genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   

This is table  70  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22426154--22426210	19	3.2	19	63	27	52	24	35	7	33	1.82
22426141--22426210	34	2.1	34	100	0	140	24	34	5	35	1.79
22433279--22433349	20	3.5	21	72	25	71	50	0	1	47	1.09
22433270--22433361	40	2.3	40	82	14	118	51	0	2	46	1.13
22434227--22434286	20	3.0	19	80	7	66	48	1	1	48	1.21
22434226--22434286	11	5.9	11	72	14	58	49	1	1	47	1.21
22434831--22434916	44	2.0	44	88	0	127	48	3	9	38	1.52
22436810--22436850	6	6.8	6	97	0	73	31	0	34	34	1.58
22438601--22438679	26	3.0	26	70	21	65	35	1	0	63	1.03
22451048--22451508	69	6.7	69	77	3	367	32	23	19	24	1.98
22451046--22451453	207	2.0	207	80	2	462	31	23	20	23	1.98
22451739--22451809	27	2.7	26	80	6	70	32	14	30	22	1.93
22451771--22451830	26	2.3	27	80	8	70	31	8	33	26	1.86
22453535--22453572	12	3.2	12	96	0	67	23	7	26	42	1.81
22454329--22454635	30	10.3	29	75	12	176	35	1	26	36	1.68
22454253--22454635	59	6.4	59	81	5	310	34	3	25	36	1.74
22454388--22454644	30	8.6	29	75	13	202	35	1	24	38	1.64
22454312--22454657	30	11.7	29	71	14	140	34	2	25	36	1.71
22456520--22456596	6	13.2	6	76	10	79	54	1	0	44	1.08
22456520--22456596	17	4.4	17	83	6	109	54	1	0	44	1.08
22456972--22457833	209	4.1	208	84	2	1000	22	22	18	37	1.95
22469814--22470223	30	13.9	28	71	13	263	33	3	25	37	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22469854--22470224	59	6.2	60	77	9	311	33	3	25	37	1.73
22469797--22470218	59	7.2	58	77	9	283	34	3	25	37	1.72
22469814--22470227	88	4.7	86	73	11	250	34	3	25	36	1.73
22471209--22471260	3	17.3	3	87	0	50	42	3	0	53	1.19
22471204--22471261	18	3.2	18	77	0	62	44	3	0	51	1.18
22471206--22471245	21	1.9	21	100	0	80	50	0	0	50	1.00
22472019--22472095	6	13.0	6	74	8	68	58	1	0	40	1.06
22472022--22472122	12	8.9	11	70	17	64	60	1	0	37	1.08
22472019--22472108	18	5.1	17	80	9	101	57	2	0	40	1.11
22478421--22478474	22	2.5	22	78	3	56	35	0	3	61	1.14
22479334--22479368	16	2.2	16	90	5	54	57	0	0	42	0.99
22484544--22484620	30	2.5	32	85	6	97	22	14	16	46	1.83
22485373--22485541	57	2.9	59	89	4	247	24	17	13	44	1.84
22485919--22486050	60	2.2	58	81	9	151	47	13	15	23	1.80
22486586--22486644	29	2.0	30	90	3	93	50	13	5	30	1.63
22488279--22488317	17	2.3	17	86	0	51	46	0	2	51	1.14
22488286--22488319	17	2.0	17	94	0	59	38	0	2	58	1.13
22490000--22490149	30	5.0	30	80	2	149	35	25	2	37	1.68
22489993--22490149	61	2.6	59	78	4	179	36	24	1	36	1.67
22498817--22499339	49	10.6	49	78	5	381	32	17	33	16	1.92
22498864--22499227	99	3.7	97	81	5	401	32	18	34	14	1.91
22498813--22499200	198	1.9	199	81	4	469	32	18	33	15	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22498858--22499332	148	3.2	148	80	2	373	33	17	33	16	1.92
22499798--22499831	17	2.0	17	94	0	59	38	0	2	58	1.13
22501538--22501684	30	4.9	30	88	0	215	34	28	1	35	1.66
22501516--22501699	60	3.1	60	85	5	239	35	27	1	35	1.67
22501515--22501701	90	2.1	89	88	5	270	36	26	1	35	1.67
22501725--22501794	29	2.5	28	81	9	79	34	24	5	35	1.79
22501777--22501863	30	2.9	29	79	6	86	33	22	5	37	1.78
22507629--22507676	19	2.5	19	89	3	69	52	8	2	37	1.44
22507622--22507706	20	4.2	19	78	7	80	52	5	1	40	1.33
22507643--22507692	19	2.6	19	87	3	64	58	8	0	34	1.28
22510086--22510127	19	2.2	20	95	4	77	21	0	4	73	1.01
22510086--22510127	20	2.1	19	91	8	66	21	0	4	73	1.01
22510786--22510817	15	2.1	15	94	0	55	46	0	9	43	1.35
22511218--22511268	16	3.1	18	78	18	58	74	3	0	21	0.98
22512201--22512303	30	3.4	30	86	0	134	36	26	5	31	1.80
22512458--22512514	25	2.3	24	84	6	69	22	10	5	61	1.48
22514584--22514844	29	8.9	29	75	14	194	34	6	22	37	1.80
22514701--22514842	59	2.4	59	85	1	185	35	4	22	37	1.76
22516786--22516883	46	2.2	43	83	7	115	25	17	23	33	1.96
22516877--22517362	42	11.8	42	79	7	392	26	16	26	30	1.96
22516859--22517362	81	6.2	80	80	8	464	26	15	26	30	1.96
22516881--22517362	123	3.9	125	80	5	534	27	15	26	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22517607--22518239	49	12.6	49	66	14	152	20	27	14	36	1.92
22517712--22518319	99	6.0	99	79	8	559	20	28	15	36	1.92
22517763--22518319	207	2.8	197	80	8	629	20	28	14	35	1.93
22517975--22518370	50	8.0	50	71	12	262	20	28	15	35	1.93
22518916--22519127	112	1.9	112	89	0	325	38	12	19	29	1.89
22519439--22519477	10	3.9	10	93	6	62	0	17	0	82	0.68
22519438--22519479	14	3.1	14	81	18	54	0	16	0	83	0.65
22520337--22520375	16	2.4	17	87	12	64	0	25	0	74	0.82
22521269--22521326	16	3.9	15	78	14	59	0	18	0	81	0.70
22521250--22521318	30	2.1	30	82	12	75	2	21	1	73	1.04
22521262--22521324	19	3.6	17	80	15	67	0	20	0	79	0.73
22521262--22521328	11	6.0	11	76	8	55	0	19	0	80	0.71
22521263--22521328	24	2.9	22	78	14	71	0	18	0	81	0.68
22525084--22525296	103	2.1	104	80	2	232	36	15	14	34	1.88
22525659--22525867	29	7.1	29	77	6	143	37	6	18	37	1.76
22525727--22525870	30	4.8	29	79	8	146	38	2	18	40	1.66
22525722--22525867	59	2.5	60	80	5	154	36	3	19	39	1.69
22525705--22525870	89	1.9	88	85	1	233	36	3	19	39	1.70
22537267--22537403	40	3.5	40	86	4	188	29	29	15	24	1.96
22538150--22538196	17	2.7	18	83	6	53	72	4	2	21	1.12
22548480--22548561	17	5.0	18	76	13	72	40	2	1	56	1.20
22548497--22548564	6	11.3	6	78	12	77	44	2	0	52	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22548497--22548575	11	6.6	12	75	13	56	46	3	0	49	1.19
22549246--22549296	22	2.5	20	82	14	68	43	1	5	49	1.38
22550495--22550675	58	3.1	56	83	10	229	35	29	2	32	1.70
22550521--22550718	59	3.4	59	90	1	308	32	31	3	33	1.73
22550462--22550682	29	7.6	29	75	19	169	35	28	2	33	1.71
22550521--22550741	59	3.8	58	86	5	268	32	29	4	33	1.76
22550521--22550741	117	1.9	116	85	5	311	32	29	4	33	1.76
22562406--22563318	76	12.0	76	92	1	1348	33	16	17	32	1.92
22564405--22564455	22	2.5	20	82	14	68	43	1	5	49	1.38
22565644--22565825	58	3.1	57	83	6	152	32	26	4	36	1.78
22565644--22565794	29	5.2	30	74	17	113	33	26	4	35	1.77
22565695--22565825	58	2.2	58	91	1	208	31	27	3	37	1.75
22565725--22565825	29	3.4	29	71	22	86	29	26	4	38	1.77
22565695--22565853	58	2.7	57	86	4	185	30	27	5	35	1.80
22568013--22568062	27	2.0	24	84	11	64	52	0	0	48	1.00
22568459--22568522	19	3.3	19	66	20	51	32	10	25	31	1.90
22573401--22573480	39	2.0	40	90	2	126	31	16	21	31	1.95
22576829--22576975	26	5.7	26	77	3	152	24	19	19	37	1.94
22576832--22576998	52	3.2	51	83	3	217	25	20	17	35	1.95
22576849--22576990	26	5.5	26	76	1	133	26	21	19	33	1.96
22584104--22584351	26	9.5	26	84	4	295	25	21	19	34	1.96
22584104--22584347	78	3.1	78	92	0	389	25	20	19	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22585630--22585682	19	2.8	18	78	10	61	64	0	1	33	1.05
22591295--22591344	20	2.4	21	81	15	52	48	0	10	42	1.37
22601781--22602097	93	3.3	94	72	12	270	33	16	23	26	1.96
22601874--22602189	99	3.3	96	73	14	281	32	18	23	25	1.97
22601724--22602186	192	2.4	192	84	2	590	33	17	22	26	1.96
22605964--22606176	75	2.8	75	89	0	309	21	23	22	32	1.98
22608481--22608538	31	1.9	31	85	3	82	55	8	18	17	1.67
22608994--22609045	27	2.0	26	84	3	68	51	1	0	46	1.12
22618423--22618473	16	3.2	16	85	0	75	27	19	9	43	1.82
22619341--22619380	18	2.2	18	90	0	62	77	7	2	12	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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