genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

This is table  65  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20991358--20991397	18	2.2	18	86	0	53	25	20	27	27	1.99
20997895--20998074	60	3.0	61	87	3	276	31	16	18	33	1.93
21002855--21002896	14	2.8	15	75	10	50	52	0	2	45	1.13
21004405--21004446	13	3.2	13	86	0	57	64	19	0	16	1.30
21005515--21005787	30	9.0	30	78	4	237	38	24	2	34	1.70
21005530--21005795	90	2.9	90	79	2	293	38	24	3	34	1.71
21017665--21018011	40	8.8	39	74	5	295	31	25	18	24	1.97
21017646--21018011	79	4.6	79	89	0	552	31	26	17	24	1.97
21018662--21018690	14	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
21018745--21018786	13	3.2	13	89	0	66	64	21	0	14	1.29
21019399--21019430	12	2.4	14	90	10	50	25	25	43	6	1.77
21019865--21019982	30	3.9	31	83	5	161	37	25	5	32	1.78
21019865--21019982	60	2.0	61	89	5	186	37	25	5	32	1.78
21020880--21020936	17	3.5	16	75	15	55	45	0	0	54	0.99
21020879--21020945	35	2.0	35	82	8	86	43	1	0	55	1.09
21022285--21022469	40	4.7	40	87	0	221	25	15	20	39	1.91
21025584--21025622	21	1.9	20	84	5	51	25	15	10	48	1.76
21029437--21029561	40	3.2	40	83	2	171	25	15	20	39	1.91
21036179--21036297	26	4.6	25	85	6	125	26	20	26	27	1.99
21036179--21036298	52	2.3	51	87	7	163	26	20	25	27	1.99
21036203--21036298	26	3.8	25	88	4	138	27	18	26	28	1.98
21037588--21037652	24	2.7	24	90	0	103	33	15	29	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21037636--21037753	24	4.9	24	87	2	130	38	14	27	19	1.91
21037644--21037753	48	2.3	48	87	0	148	39	14	27	19	1.90
21041225--21041283	27	2.1	28	87	12	86	27	3	0	69	1.04
21041821--21042006	94	2.0	94	87	2	266	27	26	14	31	1.95
21042960--21043003	18	2.4	18	84	0	61	27	45	2	25	1.65
21043185--21043351	62	2.7	61	81	2	192	31	7	9	51	1.62
21046246--21046323	24	3.3	23	87	5	102	42	19	8	29	1.81
21050078--21050187	53	2.1	53	87	0	157	24	6	13	55	1.61
21056314--21056956	49	13.1	48	73	7	164	18	22	18	40	1.91
21056386--21057001	49	12.6	48	68	13	298	18	22	17	40	1.91
21056362--21057001	147	4.3	149	75	6	441	19	22	18	40	1.92
21056446--21056802	195	1.8	195	82	5	454	19	23	17	40	1.91
21056383--21057001	98	6.3	98	79	5	430	18	22	17	40	1.91
21064579--21064608	15	2.0	15	100	0	60	60	13	13	13	1.60
21065203--21065268	29	2.3	29	77	12	73	59	6	6	28	1.46
21065460--21065499	4	9.5	4	84	10	53	70	0	0	30	0.88
21065460--21065499	9	4.7	9	90	3	57	70	0	0	30	0.88
21065658--21065706	20	2.4	21	77	16	57	67	6	0	26	1.14
21067236--21067277	18	2.4	17	84	7	57	73	0	23	2	0.94
21067239--21067281	23	1.9	23	85	4	61	74	0	23	2	0.93
21068678--21069377	81	8.2	81	80	7	476	32	26	16	25	1.96
21068716--21069409	45	16.1	44	79	7	555	32	25	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21068716--21069409	91	8.1	91	81	6	536	32	25	15	25	1.96
21068716--21069409	136	5.4	134	80	7	578	32	25	15	25	1.96
21072567--21072605	18	2.2	18	90	0	60	41	28	5	25	1.77
21074213--21074245	14	2.5	13	90	9	57	21	24	0	54	1.45
21074216--21074244	14	2.1	14	100	0	58	24	27	0	48	1.51
21075554--21075600	14	3.2	15	82	14	62	57	27	0	14	1.38
21075631--21075680	23	2.1	24	85	3	66	50	28	2	20	1.59
21077337--21077518	59	3.1	58	80	8	199	40	6	18	34	1.77
21077325--21077428	28	3.6	28	69	16	88	38	6	22	32	1.80
21077325--21077488	29	5.7	29	66	20	85	39	6	20	32	1.79
21077349--21077610	59	4.5	58	81	10	193	39	5	21	33	1.76
21077469--21077678	29	7.1	29	75	10	151	36	3	23	36	1.72
21077443--21077643	59	3.4	58	83	8	239	36	3	22	36	1.73
21078225--21078275	18	2.7	19	79	14	61	39	3	0	56	1.18
21079399--21080071	206	3.3	206	89	1	1008	21	21	20	36	1.95
21080179--21080342	78	2.1	78	81	2	186	27	20	28	23	1.99
21080279--21080353	39	1.9	39	89	2	116	25	29	28	17	1.97
21080402--21080675	93	3.0	92	87	2	397	32	19	15	32	1.93
21080770--21081090	50	6.4	50	74	10	253	11	26	20	41	1.87
21080806--21081082	100	2.8	101	89	1	439	11	27	21	39	1.88
21080670--21080981	151	2.1	150	85	3	412	12	25	20	41	1.88
21080670--21081031	151	2.4	151	82	4	394	12	26	20	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21081676--21081890	108	2.0	109	87	2	308	40	11	23	24	1.87
21082146--21082196	8	6.1	8	84	8	66	0	9	3	86	0.70
21082145--21082201	23	2.4	24	78	21	75	0	12	3	84	0.75
21083059--21083095	8	4.3	9	86	6	51	0	10	0	89	0.49
21083062--21083094	14	2.4	14	100	0	66	0	6	0	93	0.33
21083039--21083134	21	4.6	20	75	17	63	4	13	5	77	1.09
21083050--21083103	14	4.0	14	76	16	51	3	11	3	81	0.95
21087196--21087475	28	9.7	29	68	20	117	36	4	24	34	1.76
21087200--21087503	59	5.2	59	76	13	208	37	4	23	34	1.76
21087344--21087646	58	5.2	58	80	10	291	36	2	23	37	1.68
21087315--21087617	29	10.5	28	77	12	242	36	2	23	37	1.69
21088743--21088793	18	2.7	19	79	14	61	39	3	0	56	1.18
21090763--21090802	21	1.9	21	90	10	64	22	10	10	57	1.61
21091179--21091235	20	3.0	20	84	7	73	38	1	1	57	1.19
21091179--21091235	19	2.9	19	84	7	71	38	1	1	57	1.19
21092712--21092762	11	4.4	11	78	11	57	41	1	0	56	1.10
21092712--21092781	6	12.0	6	74	17	58	42	2	0	54	1.15
21092712--21092762	17	2.9	17	83	16	68	41	1	0	56	1.10
21092728--21092781	23	2.3	23	84	9	65	44	3	0	51	1.19
21094550--21094762	30	7.2	30	83	5	229	36	21	1	39	1.64
21094726--21094893	29	5.8	29	75	14	118	30	22	7	39	1.81
21102353--21102502	37	3.9	37	77	6	129	37	30	18	14	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21102401--21102502	41	2.6	37	81	6	114	38	28	20	12	1.89
21109405--21109618	37	5.8	37	82	4	243	37	28	19	14	1.91
21109647--21109697	22	2.4	21	83	6	68	52	13	3	29	1.58
21112403--21112441	13	3.0	13	88	7	53	71	2	7	17	1.21
21113535--21113692	71	2.2	71	87	4	228	27	13	27	31	1.94
21122012--21122193	30	6.1	29	81	7	179	39	22	3	34	1.72
21122027--21122193	59	2.8	59	81	7	194	38	23	2	34	1.70
21128319--21128370	24	2.2	24	92	0	86	28	25	15	30	1.96
21128874--21129802	44	21.8	43	75	13	582	33	24	17	25	1.96
21128999--21129674	249	2.7	248	83	7	750	32	24	17	25	1.96
21129451--21129800	169	2.1	169	81	9	410	32	25	18	24	1.97
21128944--21129775	42	19.7	41	72	14	326	32	25	16	25	1.96
21130116--21130314	94	2.1	94	90	0	308	28	20	21	30	1.98
21131713--21131822	30	3.6	30	85	6	132	40	26	0	32	1.62
21151499--21151533	9	3.9	9	88	0	52	42	17	0	40	1.49
21151636--21151731	48	2.0	46	88	7	140	34	0	0	65	0.93
21151653--21151730	17	4.8	17	70	28	62	35	0	0	64	0.94
21153185--21153218	15	2.3	15	94	0	59	29	41	17	11	1.85
21154208--21154263	21	2.8	21	86	10	73	51	21	0	26	1.48
21154591--21154651	29	2.1	29	82	11	72	42	4	18	34	1.71
21155520--21155561	18	2.3	18	91	0	66	26	23	21	28	1.99
21155545--21155595	26	2.0	26	84	0	66	21	19	21	37	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21162366--21162402	18	2.1	17	90	5	56	8	10	0	81	0.89
21162986--21163025	18	2.3	18	86	4	55	55	12	15	17	1.70
21168468--21168513	18	2.6	18	89	0	65	30	50	10	8	1.68
21168532--21168602	23	3.1	23	85	4	90	32	22	16	28	1.96
21168540--21168615	23	3.3	23	84	0	98	28	23	19	27	1.98
21169032--21169064	17	1.9	17	93	0	57	45	0	21	33	1.52
21170878--21170912	18	1.9	18	88	0	52	48	0	5	45	1.26
21171002--21171049	18	2.5	19	83	12	55	37	4	0	58	1.18
21175777--21175817	20	2.0	20	100	0	82	14	4	19	60	1.51
21181916--21182044	64	2.0	64	100	0	258	40	20	15	23	1.91

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