genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

This is table  67  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21420908--21420992	10	8.3	10	67	23	52	57	3	25	12	1.51
21421417--21421461	14	2.9	16	80	16	58	46	0	0	53	1.00
21423227--21423522	141	2.1	141	99	0	583	27	23	17	31	1.97
21426929--21426954	10	2.6	10	100	0	52	23	23	0	53	1.46
21432806--21432848	14	3.1	15	81	18	58	62	0	0	37	0.95
21435849--21435929	27	3.0	27	85	1	90	20	29	20	28	1.98
21435884--21435943	27	2.2	27	84	0	75	25	28	18	28	1.98
21440917--21441097	55	3.3	55	90	0	299	25	7	15	51	1.70
21442474--21442665	82	2.4	81	84	4	226	20	18	30	30	1.96
21445093--21445140	25	2.0	24	91	4	78	18	29	29	22	1.98
21445094--21445146	25	2.2	24	86	3	70	22	28	26	22	1.99
21447976--21448182	26	8.0	26	75	8	163	31	21	15	30	1.95
21447986--21448165	77	2.3	77	83	0	207	32	21	15	31	1.94
21451465--21451513	20	2.4	20	83	10	55	63	0	4	32	1.13
21467844--21467905	29	2.1	29	82	5	72	66	3	3	27	1.23
21468141--21468172	16	2.0	16	93	0	55	21	6	15	56	1.62
21468902--21468964	31	2.0	31	96	0	117	33	9	9	47	1.68
21469418--21469462	21	2.1	21	88	8	65	31	6	22	40	1.80
21473184--21473223	15	2.7	15	84	0	53	20	10	17	52	1.72
21487263--21487302	18	2.2	18	86	8	55	17	15	25	42	1.88
21492423--21492712	56	5.2	55	86	4	368	40	8	23	27	1.84
21492445--21492643	28	7.1	27	68	14	109	40	7	24	27	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21492423--21492712	112	2.6	111	87	3	411	40	8	23	27	1.84
21492468--21492671	29	7.2	29	69	8	143	40	8	24	26	1.84
21499675--21500140	56	8.2	56	73	11	356	39	8	22	29	1.84
21499675--21500140	112	4.1	112	74	12	444	39	8	22	29	1.84
21499749--21500213	232	2.0	232	99	0	921	40	9	20	30	1.84
21508981--21509054	36	2.1	36	82	7	89	48	4	0	47	1.20
21508985--21509050	24	2.8	24	79	2	71	48	4	0	46	1.22
21508934--21509056	59	2.1	58	79	11	126	47	3	1	47	1.28
21514411--21514502	17	5.7	16	83	11	116	41	1	1	56	1.13
21514399--21514502	6	18.0	6	71	18	78	41	0	1	55	1.17
21514432--21514500	10	7.1	10	71	23	58	40	1	1	56	1.17
21514411--21514502	31	2.8	32	83	8	114	41	1	1	56	1.13
21516404--21516567	30	5.6	28	70	20	111	35	28	2	33	1.71
21516381--21516708	59	5.6	57	79	10	256	33	27	3	35	1.75
21516404--21516712	29	10.6	28	68	15	119	33	28	2	34	1.72
21516432--21516792	59	6.2	58	82	8	403	33	27	3	35	1.75
21516432--21516837	116	3.5	116	81	7	319	32	28	4	34	1.79
21518598--21518671	21	3.6	20	76	7	67	55	2	2	39	1.28
21521989--21522109	56	2.2	56	90	0	188	42	10	5	40	1.64
21522210--21522278	26	2.7	26	82	8	70	28	0	2	68	1.04
21526458--21526534	33	2.3	33	97	0	145	27	27	12	32	1.93
21533280--21533318	10	3.8	10	82	3	51	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21533576--21533631	27	2.0	28	86	10	80	28	0	7	64	1.20
21533576--21533629	28	1.9	28	88	7	83	25	0	7	66	1.17
21533985--21534013	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
21536971--21537029	31	1.9	31	85	0	82	35	3	15	45	1.63
21537882--21537933	14	3.9	13	80	10	61	21	25	15	38	1.92
21537852--21538000	47	3.1	49	76	13	143	19	24	18	36	1.94
21537902--21537992	34	2.7	34	89	0	137	19	23	18	38	1.93
21537882--21537992	13	8.3	13	74	14	66	19	22	18	39	1.92
21543168--21543198	16	1.9	16	93	0	53	22	12	16	48	1.80
21547472--21547531	21	2.9	21	80	9	68	33	26	10	30	1.89
21547482--21547536	21	2.6	21	88	0	74	32	27	10	29	1.91
21548211--21548311	36	2.8	36	86	0	130	23	24	14	36	1.93
21552280--21552337	24	2.5	23	75	5	62	48	8	24	18	1.76
21557298--21557332	6	5.8	6	100	0	70	0	14	0	85	0.59
21557743--21557814	25	2.7	26	82	10	74	65	1	4	29	1.20
21557915--21558168	90	2.8	89	83	5	318	34	9	18	37	1.83
21559278--21559339	21	2.8	22	79	13	74	43	24	6	25	1.78
21560931--21560996	31	2.1	31	88	0	96	66	18	4	10	1.38
21560944--21561020	20	3.5	22	74	13	68	68	16	5	9	1.34
21560964--21561040	38	2.0	38	83	14	97	67	15	6	10	1.40
21560962--21561059	23	4.3	22	74	13	74	68	14	6	11	1.38
21561054--21561128	38	1.9	39	89	5	116	65	18	6	9	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21567265--21567317	21	2.5	21	88	11	74	32	26	13	28	1.93
21569577--21569647	31	2.3	31	97	2	135	35	7	0	57	1.26
21569577--21569624	16	3.1	16	71	17	55	35	8	0	56	1.30
21569596--21569645	15	3.3	15	71	23	50	34	6	0	60	1.21
21571642--21571669	14	2.0	14	100	0	56	71	0	0	28	0.86
21571890--21571945	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
21572884--21573347	38	12.4	38	80	6	466	36	14	20	28	1.92
21572910--21573354	74	6.0	73	78	8	427	37	15	19	28	1.92
21574297--21574339	21	2.1	20	86	4	59	37	16	6	39	1.75
21580524--21580561	18	2.2	18	85	4	51	42	18	0	39	1.50
21592169--21592210	9	4.4	9	85	8	57	71	0	28	0	0.86
21597860--21597894	18	1.9	18	88	11	54	28	5	14	51	1.65
21649926--21649971	24	1.9	24	81	0	56	65	4	6	23	1.35
21653383--21653432	25	2.0	26	92	4	84	56	0	0	44	0.99
21653731--21653765	18	1.9	18	88	11	54	40	2	2	54	1.30
21653741--21653794	24	2.2	24	83	0	72	44	0	3	51	1.19
21654983--21655028	22	2.0	23	83	4	58	73	8	13	4	1.21
21655737--21655955	29	7.5	27	74	19	158	33	28	2	35	1.72
21655737--21655955	58	3.7	59	91	1	352	33	28	2	35	1.72
21655737--21655955	117	1.9	117	92	1	368	33	28	2	35	1.72
21655737--21655990	117	2.2	117	86	4	334	31	29	4	33	1.77
21666669--21667250	38	15.3	38	66	21	206	34	16	17	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21666609--21667352	76	9.8	76	90	0	1051	33	16	18	31	1.93
21666609--21667352	379	2.0	379	89	1	1132	33	16	18	31	1.93
21667665--21667707	18	2.4	18	84	7	61	44	2	2	51	1.27
21667677--21667729	24	2.3	23	86	3	70	41	0	5	52	1.25
21667699--21667738	17	2.5	16	92	8	64	37	0	10	52	1.35
21669673--21669892	30	7.4	29	72	18	143	33	28	2	35	1.72
21669703--21669892	29	6.5	27	73	22	138	33	28	2	34	1.71
21669673--21669892	59	3.8	58	88	3	307	33	28	2	35	1.72
21669694--21669934	117	2.1	118	81	5	283	31	29	4	34	1.78
21671292--21671330	20	1.9	21	94	5	71	69	12	0	17	1.19
21671296--21671349	27	2.0	27	85	0	72	64	14	0	20	1.28
21671513--21671545	7	4.7	7	96	0	57	9	33	0	57	1.30
21672203--21672259	26	2.5	20	69	27	51	52	12	1	33	1.49
21680603--21680708	43	2.5	43	85	0	131	31	20	22	25	1.98
21680635--21680722	43	2.0	43	86	0	122	28	20	25	26	1.99
21680642--21680734	43	2.2	43	84	3	116	26	21	23	27	1.99
21681178--21681225	18	2.7	18	83	6	62	54	29	0	16	1.43
21681458--21681648	10	19.8	10	72	9	94	29	1	6	62	1.28
21681448--21681537	39	2.3	40	77	7	96	33	2	6	57	1.37
21681593--21681646	28	1.9	28	82	14	67	24	0	3	72	1.01
21681593--21681648	19	3.0	19	81	5	69	25	0	3	71	1.02
21682596--21682723	31	4.3	29	74	13	100	26	14	8	50	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21682879--21683053	59	3.0	56	76	7	161	56	10	7	26	1.59
21682990--21683042	25	2.1	27	82	10	67	66	7	3	22	1.34
21682955--21683043	31	3.3	25	75	20	90	64	7	3	24	1.36
21683510--21683568	31	2.0	30	83	12	77	52	3	5	38	1.40
21689081--21689131	27	1.9	26	88	11	77	33	3	1	60	1.26
21692286--21692316	2	15.5	2	93	0	53	54	0	45	0	0.99
21692593--21692684	6	15.5	6	74	15	84	43	1	1	54	1.14
21692593--21692684	17	5.5	17	85	8	118	43	1	1	54	1.14
21692593--21692684	11	7.8	12	74	14	84	43	1	1	54	1.14
21693429--21693524	26	3.7	25	75	15	88	46	2	2	48	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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