genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1187939--1188022	37	2.2	37	81	12	98	64	5	0	29	1.17
1188149--1188240	12	8.1	12	75	9	59	69	20	3	6	1.25
1188148--1188240	44	2.1	44	84	4	125	69	20	3	6	1.24
1188235--1188298	31	2.1	30	91	8	103	67	14	7	10	1.42
1188264--1188309	22	2.2	22	81	18	62	65	17	6	10	1.45
1188263--1188314	22	2.3	23	75	24	58	65	19	5	9	1.42
1188265--1188311	21	2.3	20	89	10	69	63	19	6	10	1.47
1196699--1196741	18	2.3	18	84	15	52	23	6	2	67	1.27
1203490--1203539	25	2.0	25	96	3	93	56	8	28	8	1.57
1208983--1209116	63	2.1	63	87	0	187	43	23	17	16	1.88
1218287--1218334	7	6.6	7	79	9	51	75	2	0	22	0.91
1218282--1218328	22	2.1	23	92	7	80	74	0	0	25	0.82
1218289--1218334	15	3.2	14	82	11	58	76	2	0	21	0.90
1218614--1218639	10	2.6	10	100	0	52	30	0	15	53	1.42
1219364--1219394	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
1223032--1223085	15	3.6	15	92	0	81	46	16	33	3	1.65
1226477--1226518	22	1.9	22	85	0	57	59	7	11	21	1.56
1228822--1228858	19	1.9	19	88	0	56	48	10	2	37	1.52
1230357--1230843	190	2.6	189	88	2	719	33	26	17	22	1.96
1240351--1240378	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
1244396--1244479	42	2.0	42	83	4	107	45	8	9	36	1.67
1245602--1245644	5	8.8	5	94	2	52	30	20	48	0	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1246301--1246342	6	7.0	6	91	0	57	42	16	4	35	1.69
1246298--1246342	12	3.8	12	90	0	63	42	15	6	35	1.73
1252647--1252671	4	6.2	4	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1257585--1257624	2	20.0	2	94	0	71	50	2	0	47	1.14
1269296--1269724	138	3.1	138	90	4	657	30	22	15	31	1.95
1273337--1273394	25	2.3	25	77	11	64	31	0	3	65	1.09
1276499--1276546	15	3.3	15	82	5	71	37	0	0	62	0.95
1276498--1276543	14	3.2	14	81	6	65	39	0	0	60	0.97
1276642--1276682	22	1.9	22	85	5	57	7	31	2	58	1.38
1277509--1277569	31	1.9	32	83	3	79	65	3	1	29	1.18
1278948--1278991	22	1.9	22	81	9	52	47	0	11	40	1.39
1280147--1280178	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
1282442--1282469	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
1283709--1283750	16	2.5	17	84	7	50	30	0	2	66	1.04
1298339--1298631	152	1.9	151	90	4	473	39	5	4	49	1.48
1300439--1300513	39	1.9	39	97	0	141	40	20	8	32	1.81
1300953--1301001	24	2.0	24	88	7	73	38	16	8	36	1.78
1304084--1304127	16	2.8	16	78	0	61	47	2	0	50	1.13
1304077--1304123	19	2.5	19	82	6	51	51	2	0	46	1.13
1307097--1307129	1	33.0	1	100	0	66	0	100	0	0	0.00
1314938--1315269	125	2.6	126	86	1	443	42	21	18	17	1.89
1315063--1315306	126	1.9	126	85	0	335	42	21	18	18	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1322658--1322716	24	2.5	24	78	10	75	30	22	27	20	1.98
1322798--1322900	24	4.3	24	88	0	107	26	25	37	10	1.88
1322964--1323043	24	3.3	24	74	6	72	28	25	30	16	1.96
1323125--1323286	24	6.8	24	84	0	207	27	23	35	13	1.92
1323102--1323250	48	3.1	48	84	3	158	28	24	32	14	1.95
1330021--1330072	18	3.0	18	81	10	56	48	1	1	48	1.24
1331369--1331416	24	2.0	24	87	0	69	22	25	0	52	1.48
1347666--1347725	28	2.1	29	81	12	70	53	13	3	30	1.56
1350271--1350305	17	2.1	17	88	0	52	48	0	2	48	1.16
1366500--1366577	39	2.0	39	100	0	156	38	7	12	41	1.72
1372530--1372632	23	4.5	23	75	0	89	43	22	17	16	1.87
1372530--1372632	46	2.2	46	84	0	125	43	22	17	16	1.87
1377619--1377664	22	2.0	22	83	8	56	50	2	4	43	1.34
1391079--1391118	21	1.9	21	89	0	62	60	0	0	40	0.97
1394772--1394812	20	2.0	20	85	0	55	29	0	24	46	1.53
1395588--1395657	24	3.0	24	84	12	83	42	1	1	54	1.18
1398531--1398577	19	2.5	19	100	0	94	27	10	17	44	1.81
1400725--1400791	33	2.0	33	100	0	134	29	8	8	52	1.63
1403100--1403132	11	2.8	12	86	9	50	39	0	0	60	0.97
1413633--1413673	21	2.0	21	85	0	55	51	17	0	31	1.46
1413701--1413773	38	1.9	38	83	5	94	31	8	2	57	1.42
1414691--1414821	68	1.9	68	89	3	201	38	22	6	33	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1414871--1414904	17	2.0	17	94	0	59	41	5	14	38	1.70
1422026--1422090	31	2.1	30	85	2	85	41	15	12	30	1.84
1422113--1422171	31	1.9	31	85	0	82	45	8	8	37	1.65
1440996--1441079	40	2.1	40	100	0	168	51	13	19	16	1.77
1451638--1451684	4	11.5	4	95	4	85	48	25	0	25	1.51
1455344--1455398	16	3.4	16	80	14	60	69	0	10	20	1.18
1462716--1462742	13	2.1	13	100	0	54	22	7	14	55	1.64
1466380--1466421	10	4.2	10	90	9	68	38	2	0	59	1.10
1466377--1466428	19	2.9	16	79	20	59	36	1	1	59	1.19
1467148--1467181	15	2.2	16	89	5	52	58	11	0	29	1.33
1470590--1470633	23	1.9	23	85	0	61	36	0	20	43	1.52
1483551--1483585	18	2.0	17	88	5	52	0	37	0	62	0.95
1485307--1485345	20	1.9	21	89	5	62	56	5	0	38	1.22
1488947--1488988	20	2.0	20	86	4	57	73	14	0	11	1.09
1496037--1496109	2	36.5	2	100	0	146	0	49	0	50	1.00
1505995--1506118	62	2.0	62	84	6	162	20	16	16	46	1.83
1512979--1513076	15	6.2	17	72	17	61	43	0	2	54	1.12
1512968--1513148	60	3.0	60	86	3	245	44	2	1	52	1.20
1515958--1516002	20	2.2	20	88	8	63	62	8	13	15	1.54
1515949--1516002	22	2.5	22	85	5	67	62	9	12	14	1.53
1517131--1517407	61	4.6	61	78	10	250	28	22	16	32	1.96
1517170--1517411	61	4.1	60	82	7	262	30	21	16	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1520060--1520113	20	2.7	20	91	0	90	37	24	27	11	1.89
1520280--1520800	83	6.3	82	90	1	711	53	4	5	36	1.44
1524659--1525163	60	8.5	59	85	7	616	32	16	21	29	1.95
1524659--1525163	122	4.2	120	86	7	649	32	16	21	29	1.95
1525196--1525229	17	1.9	17	88	5	50	55	11	5	26	1.58
1526790--1526844	28	1.9	28	85	3	74	30	3	7	58	1.43
1526884--1526922	17	2.3	17	86	8	53	33	0	2	64	1.08
1526907--1526953	14	3.5	13	83	11	58	36	0	0	63	0.94
1526898--1526948	15	3.2	16	81	13	61	39	0	0	60	0.97
1527278--1527306	13	2.2	13	100	0	58	51	6	0	41	1.28
1533377--1533426	26	1.9	26	88	8	75	30	4	2	64	1.23
1545316--1545373	24	2.4	25	76	2	64	51	1	1	44	1.21
1577111--1577177	29	2.4	29	78	11	70	37	1	10	50	1.46
1578347--1578541	103	1.9	103	89	0	300	37	13	10	38	1.79
1585002--1585034	16	2.1	16	100	0	66	18	24	12	45	1.83
1589000--1589042	4	10.8	4	94	0	68	46	25	4	23	1.71
1589990--1590126	45	3.2	44	68	24	119	47	5	2	44	1.40
1589977--1590143	85	2.0	85	95	0	298	46	5	3	44	1.43
1593906--1593930	7	3.6	7	100	0	50	56	0	12	32	1.36
1594562--1594762	102	2.0	103	91	1	332	26	15	16	41	1.88
1594562--1594765	103	2.0	102	91	0	255	26	15	16	41	1.88
1604533--1604573	20	2.0	20	85	9	55	56	2	4	36	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1608153--1608183	16	1.9	16	93	0	53	22	0	6	70	1.09
1611102--1611213	52	2.2	52	82	4	149	39	16	25	19	1.91
1613102--1613144	17	2.5	17	82	17	54	37	2	0	60	1.10
1614976--1615001	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
1623153--1623188	13	2.7	13	91	4	54	30	5	0	63	1.17
1629648--1629693	18	2.6	18	89	0	65	47	10	41	0	1.38
1637029--1637080	24	2.2	24	83	13	63	59	0	1	38	1.08
1640811--1640853	16	2.6	17	89	10	63	44	0	0	55	0.99
1650950--1651326	120	3.1	118	82	6	366	28	20	15	34	1.94
1650968--1651366	62	6.5	62	80	8	424	27	21	16	35	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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