genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

This is table  76  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24068593--24068645	23	2.3	23	87	6	72	43	13	20	22	1.86
24070413--24070444	16	2.1	16	94	5	57	34	25	18	21	1.96
24070433--24070539	21	5.6	21	68	28	76	39	29	17	13	1.88
24070417--24070557	37	3.8	37	92	0	228	39	29	18	13	1.89
24070454--24070555	16	5.8	16	66	28	55	39	30	17	12	1.87
24071297--24071329	2	16.5	2	93	0	57	51	0	0	48	1.00
24072719--24072750	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
24075031--24075082	18	2.9	18	82	5	52	26	15	11	46	1.80
24076914--24076945	14	2.1	16	88	11	50	50	12	6	31	1.65
24083149--24083179	3	10.3	3	92	0	53	64	0	3	32	1.09
24086755--24086779	13	1.9	13	100	0	50	40	0	8	52	1.31
24108138--24108164	12	2.2	12	100	0	54	25	44	14	14	1.84
24108983--24109190	78	2.7	78	81	7	201	28	26	15	29	1.96
24108983--24109157	26	6.7	26	81	5	176	27	26	17	28	1.97
24115048--24115095	11	4.3	11	80	15	53	64	0	2	33	1.05
24116309--24116389	16	4.8	16	78	7	72	39	35	2	22	1.67
24118794--24118840	21	2.2	21	88	7	69	65	6	21	6	1.38
24119580--24119626	10	4.9	10	85	12	55	82	0	17	0	0.66
24119580--24119622	8	5.2	8	78	15	52	83	0	16	0	0.64
24126020--24126123	22	4.8	21	77	10	93	6	6	21	65	1.40
24126105--24126179	12	6.6	12	74	11	59	10	6	17	65	1.44
24126058--24126179	56	2.2	56	80	5	131	9	5	18	66	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24126147--24126236	24	4.0	21	71	17	56	10	4	17	67	1.36
24126152--24126220	24	2.9	23	72	8	57	10	5	15	68	1.37
24126086--24126180	12	8.3	12	72	5	56	10	6	15	67	1.40
24126033--24126215	77	2.3	76	77	12	183	8	6	18	66	1.40
24127929--24128040	33	3.4	33	78	10	131	26	47	1	24	1.62
24130125--24130301	24	7.4	24	81	0	183	20	27	11	40	1.87
24130125--24130301	72	2.5	72	84	0	219	20	27	11	40	1.87
24131940--24131966	14	1.9	14	100	0	54	14	7	3	74	1.18
24145114--24145300	41	4.5	41	85	2	241	27	23	9	40	1.85
24145114--24145344	82	2.8	82	81	6	277	26	24	9	39	1.86
24147593--24147641	11	4.5	10	83	16	62	83	0	14	2	0.73
24147593--24147642	12	4.2	12	80	7	57	84	0	14	2	0.72
24149665--24149725	24	2.4	27	78	10	74	40	9	4	44	1.59
24151583--24151618	13	2.8	13	91	0	54	41	19	0	38	1.52
24152230--24152286	16	3.5	16	79	9	62	21	3	36	38	1.70
24152244--24152277	17	2.0	17	88	0	50	26	5	32	35	1.81
24152896--24152951	21	2.7	21	77	2	60	21	21	12	44	1.85
24158851--24158888	20	1.9	20	94	0	67	28	10	21	39	1.86
24158876--24158962	44	2.0	44	93	2	149	19	8	17	55	1.66
24161620--24161655	18	1.9	19	88	5	56	36	0	0	63	0.94
24161616--24161653	19	2.0	20	89	5	60	36	0	0	63	0.95
24163159--24163215	30	1.9	30	100	0	114	21	24	14	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24173277--24173479	52	4.1	52	66	21	121	46	2	7	43	1.46
24173187--24174002	149	5.6	146	85	7	1018	43	3	9	44	1.52
24173972--24174019	21	2.2	22	85	10	64	50	2	4	43	1.33
24177954--24177987	17	2.0	17	100	0	68	35	0	29	35	1.58
24178041--24178434	30	13.2	30	86	4	444	36	4	21	36	1.75
24180338--24180407	29	2.4	29	80	4	70	51	2	4	41	1.36
24180354--24180405	12	4.4	12	80	4	61	53	1	1	42	1.23
24180375--24180418	17	2.7	16	82	6	61	56	0	2	40	1.11
24184033--24184096	30	2.1	33	82	11	82	46	3	1	48	1.27
24184203--24184236	13	2.5	14	80	9	52	32	2	0	64	1.08
24184453--24184509	21	2.8	21	71	17	57	45	1	0	52	1.11
24184651--24184698	18	2.8	17	82	14	55	66	0	0	33	0.92
24184652--24184681	15	1.9	16	93	6	53	70	0	0	30	0.88
24184897--24184938	21	2.0	21	85	4	57	33	7	0	59	1.25
24184935--24184959	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
24186277--24186328	19	2.7	19	96	0	95	55	3	19	21	1.58
24188946--24188996	10	5.0	10	73	21	52	62	0	3	33	1.13
24192379--24192446	28	2.4	29	81	13	88	29	7	29	33	1.84
24192421--24192621	29	6.9	29	76	9	113	32	6	28	32	1.83
24192374--24192525	58	2.7	57	72	12	141	32	8	27	30	1.87
24192486--24192621	59	2.3	57	81	6	146	33	2	27	36	1.72
24192373--24192679	88	3.5	86	80	8	295	33	5	27	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24192481--24192728	29	8.4	30	79	13	198	35	2	28	34	1.70
24192600--24192728	59	2.2	60	86	12	178	37	1	27	34	1.66
24192481--24192727	88	2.8	87	83	10	263	35	2	28	34	1.71
24193316--24193352	14	2.6	14	95	0	65	8	48	27	16	1.74
24194848--24195052	48	4.5	48	71	16	173	23	25	15	35	1.94
24194696--24195052	134	2.7	134	86	0	471	22	23	17	36	1.95
24194896--24195855	208	4.6	209	83	3	1081	21	22	18	36	1.95
24196353--24196606	49	5.1	49	72	9	201	14	32	16	35	1.90
24196371--24196605	50	4.8	49	79	2	245	15	32	18	34	1.92
24196273--24196605	99	3.4	99	83	0	380	15	31	18	35	1.91
24197419--24197486	19	3.3	21	84	13	81	4	17	1	76	1.03
24197437--24197479	6	6.8	6	80	19	52	2	16	0	81	0.79
24197422--24197490	7	10.0	7	73	17	56	2	17	1	78	0.95
24202626--24202750	29	4.4	29	79	3	119	35	9	24	31	1.87
24202667--24202809	29	4.9	29	75	11	112	37	7	22	32	1.82
24202786--24202963	59	3.0	59	79	9	175	35	1	24	38	1.63
24202728--24202967	30	8.1	29	71	16	163	35	2	25	37	1.68
24208701--24208743	19	2.2	20	80	12	54	23	9	20	46	1.79
24219226--24219255	15	1.9	16	93	6	53	40	3	23	33	1.71
24222750--24222804	25	2.2	26	83	3	67	65	3	16	14	1.41
24223258--24223387	64	2.0	64	100	0	260	36	9	19	35	1.84
24225183--24225208	9	2.9	9	100	0	52	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24228891--24228974	31	2.7	31	90	0	123	44	4	11	39	1.63
24228885--24228944	18	3.6	18	70	23	58	40	5	13	41	1.66
24229428--24229524	40	2.4	41	83	6	110	30	14	11	43	1.81
24257308--24257355	21	2.3	21	85	7	62	60	2	35	2	1.20
24259942--24259971	14	2.2	14	94	5	53	30	23	10	36	1.87
24263756--24263806	24	2.3	23	83	10	61	37	21	13	27	1.91
24287053--24287112	31	1.9	31	86	6	86	30	3	0	66	1.07
24288964--24289004	18	2.3	18	87	8	57	41	2	2	53	1.27
24289870--24289941	6	12.7	6	74	11	62	56	1	1	40	1.16
24289869--24289944	11	6.8	11	76	8	73	55	1	1	42	1.16
24289855--24289941	34	2.5	33	80	7	93	57	1	1	40	1.14
24289856--24289944	17	5.3	16	81	9	79	55	1	1	42	1.14
24290210--24290710	92	5.4	92	95	0	896	32	19	16	31	1.94
24290904--24291066	51	3.2	51	76	8	154	11	22	22	42	1.86
24290776--24291066	100	2.9	99	78	7	234	13	23	22	40	1.90
24299145--24299461	59	5.4	57	77	8	171	38	3	24	32	1.73
24299301--24299475	59	3.0	59	91	0	269	34	1	26	37	1.64
24299300--24299475	29	6.0	29	83	7	194	35	1	26	36	1.64
24299300--24299528	30	7.5	30	71	11	153	35	1	25	37	1.67
24301548--24301612	17	3.9	16	76	9	58	56	1	3	38	1.24
24301548--24301612	34	1.9	34	81	6	78	56	1	3	38	1.24
24304268--24304300	13	2.6	13	90	4	50	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24304279--24304386	56	1.9	57	86	5	157	33	3	3	59	1.33
24304350--24304463	59	1.9	61	83	8	153	27	10	9	52	1.67
24304674--24304809	31	4.5	31	71	14	115	51	11	8	29	1.66
24307162--24307220	15	3.8	15	72	16	57	52	1	0	45	1.10
24312808--24312859	26	2.0	26	85	11	70	42	1	5	50	1.37
24324894--24324949	26	2.2	26	86	0	76	41	19	17	21	1.91
24324904--24325004	24	4.1	24	81	10	89	33	22	18	24	1.97
24324935--24325004	24	2.9	24	91	4	106	28	24	21	25	1.99
24324998--24325065	27	2.5	27	97	0	127	38	22	16	23	1.93
24328367--24328415	21	2.3	21	75	6	55	38	28	6	26	1.80

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