genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   

This is table  64  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20696689--20696814	58	2.2	58	88	2	182	41	13	17	27	1.87
20696729--20696830	29	3.5	29	73	5	98	42	15	16	25	1.88
20696865--20696949	36	2.4	36	87	0	116	37	28	8	25	1.85
20697417--20697618	41	5.0	41	77	8	162	35	35	12	17	1.87
20697549--20697714	55	3.1	51	79	8	152	31	37	12	17	1.87
20697463--20697618	82	1.9	81	83	6	199	32	36	13	17	1.89
20697568--20697704	55	2.5	55	86	2	197	29	37	13	18	1.90
20697568--20697741	53	3.2	53	82	3	213	27	36	16	20	1.94
20712070--20712160	46	2.0	46	82	0	110	56	14	4	25	1.57
20715039--20715078	5	8.0	5	94	0	71	40	57	0	2	1.12
20715295--20715386	45	2.0	46	91	2	150	34	1	26	38	1.64
20715431--20715484	27	2.0	27	85	0	72	38	1	31	27	1.67
20718375--20718535	29	5.6	29	84	4	186	16	8	27	47	1.74
20730473--20730528	28	2.0	28	85	0	76	19	16	23	41	1.90
20733861--20733893	11	2.8	12	86	4	50	54	0	0	45	0.99
20734263--20734335	23	3.1	23	82	4	83	46	10	21	20	1.81
20740278--20740354	23	3.4	23	89	1	120	49	11	19	19	1.78
20742800--20744258	748	1.9	749	85	2	2020	34	21	16	27	1.94
20748349--20748393	20	2.2	20	88	7	65	28	2	0	68	1.01
20748697--20748725	15	1.9	15	100	0	58	41	6	6	44	1.58
20749545--20749694	75	2.0	75	97	2	286	30	2	9	57	1.44
20749585--20749740	75	2.1	75	79	4	163	31	3	10	55	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20755164--20755253	44	2.0	44	84	0	117	48	2	6	42	1.41
20755221--20755254	18	1.9	17	88	5	50	55	2	0	41	1.15
20755737--20755778	21	2.0	21	100	0	84	23	28	9	38	1.86
20759204--20759242	17	2.3	17	86	0	51	46	25	10	17	1.80
20760812--20760894	41	2.0	41	100	0	166	36	31	9	22	1.87
20770962--20771015	24	2.2	24	74	6	56	57	0	0	42	0.98
20771435--20771491	25	2.4	23	88	5	78	45	1	0	52	1.11
20772216--20772258	18	2.3	19	88	4	61	34	2	0	62	1.08
20772216--20772279	18	3.5	18	79	14	60	37	3	0	59	1.13
20772767--20772894	31	4.3	30	71	16	115	25	16	11	46	1.80
20773242--20773303	30	2.1	30	84	6	81	48	9	11	30	1.71
20776218--20776476	41	6.3	41	90	1	358	38	11	23	26	1.89
20776243--20776524	82	3.5	81	84	5	275	37	12	23	26	1.90
20779722--20779782	32	1.9	32	93	3	106	9	8	31	50	1.65
20783302--20783346	24	1.9	23	82	13	56	64	15	0	20	1.29
20784479--20784531	26	2.1	26	82	10	65	7	16	49	26	1.73
20790405--20790429	6	4.2	6	100	0	50	68	0	0	32	0.90
20790532--20790576	24	1.9	23	82	13	56	64	15	0	20	1.29
20791664--20791756	7	13.1	7	67	2	60	30	21	24	23	1.99
20791664--20791754	21	4.3	21	78	1	83	30	21	23	24	1.99
20791842--20791866	5	5.0	5	100	0	50	0	0	40	60	0.97
20791812--20791863	21	2.4	21	74	3	50	5	1	42	50	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20794532--20794563	3	10.7	3	100	0	64	34	31	0	34	1.58
20794562--20794609	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
20795346--20795403	28	2.1	28	93	0	98	22	15	31	31	1.95
20797077--20797268	96	2.0	96	81	8	221	38	13	18	29	1.89
20797612--20797863	58	4.3	58	84	6	269	34	1	26	37	1.68
20797635--20797867	29	7.9	29	78	10	233	32	1	27	39	1.65
20797650--20797932	60	4.8	57	78	12	211	32	2	26	38	1.70
20799765--20799818	6	9.2	6	73	18	51	53	1	1	42	1.22
20799765--20799818	24	2.3	23	90	3	81	53	1	1	42	1.22
20799787--20799835	18	2.6	19	87	12	75	53	0	2	44	1.12
20800253--20801043	206	3.9	205	88	2	1101	21	21	20	36	1.95
20813176--20813381	30	6.9	30	76	10	174	33	2	25	37	1.69
20813147--20813376	30	7.7	30	73	12	154	34	3	24	37	1.73
20813147--20813381	59	4.0	59	81	10	211	34	3	25	37	1.73
20815242--20815290	18	2.6	19	87	12	75	53	0	2	44	1.12
20818187--20818240	23	2.3	23	84	9	65	59	7	3	29	1.42
20818223--20818289	29	2.3	28	80	12	82	58	5	4	31	1.42
20818600--20818645	13	3.5	13	77	19	51	78	6	2	13	1.04
20818604--20818645	10	3.6	11	87	12	50	78	7	2	11	1.04
20818706--20818747	15	2.8	15	82	10	50	73	4	2	19	1.12
20818798--20818826	10	2.9	10	100	0	58	31	31	20	17	1.96
20820074--20820307	75	3.0	75	83	8	299	33	25	15	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20820054--20820333	81	3.5	81	83	9	351	32	26	15	25	1.96
20820054--20820330	39	7.0	39	72	13	192	32	26	15	25	1.96
20820094--20820338	42	6.1	41	75	13	224	32	26	15	25	1.96
20834994--20835025	14	2.3	14	94	0	55	25	12	15	46	1.81
20838785--20838810	7	3.7	7	100	0	52	46	0	0	53	1.00
20840051--20840082	15	2.1	15	94	0	55	50	25	18	6	1.70
20842121--20842185	30	2.2	30	94	5	114	33	20	26	20	1.96
20843218--20843277	21	2.8	21	84	2	75	11	40	6	41	1.68
20844203--20844289	24	3.6	24	85	0	102	50	9	12	27	1.70
20846228--20846286	24	2.5	24	82	0	73	54	8	10	27	1.63
20849807--20850000	29	6.3	29	66	26	82	35	1	3	60	1.22
20849830--20849904	10	7.1	11	70	21	54	34	0	5	60	1.20
20849795--20849891	40	2.4	42	82	6	110	30	1	4	63	1.19
20849807--20850030	9	23.6	9	68	19	93	33	1	3	62	1.21
20854224--20854437	80	2.7	79	85	1	284	30	27	20	21	1.98
20855470--20855497	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
20862091--20862297	80	2.6	80	85	0	297	30	24	21	23	1.99
20869112--20869156	19	2.4	19	92	0	72	35	17	24	22	1.95
20869189--20869306	36	3.3	35	82	4	146	32	8	26	33	1.86
20876417--20876515	38	2.5	40	75	8	105	30	28	18	23	1.97
20876618--20876656	6	6.5	6	87	0	51	23	30	0	46	1.53
20882249--20882321	31	2.4	31	81	9	78	27	12	5	54	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20882513--20882572	20	2.8	21	83	16	63	40	0	1	58	1.08
20882510--20882573	24	2.8	24	77	20	73	39	0	1	59	1.07
20903043--20903272	103	2.2	104	84	2	302	36	24	13	25	1.93
20903043--20903278	52	4.6	52	85	1	285	35	25	14	25	1.93
20913031--20913377	49	7.1	48	69	12	161	18	22	17	41	1.90
20913030--20913378	147	2.4	146	81	5	400	18	22	17	41	1.90
20913263--20913472	49	4.3	49	77	1	197	18	22	18	40	1.91
20913215--20913472	98	2.6	98	82	2	313	18	22	18	40	1.92
20917803--20917930	40	3.2	39	80	9	159	28	25	19	25	1.99
20919324--20919368	23	2.0	21	84	16	56	24	20	13	42	1.87
20922868--20922895	13	2.2	13	100	0	56	39	21	7	32	1.80
20927032--20927084	27	2.0	26	85	3	70	66	15	7	11	1.44
20933743--20934032	52	5.6	52	89	1	447	36	23	13	26	1.91
20938215--20938255	22	1.9	22	85	5	57	53	7	0	39	1.29
20942078--20942141	29	2.2	29	83	8	78	50	20	3	26	1.63
20942048--20942141	29	3.2	28	72	15	75	48	19	4	27	1.67
20943197--20943273	29	2.6	30	79	4	102	22	6	19	51	1.69
20944027--20944055	15	2.0	15	93	6	51	51	0	0	48	1.00
20948067--20948119	11	5.1	10	74	17	54	58	0	0	41	0.98
20948058--20948112	20	2.8	20	78	5	69	63	0	0	36	0.95
20949464--20949488	12	2.1	12	100	0	50	32	16	8	44	1.76
20950368--20950416	17	2.8	18	80	20	59	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20950367--20950417	18	2.9	16	81	18	57	68	0	0	31	0.90
20952084--20952148	19	3.4	19	85	8	96	38	20	21	20	1.94
20954212--20954255	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
20956415--20956463	19	2.6	19	90	6	73	36	22	20	20	1.95
20958879--20958918	21	1.9	21	89	0	62	32	25	17	25	1.97
20961151--20961185	15	2.3	15	100	0	70	34	20	25	20	1.96
20971132--20971166	12	2.8	13	91	4	54	68	0	28	2	1.04
20978251--20978355	31	3.4	30	75	8	97	23	18	18	40	1.91
20978642--20978671	9	3.3	9	90	0	51	63	0	0	36	0.95
20978642--20978681	18	2.2	18	86	0	53	67	2	0	30	1.04

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