genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

This is table  60  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19459580--19459627	17	2.7	18	74	6	53	50	0	6	43	1.27
19459701--19459765	34	1.9	34	84	12	89	47	1	0	50	1.10
19460037--19460065	14	2.0	15	93	6	51	55	6	0	37	1.27
19460475--19460740	141	1.9	140	90	5	430	33	20	7	38	1.81
19463782--19463811	13	2.2	14	94	5	53	50	23	6	20	1.71
19470887--19470977	30	3.0	29	82	6	101	32	4	24	38	1.75
19470928--19471004	30	2.6	30	79	4	75	40	5	22	32	1.76
19471644--19471693	23	2.2	23	80	13	59	30	8	0	62	1.24
19472565--19472832	121	2.2	122	85	4	344	23	21	17	38	1.93
19472633--19473078	206	2.1	208	88	1	680	23	20	17	38	1.93
19473026--19473115	37	2.4	37	81	0	99	25	17	20	36	1.94
19472806--19473324	246	2.1	246	90	1	808	24	21	16	37	1.93
19472837--19473280	124	3.6	124	72	8	411	23	20	16	39	1.92
19473207--19473372	85	2.0	85	88	0	251	25	24	13	35	1.93
19473052--19473668	209	3.0	209	89	0	898	23	22	16	37	1.93
19472649--19473533	455	2.0	452	91	1	1430	24	20	17	37	1.93
19473416--19473582	85	2.0	85	85	4	230	23	23	16	36	1.94
19473734--19473991	45	5.9	42	73	9	140	28	19	22	30	1.98
19473791--19473990	87	2.3	88	79	5	201	28	20	22	29	1.98
19473727--19474015	132	2.2	136	76	9	290	28	19	22	30	1.98
19474284--19474431	49	3.0	49	76	13	160	22	23	12	41	1.88
19475272--19475305	13	2.5	13	90	4	50	0	20	0	79	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19475279--19475325	20	2.6	18	81	15	60	0	23	0	76	0.78
19477291--19477344	28	1.9	28	82	14	67	57	3	0	38	1.17
19477911--19478108	108	1.8	108	82	4	256	26	24	10	38	1.88
19480196--19480238	19	2.3	19	84	8	52	58	4	0	37	1.19
19485821--19485937	30	3.9	30	87	0	153	33	6	25	34	1.83
19485836--19485963	30	4.3	30	87	2	141	32	7	24	35	1.84
19491648--19491746	47	2.0	48	90	5	155	39	19	19	22	1.93
19501003--19501069	15	4.1	16	72	21	50	61	4	1	32	1.25
19505333--19505365	15	2.2	15	89	10	50	75	3	3	18	1.06
19505349--19505390	22	1.9	22	100	0	84	66	0	4	28	1.12
19505349--19505401	22	2.5	22	87	3	63	67	1	5	24	1.22
19507547--19507622	27	2.9	27	90	2	118	30	25	28	15	1.96
19509910--19509962	18	2.9	18	80	0	52	52	3	0	43	1.19
19529920--19530072	72	2.1	72	86	6	211	39	1	1	56	1.22
19542716--19542776	20	2.9	22	73	9	72	24	9	6	59	1.53
19542838--19542935	52	1.9	51	83	6	126	41	3	5	50	1.40
19557307--19557512	28	7.5	27	80	9	211	24	21	9	44	1.82
19557313--19557506	56	3.5	56	89	1	282	24	22	9	43	1.83
19557313--19557507	84	2.3	83	83	5	248	24	22	9	43	1.83
19561013--19561071	28	2.1	28	100	0	118	40	10	15	33	1.81
19561162--19561228	14	4.8	14	75	14	57	47	28	1	22	1.60
19561162--19561228	28	2.4	28	82	0	89	47	28	1	22	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19561625--19561682	6	9.7	6	83	7	55	6	32	18	41	1.78
19561625--19561682	12	4.8	12	81	8	64	6	32	18	41	1.78
19561625--19561684	18	3.3	18	83	0	75	6	31	21	40	1.79
19562377--19562439	21	2.8	22	71	17	58	44	26	4	23	1.73
19565047--19565256	80	2.6	80	89	0	321	20	18	28	32	1.96
19566760--19566856	43	2.3	43	85	0	131	44	14	11	29	1.80
19567933--19567977	20	2.2	21	80	11	58	42	6	11	40	1.67
19568625--19568675	13	3.7	14	72	12	52	64	7	1	25	1.31
19571659--19571702	23	1.9	23	90	0	70	61	4	2	31	1.28
19571663--19571705	11	3.8	11	80	17	52	65	2	2	30	1.18
19574262--19574331	27	2.5	27	79	4	68	17	1	30	51	1.54
19574909--19574989	16	5.9	14	68	27	50	45	0	0	54	0.99
19574911--19575009	40	2.4	41	89	1	164	47	1	0	51	1.07
19574911--19574979	20	3.5	20	67	15	61	46	0	0	53	1.00
19576986--19577049	27	2.4	26	82	10	76	53	14	4	28	1.60
19584032--19584113	23	3.5	23	83	9	103	47	23	19	9	1.79
19584095--19584151	25	2.3	25	96	0	105	40	15	26	17	1.90
19591214--19591318	23	4.5	23	84	2	129	46	20	20	12	1.82
19591214--19591339	46	2.7	47	79	6	148	45	19	22	12	1.84
19603743--19603775	15	2.2	15	94	0	57	51	0	6	42	1.26
19608865--19608914	21	2.3	22	79	3	57	28	8	2	62	1.35
19609620--19609689	33	2.1	33	89	0	104	55	1	2	40	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19609590--19609683	33	3.2	28	72	16	82	55	2	2	40	1.24
19610271--19610466	60	3.2	60	84	5	234	26	16	10	46	1.78
19610271--19610378	31	3.6	30	72	22	100	25	16	10	47	1.78
19610619--19610807	31	6.3	30	68	18	90	46	11	17	24	1.82
19610619--19610807	90	2.1	90	84	3	238	46	11	17	24	1.82
19611035--19611222	83	2.3	83	100	0	376	26	13	11	48	1.76
19623487--19623549	31	2.1	31	87	3	92	26	17	9	46	1.79
19624106--19624138	15	2.3	15	89	5	50	39	0	0	60	0.97
19624612--19624657	23	2.0	23	86	0	65	32	13	19	34	1.90
19624701--19624729	9	3.2	9	100	0	58	48	10	10	31	1.71
19625024--19625069	23	2.0	23	91	0	74	60	4	0	34	1.16
19631255--19631309	27	2.0	27	96	0	101	25	20	10	43	1.84
19634951--19634986	15	2.5	15	90	4	56	33	22	0	44	1.53
19636963--19637220	89	2.9	88	80	9	247	29	19	5	45	1.71
19636967--19637220	90	2.8	89	79	10	277	30	19	5	45	1.72
19636969--19637220	30	8.5	28	82	10	213	30	19	5	45	1.72
19641976--19642009	16	2.2	15	89	5	50	35	20	11	32	1.89
19644945--19644970	7	3.7	7	100	0	52	30	0	53	15	1.42
19645362--19645405	23	2.0	22	86	4	61	45	15	0	38	1.47
19647450--19647488	18	2.2	18	86	9	53	20	23	0	56	1.42
19648538--19648574	3	12.0	3	88	5	56	62	0	0	37	0.96
19652384--19652419	18	2.0	18	88	0	54	22	27	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19653546--19653570	13	1.9	13	100	0	50	36	24	8	32	1.84
19658969--19659380	78	5.3	76	81	6	377	31	25	18	25	1.97
19658975--19659375	154	2.6	154	81	5	418	31	24	18	24	1.97
19658991--19659424	39	11.2	38	75	9	288	32	24	17	24	1.97
19659262--19659444	77	2.3	78	83	2	224	31	23	16	27	1.96
19661269--19661533	30	8.9	30	81	8	301	30	21	4	43	1.72
19663982--19664074	42	2.3	41	87	7	136	37	3	4	54	1.36
19663998--19664062	21	3.1	21	68	24	64	40	3	3	53	1.32
19664079--19664166	40	2.2	41	85	4	124	29	1	11	57	1.41
19667975--19668079	49	2.0	53	84	15	141	61	10	5	21	1.49
19668056--19668135	34	2.4	34	91	6	135	68	7	6	17	1.34
19668310--19668349	21	1.9	21	89	0	62	52	0	7	40	1.30
19679066--19679130	15	4.2	15	68	14	51	50	1	1	46	1.20
19684619--19684661	11	3.8	11	80	17	52	65	2	2	30	1.18
19693263--19693295	6	5.7	6	85	7	50	51	0	3	45	1.16
19694871--19695179	59	5.2	59	78	6	275	36	24	1	36	1.67
19694862--19695179	30	10.7	30	81	3	313	36	24	1	37	1.66
19695250--19695293	19	2.2	20	88	8	63	20	11	0	68	1.20
19708589--19708623	18	2.0	17	94	5	61	42	0	0	57	0.99
19713277--19713343	33	2.0	33	94	0	116	14	25	17	41	1.88
19724347--19724907	90	6.2	91	86	2	713	26	25	19	27	1.99
19724371--19724904	270	2.0	270	88	0	800	26	25	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19729457--19729584	28	4.4	29	71	14	95	35	0	29	33	1.63
19729426--19729556	58	2.2	58	90	1	199	34	0	32	32	1.64
19729426--19729578	58	2.6	57	83	9	184	35	1	31	32	1.66
19729539--19729766	30	7.6	30	81	9	236	35	3	22	39	1.70
19729539--19729775	90	2.6	88	85	8	316	35	3	21	38	1.71
19731415--19731454	20	2.0	20	85	9	55	20	10	47	22	1.79
19734216--19734266	24	2.1	24	85	0	66	27	21	21	29	1.99
19738867--19738941	24	3.1	25	83	11	86	26	22	22	28	1.99
19748373--19748409	18	2.1	18	94	0	65	24	18	5	51	1.67
19759059--19759108	21	2.4	21	86	0	64	44	14	14	28	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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