genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   

This is table  5  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1650968--1651366	122	3.3	124	82	6	388	27	21	16	35	1.94
1651765--1651900	62	2.2	62	97	0	263	33	10	24	32	1.89
1656100--1656128	6	4.8	6	100	0	58	86	0	0	13	0.58
1670291--1670384	7	13.4	7	69	16	61	28	2	23	45	1.64
1670294--1670384	28	3.2	28	75	10	87	27	2	24	46	1.64
1670542--1670633	43	2.1	43	84	4	123	47	9	10	31	1.71
1671929--1671978	17	3.2	17	73	23	56	34	0	6	60	1.21
1672522--1672564	21	2.1	21	91	4	70	60	13	0	25	1.34
1674475--1674499	13	1.9	13	100	0	50	44	8	8	40	1.63
1678794--1678821	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
1682024--1682070	20	2.2	20	85	7	58	31	4	4	59	1.36
1682036--1682078	20	2.2	20	86	0	59	30	2	4	62	1.28
1689127--1689151	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
1694335--1694394	31	1.9	32	89	3	95	26	10	20	43	1.83
1697516--1697551	16	2.2	16	90	0	54	30	11	0	58	1.33
1704238--1704282	20	2.2	21	84	4	56	46	37	2	13	1.55
1705416--1705445	6	5.2	6	96	4	53	33	13	0	53	1.40
1715247--1715302	29	1.9	29	82	7	69	42	0	10	46	1.38
1717004--1717064	29	2.1	29	82	11	72	62	8	4	24	1.43
1736105--1736161	21	2.8	19	77	12	60	36	3	5	54	1.40
1736887--1736971	43	2.0	43	90	2	136	32	15	14	37	1.87
1737962--1737994	12	2.8	12	90	0	57	72	12	15	0	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1739746--1739805	18	3.3	18	70	11	50	30	6	1	61	1.31
1740288--1740396	54	2.0	54	100	0	218	38	11	27	22	1.88
1740735--1740822	9	9.8	9	74	14	65	64	3	30	1	1.17
1740753--1740820	14	4.4	15	72	24	52	64	4	30	0	1.13
1743580--1743604	13	1.9	13	100	0	50	20	24	16	40	1.91
1745693--1745735	18	2.3	18	84	8	50	37	9	4	48	1.56
1758110--1758139	3	10.0	3	100	0	60	33	66	0	0	0.92
1760845--1760903	26	2.2	27	80	17	70	49	1	8	40	1.43
1762095--1762141	13	3.5	13	73	21	51	63	2	2	31	1.18
1768318--1768362	23	1.9	24	81	4	56	57	6	0	35	1.25
1769761--1769803	16	2.8	15	82	3	50	18	2	2	76	1.00
1799875--1799923	20	2.4	20	83	10	64	63	0	0	36	0.95
1799893--1799924	16	2.1	16	88	11	50	65	0	0	34	0.93
1800065--1800119	14	3.9	14	73	17	51	54	5	3	36	1.41
1800032--1800119	42	2.0	44	82	6	108	50	6	5	37	1.53
1801921--1801953	16	2.0	17	88	5	50	57	0	0	42	0.98
1804344--1804384	18	2.3	18	87	4	57	34	9	4	51	1.56
1813798--1813888	26	3.5	25	71	16	78	38	2	10	48	1.51
1827525--1827582	24	2.3	23	83	13	71	41	1	3	53	1.28
1827939--1827977	20	2.0	20	85	9	55	28	2	2	66	1.18
1830764--1830798	13	2.7	13	90	0	52	60	8	17	14	1.58
1843130--1843188	24	2.5	24	85	0	82	50	11	11	25	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1843142--1843192	24	2.1	24	92	0	84	58	9	9	21	1.58
1845211--1845276	30	2.2	29	84	7	80	54	7	3	34	1.44
1845222--1845280	29	2.0	30	90	3	93	52	10	3	33	1.52
1850679--1850720	21	1.9	23	90	9	70	50	0	4	45	1.23
1850688--1850720	11	3.1	11	82	8	50	48	0	3	48	1.17
1858542--1858604	32	2.0	32	81	6	74	41	1	0	57	1.08
1862230--1862290	21	2.9	22	69	16	56	60	1	4	32	1.28
1862236--1862274	20	1.9	20	84	5	51	64	2	0	33	1.08
1863021--1863061	23	1.9	21	85	14	57	46	0	0	53	1.00
1869331--1869535	47	4.4	47	93	1	340	34	5	16	43	1.71
1873884--1873958	29	2.6	28	70	15	64	32	1	5	61	1.27
1879430--1879465	15	2.3	16	90	4	56	69	0	2	27	1.02
1881920--1881969	21	2.2	25	82	13	63	40	8	12	40	1.72
1882231--1882270	14	2.7	15	88	7	64	65	0	10	25	1.24
1884368--1884404	14	2.7	14	95	4	67	13	5	21	59	1.54
1887451--1887637	95	2.0	95	100	0	374	36	9	20	34	1.84
1887872--1887931	25	2.4	24	78	10	59	43	1	1	53	1.20
1889308--1889551	122	2.0	122	93	0	416	46	15	4	33	1.67
1898696--1898914	108	2.0	108	95	0	393	26	26	14	31	1.95
1901539--1901582	22	2.0	23	81	4	54	65	18	9	6	1.42
1903486--1903541	29	1.9	29	88	0	85	42	10	3	42	1.56
1915186--1915232	18	2.6	20	71	21	50	46	2	2	48	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1923447--1923526	27	3.0	27	73	10	74	38	2	3	55	1.32
1923473--1923518	18	2.4	20	78	14	60	41	2	6	50	1.40
1935260--1935297	19	2.0	20	85	15	53	47	2	7	42	1.46
1939344--1939381	10	4.1	9	81	18	51	44	0	0	55	0.99
1955323--1955355	12	2.8	12	86	13	50	57	0	0	42	0.98
1959775--1959819	15	2.9	16	90	6	67	37	0	0	62	0.96
1960801--1960838	19	2.0	19	100	0	76	26	26	10	36	1.89
1986877--1988236	339	4.0	339	94	0	2292	23	28	14	33	1.94
1996051--1996096	15	3.1	15	93	3	76	39	0	0	60	0.97
1996404--1996462	29	2.0	30	86	3	84	40	5	6	47	1.52
2009042--2009091	22	2.3	22	83	10	66	70	0	0	30	0.88
2009044--2009091	23	2.1	23	88	3	71	70	0	0	29	0.87
2013609--2013634	6	4.3	6	100	0	52	80	0	0	19	0.71
2027427--2027581	78	2.0	78	100	0	310	41	12	10	34	1.79
2034295--2034514	29	7.5	28	75	20	211	33	3	31	32	1.74
2034253--2034541	59	5.0	58	88	4	404	32	4	31	31	1.79
2034295--2034570	29	9.5	28	74	20	203	32	2	30	33	1.73
2034316--2034603	29	9.8	28	75	19	175	32	3	29	34	1.76
2034295--2034541	59	4.2	58	93	2	415	33	2	31	32	1.73
2036530--2036593	17	3.8	17	75	4	67	56	6	0	37	1.25
2036552--2036593	23	1.9	22	90	9	68	57	7	0	35	1.26
2037806--2037864	31	1.9	31	86	6	84	38	3	5	52	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2041411--2041500	26	3.3	25	73	14	72	61	1	3	34	1.20
2041428--2041506	19	4.1	20	69	18	69	56	1	3	37	1.25
2041426--2041547	56	2.2	57	81	14	139	54	2	4	38	1.33
2042003--2042074	19	3.8	19	73	10	60	33	1	5	59	1.29
2042046--2042098	22	2.4	22	80	3	61	33	1	5	58	1.32
2042116--2042166	18	2.9	17	88	11	68	33	1	3	60	1.26
2042191--2042234	16	2.7	15	86	13	61	31	0	2	65	1.05
2042199--2042256	17	3.4	16	77	13	62	31	1	1	65	1.13
2042198--2042234	8	4.6	8	90	9	58	32	0	2	64	1.07
2042380--2042415	15	2.4	15	90	0	54	44	8	8	38	1.65
2042671--2042704	7	4.7	7	89	7	50	79	0	5	14	0.91
2042671--2042704	15	2.3	15	90	5	52	79	0	5	14	0.91
2044810--2044882	29	2.6	29	74	22	73	49	4	13	32	1.61
2052358--2052414	25	2.3	25	81	3	71	50	5	0	43	1.24
2054585--2054628	10	4.4	10	94	0	61	50	6	0	43	1.29
2054594--2054629	2	18.0	2	94	0	63	50	2	0	47	1.15
2055127--2055194	30	2.2	31	89	2	102	38	16	10	35	1.82
2055918--2055966	20	2.4	19	80	16	53	20	0	6	73	1.04
2055915--2055968	22	2.5	22	74	14	58	20	0	7	72	1.08
2060384--2060436	28	1.9	27	81	11	63	60	7	5	26	1.46
2064289--2064379	44	2.1	44	100	0	182	40	10	14	34	1.81
2070556--2070883	163	2.0	163	93	1	568	25	18	14	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2078155--2078223	21	3.1	21	76	14	68	59	4	0	36	1.17
2078166--2078236	26	2.9	26	71	25	73	60	4	0	35	1.16
2081062--2081290	57	4.1	55	82	7	230	32	18	9	39	1.82
2081307--2081374	26	2.5	28	81	15	88	52	2	4	39	1.36
2087718--2087764	24	2.0	24	84	12	62	55	0	0	44	0.99
2087752--2087795	21	2.0	21	82	8	52	38	2	0	59	1.10
2113114--2113176	32	2.0	32	87	0	90	25	14	12	47	1.79
2123567--2123610	6	7.3	6	89	0	61	20	65	2	11	1.35
2123545--2123584	21	1.9	21	85	10	55	17	52	2	27	1.57
2123576--2123660	9	9.1	9	72	10	55	23	58	2	15	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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