genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

This is table  78  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24698023--24698330	95	3.4	91	83	4	329	25	18	26	29	1.98
24698341--24698795	96	4.9	96	78	8	440	22	21	18	37	1.95
24698443--24698795	180	2.0	181	85	1	485	22	20	18	37	1.94
24698664--24699062	145	2.8	144	88	4	588	22	20	18	39	1.92
24704551--24704738	30	6.3	30	73	10	136	42	6	20	30	1.78
24706806--24706899	48	2.0	48	86	0	134	22	22	14	40	1.90
24706737--24707164	123	3.5	123	84	2	545	24	20	16	39	1.92
24707052--24707325	48	5.7	48	72	11	202	21	22	15	40	1.91
24707295--24707453	72	2.2	74	86	3	214	20	17	17	44	1.87
24707507--24707691	42	4.4	42	88	0	244	27	15	29	27	1.96
24707505--24708022	46	11.5	46	78	9	369	26	16	26	30	1.97
24708277--24708481	49	4.1	49	71	2	142	19	23	18	39	1.93
24709313--24709364	19	2.7	19	80	11	61	0	21	1	76	0.87
24710072--24710566	144	3.5	142	89	3	703	22	21	18	38	1.94
24711417--24711455	13	2.7	14	84	15	53	0	17	0	82	0.68
24711421--24711454	17	2.1	17	89	10	54	0	14	0	85	0.60
24711417--24711465	12	3.8	13	84	10	57	0	18	0	81	0.69
24711431--24711476	12	3.7	12	85	8	56	2	21	0	76	0.90
24714661--24714995	30	11.4	30	78	11	157	38	4	24	32	1.76
24714691--24715043	89	4.0	87	81	7	340	37	4	24	33	1.76
24714662--24715051	29	13.3	29	79	9	323	37	4	24	32	1.77
24715752--24715778	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24716173--24716242	28	2.4	29	85	2	88	20	12	15	51	1.76
24717011--24717598	210	2.8	210	92	1	955	23	21	17	37	1.94
24717413--24717778	180	2.0	180	92	3	603	22	20	18	38	1.93
24717203--24718355	390	3.0	384	84	6	1427	23	20	17	38	1.93
24717594--24717971	210	1.8	210	90	2	616	23	20	17	38	1.93
24717822--24718162	160	2.1	161	86	2	481	24	20	16	39	1.92
24718049--24718215	85	2.0	85	84	2	219	22	23	16	36	1.94
24717984--24718438	208	2.2	207	88	1	667	23	20	17	37	1.94
24718257--24718423	85	2.0	85	85	0	226	23	22	17	36	1.95
24726572--24726917	29	11.8	29	80	4	327	38	1	23	36	1.65
24726572--24726917	59	5.9	58	75	5	302	38	1	23	36	1.65
24726863--24726948	29	2.9	29	84	1	82	37	0	19	43	1.52
24727928--24727996	30	2.3	29	80	7	86	60	2	0	36	1.11
24728048--24728116	28	2.4	28	80	2	66	21	11	14	52	1.73
24733635--24733762	30	4.3	30	83	0	148	39	5	18	36	1.74
24733635--24733764	60	2.2	60	85	0	170	40	5	18	36	1.74
24736359--24736389	4	7.8	4	92	0	53	80	0	19	0	0.71
24736348--24736390	8	5.5	8	83	5	52	81	0	18	0	0.69
24736436--24736475	6	7.2	6	88	5	50	80	0	20	0	0.72
24736436--24736478	5	8.0	5	90	10	59	79	0	20	0	0.74
24737328--24737377	15	3.0	17	72	19	52	76	0	22	2	0.89
24737306--24737366	23	2.7	23	78	14	63	75	0	22	1	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24738440--24738479	21	1.9	21	85	10	55	22	5	0	72	1.04
24740988--24741042	21	2.7	21	78	13	60	54	0	3	41	1.18
24742415--24742756	30	11.5	30	77	12	260	34	3	26	35	1.74
24742415--24742756	59	5.8	58	79	10	293	34	3	26	35	1.74
24742418--24742756	89	3.8	88	79	8	350	34	3	26	35	1.74
24743459--24743496	18	2.2	18	85	4	51	26	13	5	55	1.59
24744205--24744235	12	2.5	13	94	5	55	12	3	58	25	1.50
24744430--24744460	15	2.1	15	100	0	62	22	0	6	70	1.09
24745396--24745439	19	2.3	19	84	0	61	79	6	4	9	1.04
24746047--24746193	30	4.9	30	81	4	161	32	19	8	39	1.81
24748901--24748968	33	2.0	34	83	8	86	50	1	1	47	1.19
24749352--24749419	33	2.0	34	83	8	86	50	1	1	47	1.19
24748588--24749941	451	3.0	451	99	0	2699	35	13	10	40	1.79
24749803--24749870	33	2.0	34	83	8	86	50	1	1	47	1.19
24751771--24751826	24	2.3	24	93	0	94	48	0	35	16	1.46
24753954--24754288	30	11.4	30	78	10	293	34	24	3	37	1.73
24753949--24754288	116	2.9	119	79	9	351	33	24	3	38	1.73
24753946--24754288	57	5.8	58	78	9	306	33	24	3	38	1.73
24753949--24754326	29	12.9	28	76	11	219	33	26	3	36	1.72
24754398--24754443	18	2.5	19	76	16	51	23	4	4	67	1.27
24754571--24754764	97	2.0	97	91	0	316	27	19	15	37	1.92
24759017--24760152	209	5.4	209	90	1	1686	36	18	22	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24760521--24760545	7	3.6	7	100	0	50	44	0	0	56	0.99
24760529--24760606	17	4.5	17	82	4	86	35	2	3	57	1.30
24760529--24760606	34	2.3	35	86	6	115	35	2	3	57	1.30
24761323--24761364	3	14.0	3	85	9	59	64	2	0	33	1.07
24761321--24761362	13	3.2	13	86	13	59	61	2	0	35	1.09
24761811--24761858	19	2.5	19	89	0	78	27	29	43	0	1.55
24761807--24761858	7	8.1	7	76	18	51	26	28	44	0	1.55
24761812--24761857	12	4.4	11	78	18	53	26	28	45	0	1.54
24762512--24762705	30	6.6	30	76	9	150	34	28	3	33	1.75
24762512--24762739	60	3.9	56	74	11	174	34	28	3	33	1.74
24762512--24762705	60	3.3	60	75	7	175	34	28	3	33	1.75
24762468--24762779	29	10.6	28	72	12	162	34	27	3	33	1.74
24762510--24762779	88	3.1	89	81	7	286	35	28	2	33	1.72
24762468--24762779	59	5.3	57	73	12	220	34	27	3	33	1.74
24762715--24762788	30	2.5	30	84	6	89	36	25	1	36	1.65
24763039--24763232	97	2.0	97	84	2	255	27	18	14	39	1.90
24769170--24769244	9	9.2	9	70	21	67	52	0	0	48	1.00
24769196--24769239	17	2.6	17	89	3	63	54	0	0	45	0.99
24769212--24769269	31	1.9	31	89	3	91	51	0	1	46	1.11
24769170--24769269	46	2.1	45	83	10	128	52	0	1	47	1.07
24770324--24770357	12	2.8	12	86	0	50	44	0	55	0	0.99
24770388--24770504	20	5.9	20	66	22	59	51	0	0	47	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24770421--24770465	20	2.3	19	88	7	63	53	0	0	46	1.00
24770393--24770505	49	2.3	49	86	3	147	50	0	0	48	1.06
24773381--24773420	17	2.4	17	95	0	71	5	32	15	47	1.66
24778624--24778648	13	1.9	13	100	0	50	48	12	16	24	1.79
24780799--24780847	22	2.2	22	82	7	55	28	2	12	57	1.46
24782860--24782898	20	2.0	20	84	0	51	41	0	12	46	1.42
24783929--24784057	43	3.0	43	86	0	186	31	9	20	38	1.84
24784293--24784520	69	3.3	69	84	1	276	23	19	17	39	1.92
24786669--24786727	28	2.1	28	87	0	82	23	15	13	47	1.81
24787236--24787275	17	2.4	17	95	0	71	7	5	30	57	1.48
24791185--24791232	17	2.9	17	84	3	62	47	16	16	18	1.82
24791342--24791383	21	2.0	21	86	4	59	2	28	0	69	1.01
24801967--24802007	17	2.4	17	95	0	73	43	21	4	29	1.73
24807344--24807399	25	2.2	25	84	6	69	33	0	0	66	0.92
24808796--24808837	21	1.9	21	85	9	57	35	0	4	59	1.19
24815931--24815960	15	2.1	14	93	6	51	23	6	3	66	1.30
24816144--24816184	21	2.0	21	85	4	57	31	2	7	58	1.38
24818631--24818679	24	2.0	24	81	18	57	44	12	6	36	1.67
24819981--24820005	13	1.9	13	100	0	50	64	0	8	28	1.22
24825168--24825202	17	2.1	17	100	0	70	17	31	11	40	1.85
24829176--24829529	176	2.0	176	98	0	690	30	11	21	36	1.88
24832274--24832330	22	2.6	22	85	0	87	22	22	22	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24832749--24832784	17	2.1	17	89	5	54	66	13	13	5	1.41
24833895--24833930	16	2.2	16	90	0	54	58	11	5	25	1.54
24836441--24836524	41	2.0	41	95	0	150	28	16	23	30	1.96
24839480--24839515	18	1.9	19	88	5	56	27	5	11	55	1.57
24841725--24841765	22	1.9	22	85	5	57	24	41	14	19	1.89
24842995--24843217	80	2.8	80	89	4	326	35	26	19	19	1.95
24846969--24847000	5	6.8	5	96	3	50	0	12	0	87	0.54
24847420--24847492	17	4.3	17	72	5	58	43	9	23	23	1.83
24862074--24862392	157	2.0	157	86	2	444	34	21	20	24	1.96
24865489--24865531	6	6.8	6	85	15	52	0	20	0	79	0.74

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