genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

This is table  50  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17142569--17142608	18	2.3	17	83	8	53	50	0	5	45	1.23
17144619--17144760	58	2.4	58	83	3	178	36	23	4	34	1.77
17144619--17144760	29	4.8	31	76	11	131	36	23	4	34	1.77
17146003--17146182	51	3.5	51	83	1	227	34	15	21	28	1.94
17151775--17151850	1	76.0	1	72	0	53	1	10	2	85	0.76
17151767--17151848	25	3.3	24	80	11	85	1	12	2	84	0.79
17151769--17151841	30	2.4	31	84	11	98	1	12	2	83	0.82
17151765--17151850	26	3.3	25	78	15	86	1	12	2	83	0.80
17152917--17153109	51	3.8	51	84	3	253	32	15	24	27	1.95
17153853--17153903	21	2.4	21	87	6	68	29	11	23	35	1.90
17154123--17154149	14	1.9	14	100	0	54	51	0	14	33	1.43
17159286--17159369	28	3.0	28	89	1	123	28	2	29	39	1.69
17159234--17159515	30	9.6	29	75	11	123	34	2	25	37	1.69
17159373--17159510	30	4.6	30	77	8	129	34	1	26	38	1.65
17159270--17159510	118	2.1	116	80	10	267	31	2	26	39	1.68
17166325--17166410	17	5.0	17	86	1	118	41	1	1	55	1.14
17166330--17166411	6	14.3	6	71	10	55	43	1	1	53	1.16
17168315--17168565	59	4.3	59	78	8	167	36	25	2	35	1.71
17168343--17168625	30	9.6	30	76	12	178	35	24	3	36	1.74
17168376--17168644	59	4.6	59	80	6	253	35	24	4	35	1.76
17168315--17168644	29	11.2	29	76	11	205	35	24	4	35	1.76
17168518--17168716	59	3.4	59	82	0	159	31	24	8	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17174890--17174929	3	13.3	3	100	0	80	67	0	32	0	0.91
17177053--17177723	209	3.2	209	90	1	1006	36	17	22	23	1.95
17178017--17178077	27	2.3	27	88	0	86	29	22	14	32	1.94
17178095--17178128	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
17180023--17180485	29	15.9	29	75	11	281	34	24	5	35	1.79
17180035--17180424	116	3.3	114	79	8	378	34	24	4	36	1.76
17190159--17190203	24	1.9	24	95	4	83	53	4	15	26	1.61
17190699--17190739	21	1.9	21	90	5	64	34	0	2	63	1.08
17191966--17192020	19	2.8	19	83	8	67	60	1	1	36	1.18
17191971--17192019	18	2.8	18	79	11	57	57	2	2	38	1.22
17195033--17195073	20	2.1	19	86	13	57	29	0	4	65	1.13
17195022--17195079	24	2.3	25	85	5	73	27	1	5	65	1.23
17207685--17207867	100	1.8	100	80	0	222	34	17	27	20	1.95
17207685--17207846	50	3.2	50	88	0	225	33	19	26	20	1.97
17214158--17214216	31	1.9	31	96	0	109	20	1	37	40	1.63
17225036--17225172	50	2.7	50	87	2	177	40	25	15	18	1.90
17226277--17226301	8	3.1	8	100	0	50	28	0	0	72	0.86
17227071--17227106	18	2.1	17	89	5	54	27	0	0	72	0.85
17227868--17227941	38	1.9	39	86	2	105	59	1	6	32	1.32
17228124--17228165	15	2.9	15	78	3	50	40	9	7	42	1.65
17228124--17228167	14	3.1	14	77	6	52	40	11	6	40	1.68
17243303--17243411	32	3.4	32	81	1	110	18	48	6	26	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17244208--17244246	15	2.4	16	91	8	62	0	10	2	87	0.65
17248018--17248082	30	2.2	30	91	0	103	55	15	4	24	1.59
17249292--17249351	27	2.3	27	80	11	79	40	8	0	51	1.32
17251156--17251189	17	2.0	17	88	0	50	35	5	8	50	1.58
17255090--17255131	18	2.3	18	88	8	59	47	0	0	52	1.00
17260060--17260097	3	13.0	3	83	5	51	65	0	34	0	0.93
17261578--17261622	22	2.0	22	83	8	56	57	2	2	37	1.23
17274743--17274809	29	2.3	29	84	5	82	53	1	2	41	1.25
17274769--17274817	19	2.6	19	76	0	62	57	2	2	38	1.22
17275892--17276237	29	11.8	30	67	20	153	31	28	4	34	1.79
17275900--17276227	59	5.6	57	80	11	287	30	28	4	36	1.77
17275921--17276227	58	5.3	59	83	6	362	31	28	4	35	1.77
17275921--17276227	117	2.6	117	83	8	371	31	28	4	35	1.77
17275893--17276237	30	11.8	29	69	17	139	31	28	4	35	1.79
17288245--17288888	200	3.2	200	89	2	927	37	20	22	20	1.95
17290021--17290088	29	2.3	29	85	5	84	52	2	2	41	1.31
17291136--17291232	30	3.2	31	80	8	94	37	20	5	37	1.75
17291162--17291422	30	8.9	28	65	21	108	33	26	2	37	1.69
17291198--17291480	59	4.9	57	83	5	309	32	28	2	36	1.71
17291221--17291504	117	2.4	115	83	5	333	33	27	2	36	1.69
17291315--17291466	28	5.2	29	70	11	105	34	29	2	33	1.72
17291198--17291504	58	5.3	58	83	4	318	32	27	2	37	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17291502--17291561	28	2.1	28	81	0	66	25	26	13	35	1.93
17295493--17295533	15	2.7	15	96	0	73	48	2	21	26	1.63
17295874--17295931	11	5.2	11	79	8	55	39	1	1	56	1.19
17295874--17295924	17	3.0	17	94	0	93	39	0	1	58	1.09
17302336--17302377	18	2.5	16	82	17	50	80	0	11	7	0.88
17302332--17302382	22	2.3	23	80	16	63	76	0	13	9	1.02
17302332--17302384	11	4.8	11	77	13	56	77	0	13	9	0.99
17303381--17304111	49	14.8	50	75	7	447	35	17	29	18	1.93
17303528--17304105	99	5.9	99	76	8	509	34	17	29	17	1.93
17304308--17304527	39	5.7	38	76	9	178	26	32	16	23	1.96
17304306--17304543	78	3.1	76	77	2	244	26	33	16	23	1.96
17306904--17306942	21	1.9	20	89	5	60	10	5	20	64	1.44
17308725--17308784	31	2.0	31	86	3	86	63	5	3	28	1.31
17308903--17308927	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
17309474--17309523	21	2.4	21	82	0	64	54	8	6	32	1.54
17310246--17310331	38	2.3	38	97	0	163	29	29	27	13	1.95
17311769--17312008	119	2.0	119	100	0	480	32	10	6	50	1.63
17311945--17312234	144	2.0	144	89	1	438	30	13	7	48	1.69
17312487--17312523	13	2.7	15	88	12	53	62	0	5	32	1.18
17313523--17313594	28	2.4	31	88	6	105	48	1	2	47	1.25
17314709--17314780	28	2.4	29	86	9	101	45	1	1	51	1.18
17317871--17317943	24	3.0	24	93	0	119	54	5	10	28	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17319006--17319062	30	1.9	30	85	7	80	43	0	14	42	1.44
17319006--17319063	16	3.8	16	78	15	61	44	0	13	41	1.44
17320101--17320208	46	2.3	46	85	0	135	28	19	20	31	1.97
17321155--17321203	25	2.0	25	84	8	64	22	14	20	42	1.88
17321350--17321413	28	2.2	30	86	13	105	32	18	4	43	1.71
17321357--17321415	28	2.1	28	100	0	118	35	22	3	38	1.71
17326546--17326586	6	6.8	6	100	0	82	31	0	0	68	0.90
17331096--17331142	18	2.7	17	77	6	58	59	2	4	34	1.29
17333799--17333843	23	2.0	23	100	0	90	31	4	2	62	1.27
17334362--17334424	29	2.0	31	82	11	76	50	12	3	33	1.56
17334883--17334926	22	2.0	22	86	0	61	15	0	6	77	0.97
17338141--17338208	32	2.2	32	86	7	95	38	0	16	45	1.47
17338472--17338498	14	1.9	14	100	0	54	37	14	14	33	1.88
17340194--17340233	19	2.1	19	85	0	53	10	20	7	62	1.50
17352189--17352244	21	2.5	23	88	5	80	32	5	23	39	1.77
17352661--17352699	20	2.0	20	89	0	60	30	10	15	43	1.80
17358754--17358801	25	1.9	25	83	8	62	35	14	16	33	1.89
17362097--17362209	59	1.9	58	84	8	149	26	20	15	38	1.92
17362097--17362209	58	1.9	59	84	8	151	26	20	15	38	1.92
17362224--17362353	60	2.2	59	80	5	138	44	13	10	30	1.78
17362552--17362634	30	2.7	31	84	3	114	27	10	19	42	1.84
17364214--17364348	22	6.2	22	75	10	134	59	5	5	29	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17364208--17364334	66	2.0	64	87	6	184	55	5	6	33	1.48
17365761--17365832	21	3.3	21	75	9	63	29	1	5	63	1.25
17365775--17365842	22	3.1	23	81	10	88	30	1	5	61	1.28
17365775--17365842	21	3.1	22	81	14	86	30	1	5	61	1.28
17365768--17365843	23	3.4	22	80	10	91	28	1	5	64	1.23
17366073--17366162	25	3.6	25	71	20	82	35	2	1	61	1.16
17366075--17366219	50	2.9	50	82	3	150	33	4	0	61	1.20
17366151--17366425	35	7.7	35	82	5	275	30	9	1	58	1.36
17366175--17366426	47	5.4	47	83	6	291	29	9	1	59	1.38
17366099--17366426	6	54.8	6	79	6	218	31	7	1	59	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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