genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032253.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55708359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   

This is table  46  of  182  ( 21729 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16345388--16345536	27	5.4	27	79	4	145	62	14	13	10	1.55
16345356--16345470	44	2.6	42	78	10	124	65	10	13	10	1.48
16345432--16345631	32	6.7	31	72	18	149	62	16	13	9	1.55
16345432--16345600	64	2.7	63	85	5	216	61	15	13	10	1.56
16345494--16345617	27	4.5	27	79	10	74	65	13	11	9	1.48
16346793--16347787	10	100.4	10	69	14	196	12	14	11	60	1.59
16346793--16347456	25	26.2	25	66	22	184	12	15	11	60	1.59
16346777--16348023	35	36.0	35	70	17	483	13	14	11	60	1.59
16346798--16347045	30	8.7	29	82	11	271	11	15	11	60	1.58
16347255--16347330	29	2.9	25	84	11	82	9	18	13	59	1.60
16346833--16347044	25	7.8	25	80	13	199	11	16	11	61	1.57
16347529--16347660	25	5.3	24	75	8	95	13	13	10	62	1.55
16347567--16347882	25	12.4	25	69	18	127	14	13	10	62	1.55
16347796--16347891	10	10.2	10	71	18	55	17	12	8	61	1.55
16347873--16347957	25	3.4	25	85	0	98	14	16	8	61	1.56
16347950--16348045	10	9.2	10	72	18	63	16	12	9	61	1.56
16347936--16348040	33	3.3	32	87	9	153	17	12	9	60	1.57
16346795--16347966	20	59.3	20	66	22	282	13	14	11	60	1.59
16349950--16350043	27	3.5	27	86	0	116	64	10	12	11	1.49
16350051--16350097	23	2.1	22	84	11	60	59	21	8	10	1.57
16350095--16350303	5	40.4	5	72	9	100	61	19	13	5	1.50
16350073--16350148	32	2.4	32	91	4	118	63	18	10	7	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16350100--16350219	27	4.6	25	82	6	98	62	18	11	7	1.51
16350296--16350340	17	2.6	17	82	0	63	62	17	8	11	1.53
16351242--16351298	30	1.9	30	85	0	78	17	15	8	57	1.63
16351451--16351504	27	2.0	27	86	13	76	29	0	3	66	1.09
16353621--16353666	24	1.9	24	86	8	67	54	6	4	34	1.46
16354691--16354740	20	2.5	20	83	3	64	12	12	0	76	1.04
16354680--16354739	19	2.8	20	85	12	68	10	13	0	76	1.01
16354703--16354760	23	2.5	22	81	10	64	5	12	0	82	0.82
16356545--16356580	18	2.0	18	100	0	72	27	27	11	33	1.91
16357225--16357298	3	23.7	3	81	8	85	66	0	4	29	1.10
16357236--16357298	17	3.8	16	82	15	65	66	0	3	30	1.07
16358002--16358159	75	2.1	75	83	2	201	27	22	19	30	1.98
16363938--16363984	10	4.3	11	80	17	53	2	21	0	76	0.89
16374457--16374636	50	3.6	50	82	3	130	35	18	22	22	1.96
16374504--16374652	50	3.0	50	86	2	192	34	16	24	24	1.96
16374700--16374990	39	7.4	39	72	11	218	31	25	16	26	1.97
16374700--16374966	79	3.4	79	87	2	394	31	25	17	25	1.97
16374700--16374986	157	1.8	157	89	1	450	31	25	17	26	1.97
16378171--16378261	15	6.1	15	68	21	66	13	13	10	62	1.54
16378170--16378237	25	2.9	25	79	14	83	14	13	10	61	1.56
16378196--16378281	20	4.3	20	74	12	79	12	12	10	63	1.51
16380757--16380794	15	2.5	15	91	0	58	13	15	7	63	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16381882--16381963	27	3.0	28	84	7	98	60	15	20	2	1.46
16383437--16383471	15	2.4	15	90	4	54	28	0	14	57	1.38
16402138--16402169	15	2.1	15	94	0	55	18	9	9	62	1.52
16402146--16402250	25	4.2	25	74	13	92	10	17	13	59	1.61
16402193--16402249	20	2.8	20	74	10	62	8	17	12	61	1.55
16402419--16402476	29	2.1	27	87	6	80	34	1	1	62	1.16
16405631--16405821	52	3.7	51	80	6	222	33	24	15	26	1.95
16405632--16405824	104	1.9	104	84	2	262	33	24	15	26	1.95
16409165--16409396	27	8.7	27	68	14	133	63	15	10	10	1.51
16409289--16409351	32	1.9	33	90	3	101	65	17	6	11	1.45
16409378--16409481	5	20.2	5	68	13	59	62	14	15	7	1.53
16409334--16409481	10	14.2	10	71	10	66	63	14	13	8	1.51
16409340--16409481	27	5.4	27	77	10	134	64	14	13	8	1.50
16410861--16410885	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
16414015--16414283	5	51.4	5	67	15	75	62	15	14	6	1.52
16414015--16414243	27	8.6	27	74	16	185	63	13	15	7	1.51
16414096--16414252	22	7.8	20	72	14	78	63	14	15	7	1.51
16414158--16414191	17	2.0	17	94	0	59	67	11	11	8	1.42
16414042--16414252	111	1.9	111	80	13	247	63	14	15	7	1.51
16414197--16414282	25	3.5	24	79	9	84	61	23	15	0	1.33
16414201--16414283	35	2.4	35	82	11	91	61	24	14	0	1.33
16416923--16417079	43	3.7	43	88	5	248	19	32	22	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16416923--16417079	84	1.8	85	94	2	280	19	32	22	24	1.98
16417148--16417176	15	1.9	15	100	0	58	48	34	3	13	1.60
16417377--16417429	21	2.5	21	90	0	79	0	45	20	33	1.52
16417415--16417572	66	2.4	66	88	4	246	15	24	17	43	1.87
16423004--16423075	33	2.3	32	90	9	121	43	8	5	43	1.58
16423091--16423162	8	8.8	8	73	17	51	54	0	1	44	1.08
16423119--16423162	18	2.4	18	85	7	63	56	0	0	43	0.99
16423140--16423924	112	7.3	110	84	8	757	47	4	2	45	1.37
16423099--16423327	12	19.6	12	67	19	83	50	3	1	44	1.27
16423352--16423456	40	2.5	42	82	17	112	46	3	3	45	1.39
16423240--16423614	18	20.3	18	65	19	109	47	4	2	45	1.36
16423546--16423637	45	2.0	48	81	10	111	50	4	0	45	1.21
16423491--16423950	113	4.1	113	87	6	632	46	4	2	46	1.36
16423677--16423721	18	2.4	19	82	14	58	46	2	2	48	1.26
16423789--16423826	18	2.1	18	85	9	51	42	0	5	52	1.24
16423790--16423860	14	5.6	12	76	17	54	43	2	2	50	1.31
16423843--16423969	62	2.0	60	81	11	141	50	2	1	45	1.24
16423914--16423964	13	3.9	14	77	12	54	45	1	0	52	1.12
16423907--16423967	26	2.3	27	82	8	79	47	1	0	50	1.10
16423872--16423981	26	4.0	26	70	20	73	49	3	0	46	1.25
16425123--16425157	17	2.1	18	89	10	56	28	5	0	65	1.15
16425758--16425791	16	2.1	16	100	0	68	32	8	29	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16426274--16426432	42	3.9	42	83	5	200	24	28	20	26	1.99
16426256--16426431	83	2.1	81	86	4	237	23	27	22	26	2.00
16426416--16426514	40	2.5	40	98	0	189	14	21	31	33	1.93
16428730--16428767	17	2.3	17	86	4	51	26	0	7	65	1.19
16429467--16429495	6	4.8	6	100	0	58	0	86	0	13	0.58
16429944--16429994	26	2.0	26	88	0	75	29	9	11	49	1.72
16430782--16430869	5	17.6	5	74	9	72	6	15	13	63	1.49
16430787--16430869	30	2.8	30	86	0	112	7	15	13	63	1.49
16436246--16436348	42	2.4	41	79	6	98	62	11	14	11	1.55
16436273--16436351	15	5.5	15	73	22	71	63	12	12	11	1.53
16436303--16436557	25	9.9	26	68	20	85	62	15	12	9	1.54
16436299--16436451	27	5.8	26	71	13	82	61	14	12	11	1.57
16436307--16436464	54	2.9	54	76	6	140	61	15	12	11	1.57
16436405--16436505	22	4.8	22	77	18	90	63	14	12	8	1.52
16436565--16436616	27	1.9	27	88	0	77	63	15	11	9	1.52
16436469--16436603	5	26.4	5	71	12	87	62	17	14	5	1.48
16440101--16440158	20	2.9	20	92	0	98	13	12	12	62	1.56
16440131--16440162	15	2.1	15	94	0	55	12	9	12	65	1.47
16440100--16440164	20	3.2	20	86	6	96	16	10	10	61	1.56
16441939--16442006	5	13.6	5	73	11	50	7	19	11	61	1.53
16441938--16442006	35	2.0	35	91	0	111	7	18	11	62	1.51
16441941--16442006	20	3.5	20	68	19	61	7	18	12	62	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16448277--16448500	32	7.4	31	67	20	118	63	16	11	9	1.51
16448334--16448603	5	51.4	5	69	14	98	61	18	12	8	1.54
16448250--16448478	27	8.6	27	71	13	154	63	15	11	9	1.52
16448413--16448603	63	3.0	61	83	10	217	62	18	12	6	1.51
16456844--16456913	34	2.1	34	88	0	104	25	20	22	31	1.98
16463215--16464900	843	2.0	842	93	0	2910	36	21	15	26	1.93
16477125--16477179	18	3.1	17	78	19	58	67	7	14	10	1.41
16478035--16478078	19	2.4	19	88	7	65	50	0	0	50	1.00
16479220--16479253	17	2.0	17	88	0	50	23	0	2	73	0.97
16479230--16479271	18	2.2	19	83	12	50	23	2	2	71	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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