genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

This is table  54  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18122546--18122762	29	7.4	30	68	19	104	34	2	28	34	1.70
18122541--18122762	58	3.8	56	78	13	177	33	2	29	33	1.72
18124624--18124712	6	14.8	6	75	12	76	55	3	1	40	1.24
18124631--18124705	11	6.9	11	76	11	57	57	2	1	38	1.21
18124663--18124705	23	1.9	22	90	4	68	58	2	0	39	1.11
18124657--18124713	29	2.0	29	89	6	89	56	3	0	40	1.17
18127709--18127798	17	5.3	17	70	19	71	45	2	34	17	1.61
18127707--18127806	34	2.9	34	88	2	148	47	3	33	17	1.63
18128616--18128701	6	14.7	6	73	9	70	43	2	3	51	1.31
18128631--18128704	11	6.5	11	72	14	60	45	2	4	47	1.35
18130249--18130563	161	2.0	162	89	1	490	26	18	13	41	1.88
18130654--18130872	29	7.5	29	72	17	136	34	26	4	34	1.76
18130654--18130874	59	3.8	55	77	13	185	34	26	4	34	1.76
18130712--18130908	59	3.3	58	87	1	250	31	29	4	34	1.78
18130743--18130902	29	5.4	30	72	19	122	31	29	3	35	1.75
18130712--18130930	59	3.7	59	83	5	203	31	28	5	34	1.81
18143140--18143948	68	11.9	68	94	0	1384	33	17	21	28	1.95
18144374--18144459	6	14.7	6	72	9	61	41	2	4	51	1.35
18144389--18144462	11	6.5	11	72	14	60	45	2	4	47	1.35
18146012--18146327	162	2.0	162	89	2	492	25	19	13	41	1.88
18146405--18146495	29	3.1	29	86	9	107	39	27	4	28	1.76
18146420--18146726	29	10.4	29	71	19	169	33	25	3	36	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18146449--18146680	30	7.9	28	69	21	111	32	26	3	36	1.75
18146476--18146768	59	5.0	59	84	3	349	31	27	4	36	1.77
18146420--18146732	119	2.7	118	81	5	348	33	26	3	36	1.75
18159655--18159689	18	2.0	17	94	5	61	48	0	0	51	1.00
18166721--18166825	6	18.0	6	70	13	67	45	2	1	49	1.27
18166697--18166789	24	3.7	24	74	19	73	40	3	2	53	1.29
18166709--18166796	41	2.1	41	82	0	104	42	3	2	52	1.31
18166721--18166765	17	2.6	18	85	3	65	42	4	0	53	1.21
18166756--18166822	35	1.9	35	84	6	91	44	1	2	50	1.26
18166721--18166804	41	2.0	42	88	2	125	41	3	2	52	1.31
18166740--18166824	17	4.9	17	76	9	73	45	2	2	49	1.27
18167557--18167600	16	2.9	14	81	18	52	63	2	0	34	1.07
18168436--18168925	162	3.0	162	90	1	725	24	17	13	43	1.86
18169050--18169399	29	11.9	29	69	20	185	32	29	4	34	1.76
18168997--18169371	59	6.4	59	90	2	585	33	29	3	34	1.74
18168995--18169412	59	7.1	57	82	11	368	32	29	4	33	1.76
18181007--18181176	91	1.9	90	88	3	261	35	18	16	28	1.93
18181105--18181642	76	7.0	76	93	1	887	34	15	16	33	1.90
18181927--18182030	6	18.0	6	72	15	76	46	1	1	50	1.23
18181928--18181971	17	2.5	17	88	3	61	43	4	0	52	1.22
18181941--18181994	23	2.3	23	93	0	90	46	1	0	51	1.11
18181946--18181994	11	4.3	11	84	7	62	42	2	0	55	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18181962--18182024	17	3.7	17	85	6	83	46	0	3	50	1.17
18183492--18183794	161	1.9	162	87	3	450	26	17	11	44	1.83
18183866--18184241	59	6.4	58	87	3	493	34	29	2	33	1.71
18183866--18184241	118	3.2	117	88	1	554	34	29	2	33	1.71
18184074--18184176	30	3.4	29	71	18	86	34	24	3	36	1.74
18183865--18184241	177	2.1	177	89	0	576	34	29	2	33	1.71
18183866--18184197	29	11.3	30	67	18	180	35	28	2	33	1.69
18185937--18185961	10	2.5	10	100	0	50	40	0	0	60	0.97
18188022--18188078	29	1.9	29	82	3	69	35	17	7	40	1.77
18188072--18188347	29	9.6	29	90	2	398	35	32	4	27	1.78
18188350--18188431	29	2.8	31	76	14	84	37	15	3	42	1.65
18188369--18188442	29	2.5	30	82	8	89	33	18	5	41	1.74
18190947--18191016	32	2.2	32	86	0	95	35	15	11	37	1.84
18192557--18192658	53	1.9	53	88	4	152	40	13	9	36	1.78
18196299--18196334	6	6.0	6	100	0	72	0	66	0	33	0.92
18201934--18201993	31	1.9	31	89	0	93	41	8	13	36	1.74
18206192--18206301	6	18.2	6	78	12	118	46	1	0	50	1.18
18206184--18206301	17	7.3	17	76	19	119	45	1	1	50	1.21
18206198--18206288	31	2.9	31	95	3	157	43	2	1	52	1.20
18206212--18206300	31	2.9	32	93	5	141	46	2	0	51	1.13
18207342--18207375	13	2.6	13	90	0	50	70	0	29	0	0.87
18207800--18208114	161	2.0	162	88	4	476	25	17	13	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18207829--18208163	161	2.1	161	85	4	453	24	19	15	41	1.89
18208232--18208815	117	5.0	118	87	3	772	32	28	3	35	1.75
18208232--18208780	59	9.4	59	87	2	718	33	27	3	35	1.73
18208232--18208780	176	3.1	175	85	3	730	33	27	3	35	1.73
18208274--18208773	29	17.1	29	65	19	123	33	27	3	36	1.72
18220496--18221256	68	11.1	68	91	2	1168	33	18	20	27	1.96
18220496--18221256	203	3.7	204	92	2	1186	33	18	20	27	1.96
18220496--18221256	271	2.8	270	93	2	1254	33	18	20	27	1.96
18221124--18221249	38	3.3	38	67	21	111	33	15	21	30	1.94
18221117--18221287	76	2.3	75	91	3	281	31	16	19	32	1.94
18221674--18221741	6	11.2	6	81	9	75	51	0	1	47	1.09
18221666--18221705	17	2.4	17	87	4	55	45	0	5	50	1.23
18221680--18221740	31	1.9	32	86	3	88	50	0	1	47	1.10
18222793--18222826	13	2.6	13	90	0	50	70	0	29	0	0.87
18223248--18223565	161	2.0	161	89	3	489	25	17	14	41	1.88
18223278--18223614	160	2.1	160	86	3	464	24	19	16	40	1.91
18223686--18224233	59	9.4	59	89	2	732	31	27	3	36	1.73
18223686--18224226	176	3.1	175	87	3	777	32	27	3	37	1.73
18223686--18224231	235	2.3	235	87	3	773	32	27	3	36	1.73
18223801--18224231	29	14.8	28	65	23	87	32	28	2	36	1.72
18231372--18231502	58	2.2	59	84	6	169	30	9	27	32	1.89
18231372--18231560	29	6.5	30	75	7	147	31	7	26	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18231460--18231861	58	6.9	58	76	9	225	35	3	24	35	1.73
18231479--18231823	30	11.8	30	72	16	149	35	3	24	35	1.74
18231703--18231896	30	6.6	29	83	8	160	35	3	24	36	1.73
18231436--18231896	88	5.3	87	73	14	258	34	4	25	35	1.76
18232944--18232994	12	4.8	11	79	13	54	33	5	0	60	1.21
18233580--18233664	12	7.2	12	70	10	68	57	4	1	36	1.27
18233630--18233663	6	5.7	6	85	0	50	58	0	0	41	0.98
18233584--18233663	23	3.4	24	75	11	85	56	5	1	37	1.29
18234129--18234665	209	2.6	209	89	0	779	20	21	20	37	1.95
18234479--18234778	159	1.9	159	90	0	483	19	21	22	37	1.95
18234278--18235031	368	2.0	369	84	1	956	21	21	20	37	1.95
18235060--18235148	39	2.3	39	78	0	97	23	22	31	22	1.98
18235152--18235282	39	3.4	37	70	19	97	29	19	27	23	1.99
18235117--18235289	77	2.2	78	84	3	233	28	19	27	23	1.98
18235250--18235329	40	2.0	40	82	4	99	23	17	35	23	1.96
18235195--18235407	118	1.8	117	81	1	264	24	17	32	25	1.97
18235311--18235483	79	2.2	78	81	7	199	24	17	32	24	1.97
18235863--18235990	50	2.5	50	79	8	118	19	32	14	32	1.92
18236790--18236893	9	10.8	9	68	20	59	2	19	0	76	0.96
18236834--18236893	11	5.6	11	75	15	54	5	13	1	80	0.96
18236795--18236871	28	2.8	26	78	18	68	1	20	1	76	0.93
18236821--18236890	21	3.5	20	77	11	72	4	15	1	78	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18241831--18242089	29	8.9	30	70	14	132	32	5	27	35	1.79
18241858--18242088	58	4.0	58	72	10	177	32	5	27	35	1.79
18241819--18242205	29	13.3	29	65	18	130	34	5	26	34	1.79
18241936--18242215	30	9.6	29	65	20	88	36	5	25	33	1.79
18244865--18245265	134	3.0	134	98	0	777	29	17	23	29	1.97
18247819--18247858	20	2.1	19	85	4	53	72	7	2	17	1.19
18253472--18253505	18	1.9	17	88	5	50	47	0	5	47	1.26
18253487--18253704	116	1.9	114	84	3	294	43	7	5	43	1.56
18254384--18254428	14	3.4	14	74	20	51	22	4	2	71	1.15
18257516--18257541	12	2.2	12	100	0	52	15	15	15	53	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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