	16	60	50	0	8	41	1.34
26253733--26254048	32	9.8	33	90	2	434	29	18	17	33	1.94
26253733--26254453	64	11.4	64	86	4	905	29	18	17	33	1.95
26253733--26254453	96	7.6	96	85	5	905	29	18	17	33	1.95
26254026--26254067	22	1.9	22	100	0	84	26	23	19	30	1.98
26254048--26254453	32	12.7	32	85	3	521	29	18	17	33	1.95
26254231--26254402	17	10.7	17	63	26	54	30	16	18	33	1.94
26256561--26256612	27	1.9	28	84	7	72	44	7	1	46	1.43
26264796--26264862	21	3.2	21	67	12	66	29	13	17	38	1.88
26264780--26264910	41	3.2	41	95	1	228	29	11	19	39	1.86
26265009--26265062	26	2.1	26	92	0	90	37	18	3	40	1.69
26265703--26265733	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
26282322--26282362	21	2.0	21	95	0	73	17	21	12	48	1.79
26286907--26286965	29	2.0	29	96	0	109	15	10	37	37	1.81
26288056--26288220	87	1.9	86	83	3	215	27	15	20	37	1.92
26293568--26294217	298	2.2	298	85	6	879	42	2	10	44	1.53
26293561--26294217	150	4.4	149	86	4	844	42	2	10	44	1.53
26295026--26295133	17	6.6	17	73	20	70	40	0	2	55	1.21
26295044--26295159	6	20.0	6	77	10	125	44	0	1	53	1.10
26295044--26295159	29	3.8	30	76	14	112	44	0	1	53	1.10
26295043--26295159	17	6.8	17	80	6	103	45	0	1	52	1.10
26295132--26295165	17	2.0	17	88	0	50	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26296857--26297295	30	14.9	30	76	10	361	35	28	2	34	1.71
26296860--26297295	59	7.4	58	82	5	382	35	27	2	34	1.71
26297101--26297331	58	4.0	59	83	4	263	31	30	5	32	1.80
26302794--26302865	7	10.6	7	71	14	53	77	1	20	0	0.84
26302796--26302865	26	2.6	26	82	13	72	77	1	21	0	0.85
26302827--26302857	16	1.9	16	93	0	53	80	0	19	0	0.71
26303841--26304160	99	3.2	98	88	1	460	31	16	32	19	1.94
26304136--26304321	99	1.9	99	82	6	234	33	18	29	17	1.94
26303792--26304272	198	2.4	199	78	8	541	31	17	32	18	1.95
26303938--26304292	148	2.4	147	76	10	355	32	16	32	18	1.94
26304280--26366412	99	628.9	100	76	8	18560	37	19	25	18	1.94
26304280--26366412	296	209.6	297	75	8	22479	37	19	25	18	1.94
26304280--26366400	198	314.4	198	76	8	22003	37	19	25	18	1.94
26308630--26309146	246	2.1	246	83	3	639	36	17	26	18	1.93
26308876--26315067	197	31.4	196	73	10	1424	37	18	25	17	1.93
26310009--26311938	148	13.0	148	65	12	377	37	18	26	18	1.93
26309993--26310462	246	1.9	247	85	3	644	37	16	25	19	1.93
26304281--26348193	542	80.9	538	70	10	7980	37	18	25	18	1.94
26304729--26357361	641	82.0	632	72	10	4794	37	18	25	18	1.94
26312818--26313324	246	2.1	246	81	3	590	38	17	25	17	1.92
26313462--26313928	246	1.9	246	79	3	519	38	18	25	17	1.92
26304283--26368193	49	1293.8	49	63	10	7843	37	19	25	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26317359--26317818	246	1.9	247	81	4	561	39	18	24	18	1.92
26317678--26317984	166	1.8	168	82	4	397	37	19	25	17	1.93
26318459--26318923	246	1.9	247	82	3	587	38	19	25	16	1.92
26321093--26321612	197	2.6	198	83	1	632	37	18	26	17	1.93
26321850--26322085	117	2.0	117	91	1	384	39	16	25	18	1.92
26319406--26322669	394	8.2	394	76	7	1660	37	18	25	18	1.94
26325263--26325370	48	2.2	49	93	3	184	37	14	27	20	1.92
26325065--26325370	50	6.2	48	70	14	187	36	17	26	18	1.93
26325163--26325442	145	1.9	149	83	4	363	36	17	27	18	1.93
26308876--26368216	395	150.1	393	74	9	14474	37	19	25	18	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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