genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  88  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27958335--27958379	19	2.4	19	100	0	90	22	31	0	46	1.52
27965569--27965645	27	2.9	27	80	0	82	37	9	24	28	1.86
27965681--27965749	36	1.9	36	100	0	138	27	23	23	26	2.00
27968340--27968394	28	2.0	28	82	13	69	52	0	18	29	1.45
27968830--27968936	20	5.3	20	77	11	87	24	30	16	28	1.97
27970738--27970848	58	1.9	58	90	0	177	24	27	16	32	1.96
27973678--27973723	14	3.3	14	72	22	51	30	0	6	63	1.20
27975909--27976187	144	2.0	141	87	5	400	40	2	9	47	1.50
27979796--27979832	17	2.2	17	100	0	74	32	24	5	37	1.78
27984902--27985022	62	1.9	64	90	6	194	69	4	21	4	1.25
27984902--27984998	30	3.2	30	71	16	81	72	4	19	4	1.18
27985535--27985583	23	2.1	23	85	14	66	79	8	10	2	1.01
27985986--27986526	42	12.9	42	86	4	698	19	18	25	36	1.94
27987371--27987630	144	1.8	142	89	4	405	43	2	10	43	1.53
27994799--27994855	20	2.8	20	81	10	62	43	0	3	52	1.18
27997456--27997506	25	2.0	25	92	0	84	45	17	9	27	1.80
28000170--28000409	23	10.4	23	87	0	327	34	5	13	47	1.66
28000479--28000555	36	2.1	36	90	0	118	27	11	25	35	1.91
28005127--28005184	21	2.8	21	92	5	91	27	13	24	34	1.93
28011741--28011767	12	2.2	12	100	0	54	7	0	29	62	1.22
28026363--28026393	15	2.1	15	93	0	53	54	9	0	35	1.33
28028567--28028594	11	2.5	11	100	0	56	7	7	0	85	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28030692--28030742	24	2.2	23	86	10	68	66	0	3	29	1.09
28037118--28037147	9	3.3	9	95	0	51	20	36	0	43	1.52
28039392--28039436	19	2.4	19	92	0	72	33	26	15	24	1.95
28054609--28054642	15	2.3	15	89	0	50	17	8	0	73	1.08
28056991--28057037	19	2.5	19	92	0	85	14	8	10	65	1.45
28059891--28060342	195	2.3	196	81	6	520	28	20	26	24	1.99
28076175--28076215	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
28076643--28077429	146	5.4	145	84	7	950	42	3	9	45	1.52
28077141--28077367	51	4.5	49	68	14	142	45	2	10	41	1.50
28081926--28081988	16	3.9	16	81	8	74	25	34	1	38	1.66
28081934--28081980	8	5.9	8	80	9	60	23	36	2	38	1.67
28081920--28081989	4	17.5	4	73	5	52	25	32	1	40	1.65
28086674--28086732	19	3.1	19	79	16	59	81	3	13	1	0.90
28086685--28086730	21	2.2	20	84	7	56	82	4	13	0	0.81
28087077--28087451	42	8.9	42	86	0	455	21	17	24	37	1.94
28088933--28088985	24	2.2	24	89	0	79	26	24	22	26	2.00
28088945--28089007	24	2.6	24	92	0	99	28	22	23	25	1.99
28088965--28089017	24	2.2	24	86	0	70	32	22	22	22	1.98
28090612--28091139	52	10.5	51	65	18	151	45	2	9	42	1.51
28090550--28091230	150	4.5	148	85	5	843	44	3	8	43	1.51
28094008--28094255	122	2.0	122	98	0	478	50	12	12	23	1.75
28106118--28106151	6	5.7	6	92	0	50	44	32	2	20	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28107382--28107423	22	1.9	22	85	0	57	47	9	28	14	1.75
28124401--28124455	28	2.0	28	92	0	92	58	1	7	32	1.36
28124535--28124567	14	2.4	14	90	5	50	33	0	0	66	0.92
28126501--28126530	6	5.2	6	92	8	53	70	0	0	30	0.88
28128050--28128095	24	1.9	23	86	8	65	56	6	4	32	1.45
28130097--28130218	6	19.3	6	82	5	66	71	4	8	15	1.28
28130138--28130214	7	11.4	7	86	8	99	72	0	12	14	1.12
28133388--28133437	24	2.1	25	85	10	70	56	6	4	34	1.43
28139395--28139436	15	2.8	15	86	13	52	0	19	2	78	0.86
28148433--28148472	17	2.3	18	86	4	55	50	12	17	20	1.78
28165524--28165603	26	3.1	26	79	0	97	32	22	18	26	1.97
28167359--28167884	138	3.8	138	88	1	766	46	5	7	39	1.56
28167689--28167722	17	2.0	17	88	11	52	50	0	2	47	1.16
28169004--28169062	24	2.5	24	74	0	64	25	16	11	45	1.82
28178077--28178111	17	2.1	17	89	10	54	71	14	14	0	1.15
28181787--28181942	50	3.1	50	77	8	136	37	12	16	33	1.85
28204477--28204510	17	2.1	17	88	5	52	58	2	38	0	1.13
28210392--28210432	18	2.4	16	88	8	55	2	19	4	73	1.13
28211159--28211211	24	2.2	25	82	3	63	3	26	13	56	1.54
28218718--28218785	20	3.5	20	71	15	61	23	11	8	55	1.63
28220653--28220681	15	1.9	15	100	0	58	34	20	0	44	1.52
28231301--28231453	80	1.9	80	86	2	218	22	18	26	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28232415--28232460	21	2.2	21	84	0	56	21	17	39	21	1.93
28234886--28234929	20	2.2	20	84	12	54	45	0	50	4	1.22
28245642--28245699	27	2.1	29	83	6	75	13	1	12	72	1.20
28251320--28251362	22	2.0	22	81	9	52	30	6	11	51	1.65
28251279--28251411	70	1.9	67	83	7	169	32	10	13	43	1.78
28256911--28256948	12	3.1	13	81	14	53	60	5	34	0	1.19
28273085--28273114	14	2.2	14	94	5	53	36	10	23	30	1.87
28276722--28276852	50	2.6	50	84	6	156	36	12	15	35	1.85
28277055--28277087	17	1.9	17	88	11	50	66	6	0	27	1.15
28284912--28284969	17	3.4	17	80	0	62	50	13	15	20	1.78
28290089--28290128	21	2.0	20	85	14	55	17	10	0	72	1.11
28307283--28307370	32	2.8	32	98	0	167	40	2	12	44	1.55
28314948--28314984	15	2.5	15	91	4	58	21	13	0	64	1.27
28318677--28318736	26	2.3	27	83	11	72	60	6	6	26	1.47
28320493--28320589	42	2.3	42	94	0	167	32	14	18	34	1.91
28323797--28323834	20	1.9	20	84	10	51	71	7	2	18	1.23
28329069--28329494	212	2.0	212	90	0	674	28	19	22	29	1.98
28359789--28359862	37	2.0	37	89	5	114	14	21	31	32	1.94
28359740--28359849	58	1.9	58	86	0	157	15	20	29	35	1.93
28359878--28359920	16	2.7	16	85	0	59	13	23	30	32	1.93
28362925--28362964	21	1.9	21	94	0	71	25	17	20	37	1.94
28373410--28373449	21	1.9	21	89	0	62	10	15	30	45	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28375794--28375862	26	2.7	26	79	0	84	27	20	23	28	1.99
28376665--28376698	18	1.9	17	88	5	50	20	2	2	73	1.09
28383961--28384004	18	2.4	18	79	20	56	75	2	13	9	1.14
28385191--28385372	91	2.0	91	100	0	364	37	12	18	31	1.88
28388807--28388862	24	2.3	24	87	0	85	69	5	17	7	1.31
28390706--28390744	8	4.8	8	81	6	51	82	2	12	2	0.89
28390694--28390735	18	2.4	17	81	18	50	76	2	16	4	1.07
28390706--28390744	17	2.4	17	82	4	53	82	2	12	2	0.89
28397642--28397667	9	2.9	9	100	0	52	65	11	11	11	1.48
28402622--28402660	13	2.9	14	80	7	53	5	28	0	66	1.12
28404742--28404786	24	1.9	24	86	13	67	24	13	2	60	1.45
28407405--28407534	48	2.8	48	90	2	201	24	10	13	52	1.70
28407945--28408108	80	2.1	79	89	4	251	36	20	14	29	1.91
28414065--28414240	48	3.7	48	92	1	275	23	8	15	52	1.70
28414685--28414835	80	1.9	80	91	2	250	33	22	13	29	1.93
28416631--28416668	14	2.5	16	87	8	53	68	0	10	21	1.19
28418027--28418051	13	1.9	13	100	0	50	44	8	8	40	1.63
28418407--28418440	5	7.0	5	93	6	61	82	0	17	0	0.67
28418407--28418440	14	2.3	15	90	10	61	82	0	17	0	0.67
28441583--28441618	18	1.9	19	88	5	56	75	0	13	11	1.06
28443176--28443231	24	2.3	24	93	0	94	69	5	19	5	1.28
28474670--28474702	17	1.9	17	88	11	50	27	0	6	66	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28474883--28475003	50	2.4	50	81	4	136	36	16	11	35	1.85
28482278--28482332	24	2.3	24	90	0	83	5	18	5	70	1.26
28483968--28484003	18	1.9	19	88	5	56	8	11	5	75	1.19
28489218--28489261	18	2.4	18	82	17	56	6	15	2	75	1.12
28489222--28489263	17	2.5	18	85	11	54	4	16	2	76	1.07
28495997--28496072	34	2.2	34	83	4	91	19	17	13	50	1.78
28495997--28496072	17	4.5	17	76	0	80	19	17	13	50	1.78
28512445--28512482	16	2.3	17	86	13	53	81	2	2	13	0.90
28515011--28515069	27	2.3	26	83	13	77	54	0	3	42	1.17
28515817--28515868	25	2.1	25	82	7	61	5	23	3	67	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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