genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

This is table  34  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13058403--13058605	59	3.5	59	86	6	295	55	5	13	25	1.61
13058637--13058713	21	3.8	21	70	13	70	61	10	6	22	1.51
13058703--13059028	54	6.5	54	81	12	351	64	8	0	26	1.25
13058785--13058924	43	3.2	43	86	6	199	65	7	0	27	1.24
13058731--13059064	143	2.3	144	91	5	528	64	8	0	26	1.27
13058785--13058944	43	3.6	43	82	7	187	65	7	0	26	1.24
13058878--13059049	50	3.4	48	83	9	200	65	9	0	25	1.26
13058921--13059033	23	4.9	23	73	14	97	62	9	0	27	1.26
13059298--13059364	21	3.3	21	68	8	66	26	8	5	58	1.52
13060540--13060574	14	2.6	14	90	4	54	14	5	0	80	0.89
13068466--13068493	14	2.0	14	100	0	56	50	0	14	35	1.43
13071513--13071616	5	21.0	5	74	3	68	72	3	5	18	1.21
13071514--13071616	25	4.2	25	80	3	102	71	3	5	18	1.21
13071550--13071693	20	7.5	20	69	13	70	68	6	9	15	1.38
13071612--13071665	15	3.9	15	72	22	55	66	9	9	14	1.43
13071609--13071661	25	2.1	25	89	0	79	69	9	7	13	1.35
13081963--13082461	15	32.5	15	68	21	150	11	12	14	62	1.55
13081963--13082470	20	24.6	20	72	14	246	11	12	14	62	1.55
13081963--13082470	35	14.9	35	69	18	193	11	12	14	62	1.55
13082031--13082462	5	87.0	5	68	18	163	10	13	14	61	1.56
13082012--13082446	25	17.3	25	71	15	213	10	12	14	62	1.55
13082116--13082462	44	8.1	44	73	16	230	10	12	14	61	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13082846--13083042	97	2.0	97	100	0	394	42	9	4	44	1.55
13088631--13088687	23	2.5	23	94	2	98	36	26	21	15	1.93
13088632--13088729	23	4.3	23	88	5	96	40	23	23	12	1.88
13089560--13089601	20	2.3	19	84	12	52	4	33	2	59	1.31
13092219--13092424	103	2.0	103	90	1	324	38	12	15	33	1.84
13095065--13095120	19	2.9	19	75	15	53	53	5	0	41	1.24
13095063--13095146	31	2.8	31	76	3	91	55	3	0	40	1.17
13095062--13095133	37	1.9	36	83	8	90	55	4	0	40	1.19
13095201--13095235	18	1.9	18	88	0	52	71	2	11	14	1.25
13119153--13119185	12	2.8	12	82	17	50	60	0	0	39	0.97
13122168--13122192	13	1.9	13	100	0	50	56	16	12	16	1.68
13137674--13137736	25	2.5	24	76	5	63	46	7	4	41	1.54
13141455--13141508	26	2.1	26	96	0	99	50	9	7	33	1.62
13148545--13148573	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
13158225--13158269	23	2.0	23	82	8	56	44	4	13	37	1.64
13170691--13170732	15	2.6	16	85	11	50	23	2	9	64	1.35
13170741--13170810	6	12.0	6	75	6	72	54	2	0	42	1.15
13170735--13170816	18	4.4	18	79	13	94	56	2	0	41	1.13
13170735--13170810	40	1.9	40	91	0	125	55	2	0	42	1.14
13171256--13171495	49	4.8	50	75	9	215	15	23	21	40	1.91
13171256--13171600	99	3.5	99	75	8	299	15	23	20	40	1.91
13171312--13172295	50	19.7	50	68	11	263	15	24	20	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13171880--13172302	100	4.2	101	72	11	330	14	25	20	40	1.90
13171454--13172270	150	5.5	150	89	0	1213	15	24	19	40	1.90
13180392--13180443	6	9.0	6	75	8	54	51	3	0	44	1.19
13180387--13180421	18	1.9	18	94	0	61	54	2	0	42	1.15
13185680--13185710	6	5.2	6	96	0	53	3	16	0	80	0.83
13195587--13195614	2	14.0	2	100	0	56	0	0	50	50	1.00
13202081--13202140	15	4.1	15	82	8	79	33	15	15	36	1.88
13207502--13207647	58	2.5	58	82	11	183	46	2	1	50	1.21
13207817--13207888	16	4.5	16	82	0	90	27	25	5	41	1.77
13207817--13207888	32	2.2	32	87	0	108	27	25	5	41	1.77
13210930--13211057	62	2.0	63	96	3	240	28	7	17	46	1.76
13215669--13215735	23	2.9	23	80	10	66	37	1	4	56	1.29
13217303--13217364	27	2.3	27	85	0	79	30	9	33	25	1.88
13220112--13220169	26	2.2	26	84	0	71	32	1	5	60	1.29
13229157--13229191	18	1.9	18	100	0	70	74	8	5	11	1.22
13229155--13229273	53	2.3	53	85	8	156	52	12	14	21	1.74
13231393--13231423	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
13237971--13237999	3	9.7	3	100	0	58	34	0	34	31	1.58
13241398--13241423	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
13246743--13246776	17	2.0	17	94	0	59	50	5	0	44	1.26
13252203--13252281	29	2.7	29	82	7	88	40	2	5	51	1.37
13255028--13255066	21	1.9	20	84	5	51	41	2	5	51	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13256627--13256673	24	2.0	24	86	0	67	23	25	19	31	1.98
13275494--13275529	12	3.0	12	91	0	54	36	2	0	61	1.11
13275763--13275791	13	2.1	14	93	6	51	37	6	20	34	1.80
13279260--13279373	55	2.1	55	86	3	160	33	21	7	37	1.82
13283815--13283885	30	2.5	28	81	16	85	33	5	4	56	1.42
13284017--13284049	15	2.2	16	89	10	52	24	0	6	69	1.10
13291697--13291850	79	1.9	79	100	0	308	30	16	9	43	1.80
13291727--13291851	41	3.1	41	64	23	111	32	18	8	41	1.79
13299526--13299550	13	1.9	13	100	0	50	24	0	4	72	1.02
13315906--13315940	18	1.9	18	88	0	52	37	2	14	45	1.59
13316078--13316139	30	2.1	31	90	6	101	22	37	0	40	1.54
13316845--13316879	16	2.2	16	100	0	70	54	5	0	40	1.24
13316877--13316921	20	2.3	20	88	3	65	44	13	13	28	1.81
13317461--13317508	23	2.1	23	100	0	96	33	16	37	12	1.86
13322606--13322756	79	1.9	77	90	4	241	30	19	23	26	1.98
13334161--13334224	32	2.0	32	84	3	85	48	4	15	31	1.66
13339019--13339068	22	2.2	23	85	3	66	44	4	4	48	1.40
13339871--13339928	31	1.9	30	85	3	80	58	12	3	25	1.49
13343339--13343372	17	1.9	17	88	5	50	32	0	2	64	1.08
13345028--13345063	14	2.6	14	90	0	54	22	13	8	55	1.65
13348798--13348872	37	2.0	37	100	0	150	24	21	17	37	1.94
13350282--13350315	17	2.1	17	88	5	52	50	0	8	41	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13350274--13350332	29	2.1	27	90	6	91	44	0	10	45	1.37
13355677--13355723	23	2.0	23	91	0	76	57	19	2	21	1.51
13358291--13358324	12	2.8	12	90	0	50	20	8	55	14	1.65
13358305--13358343	18	2.2	18	90	0	60	23	12	58	5	1.54
13364984--13365024	9	4.1	10	82	17	50	60	0	2	36	1.10
13364984--13365024	20	2.0	21	90	4	66	60	0	2	36	1.10
13368400--13368486	43	2.0	43	100	0	174	35	18	11	34	1.87
13374882--13374906	13	1.9	13	100	0	50	48	12	8	32	1.69
13375668--13376088	29	14.4	29	72	17	250	35	3	26	34	1.75
13375668--13375742	30	2.5	30	85	6	91	34	5	25	34	1.79
13375625--13375787	89	1.8	89	84	5	222	38	4	24	32	1.77
13375679--13376019	58	5.9	57	80	5	330	35	4	27	32	1.77
13375682--13376021	117	2.9	114	81	8	357	35	4	27	32	1.77
13375993--13376095	30	3.5	30	84	6	129	33	0	27	37	1.64
13377188--13377239	21	2.7	19	77	13	61	38	7	0	53	1.30
13377986--13378024	17	2.2	18	90	4	62	41	0	2	56	1.13
13377993--13378069	16	4.6	16	75	13	57	53	5	2	38	1.37
13378122--13378186	20	3.3	20	71	16	73	58	13	3	24	1.50
13378112--13378187	38	2.0	38	97	0	143	56	14	2	26	1.51
13378405--13378444	21	1.9	21	84	0	53	50	17	5	27	1.67
13382137--13382344	101	2.0	102	86	6	289	33	25	17	23	1.97
13394917--13394949	15	2.1	16	88	5	50	54	3	0	42	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13397038--13397069	5	6.4	5	100	0	64	43	0	56	0	0.99
13397970--13398008	18	2.1	19	85	4	53	46	0	2	51	1.14
13398144--13398183	20	2.0	21	85	14	57	42	0	2	55	1.13
13399746--13399820	31	2.5	31	78	4	82	45	9	1	44	1.44
13400758--13400801	14	3.1	14	83	9	54	27	13	31	27	1.94
13402924--13402958	6	5.8	6	100	0	70	0	34	48	17	1.47
13404164--13404191	4	7.0	4	100	0	56	50	0	25	25	1.50
13407710--13407753	20	2.2	20	83	0	52	29	29	13	27	1.94
13408026--13408060	16	2.2	16	94	0	61	28	5	20	45	1.73
13409947--13409998	8	6.6	8	86	10	54	55	0	1	42	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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