genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

This is table  84  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26327850--26340155	247	49.9	247	65	14	1072	36	19	26	18	1.94
26341033--26341540	246	2.1	247	84	0	667	36	18	26	18	1.93
26345769--26346289	246	2.1	247	83	3	638	37	18	25	18	1.93
26322048--26367891	148	309.6	147	65	11	4711	36	19	25	18	1.94
26349181--26349412	117	2.0	117	91	3	378	39	17	25	18	1.92
26358121--26368216	297	34.0	297	77	6	5187	37	19	25	18	1.94
26366379--26368216	99	18.6	98	85	1	2160	36	18	25	18	1.94
26366227--26366552	149	2.2	149	82	3	397	38	17	24	19	1.92
26368478--26368658	78	2.3	78	85	1	238	23	32	17	25	1.97
26369198--26369326	17	7.4	17	85	5	161	42	0	3	53	1.22
26369216--26369326	6	19.0	6	77	5	120	43	0	2	54	1.14
26369198--26369326	52	2.5	52	86	6	172	42	0	3	53	1.22
26369956--26369982	12	2.2	12	100	0	54	59	0	0	40	0.98
26369961--26370006	21	2.2	21	84	7	58	58	2	2	36	1.22
26371017--26371369	30	12.0	30	71	12	189	32	26	4	36	1.76
26371021--26371387	59	6.3	56	82	8	227	33	25	4	36	1.77
26371059--26371423	59	6.2	58	83	6	375	32	25	4	36	1.78
26371143--26371423	29	9.6	31	67	18	113	31	27	5	35	1.80
26374006--26374043	18	2.1	19	85	5	51	23	7	13	55	1.64
26381339--26381837	42	11.9	42	86	2	664	21	19	24	34	1.96
26382230--26382255	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
26382651--26383286	148	4.3	149	85	4	806	42	2	9	46	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26382650--26383304	297	2.2	298	84	7	839	42	2	9	45	1.49
26383851--26383918	8	7.1	9	73	26	52	20	2	1	75	1.02
26383853--26383914	17	3.9	16	78	14	58	19	3	1	75	1.02
26383853--26383923	14	4.7	15	78	15	58	19	4	1	74	1.06
26383854--26383914	21	3.0	20	81	13	79	19	3	1	75	1.03
26383854--26383918	22	3.0	21	75	6	67	20	3	1	75	1.02
26396265--26396314	20	2.3	22	80	10	59	48	2	0	50	1.12
26403748--26403808	26	2.4	27	81	10	74	27	22	21	27	1.99
26412654--26412707	26	2.1	26	85	0	72	27	20	22	29	1.98
26412697--26412803	38	2.8	37	75	9	108	30	14	24	29	1.95
26433061--26433100	15	2.7	15	92	0	62	42	35	7	15	1.75
26435911--26435957	23	2.0	23	84	8	60	27	12	12	46	1.78
26441782--26441826	16	2.9	15	83	9	54	8	13	2	75	1.13
26447968--26448026	29	2.0	29	87	6	84	33	1	11	52	1.48
26449688--26449730	18	2.4	18	92	0	68	60	11	23	4	1.50
26454346--26454389	21	2.1	21	83	8	54	77	0	18	4	0.94
26470759--26470788	15	2.0	15	93	0	51	30	26	20	23	1.98
26472115--26472196	37	2.2	37	86	0	110	23	29	21	25	1.99
26472201--26472287	38	2.3	37	81	14	99	36	21	10	31	1.87
26472301--26472354	26	2.1	26	89	6	83	31	18	22	27	1.97
26473155--26473185	16	1.9	16	93	0	53	22	16	0	61	1.34
26474769--26474816	21	2.3	21	85	7	62	29	31	6	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26479611--26479653	16	2.7	15	82	10	50	65	0	4	30	1.13
26480258--26480478	115	1.9	115	98	0	424	53	10	5	30	1.57
26483727--26483876	75	2.0	75	100	0	300	25	24	12	38	1.89
26486543--26486567	13	1.9	13	100	0	50	48	8	4	40	1.51
26489245--26489376	38	3.5	38	79	4	158	35	28	18	18	1.94
26489214--26489390	76	2.3	76	76	5	196	36	27	17	18	1.94
26498593--26498658	21	3.1	21	73	14	55	50	1	3	45	1.26
26501137--26501189	24	2.2	24	83	6	63	56	7	0	35	1.28
26505792--26505829	18	2.1	18	100	0	76	52	21	10	15	1.72
26505999--26506036	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
26506587--26506629	22	2.0	22	86	9	61	46	2	2	48	1.27
26510903--26510941	9	4.2	9	83	6	51	25	43	0	30	1.55
26532509--26532560	21	2.5	21	84	6	70	30	26	15	26	1.96
26533266--26533450	80	2.3	80	87	1	255	31	27	15	25	1.96
26535711--26535749	19	2.1	19	100	0	78	41	10	15	33	1.81
26536094--26536202	27	4.0	27	81	0	128	26	14	22	36	1.93
26536106--26536217	54	2.1	52	86	3	152	23	13	24	39	1.90
26536184--26536242	25	2.3	25	82	8	66	15	16	27	40	1.89
26548928--26548984	18	3.2	18	74	0	60	33	17	7	42	1.76
26551030--26551083	27	2.0	27	88	0	81	40	16	25	16	1.89
26551185--26551226	17	2.4	18	88	11	61	33	28	9	28	1.88
26563924--26564000	3	25.7	3	91	0	55	33	0	46	19	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26567329--26567387	12	4.8	12	77	10	57	37	18	15	28	1.91
26568280--26568305	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
26569147--26569195	20	2.4	20	79	3	53	42	6	2	48	1.39
26579815--26579861	24	1.9	24	82	4	58	61	19	8	10	1.53
26582422--26582788	195	1.9	196	86	4	535	27	16	27	28	1.97
26582428--26582845	195	2.1	196	82	4	533	27	17	26	27	1.98
26586746--26587114	195	1.9	195	84	3	501	28	17	27	26	1.98
26589332--26589365	16	2.1	16	88	5	50	70	0	8	20	1.13
26591792--26591842	26	2.0	26	81	14	61	43	1	1	52	1.23
26593332--26593456	26	5.0	24	74	13	92	19	19	32	28	1.96
26593332--26593443	26	4.4	25	77	10	104	19	18	31	30	1.96
26593333--26593456	51	2.4	49	80	6	149	19	19	33	28	1.96
26596340--26596373	11	3.0	11	83	8	50	47	17	8	26	1.77
26596356--26596442	23	3.8	23	69	11	70	45	20	14	18	1.84
26606109--26606534	58	7.3	56	74	12	238	32	4	27	34	1.78
26606109--26606531	29	14.5	28	72	12	205	32	4	27	35	1.78
26606109--26606531	87	4.9	87	80	9	386	32	4	27	35	1.78
26607662--26607713	13	4.1	13	85	5	52	30	1	3	63	1.23
26608398--26608466	6	12.0	6	69	9	54	53	2	1	42	1.24
26608412--26608466	17	3.2	17	80	10	67	54	3	0	41	1.18
26611406--26611887	42	11.5	42	86	1	635	20	18	24	36	1.95
26612697--26613197	147	3.4	149	85	5	615	42	3	10	43	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26612958--26613004	20	2.3	21	82	10	62	48	2	4	44	1.34
26617073--26617370	149	2.0	148	93	0	506	38	6	12	42	1.67
26618353--26618390	19	2.0	20	89	5	60	44	0	0	55	0.99
26618567--26618630	31	2.1	32	82	11	80	48	6	1	43	1.37
26620034--26620073	11	3.9	10	84	15	55	67	0	0	32	0.91
26620032--26620073	20	2.1	20	86	8	59	66	0	0	33	0.92
26622837--26622882	22	2.1	22	100	0	92	30	15	17	36	1.91
26622962--26623000	15	2.6	14	84	11	51	38	0	2	58	1.12
26625273--26625385	4	28.0	4	77	5	102	68	5	1	24	1.20
26625507--26625586	29	2.8	29	74	0	79	40	13	8	37	1.76
26630191--26630276	28	3.0	28	82	3	100	44	30	12	12	1.80
26633224--26633265	10	4.1	10	87	3	57	40	2	0	57	1.12
26633857--26633882	7	3.7	7	100	0	52	26	0	30	42	1.56
26636387--26636457	24	3.0	24	76	0	70	32	25	18	23	1.97
26639446--26639495	20	2.3	20	80	10	55	56	12	6	26	1.58
26641507--26641924	145	2.9	144	83	8	533	45	8	4	41	1.54
26642429--26642462	3	11.3	3	100	0	68	64	0	0	35	0.94
26642935--26642990	22	2.5	22	82	0	76	16	26	30	26	1.96
26643361--26643434	38	1.9	38	86	0	103	29	21	20	28	1.98
26643705--26643729	2	12.5	2	100	0	50	48	52	0	0	1.00
26644811--26644849	18	2.1	19	86	13	55	56	2	2	38	1.27
26655839--26655877	21	1.9	21	89	5	62	12	12	7	66	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26660324--26660353	14	2.2	14	94	5	53	30	23	10	36	1.87
26662703--26662747	19	2.4	19	85	10	58	60	2	2	35	1.22
26667392--26667587	48	4.1	48	84	0	194	37	16	23	22	1.94
26667392--26667587	24	8.2	24	74	0	167	37	16	23	22	1.94
26667392--26667553	72	2.3	73	83	4	213	37	16	22	22	1.93
26668052--26668348	71	4.2	71	87	0	407	32	14	24	28	1.94
26679522--26679566	16	2.9	15	83	9	54	8	13	2	75	1.13
26681348--26681407	18	3.5	18	78	14	56	55	3	36	5	1.38
26681362--26681424	18	3.5	18	77	18	60	60	0	33	6	1.22
26681850--26681905	18	3.0	18	79	12	60	17	12	14	55	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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