genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

This is table  56  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18524606--18524714	52	2.1	52	81	6	123	33	27	17	22	1.96
18524623--18524887	52	5.1	51	81	6	268	33	23	12	30	1.92
18524684--18524873	102	1.9	103	84	5	260	34	22	11	31	1.90
18527374--18527408	18	2.0	18	88	5	54	31	0	8	60	1.27
18527268--18527532	55	4.9	55	82	3	295	25	9	14	50	1.72
18527543--18527661	55	2.2	55	93	3	204	26	8	15	49	1.72
18527459--18527630	91	1.9	89	85	7	240	25	9	16	48	1.76
18529187--18529236	22	2.2	22	78	3	55	44	6	16	34	1.72
18534351--18534456	31	3.5	30	71	21	94	25	19	9	45	1.80
18534708--18534806	31	3.3	30	69	13	87	45	15	17	22	1.85
18534678--18534810	59	2.2	60	87	1	196	45	13	17	24	1.84
18534758--18534912	49	2.9	51	83	9	188	41	9	20	27	1.83
18534712--18534912	107	1.9	107	88	3	305	44	10	19	25	1.83
18534820--18534912	31	3.1	31	70	17	88	45	9	19	25	1.81
18541423--18541452	15	1.9	16	93	6	53	70	10	0	20	1.16
18543085--18543135	27	1.9	26	88	4	75	74	0	25	0	0.82
18543086--18543140	15	3.6	15	78	4	56	76	0	23	0	0.79
18545740--18545798	6	9.8	6	75	14	59	40	5	0	54	1.23
18545740--18545811	17	4.4	16	76	13	67	41	6	0	51	1.29
18546190--18546244	28	2.0	28	85	7	76	38	21	14	25	1.92
18546974--18547028	9	6.2	9	76	6	51	72	0	20	7	1.07
18547706--18547843	73	1.9	74	89	4	217	31	27	2	37	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18547779--18548054	59	4.7	57	85	9	351	32	28	2	35	1.71
18547779--18548053	116	2.3	117	90	3	419	33	28	2	36	1.70
18547851--18548053	29	6.9	30	66	26	105	33	29	1	35	1.69
18565807--18565860	22	2.4	23	78	6	58	38	0	9	51	1.34
18573167--18573203	16	2.3	16	90	0	56	37	16	10	35	1.83
18573918--18573959	17	2.4	17	92	4	66	47	2	30	19	1.62
18576017--18576118	51	2.0	51	100	0	204	39	9	15	35	1.81
18593874--18594048	30	6.0	29	74	15	123	37	5	21	36	1.76
18593874--18594023	59	2.5	59	86	2	212	36	6	21	36	1.78
18593936--18594048	29	3.8	31	78	14	107	37	2	23	37	1.69
18594927--18594992	3	21.0	3	87	9	96	31	1	3	63	1.19
18595637--18595678	10	3.9	10	82	17	57	54	2	0	42	1.13
18595651--18595713	17	3.8	16	87	4	81	52	3	1	42	1.27
18595637--18595713	6	13.7	6	70	22	60	53	2	1	42	1.23
18597429--18597708	139	2.0	139	98	0	542	38	16	12	32	1.86
18597946--18597970	13	1.9	13	100	0	50	48	16	0	36	1.46
18599062--18599109	25	1.9	25	83	8	62	60	0	0	39	0.97
18599610--18599643	17	1.9	18	88	5	52	58	2	0	38	1.13
18604216--18604319	27	3.8	27	92	1	163	23	18	25	33	1.96
18608250--18608330	35	2.3	36	80	6	103	17	19	11	51	1.74
18608965--18609003	13	3.1	12	82	10	51	64	0	0	35	0.94
18610412--18610446	13	2.7	13	86	0	52	51	0	5	42	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18615557--18615607	26	2.0	26	92	0	84	56	0	11	31	1.35
18618558--18618597	16	2.5	15	84	11	53	35	0	2	62	1.09
18618925--18618965	19	2.2	19	95	0	73	56	0	4	39	1.21
18621412--18621450	20	1.9	20	84	5	51	53	5	7	33	1.51
18626634--18626673	17	2.4	16	80	8	53	60	2	2	35	1.24
18627640--18627696	27	2.1	28	90	3	89	42	7	7	43	1.58
18627794--18627825	17	2.0	17	88	11	50	59	3	6	31	1.38
18628666--18628707	14	3.0	15	80	13	54	64	0	2	33	1.07
18628716--18628763	23	2.1	23	100	0	96	45	10	12	31	1.76
18634066--18634110	21	2.2	20	84	4	54	71	0	6	22	1.09
18634270--18634311	10	4.3	10	75	6	50	40	16	9	33	1.81
18634280--18634320	19	2.2	19	86	0	55	41	14	9	34	1.79
18638910--18638965	29	2.0	28	85	3	76	42	23	5	28	1.76
18639990--18640078	43	2.1	43	95	0	160	32	14	22	30	1.94
18652881--18653001	23	5.2	23	75	11	111	11	21	23	43	1.85
18662599--18662661	24	2.7	23	76	18	58	7	4	38	49	1.53
18664526--18664585	27	2.3	27	73	2	68	38	11	6	43	1.68
18666383--18666444	28	2.3	26	80	8	70	58	4	3	33	1.36
18666450--18666487	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
18666823--18666910	10	9.2	9	69	10	59	30	3	5	60	1.36
18666822--18666909	19	4.6	19	78	12	72	30	3	5	60	1.36
18666930--18666963	10	3.4	10	95	0	59	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18667897--18667955	31	1.9	30	86	10	84	50	0	5	44	1.24
18681045--18681098	27	2.0	27	88	0	81	24	46	3	25	1.69
18683800--18683865	6	11.3	6	77	18	68	80	0	19	0	0.72
18683800--18683862	13	5.1	13	78	16	71	80	0	19	0	0.70
18683800--18683865	16	3.6	18	74	15	64	80	0	19	0	0.72
18685065--18685186	50	2.5	49	85	6	165	33	15	32	18	1.92
18684908--18685177	147	1.8	148	83	0	362	32	13	33	20	1.91
18685097--18685225	49	2.6	50	75	8	138	36	13	28	20	1.92
18685537--18686514	79	12.5	77	82	8	698	30	26	17	25	1.97
18685540--18686432	159	5.7	152	82	6	706	30	26	17	25	1.97
18685535--18686518	39	25.1	39	75	8	730	30	27	17	25	1.97
18685543--18686514	238	4.1	234	79	7	854	30	26	17	25	1.97
18685927--18686514	277	2.1	278	86	1	831	28	29	17	24	1.97
18689870--18690058	41	4.5	42	84	6	204	37	10	26	26	1.88
18689916--18690086	82	2.1	81	81	7	184	38	8	26	25	1.85
18699590--18699625	18	2.0	18	94	0	63	47	0	5	47	1.25
18699586--18699652	28	2.4	26	87	9	89	43	0	5	50	1.26
18701490--18701712	88	2.5	85	75	11	200	34	23	2	39	1.67
18701603--18701733	59	2.2	58	77	10	131	35	22	0	41	1.60
18701557--18701733	29	6.0	30	71	11	105	35	22	1	41	1.61
18701505--18701728	30	7.6	29	71	13	118	34	23	1	40	1.65
18701545--18701729	88	2.1	88	80	2	219	33	23	1	41	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18707108--18707204	5	18.8	5	77	17	76	80	2	16	1	0.87
18707108--18707204	6	16.5	6	78	13	78	80	2	16	1	0.87
18708125--18708424	97	3.1	97	88	1	440	36	21	28	13	1.91
18708272--18708879	145	4.2	145	78	4	632	38	20	26	14	1.91
18708174--18708696	242	2.2	243	85	2	737	38	21	26	14	1.91
18708174--18709022	242	3.5	242	77	6	653	38	20	25	14	1.91
18708417--18709016	97	6.2	97	89	1	873	39	20	25	15	1.91
18718112--18718159	14	3.4	14	77	5	53	39	25	20	14	1.91
18718112--18718159	21	2.3	21	89	7	71	39	25	20	14	1.91
18723964--18723997	16	2.1	16	88	0	50	29	2	2	64	1.22
18725768--18725983	30	7.2	30	76	11	167	36	25	1	37	1.65
18725768--18725983	60	3.6	58	80	11	222	36	25	1	37	1.65
18725768--18726000	90	2.6	90	83	6	269	36	24	1	37	1.64
18725768--18726091	60	5.4	60	74	12	204	36	23	3	37	1.71
18725957--18726064	30	3.5	30	82	5	110	38	22	5	33	1.77
18725957--18726090	30	4.4	29	77	9	108	37	21	5	35	1.76
18725802--18726091	120	2.4	119	80	10	290	35	23	3	37	1.71
18726077--18726137	28	2.1	29	90	3	97	45	27	0	26	1.54
18726086--18726148	28	2.2	28	85	2	81	41	30	0	28	1.56
18726086--18726148	29	2.2	28	83	5	83	41	30	0	28	1.56
18726093--18726156	29	2.2	28	83	2	74	45	32	0	21	1.52
18731991--18732059	13	5.1	13	75	19	52	81	2	14	1	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18731995--18732059	10	6.4	10	77	12	62	83	3	12	1	0.84
18731993--18732047	21	2.5	22	77	19	62	83	1	12	1	0.80
18731996--18732053	21	2.9	19	75	14	55	84	1	12	1	0.78
18732015--18732061	12	4.1	11	82	15	51	82	4	12	0	0.80
18733150--18733482	97	3.4	96	76	4	351	33	16	31	18	1.93
18733140--18733584	198	2.3	197	86	2	588	34	16	30	18	1.93
18733004--18733547	50	11.1	50	74	9	350	32	16	32	18	1.93
18733122--18733627	198	2.6	197	81	5	477	34	16	30	19	1.94
18733921--18734344	39	10.9	38	70	10	198	25	31	18	23	1.97
18733922--18734344	78	5.4	78	85	2	463	26	31	18	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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