genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

This is table  7  of  182  ( 21729 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2492276--2492305	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2498505--2498561	26	2.2	26	84	6	71	7	15	1	75	1.10
2501275--2501344	34	2.0	35	88	2	106	41	0	2	55	1.14
2511650--2511702	24	2.2	24	96	0	97	60	7	7	24	1.50
2512230--2512279	19	2.5	20	80	3	57	50	28	8	14	1.70
2515559--2515778	116	1.9	116	82	4	273	26	18	18	36	1.94
2517997--2518056	28	2.1	28	87	3	84	36	10	3	50	1.53
2522061--2522104	18	2.4	18	76	0	52	34	15	38	11	1.84
2535999--2536062	30	2.1	30	85	0	83	7	28	40	23	1.82
2536003--2536109	33	3.2	33	82	0	124	10	21	44	23	1.82
2536079--2536137	24	2.5	24	85	0	91	16	18	42	22	1.89
2536351--2536587	114	2.1	111	77	8	242	27	8	45	18	1.78
2536502--2536662	78	2.0	80	86	3	227	19	6	49	24	1.73
2536655--2536680	6	4.3	6	100	0	52	30	0	53	15	1.42
2536741--2537233	216	2.3	215	83	3	582	29	7	44	18	1.78
2537196--2537429	84	2.8	84	80	3	231	29	5	46	19	1.72
2537353--2537466	45	2.6	45	79	8	128	28	3	47	20	1.66
2537383--2537477	45	2.1	45	84	3	120	32	4	46	16	1.67
2537710--2537748	6	6.5	6	90	0	51	20	0	64	15	1.30
2539712--2539776	21	3.1	21	86	0	94	23	43	9	24	1.83
2554616--2554666	23	2.1	25	92	7	88	62	0	0	37	0.95
2554627--2554675	22	2.2	23	88	3	73	65	2	0	32	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2554633--2554681	22	2.2	23	81	3	55	63	2	0	34	1.06
2555252--2555298	13	3.4	14	75	19	53	40	0	2	57	1.11
2556387--2556446	26	2.3	26	88	2	95	46	3	18	31	1.65
2556608--2556638	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2570304--2570421	54	2.2	53	89	1	173	36	20	12	30	1.90
2576478--2576504	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2580875--2580922	21	2.3	21	85	7	62	43	27	0	29	1.55
2582527--2582576	24	2.1	24	100	0	100	40	10	8	42	1.68
2585353--2585389	19	1.9	19	89	10	58	21	37	13	27	1.91
2595752--2595787	13	2.8	13	91	0	54	33	2	0	63	1.08
2596512--2596570	15	4.1	15	72	12	52	18	57	10	13	1.64
2596509--2596565	27	2.1	27	86	0	78	19	59	10	10	1.59
2608721--2608762	18	2.3	19	84	8	52	30	0	0	69	0.89
2613133--2613192	29	2.1	29	100	0	120	30	26	6	36	1.82
2614777--2615274	244	2.0	247	92	3	822	28	15	16	39	1.89
2622401--2622457	4	14.2	4	81	7	62	24	5	26	43	1.75
2623944--2623986	18	2.4	18	88	0	59	60	0	0	39	0.97
2623944--2623986	22	2.0	22	86	9	61	60	0	0	39	0.97
2627428--2627465	17	2.4	16	83	12	51	36	0	0	63	0.95
2627932--2627989	19	3.1	19	76	11	57	56	1	0	41	1.09
2638204--2638271	35	1.9	35	87	0	100	42	13	17	26	1.86
2640382--2640413	14	2.3	14	100	0	64	15	21	25	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2641503--2641547	21	2.0	22	83	12	56	64	4	4	26	1.32
2642270--2642361	45	2.0	45	87	8	134	41	11	9	36	1.75
2648394--2648418	12	2.1	12	100	0	50	60	0	0	40	0.97
2653767--2653808	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
2653771--2653807	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
2653840--2653896	15	3.5	15	73	17	60	50	1	0	47	1.11
2655801--2655953	23	6.6	23	81	10	152	44	21	22	11	1.84
2655849--2655974	46	2.7	47	82	8	159	43	21	23	11	1.84
2655801--2655950	69	2.1	67	84	11	187	44	20	22	12	1.84
2658216--2658276	7	9.0	7	79	13	65	0	45	0	54	1.00
2658200--2658273	20	3.6	20	83	5	94	1	48	0	50	1.09
2660463--2660506	22	2.0	22	95	0	79	31	15	18	34	1.92
2671464--2671500	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2671634--2671659	6	4.3	6	100	0	52	80	0	19	0	0.71
2673151--2673176	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2681044--2681095	26	2.0	26	85	7	70	32	3	3	59	1.33
2681053--2681114	26	2.3	26	79	17	65	33	1	3	61	1.22
2682051--2682089	21	2.0	20	85	14	55	53	2	7	35	1.43
2685197--2685228	4	7.8	4	93	6	55	71	0	28	0	0.86
2685197--2685231	13	2.8	12	87	8	52	68	0	31	0	0.90
2685493--2685580	23	3.6	22	71	21	61	64	12	0	22	1.27
2685786--2685832	21	2.1	22	84	11	60	0	25	0	74	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2685798--2685839	21	2.2	19	87	12	59	0	19	0	80	0.70
2686911--2686960	26	1.9	26	95	0	91	34	28	20	18	1.95
2686914--2686970	26	2.2	26	87	0	78	33	29	22	14	1.93
2690726--2690772	20	2.2	22	77	7	53	38	0	21	40	1.53
2695011--2695116	53	2.0	55	90	3	171	42	18	13	25	1.87
2701116--2701173	28	2.1	28	96	0	107	25	6	15	51	1.68
2703301--2703334	15	2.2	16	89	5	52	32	0	0	67	0.91
2710111--2710174	20	3.0	21	77	11	60	9	7	20	62	1.50
2720854--2720891	19	2.0	19	85	10	51	57	15	0	26	1.38
2734207--2734231	6	4.2	6	100	0	50	48	0	52	0	1.00
2738039--2738078	2	20.0	2	100	0	80	50	50	0	0	1.00
2741969--2742002	16	2.1	16	88	5	50	23	2	2	70	1.15
2741978--2742012	17	2.1	17	89	5	54	22	0	2	74	0.95
2747067--2747091	11	2.3	11	100	0	50	24	0	0	76	0.80
2750001--2750033	12	2.8	12	100	0	66	39	0	60	0	0.97
2769751--2769793	20	2.1	21	91	4	70	69	2	0	27	1.00
2769910--2769983	28	2.6	29	83	12	82	63	0	4	32	1.13
2769907--2769973	27	2.5	27	81	11	84	64	0	4	31	1.14
2769970--2770014	21	2.0	24	83	16	60	64	4	2	28	1.25
2770435--2770473	15	2.4	17	83	16	55	30	0	2	66	1.05
2770421--2770473	13	3.4	16	80	19	60	32	0	1	66	1.03
2770421--2770478	28	2.0	30	83	6	75	31	0	1	67	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2770526--2770556	15	2.1	15	100	0	62	32	29	12	25	1.93
2776522--2776569	15	3.2	15	82	8	53	43	2	0	54	1.12
2776536--2776569	14	2.4	14	90	5	50	41	0	0	58	0.98
2801377--2801419	13	3.3	12	84	12	50	37	20	0	41	1.53
2804365--2804393	14	2.0	15	93	6	51	37	0	6	55	1.27
2806918--2806959	10	4.1	10	80	14	50	52	0	0	47	1.00
2807174--2807218	21	2.0	22	87	8	65	44	2	0	53	1.13
2807161--2807232	25	2.8	25	81	12	67	44	1	1	52	1.18
2812351--2812389	19	2.1	19	85	0	51	51	20	15	12	1.76
2813395--2813531	31	4.5	31	74	14	106	27	15	9	47	1.76
2813395--2813583	89	2.1	89	80	5	213	25	16	11	46	1.81
2814769--2814862	30	3.1	30	67	11	93	55	7	11	25	1.62
2815347--2815388	10	4.1	10	80	14	50	52	0	0	47	1.00
2816484--2816670	81	2.3	81	88	1	268	48	5	8	37	1.57
2850128--2850168	19	2.2	19	86	8	57	34	9	9	46	1.70
2862025--2862174	75	2.0	75	100	0	300	42	12	14	30	1.82
2869734--2869815	30	2.7	30	94	0	137	35	23	6	35	1.80
2871070--2871103	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
2880355--2880396	17	2.5	17	84	7	50	45	0	0	54	0.99
2884139--2884167	6	4.8	6	100	0	58	82	0	17	0	0.66
2890875--2890906	6	5.3	6	100	0	64	34	0	50	15	1.45
2891306--2891351	24	1.9	24	82	8	58	58	0	2	39	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2897697--2897770	40	1.9	39	84	13	100	35	0	8	56	1.29
2906720--2906772	24	2.1	25	86	6	72	66	0	0	33	0.92
2906738--2906782	8	5.3	9	76	15	51	62	0	0	37	0.96
2906727--2906778	24	2.1	26	89	7	81	65	0	0	34	0.93
2908495--2908652	76	2.1	76	100	0	316	42	16	11	29	1.83
2918412--2918438	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
2931820--2932070	95	2.7	93	87	4	342	52	5	4	37	1.44
2932393--2932461	18	3.9	18	72	12	54	23	1	5	69	1.18
2932458--2932499	21	2.0	22	95	4	77	28	0	4	66	1.12
2932975--2933004	15	2.1	14	93	6	51	46	0	0	53	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182